291 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tfu_0534 on replicon NC_007333
Organism: Thermobifida fusca YX



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007333  Tfu_0534  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  100 
 
 
419 aa  830    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0776453  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1613  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  51.84 
 
 
425 aa  394  1e-108  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4333  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  52.78 
 
 
435 aa  378  1e-103  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.652268 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4270  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  46.32 
 
 
473 aa  305  1.0000000000000001e-81  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.397965  normal  0.444789 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5903  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  44.61 
 
 
436 aa  296  4e-79  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.696635 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0820  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.69 
 
 
469 aa  233  6e-60  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.627339 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0849  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.12 
 
 
454 aa  229  5e-59  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.201808  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0575  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.25 
 
 
468 aa  228  2e-58  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0529  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.74 
 
 
421 aa  224  3e-57  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0312273  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4658  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.23 
 
 
476 aa  224  3e-57  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0553081  normal  0.710404 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0870  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.45 
 
 
479 aa  221  1.9999999999999999e-56  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.040956 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1122  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.85 
 
 
457 aa  219  1e-55  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000025981 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4692  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.06 
 
 
476 aa  218  2e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4086  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.78 
 
 
449 aa  217  4e-55  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.703366  normal  0.759953 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2541  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.68 
 
 
466 aa  216  5.9999999999999996e-55  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.272644 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3554  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.87 
 
 
450 aa  216  5.9999999999999996e-55  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00327054  normal  0.728656 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4411  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.83 
 
 
487 aa  216  8e-55  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00088119  normal  0.0752784 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2257  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.56 
 
 
442 aa  212  9e-54  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1467  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  31.15 
 
 
481 aa  209  5e-53  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0074  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  31.59 
 
 
475 aa  209  7e-53  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4704  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.83 
 
 
459 aa  208  1e-52  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.940834 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1491  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  34.62 
 
 
499 aa  208  1e-52  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.675954 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0271  hypothetical protein  30.32 
 
 
471 aa  207  2e-52  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0513  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.25 
 
 
475 aa  207  3e-52  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.237418 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2879  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.68 
 
 
470 aa  206  5e-52  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10630  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  36.69 
 
 
450 aa  206  6e-52  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0877345 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1441  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.72 
 
 
481 aa  206  6e-52  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3963  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.71 
 
 
511 aa  205  1e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000556996 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0266  hypothetical protein  30.34 
 
 
471 aa  205  2e-51  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0591  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  31.85 
 
 
481 aa  203  4e-51  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.2693 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2038  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  35.24 
 
 
445 aa  202  6e-51  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2021  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  35.24 
 
 
445 aa  202  6e-51  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.128536 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2084  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  35.24 
 
 
445 aa  202  6e-51  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.963187  normal  0.606959 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1562  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.85 
 
 
471 aa  200  3e-50  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.51951  normal  0.490223 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1113  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  27.79 
 
 
474 aa  200  3.9999999999999996e-50  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.289495  normal  0.288843 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04795  photolyase  34.5 
 
 
472 aa  199  6e-50  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.722935  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1272  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.35 
 
 
434 aa  199  7.999999999999999e-50  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2305  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  29.48 
 
 
467 aa  199  7.999999999999999e-50  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00000000471562  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0994  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29 
 
 
462 aa  199  1.0000000000000001e-49  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3030  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.62 
 
 
451 aa  197  3e-49  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.334621  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3694  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35 
 
 
484 aa  196  5.000000000000001e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0778  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  36.64 
 
 
453 aa  196  6e-49  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0213  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  33.79 
 
 
477 aa  195  1e-48  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.615271  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0343  cryptochrome, DASH family  30.86 
 
 
488 aa  195  1e-48  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0239  deoxyribodipyrimidine photolyase  33.19 
 
 
477 aa  195  2e-48  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.52668  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3446  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.89 
 
 
491 aa  194  2e-48  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.998107  normal  0.118354 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0729  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  30.96 
 
 
483 aa  194  2e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1444  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  31.19 
 
 
483 aa  194  3e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.750444 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1394  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.88 
 
 
483 aa  193  5e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0704  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  33.33 
 
 
497 aa  193  5e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6960  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.93 
 
 
434 aa  192  7e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.386716  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4409  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  31.93 
 
