282 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_001126 on replicon NC_013457
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009457  VC0395_A1004  cryptochrome Cry2  65.57 
 
 
504 aa  681    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001126  deoxyribodipyrimidine photolyase/cryptochrome family protein  100 
 
 
493 aa  1038    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00185581  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06659  deoxyribodipyrimidine photolyase  75.41 
 
 
493 aa  808    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1549  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  52.12 
 
 
517 aa  533  1e-150  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.701631  normal  0.426947 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0151  deoxyribodipyrimidine photolyase  52.15 
 
 
495 aa  529  1e-149  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.617218  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0779  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  49.1 
 
 
504 aa  500  1e-140  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0600  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.99 
 
 
561 aa  394  1e-108  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3105  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.03 
 
 
505 aa  390  1e-107  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0708  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  39.79 
 
 
493 aa  370  1e-101  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02013  deoxyribodipyrimidine photolyase, putative  45.15 
 
 
478 aa  365  1e-99  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000664179  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1651  deoxyribodipyrimidine photolyase  39.34 
 
 
496 aa  361  1e-98  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1306  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.82 
 
 
507 aa  353  2.9999999999999997e-96  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_1947  cyclobutane pyrimidine dimer 1  37.48 
 
 
515 aa  347  2e-94  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.000588882  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1225  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.37 
 
 
514 aa  343  2.9999999999999997e-93  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.474608  normal  0.333965 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_03991  putative deoxyribodipyrimidine photolyase  36.23 
 
 
503 aa  342  1e-92  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_03931  putative deoxyribodipyrimidine photolyase  36.34 
 
 
498 aa  340  4e-92  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_03921  putative deoxyribodipyrimidine photolyase  36.16 
 
 
498 aa  337  1.9999999999999998e-91  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.322027  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1873  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  39.52 
 
 
517 aa  336  5.999999999999999e-91  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0543845 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3951  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.79 
 
 
526 aa  321  1.9999999999999998e-86  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1248  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.06 
 
 
493 aa  310  2.9999999999999997e-83  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00593835 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2343  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  45.28 
 
 
389 aa  228  2e-58  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3369  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.37 
 
 
526 aa  194  4e-48  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.149993  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0080  deoxyribodipyrimidine photolyase, cyclobutane pyrimidine dimer-specific  27.75 
 
 
469 aa  155  1e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000198558  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1491  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  26.91 
 
 
499 aa  155  2e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.675954 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0263  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.87 
 
 
490 aa  153  8e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0814  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.99 
 
 
490 aa  149  1.0000000000000001e-34  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3080  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.27 
 
 
455 aa  146  8.000000000000001e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.153672  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0061  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.02 
 
 
431 aa  144  3e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3963  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.53 
 
 
511 aa  143  6e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000556996 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4658  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.53 
 
 
476 aa  143  7e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0553081  normal  0.710404 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0870  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.39 
 
 
479 aa  142  9.999999999999999e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.040956 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1969  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.49 
 
 
486 aa  142  9.999999999999999e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3589  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27 
 
 
483 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5849  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.18 
 
 
505 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2364  deoxyribodipyrimidine photolyase  27.18 
 
 
487 aa  142  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.513248 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4932  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  25.97 
 
 
481 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0241  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  24.75 
 
 
492 aa  141  3e-32  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.76233  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001252  deoxyribodipyrimidine photolyase  26.01 
 
 
471 aa  140  3.9999999999999997e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.553687  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2903  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  26.64 
 
 
478 aa  139  8.999999999999999e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.599485  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0565  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  24.12 
 
 
518 aa  139  1e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.470462  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4538  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  24.9 
 
 
498 aa  139  1e-31  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0705059 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0810  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  25.78 
 
 
470 aa  139  1e-31  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4411  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26 
 
 
487 aa  138  2e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00088119  normal  0.0752784 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1613  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.64 
 
 
425 aa  139  2e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2256  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  25.63 
 
 
479 aa  137  3.0000000000000003e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.786952  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3894  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  25.93 
 
 
470 aa  137  5e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3165  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  26.46 
 
 
476 aa  137  5e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0029  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.16 
 
 
438 aa  137  5e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.919202  normal  0.63493 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1958  deoxyribodipyrimidine photolyase (photoreactivating enzyme)  25.57 
 
 
433 aa  136  8e-31  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0021636 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0700  cryptochrome, DASH family  24.49 
 
