279 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1248 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



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Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_1248  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  100 
 
 
493 aa  993    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00593835 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1306  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  46.62 
 
 
507 aa  441  9.999999999999999e-123  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0708  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  48.86 
 
 
493 aa  439  9.999999999999999e-123  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1651  deoxyribodipyrimidine photolyase  46.98 
 
 
496 aa  431  1e-119  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3105  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.8 
 
 
505 aa  385  1e-106  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3951  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  46.79 
 
 
526 aa  377  1e-103  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1225  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  45.54 
 
 
514 aa  372  1e-102  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.474608  normal  0.333965 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1873  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  47.29 
 
 
517 aa  365  1e-99  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0543845 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_03931  putative deoxyribodipyrimidine photolyase  35.19 
 
 
498 aa  341  2e-92  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_03921  putative deoxyribodipyrimidine photolyase  34.77 
 
 
498 aa  337  2.9999999999999997e-91  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.322027  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_03991  putative deoxyribodipyrimidine photolyase  34 
 
 
503 aa  331  2e-89  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_1947  cyclobutane pyrimidine dimer 1  38.15 
 
 
515 aa  319  6e-86  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.000588882  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1549  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.95 
 
 
517 aa  318  1e-85  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.701631  normal  0.426947 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06659  deoxyribodipyrimidine photolyase  36.31 
 
 
493 aa  314  1.9999999999999998e-84  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0779  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.64 
 
 
504 aa  314  1.9999999999999998e-84  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001126  deoxyribodipyrimidine photolyase/cryptochrome family protein  35.06 
 
 
493 aa  310  2.9999999999999997e-83  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00185581  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0600  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.82 
 
 
561 aa  308  1.0000000000000001e-82  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1004  cryptochrome Cry2  36.24 
 
 
504 aa  301  2e-80  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0151  deoxyribodipyrimidine photolyase  34.77 
 
 
495 aa  294  2e-78  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.617218  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02013  deoxyribodipyrimidine photolyase, putative  34.53 
 
 
478 aa  261  2e-68  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000664179  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2343  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  50 
 
 
389 aa  255  2.0000000000000002e-66  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3369  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  31.59 
 
 
526 aa  182  1e-44  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.149993  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0074  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.4 
 
 
475 aa  176  8e-43  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4249  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.29 
 
 
442 aa  167  2.9999999999999998e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.846588  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0029  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.59 
 
 
438 aa  157  3e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.919202  normal  0.63493 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0575  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.45 
 
 
468 aa  156  1e-36  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1441  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.1 
 
 
481 aa  156  1e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4292  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  27.2 
 
 
479 aa  155  2e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41430  Deoxyribodipyrimidine photolyase  31.2 
 
 
468 aa  155  2e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1467  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.1 
 
 
481 aa  154  4e-36  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1801  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  29.2 
 
 
488 aa  154  5e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1921  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.14 
 
 
488 aa  151  2e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0870  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  31.35 
 
 
479 aa  151  3e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.040956 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1113  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  25.1 
 
 
474 aa  149  9e-35  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.289495  normal  0.288843 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3694  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.15 
 
 
484 aa  149  1.0000000000000001e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2244  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  31.06 
 
 
433 aa  148  2.0000000000000003e-34  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.590626 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6960  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.14 
 
 
434 aa  147  3e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.386716  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3080  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.48 
 
 
455 aa  146  7.0000000000000006e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.153672  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1071  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  29.27 
 
 
477 aa  145  1e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1121  deoxyribodipyrimidine photolyase  28.17 
 
 
482 aa  146  1e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3894  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  28.87 
 
 
470 aa  146  1e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1958  deoxyribodipyrimidine photolyase (photoreactivating enzyme)  25.98 
 
 
433 aa  145  1e-33  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0021636 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0061  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.42 
 
 
431 aa  145  1e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0776  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.36 
 
 
479 aa  144  3e-33  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0436296  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2038  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  30.97 
 
 
445 aa  144  3e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2084  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  30.97 
 
 
445 aa  144  3e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.963187  normal  0.606959 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2021  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  30.97 
 
 
445 aa  144  3e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.128536 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3349  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.23 
 
 
477 aa  144  3e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.355989  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0961  deoxyribodipyrimidine photolyase  27.84 
 
 
482 aa  144  4e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6799  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.2 
 
 
499 aa  144  5e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000114492  decreased coverage  0.000000135491 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0849  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.86 
 
 
454 aa  144  5e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.201808  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5309  deoxyribodipyrimidine photolyase  31.03 
 
 
477 aa  143  6e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0691  DNA photolyase domain-containing protein  32.69 
 
