281 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1225 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_1225  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  100 
 
 
514 aa  1030    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.474608  normal  0.333965 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1873  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  63.37 
 
 
517 aa  597  1e-169  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0543845 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1306  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  48.53 
 
 
507 aa  463  1e-129  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1651  deoxyribodipyrimidine photolyase  47.56 
 
 
496 aa  458  9.999999999999999e-129  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0708  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  48.33 
 
 
493 aa  445  1.0000000000000001e-124  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3105  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  45.74 
 
 
505 aa  413  1e-114  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3951  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  49.41 
 
 
526 aa  395  1e-109  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1248  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  45.54 
 
 
493 aa  381  1e-104  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00593835 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_03921  putative deoxyribodipyrimidine photolyase  34.73 
 
 
498 aa  375  1e-102  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.322027  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_03931  putative deoxyribodipyrimidine photolyase  35.38 
 
 
498 aa  374  1e-102  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_03991  putative deoxyribodipyrimidine photolyase  35.6 
 
 
503 aa  366  1e-100  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001126  deoxyribodipyrimidine photolyase/cryptochrome family protein  38.37 
 
 
493 aa  350  3e-95  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00185581  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06659  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.73 
 
 
493 aa  344  2e-93  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0779  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.74 
 
 
504 aa  335  9e-91  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1549  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.91 
 
 
517 aa  333  4e-90  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.701631  normal  0.426947 
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_1947  cyclobutane pyrimidine dimer 1  36.38 
 
 
515 aa  332  9e-90  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.000588882  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1004  cryptochrome Cry2  37.7 
 
 
504 aa  331  2e-89  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0151  deoxyribodipyrimidine photolyase  37.65 
 
 
495 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.617218  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0600  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.62 
 
 
561 aa  307  4.0000000000000004e-82  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2343  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  51.07 
 
 
389 aa  273  6e-72  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1981  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  42.64 
 
 
454 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0691  DNA photolyase domain-containing protein  40.19 
 
 
454 aa  254  4.0000000000000004e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3080  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.44 
 
 
455 aa  245  1.9999999999999999e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.153672  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02013  deoxyribodipyrimidine photolyase, putative  32.67 
 
 
478 aa  235  2.0000000000000002e-60  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000664179  n/a   
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3369  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  31.3 
 
 
526 aa  184  4.0000000000000006e-45  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.149993  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1071  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  31.05 
 
 
477 aa  165  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2357  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  31.22 
 
 
463 aa  163  8.000000000000001e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3098  deoxyribodipyrimidine photolyase  30.54 
 
 
487 aa  161  3e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.383524  normal  0.0341678 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4736  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  29.92 
 
 
488 aa  160  7e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.303761 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41430  Deoxyribodipyrimidine photolyase  31.39 
 
 
468 aa  159  9e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4411  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.54 
 
 
487 aa  159  2e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00088119  normal  0.0752784 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4450  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.19 
 
 
480 aa  158  2e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0739  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.3 
 
 
480 aa  156  8e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5309  deoxyribodipyrimidine photolyase  32.03 
 
 
477 aa  155  1e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0870  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.95 
 
 
479 aa  155  2e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.040956 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4932  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  30.98 
 
 
481 aa  155  2e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0767  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.96 
 
 
475 aa  155  2e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2364  deoxyribodipyrimidine photolyase  30.93 
 
 
487 aa  153  5.9999999999999996e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.513248 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1815  deoxyribodipyrimidine photolyase  33.19 
 
 
486 aa  153  7e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.496869  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2919  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.63 
 
 
478 aa  151  2e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.219923 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5849  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.12 
 
 
505 aa  151  3e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1121  deoxyribodipyrimidine photolyase  29.11 
 
 
482 aa  150  4e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0780  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.15 
 
 
475 aa  150  5e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.431367  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1921  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.91 
 
 
488 aa  150  7e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1801  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  31.11 
 
 
488 aa  149  9e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4658  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.99 
 
 
476 aa  149  1.0000000000000001e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0553081  normal  0.710404 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1163  deoxyribodipyrimidine photolyase  29.81 
 
 
487 aa  149  1.0000000000000001e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3446  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.57 
 
 
491 aa  148  2.0000000000000003e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.998107  normal  0.118354 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61640  deoxyribodipyrimidine photolyase  29.77 
 
 
481 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0940349 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3586  deoxyribodipyrimidine photolyase  29.81 
 
 
487 aa  148  2.0000000000000003e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1112  deoxyribodipyrimidine photolyase  29.61 
 
