279 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hneap_1306 on replicon NC_013422
Organism: Halothiobacillus neapolitanus c2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013422  Hneap_1306  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  100 
 
 
507 aa  1053    Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0708  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  49.79 
 
 
493 aa  466  9.999999999999999e-131  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1225  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  48.53 
 
 
514 aa  458  1e-127  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.474608  normal  0.333965 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1651  deoxyribodipyrimidine photolyase  48.24 
 
 
496 aa  455  1.0000000000000001e-126  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1248  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  46.62 
 
 
493 aa  441  9.999999999999999e-123  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00593835 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3105  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  47.07 
 
 
505 aa  437  1e-121  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3951  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  47.37 
 
 
526 aa  432  1e-119  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1873  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  45.16 
 
 
517 aa  412  1e-114  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0543845 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_03921  putative deoxyribodipyrimidine photolyase  38.63 
 
 
498 aa  403  1e-111  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.322027  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_03931  putative deoxyribodipyrimidine photolyase  38.82 
 
 
498 aa  404  1e-111  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_03991  putative deoxyribodipyrimidine photolyase  36.09 
 
 
503 aa  369  1e-101  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_1947  cyclobutane pyrimidine dimer 1  39.15 
 
 
515 aa  361  2e-98  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.000588882  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0151  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.88 
 
 
495 aa  356  5e-97  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.617218  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001126  deoxyribodipyrimidine photolyase/cryptochrome family protein  38.82 
 
 
493 aa  353  2.9999999999999997e-96  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00185581  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1549  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.5 
 
 
517 aa  353  4e-96  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.701631  normal  0.426947 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06659  deoxyribodipyrimidine photolyase  39.02 
 
 
493 aa  350  5e-95  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0779  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.15 
 
 
504 aa  343  2.9999999999999997e-93  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1004  cryptochrome Cry2  38.99 
 
 
504 aa  336  5.999999999999999e-91  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0600  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.83 
 
 
561 aa  330  3e-89  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02013  deoxyribodipyrimidine photolyase, putative  38.83 
 
 
478 aa  291  1e-77  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000664179  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2343  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  56.56 
 
 
389 aa  267  4e-70  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3369  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  31.73 
 
 
526 aa  202  9.999999999999999e-51  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.149993  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4411  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.87 
 
 
487 aa  162  1e-38  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00088119  normal  0.0752784 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3080  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.57 
 
 
455 aa  162  1e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.153672  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3963  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.42 
 
 
511 aa  162  1e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000556996 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0575  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.99 
 
 
468 aa  162  2e-38  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3894  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  28.36 
 
 
470 aa  160  5e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0870  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.83 
 
 
479 aa  160  7e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.040956 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3446  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.75 
 
 
491 aa  159  1e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.998107  normal  0.118354 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1394  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.86 
 
 
483 aa  156  8e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0994  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.88 
 
 
462 aa  155  1e-36  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5309  deoxyribodipyrimidine photolyase  30.08 
 
 
477 aa  156  1e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1071  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  28.02 
 
 
477 aa  155  2e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0591  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  27.05 
 
 
481 aa  155  2e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.2693 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0849  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.1 
 
 
454 aa  155  2e-36  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.201808  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1121  deoxyribodipyrimidine photolyase  27.85 
 
 
482 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0961  deoxyribodipyrimidine photolyase  28.3 
 
 
482 aa  154  4e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2357  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.39 
 
 
463 aa  153  5e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41430  Deoxyribodipyrimidine photolyase  29.73 
 
 
468 aa  153  5.9999999999999996e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0769  deoxyribodipyrimidine photolyase  29.19 
 
 
473 aa  153  8.999999999999999e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.568717 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1623  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.54 
 
 
482 aa  152  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.528738 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0767  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.16 
 
 
475 aa  151  3e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61640  deoxyribodipyrimidine photolyase  28.78 
 
 
481 aa  151  3e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0940349 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0810  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  29.09 
 
 
470 aa  151  3e-35  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0703  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  28.19 
 
 
525 aa  150  4e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0866  deoxyribodipyrimidine photolyase  28.99 
 
 
473 aa  150  4e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.55052 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0739  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.95 
 
 
480 aa  150  5e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2919  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.63 
 
 
478 aa  150  7e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.219923 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4450  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.6 
 
 
480 aa  150  7e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1437  DNA photolyase FAD-binding  26.39 
 