 
488 aa  136  9e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1801  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  26.6 
 
 
488 aa  136  9e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0377  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.26 
 
 
486 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.215425 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3098  deoxyribodipyrimidine photolyase  26.92 
 
 
487 aa  136  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.383524  normal  0.0341678 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3184  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  26.33 
 
 
476 aa  135  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.262936  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6960  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.85 
 
 
434 aa  135  1.9999999999999998e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.386716  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1815  deoxyribodipyrimidine photolyase  25.47 
 
 
486 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.496869  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3349  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.06 
 
 
477 aa  135  1.9999999999999998e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.355989  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0575  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.03 
 
 
468 aa  134  3e-30  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0343  cryptochrome, DASH family  24.69 
 
 
488 aa  134  3e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0729  cryptochrome, DASH family  24.29 
 
 
488 aa  134  3e-30  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.264496  normal  0.107921 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2734  deoxyribodipyrimidine photolyase  25.99 
 
 
486 aa  134  3e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.913993  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2800  deoxyribodipyrimidine photolyase  25.99 
 
 
486 aa  134  3.9999999999999996e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5488  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  25.32 
 
 
518 aa  134  3.9999999999999996e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0617  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  23.9 
 
 
518 aa  134  5e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00814306  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0636  deoxyribodipyrimidine photolyase  25.99 
 
 
497 aa  134  5e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0271  hypothetical protein  26.84 
 
 
471 aa  134  5e-30  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0439  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  26.2 
 
 
435 aa  134  5e-30  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1262  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.14 
 
 
463 aa  134  5e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.103305  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1691  deoxyribodipyrimidine photolyase  25.99 
 
 
486 aa  133  6e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.647987  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2911  deoxyribodipyrimidine photolyase  25.99 
 
 
534 aa  133  6e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.152719  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2677  deoxyribodipyrimidine photolyase  25.99 
 
 
486 aa  133  6e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2376  deoxyribodipyrimidine photolyase  25.99 
 
 
486 aa  133  6e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3694  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.88 
 
 
484 aa  133  9e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0591  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  25.63 
 
 
481 aa  133  9e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.2693 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0276  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.39 
 
 
431 aa  132  1.0000000000000001e-29  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0703  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  26.22 
 
 
525 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0994  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.11 
 
 
462 aa  132  1.0000000000000001e-29  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1981  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  25.7 
 
 
454 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0704  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  25.41 
 
 
497 aa  132  2.0000000000000002e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2357  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.25 
 
 
463 aa  131  2.0000000000000002e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3446  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.34 
 
 
491 aa  130  4.0000000000000003e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.998107  normal  0.118354 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1394  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.55 
 
 
483 aa  130  4.0000000000000003e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0266  hypothetical protein  26.65 
 
 
471 aa  130  5.0000000000000004e-29  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2075  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  25.81 
 
 
476 aa  130  5.0000000000000004e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1921  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.94 
 
 
488 aa  130  6e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2235  cryptochrome, DASH family  24.37 
 
 
483 aa  130  7.000000000000001e-29  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.14399  normal  0.570848 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1577  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.27 
 
 
493 aa  130  7.000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.547552  normal  0.6563 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6799  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.1 
 
 
499 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000114492  decreased coverage  0.000000135491 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5899  deoxyribodipyrimidine photolyase  24.59 
 
 
519 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0769953  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3193  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  26.22 
 
 
476 aa  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2178  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  24.59 
 
 
519 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.240707  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2956  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  25.86 
 
 
476 aa  128  2.0000000000000002e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.13805  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2087  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.88 
 
 
434 aa  129  2.0000000000000002e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0527605  normal  0.0533895 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4692  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.26 
 
 
476 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2919  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.71 
 
 
478 aa  128  3e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.219923 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2844  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  24.53 
 
 
499 aa  127  3e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0758456  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2838  deoxyribodipyrimidine photolyase  26.61 
 
 
497 aa  128  3e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.182548  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11303  deoxyribodipyrimidine photolyase-class I  23.93 
 
 
434 aa  127  4.0000000000000003e-28  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0288  DNA photolyase FAD-binding  24.52 
 
 
465 aa  127  4.0000000000000003e-28  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.155544  normal  0.119697 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3180  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  29.52 
 
 
469 aa  127  5e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.478094  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>