282 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ping_1549 on replicon NC_008709
Organism: Psychromonas ingrahamii 37



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008709  Ping_1549  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  100 
 
 
517 aa  1079    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.701631  normal  0.426947 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0151  deoxyribodipyrimidine photolyase  53.61 
 
 
495 aa  543  1e-153  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.617218  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001126  deoxyribodipyrimidine photolyase/cryptochrome family protein  52.12 
 
 
493 aa  533  1e-150  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00185581  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06659  deoxyribodipyrimidine photolyase  51.53 
 
 
493 aa  528  1e-149  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1004  cryptochrome Cry2  48.59 
 
 
504 aa  513  1e-144  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0779  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  48.21 
 
 
504 aa  498  1e-140  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0600  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.86 
 
 
561 aa  386  1e-106  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3105  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.32 
 
 
505 aa  377  1e-103  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02013  deoxyribodipyrimidine photolyase, putative  44.62 
 
 
478 aa  361  2e-98  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000664179  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1306  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.5 
 
 
507 aa  353  4e-96  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_1947  cyclobutane pyrimidine dimer 1  37.48 
 
 
515 aa  344  2e-93  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.000588882  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1225  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.86 
 
 
514 aa  329  8e-89  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.474608  normal  0.333965 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0708  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  37.62 
 
 
493 aa  328  2.0000000000000001e-88  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1651  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.25 
 
 
496 aa  326  5e-88  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3951  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.18 
 
 
526 aa  322  9.000000000000001e-87  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1248  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.95 
 
 
493 aa  318  1e-85  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00593835 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1873  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  36.13 
 
 
517 aa  314  2.9999999999999996e-84  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0543845 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_03921  putative deoxyribodipyrimidine photolyase  34.83 
 
 
498 aa  304  2.0000000000000002e-81  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.322027  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_03931  putative deoxyribodipyrimidine photolyase  35.82 
 
 
498 aa  304  2.0000000000000002e-81  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_03991  putative deoxyribodipyrimidine photolyase  35.34 
 
 
503 aa  302  8.000000000000001e-81  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2343  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.8 
 
 
389 aa  225  1e-57  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3369  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.87 
 
 
526 aa  171  3e-41  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.149993  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4932  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  27.12 
 
 
481 aa  165  2.0000000000000002e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0263  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.59 
 
 
490 aa  158  2e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3589  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.45 
 
 
483 aa  157  3e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3356  deoxyribodipyrimidine photolyase  26.61 
 
 
483 aa  156  7e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.617341  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0241  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.1 
 
 
492 aa  155  2e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.76233  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0377  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.51 
 
 
486 aa  154  2.9999999999999998e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.215425 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2364  deoxyribodipyrimidine photolyase  28.78 
 
 
487 aa  154  4e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.513248 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2903  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  26.05 
 
 
478 aa  152  1e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.599485  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3349  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.45 
 
 
477 aa  152  1e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.355989  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0565  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.69 
 
 
518 aa  151  2e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.470462  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0617  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.98 
 
 
518 aa  150  5e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00814306  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3098  deoxyribodipyrimidine photolyase  28.12 
 
 
487 aa  150  6e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.383524  normal  0.0341678 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5849  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.04 
 
 
505 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3963  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.86 
 
 
511 aa  148  3e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000556996 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1801  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  27.27 
 
 
488 aa  145  1e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3894  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  27.1 
 
 
470 aa  145  2e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3193  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  25.26 
 
 
476 aa  144  4e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0870  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  24.89 
 
 
479 aa  144  4e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.040956 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2734  deoxyribodipyrimidine photolyase  25.87 
 
 
486 aa  144  4e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.913993  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1491  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  26.21 
 
 
499 aa  144  5e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.675954 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0343  cryptochrome, DASH family  25.79 
 
 
488 aa  143  7e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2800  deoxyribodipyrimidine photolyase  25.87 
 
 
486 aa  143  7e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2956  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  25.26 
 
 
476 aa  143  9e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.13805  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1691  deoxyribodipyrimidine photolyase  25.87 
 
 
486 aa  143  9e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.647987  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3187  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  25.26 
 
 
476 aa  143  9e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2376  deoxyribodipyrimidine photolyase  25.87 
 
 
486 aa  143  9e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0636  deoxyribodipyrimidine photolyase  25.87 
 
 
497 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2911  deoxyribodipyrimidine photolyase  25.87 
 