 
504 aa  192  1e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.421142  normal  0.735576 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0061  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.72 
 
 
431 aa  192  1e-47  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1268a  deoxyribodipyrimidine photolyase  28.94 
 
 
452 aa  191  2e-47  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.432586  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0263  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.78 
 
 
490 aa  191  2e-47  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4538  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  28.6 
 
 
498 aa  191  2.9999999999999997e-47  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0705059 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0241  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.59 
 
 
475 aa  189  5e-47  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.581458 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1801  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  31.85 
 
 
488 aa  189  7e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3184  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  28.31 
 
 
476 aa  189  1e-46  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.262936  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4249  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.86 
 
 
442 aa  187  2e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.846588  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3193  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  27.4 
 
 
476 aa  187  3e-46  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3187  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  28.54 
 
 
476 aa  187  4e-46  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0339  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  31.46 
 
 
484 aa  186  5e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3165  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  28.08 
 
 
476 aa  186  7e-46  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1958  deoxyribodipyrimidine photolyase (photoreactivating enzyme)  28.61 
 
 
433 aa  186  7e-46  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0021636 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2956  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  28.31 
 
 
476 aa  186  9e-46  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.13805  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2364  deoxyribodipyrimidine photolyase  32.3 
 
 
487 aa  186  9e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.513248 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2919  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.99 
 
 
478 aa  185  1.0000000000000001e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.219923 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1623  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.61 
 
 
482 aa  185  1.0000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.528738 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2935  deoxyribodipyrimidine photolyase  28.31 
 
 
476 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3894  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  32.94 
 
 
470 aa  184  3e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2075  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  28.31 
 
 
476 aa  184  3e-45  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1437  DNA photolyase FAD-binding  31.13 
 
 
514 aa  184  3e-45  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6799  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.45 
 
 
499 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000114492  decreased coverage  0.000000135491 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0080  deoxyribodipyrimidine photolyase, cyclobutane pyrimidine dimer-specific  31.17 
 
 
469 aa  183  4.0000000000000006e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000198558  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1921  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.86 
 
 
488 aa  183  4.0000000000000006e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0241  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.35 
 
 
492 aa  183  6e-45  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.76233  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1577  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  31.77 
 
 
493 aa  182  8.000000000000001e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.547552  normal  0.6563 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4292  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  28.25 
 
 
479 aa  182  1e-44  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3180  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  28.41 
 
 
469 aa  182  1e-44  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.478094  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4618  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.03 
 
 
515 aa  182  1e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2903  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  31.74 
 
 
478 aa  181  2e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.599485  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0798  deoxyribodipyrimidine photolyase  32.05 
 
 
472 aa  181  2e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.825453  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2665  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.12 
 
 
501 aa  181  2e-44  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0700  cryptochrome, DASH family  28.06 
 
 
488 aa  181  2.9999999999999997e-44  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0625  deoxyribodipyrimidine photolyase  32.28 
 
 
472 aa  180  4e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0439  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  29.31 
 
 
435 aa  180  4e-44  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2844  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  30.67 
 
 
499 aa  180  4e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0758456  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00657  hypothetical protein  32.51 
 
 
456 aa  180  4e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0733  deoxyribodipyrimidine photolyase  32.51 
 
 
472 aa  180  4e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00668  deoxyribodipyrimidine photolyase, FAD-binding  32.51 
 
 
473 aa  180  4.999999999999999e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2947  deoxyribodipyrimidine photolyase  32.51 
 
 
472 aa  180  4.999999999999999e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.139043  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5899  deoxyribodipyrimidine photolyase  32.53 
 
 
519 aa  180  4.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0769953  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2178  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.53 
 
 
519 aa  180  4.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.240707  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0276  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.37 
 
 
431 aa  179  7e-44  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5488  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  32.97 
 
 
518 aa  179  7e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0723  deoxyribodipyrimidine photolyase  31.67 
 
 
472 aa  178  1e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.121356  normal  0.867142 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0814  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  31.91 
 
 
490 aa  178  1e-43  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0729  cryptochrome, DASH family  28.04 
 
 
488 aa  179  1e-43  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.264496  normal  0.107921 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3349  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.61 
 
 
477 aa  178  1e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.355989  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>