 
514 aa  149  1.0000000000000001e-34  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0733  deoxyribodipyrimidine photolyase  29.25 
 
 
472 aa  149  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0074  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27 
 
 
475 aa  149  1.0000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3349  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.26 
 
 
477 aa  149  1.0000000000000001e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.355989  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001252  deoxyribodipyrimidine photolyase  27.79 
 
 
471 aa  148  2.0000000000000003e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.553687  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0831  deoxyribodipyrimidine photolyase  28.25 
 
 
473 aa  148  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.31293  hitchhiker  0.0019608 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0625  deoxyribodipyrimidine photolyase  28.87 
 
 
472 aa  147  3e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2364  deoxyribodipyrimidine photolyase  29.92 
 
 
487 aa  148  3e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.513248 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3694  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.96 
 
 
484 aa  148  3e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05122  deoxyribodipyrimidine photolyase  27.39 
 
 
471 aa  147  4.0000000000000006e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0617  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.68 
 
 
518 aa  147  4.0000000000000006e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00814306  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0513  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.49 
 
 
475 aa  147  4.0000000000000006e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.237418 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0271  hypothetical protein  25.31 
 
 
471 aa  147  5e-34  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00668  deoxyribodipyrimidine photolyase, FAD-binding  29.05 
 
 
473 aa  147  6e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2541  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.14 
 
 
466 aa  147  6e-34  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.272644 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2947  deoxyribodipyrimidine photolyase  29.05 
 
 
472 aa  146  7.0000000000000006e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.139043  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2745  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  27.55 
 
 
513 aa  146  7.0000000000000006e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2747  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  28.4 
 
 
474 aa  146  7.0000000000000006e-34  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00995843  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0817  deoxyribodipyrimidine photolyase  28.25 
 
 
473 aa  146  7.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1577  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.93 
 
 
493 aa  146  8.000000000000001e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.547552  normal  0.6563 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0565  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.09 
 
 
518 aa  146  9e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.470462  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0029  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.12 
 
 
438 aa  145  1e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.919202  normal  0.63493 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2928  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.45 
 
 
472 aa  146  1e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0266  hypothetical protein  25.52 
 
 
471 aa  145  1e-33  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0755  deoxyribodipyrimidine photolyase  28.45 
 
 
472 aa  146  1e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.391934  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0756  deoxyribodipyrimidine photolyase  28.57 
 
 
473 aa  146  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.645703  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0780  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.54 
 
 
475 aa  144  3e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.431367  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0811  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.22 
 
 
475 aa  144  3e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0906  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  28.04 
 
 
493 aa  144  3e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.207875  normal  0.966672 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1309  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.18 
 
 
499 aa  144  4e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0820  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.55 
 
 
469 aa  144  4e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.627339 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0241  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.55 
 
 
492 aa  143  6e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.76233  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3068  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.82 
 
 
500 aa  143  6e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00657  hypothetical protein  28.93 
 
 
456 aa  143  6e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3589  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.6 
 
 
483 aa  143  6e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4736  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  26.8 
 
 
488 aa  143  8e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.303761 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1441  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.64 
 
 
481 aa  142  9.999999999999999e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4676  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.76 
 
 
500 aa  142  9.999999999999999e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.499221 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0798  deoxyribodipyrimidine photolyase  28.27 
 
 
472 aa  142  9.999999999999999e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.825453  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4618  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.57 
 
 
515 aa  142  9.999999999999999e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0263  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.5 
 
 
490 aa  142  9.999999999999999e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1801  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  28.48 
 
 
488 aa  142  9.999999999999999e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1467  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.44 
 
 
481 aa  142  1.9999999999999998e-32  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1376  deoxyribodipyrimidine photolyase  25.9 
 
 
492 aa  142  1.9999999999999998e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3098  deoxyribodipyrimidine photolyase  29.15 
 
 
487 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.383524  normal  0.0341678 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0080  deoxyribodipyrimidine photolyase, cyclobutane pyrimidine dimer-specific  29.16 
 
 
469 aa  142  1.9999999999999998e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000198558  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3211  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.18 
 
 
499 aa  141  3e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.941968 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6799  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.07 
 
 
499 aa  141  3e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000114492  decreased coverage  0.000000135491 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0723  deoxyribodipyrimidine photolyase  29.31 
 
 
472 aa  140  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.121356  normal  0.867142 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1969  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.81 
 
 
486 aa  140  3.9999999999999997e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0339  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.88 
 
 
484 aa  140  4.999999999999999e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>