 
487 aa  147  4.0000000000000006e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.196695  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2838  deoxyribodipyrimidine photolyase  28.06 
 
 
497 aa  147  4.0000000000000006e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.182548  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0465  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  30.99 
 
 
473 aa  147  4.0000000000000006e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3894  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  29.86 
 
 
470 aa  146  9e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3112  deoxyribodipyrimidine photolyase  30.02 
 
 
492 aa  146  1e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.671492  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1224  deoxyribodipyrimidine photolyase  30.32 
 
 
497 aa  145  2e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0377  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  31.33 
 
 
486 aa  144  3e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.215425 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05122  deoxyribodipyrimidine photolyase  27.14 
 
 
471 aa  144  3e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0575  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.47 
 
 
468 aa  144  3e-33  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1252  deoxyribodipyrimidine photolyase  28.63 
 
 
476 aa  144  4e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0460072  normal  0.903658 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2911  deoxyribodipyrimidine photolyase  33.67 
 
 
534 aa  143  7e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.152719  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1134  deoxyribodipyrimidine photolyase  31.69 
 
 
477 aa  143  7e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.172014  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1969  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.88 
 
 
486 aa  143  8e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0080  deoxyribodipyrimidine photolyase, cyclobutane pyrimidine dimer-specific  29.51 
 
 
469 aa  143  8e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000198558  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0769  deoxyribodipyrimidine photolyase  30.58 
 
 
473 aa  142  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.568717 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4270  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  31.14 
 
 
473 aa  142  1.9999999999999998e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.397965  normal  0.444789 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0513  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  31.28 
 
 
475 aa  142  1.9999999999999998e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.237418 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0733  deoxyribodipyrimidine photolyase  29.24 
 
 
472 aa  142  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0866  deoxyribodipyrimidine photolyase  30.58 
 
 
473 aa  141  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.55052 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3356  deoxyribodipyrimidine photolyase  31.61 
 
 
483 aa  141  3e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.617341  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1262  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.11 
 
 
463 aa  141  3e-32  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.103305  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0961  deoxyribodipyrimidine photolyase  28.33 
 
 
482 aa  140  4.999999999999999e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0831  deoxyribodipyrimidine photolyase  30.58 
 
 
473 aa  140  4.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.31293  hitchhiker  0.0019608 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3193  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  25.58 
 
 
476 aa  140  4.999999999999999e-32  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1145  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  29.19 
 
 
476 aa  140  6e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00668  deoxyribodipyrimidine photolyase, FAD-binding  29.03 
 
 
473 aa  140  7e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2956  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  26.21 
 
 
476 aa  140  7e-32  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.13805  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2947  deoxyribodipyrimidine photolyase  29.03 
 
 
472 aa  140  7e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.139043  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3184  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  26.2 
 
 
476 aa  139  7.999999999999999e-32  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.262936  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0625  deoxyribodipyrimidine photolyase  28.81 
 
 
472 aa  139  1e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00657  hypothetical protein  28.94 
 
 
456 aa  139  1e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1364  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.79 
 
 
473 aa  139  1e-31  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2935  deoxyribodipyrimidine photolyase  25.79 
 
 
476 aa  139  2e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3165  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  26.11 
 
 
476 aa  138  2e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0811  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.28 
 
 
475 aa  139  2e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0798  deoxyribodipyrimidine photolyase  28.89 
 
 
472 aa  139  2e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.825453  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0271  hypothetical protein  25.78 
 
 
471 aa  137  4e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001252  deoxyribodipyrimidine photolyase  25.94 
 
 
471 aa  137  4e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.553687  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3187  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  26 
 
 
476 aa  137  4e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1491  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  28.63 
 
 
499 aa  137  4e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.675954 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0636  deoxyribodipyrimidine photolyase  32.54 
 
 
497 aa  137  5e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0817  deoxyribodipyrimidine photolyase  30.37 
 
 
473 aa  137  5e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2928  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.57 
 
 
472 aa  137  6.0000000000000005e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2341  DNA photolyase domain-containing protein  57.14 
 
 
214 aa  137  6.0000000000000005e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.153796  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0755  deoxyribodipyrimidine photolyase  28.57 
 
 
472 aa  137  6.0000000000000005e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.391934  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0756  deoxyribodipyrimidine photolyase  29.75 
 
 
473 aa  137  6.0000000000000005e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.645703  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3180  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  26 
 
 
469 aa  136  7.000000000000001e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.478094  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3038  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.99 
 
 
477 aa  136  9.999999999999999e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1479  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.88 
 
 
478 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5899  deoxyribodipyrimidine photolyase  30.06 
 
 
519 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0769953  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>