 
534 aa  143  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.152719  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1921  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.07 
 
 
488 aa  142  9.999999999999999e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2677  deoxyribodipyrimidine photolyase  25.87 
 
 
486 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2075  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  25.16 
 
 
476 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3184  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  25.64 
 
 
476 aa  140  3.9999999999999997e-32  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.262936  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0704  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  25.95 
 
 
497 aa  141  3.9999999999999997e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2935  deoxyribodipyrimidine photolyase  25.53 
 
 
476 aa  140  4.999999999999999e-32  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3180  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  25 
 
 
469 aa  140  4.999999999999999e-32  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.478094  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3165  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  25.11 
 
 
476 aa  139  1e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1969  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.05 
 
 
486 aa  139  2e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0810  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  31.46 
 
 
470 aa  138  3.0000000000000003e-31  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2665  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.15 
 
 
501 aa  137  6.0000000000000005e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4411  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  24.01 
 
 
487 aa  137  6.0000000000000005e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00088119  normal  0.0752784 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1163  deoxyribodipyrimidine photolyase  26.38 
 
 
487 aa  136  7.000000000000001e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0906  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  26.92 
 
 
493 aa  136  8e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.207875  normal  0.966672 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5899  deoxyribodipyrimidine photolyase  25.1 
 
 
519 aa  136  9e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0769953  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2178  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.1 
 
 
519 aa  136  9e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.240707  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3586  deoxyribodipyrimidine photolyase  26.38 
 
 
487 aa  135  9.999999999999999e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1112  deoxyribodipyrimidine photolyase  26.6 
 
 
487 aa  135  9.999999999999999e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.196695  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0513  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.19 
 
 
475 aa  135  1.9999999999999998e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.237418 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0849  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  24.47 
 
 
454 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.201808  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0575  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.2 
 
 
468 aa  134  3e-30  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0591  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  24.16 
 
 
481 aa  134  3e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.2693 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2844  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  26.13 
 
 
499 aa  134  3e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0758456  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2256  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  25 
 
 
479 aa  134  3.9999999999999996e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.786952  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0814  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.05 
 
 
490 aa  133  6e-30  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1577  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.16 
 
 
493 aa  132  1.0000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.547552  normal  0.6563 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4618  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.26 
 
 
515 aa  133  1.0000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001252  deoxyribodipyrimidine photolyase  26.65 
 
 
471 aa  132  2.0000000000000002e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.553687  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0288  DNA photolyase FAD-binding  23.72 
 
 
465 aa  131  2.0000000000000002e-29  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.155544  normal  0.119697 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1623  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.21 
 
 
482 aa  132  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.528738 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4409  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.21 
 
 
504 aa  131  3e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.421142  normal  0.735576 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5488  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  25.71 
 
 
518 aa  131  3e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0729  cryptochrome, DASH family  25.21 
 
 
488 aa  131  3e-29  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.264496  normal  0.107921 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1981  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  25.22 
 
 
454 aa  131  4.0000000000000003e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0700  cryptochrome, DASH family  25.73 
 
 
488 aa  130  5.0000000000000004e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0339  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.3 
 
 
484 aa  130  7.000000000000001e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0276  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  23.73 
 
 
431 aa  129  9.000000000000001e-29  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2919  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.83 
 
 
478 aa  129  9.000000000000001e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.219923 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0733  deoxyribodipyrimidine photolyase  26.3 
 
 
472 aa  129  9.000000000000001e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00668  deoxyribodipyrimidine photolyase, FAD-binding  26.3 
 
 
473 aa  128  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6799  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.13 
 
 
499 aa  129  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000114492  decreased coverage  0.000000135491 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3446  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  24.12 
 
 
491 aa  128  2.0000000000000002e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.998107  normal  0.118354 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1145  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  26.45 
 
 
476 aa  128  2.0000000000000002e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2947  deoxyribodipyrimidine photolyase  26.3 
 
 
472 aa  128  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.139043  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0703  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  26.04 
 
 
525 aa  128  3e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1376  deoxyribodipyrimidine photolyase  31.7 
 
 
492 aa  128  3e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00657  hypothetical protein  26.36 
 
 
456 aa  128  3e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6960  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.13 
 
 
434 aa  128  3e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.386716  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0915  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  24.16 
 
 
477 aa  128  3e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41430  Deoxyribodipyrimidine photolyase  24.55 
 
 
468 aa  127  4.0000000000000003e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>