 
454 aa  143  7e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04795  photolyase  30.97 
 
 
472 aa  143  8e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.722935  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1969  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.93 
 
 
486 aa  142  9.999999999999999e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0591  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  27.63 
 
 
481 aa  142  1.9999999999999998e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.2693 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61640  deoxyribodipyrimidine photolyase  30.02 
 
 
481 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0940349 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4411  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.28 
 
 
487 aa  142  1.9999999999999998e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00088119  normal  0.0752784 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2879  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.87 
 
 
470 aa  140  4.999999999999999e-32  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1981  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  32.33 
 
 
454 aa  140  6e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11303  deoxyribodipyrimidine photolyase-class I  23.89 
 
 
434 aa  139  1e-31  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0767  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.59 
 
 
475 aa  139  1e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0276  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.49 
 
 
431 aa  139  2e-31  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2745  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  29.8 
 
 
513 aa  137  4e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0241  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.48 
 
 
475 aa  137  5e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.581458 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1252  deoxyribodipyrimidine photolyase  29.54 
 
 
476 aa  136  8e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0460072  normal  0.903658 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0465  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  29.71 
 
 
473 aa  136  8e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0241  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.1 
 
 
492 aa  136  9.999999999999999e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.76233  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4736  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  26.61 
 
 
488 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.303761 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0994  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  24.79 
 
 
462 aa  135  9.999999999999999e-31  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0739  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.65 
 
 
480 aa  134  3e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2364  deoxyribodipyrimidine photolyase  30.22 
 
 
487 aa  134  3e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.513248 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4450  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.42 
 
 
480 aa  134  3e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0625  deoxyribodipyrimidine photolyase  29.18 
 
 
472 aa  133  6e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1272  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.91 
 
 
434 aa  133  7.999999999999999e-30  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2844  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  28.02 
 
 
499 aa  133  7.999999999999999e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0758456  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1577  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.8 
 
 
493 aa  132  1.0000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.547552  normal  0.6563 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0112  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  29.12 
 
 
484 aa  132  1.0000000000000001e-29  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  decreased coverage  0.00531501  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0213  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  28.66 
 
 
477 aa  132  2.0000000000000002e-29  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.615271  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2541  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.16 
 
 
466 aa  131  3e-29  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.272644 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0263  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.61 
 
 
490 aa  131  3e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0906  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  29.15 
 
 
493 aa  131  3e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.207875  normal  0.966672 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00668  deoxyribodipyrimidine photolyase, FAD-binding  29.1 
 
 
473 aa  130  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1134  deoxyribodipyrimidine photolyase  29.73 
 
 
477 aa  130  4.0000000000000003e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.172014  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2947  deoxyribodipyrimidine photolyase  29.1 
 
 
472 aa  131  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.139043  normal 
 
 
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CP001637  EcDH1_2928  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.34 
 
 
472 aa  130  5.0000000000000004e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0755  deoxyribodipyrimidine photolyase  29.34 
 
 
472 aa  130  5.0000000000000004e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.391934  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00657  hypothetical protein  29.01 
 
 
456 aa  130  7.000000000000001e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0703  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  28.67 
 
 
525 aa  129  8.000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3098  deoxyribodipyrimidine photolyase  30.85 
 
 
487 aa  129  9.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.383524  normal  0.0341678 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4658  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  31.63 
 
 
476 aa  129  9.000000000000001e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0553081  normal  0.710404 
 
 
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NC_009801  EcE24377A_0733  deoxyribodipyrimidine photolyase  28.89 
 
 
472 aa  129  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_009092  Shew_1479  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.32 
 
 
478 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_013093  Amir_0529  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.53 
 
 
421 aa  129  1.0000000000000001e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0312273  n/a   
 
 
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NC_011353  ECH74115_0798  deoxyribodipyrimidine photolyase  28.48 
 
 
472 aa  129  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.825453  normal 
 
 
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NC_010623  Bphy_4409  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.79 
 
 
504 aa  129  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.421142  normal  0.735576 
 
 
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NC_007954  Sden_2838  deoxyribodipyrimidine photolyase  27.06 
 
 
497 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.182548  n/a   
 
 
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NC_009338  Mflv_4086  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.82 
 
 
449 aa  128  2.0000000000000002e-28  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.703366  normal  0.759953 
 
 
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NC_009719  Plav_0513  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  31.08 
 
 
475 aa  127  5e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.237418 
 
 
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NC_010465  YPK_1163  deoxyribodipyrimidine photolyase  28.27 
 
 
487 aa  127  6e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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