297 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ping_1548 on replicon NC_008709
Organism: Psychromonas ingrahamii 37



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008709  Ping_1548  DNA photolyase FAD-binding subunit  100 
 
 
448 aa  937    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.444099  normal  0.384798 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0320  DNA photolyase FAD-binding subunit  45.21 
 
 
440 aa  406  1.0000000000000001e-112  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0152  deoxyribodipyrimidine photolyase  45.66 
 
 
445 aa  394  1e-108  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06693  deoxyribodipyrimidine photolyase  44.49 
 
 
460 aa  382  1e-105  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000796  deoxyribodipyrimidine photolyase single-strand-specific  42.95 
 
 
444 aa  374  1e-102  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1410  RNA-binding cryptochrome Cry1  42.67 
 
 
461 aa  375  1e-102  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0336  cryptochrome DASH  41.52 
 
 
441 aa  356  5e-97  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1411  cryptochrome, DASH family  36.9 
 
 
447 aa  283  4.0000000000000003e-75  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1053  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  34.94 
 
 
434 aa  265  8.999999999999999e-70  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.632798 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6186  cryptochrome, DASH family  35.41 
 
 
487 aa  256  9e-67  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0700  cryptochrome, DASH family  36.28 
 
 
488 aa  251  1e-65  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0729  cryptochrome, DASH family  36.36 
 
 
488 aa  252  1e-65  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.264496  normal  0.107921 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0343  cryptochrome, DASH family  36.51 
 
 
488 aa  248  1e-64  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4538  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  35.5 
 
 
498 aa  241  2e-62  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0705059 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2595  cryptochrome, DASH family  35.33 
 
 
478 aa  233  8.000000000000001e-60  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0775599  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3953  cryptochrome, DASH family  32.72 
 
 
515 aa  228  2e-58  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07806  probable bacterial cryptochrome  34.92 
 
 
421 aa  221  3e-56  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2235  cryptochrome, DASH family  33.64 
 
 
483 aa  220  3.9999999999999997e-56  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.14399  normal  0.570848 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_29275  predicted protein  32.4 
 
 
551 aa  216  7e-55  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3718  cryptochrome, DASH family  31.4 
 
 
430 aa  199  6e-50  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_34592  cry-dash from the cryptochrome/photolyase family  30.98 
 
 
610 aa  193  4e-48  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4337  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.33 
 
 
396 aa  162  1e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.660905 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1491  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  29.84 
 
 
499 aa  155  1e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.675954 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1113  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  29.02 
 
 
474 aa  154  2.9999999999999998e-36  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.289495  normal  0.288843 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1268a  deoxyribodipyrimidine photolyase  30.56 
 
 
452 aa  154  4e-36  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.432586  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4411  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.93 
 
 
487 aa  154  4e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00088119  normal  0.0752784 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1441  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.05 
 
 
481 aa  153  5e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2838  deoxyribodipyrimidine photolyase  29.67 
 
 
497 aa  152  8e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.182548  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5903  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.46 
 
 
436 aa  151  2e-35  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.696635 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0994  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.16 
 
 
462 aa  151  3e-35  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1467  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.6 
 
 
481 aa  150  4e-35  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0112  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  28.8 
 
 
484 aa  148  2.0000000000000003e-34  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  decreased coverage  0.00531501  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1252  deoxyribodipyrimidine photolyase  30.63 
 
 
476 aa  147  5e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0460072  normal  0.903658 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4270  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.44 
 
 
473 aa  147  5e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.397965  normal  0.444789 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6960  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.02 
 
 
434 aa  146  8.000000000000001e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.386716  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0061  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.28 
 
 
431 aa  144  3e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4409  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.86 
 
 
504 aa  144  3e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.421142  normal  0.735576 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4292  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  27.03 
 
 
479 aa  144  3e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1165  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  28.64 
 
 
493 aa  144  3e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1236  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  28.41 
 
 
493 aa  144  3e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2745  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  27.55 
 
 
513 aa  144  4e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1166  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  29.2 
 
 
493 aa  144  4e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2924  deoxyribodipyrimidine photolyase  28.32 
 
 
476 aa  141  1.9999999999999998e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3068  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.14 
 
 
500 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3349  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.07 
 
 
477 aa  141  1.9999999999999998e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.355989  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0074  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.51 
 
 
475 aa  141  3e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3054  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.57 
 
 
505 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.746759  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1309  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.21 
 
 
499 aa  140  4.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2714  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.47 
 
 
493 aa  140  6e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3038  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.31 
 
 
477 aa  140  6e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1134  deoxyribodipyrimidine photolyase  28.48 
 
 
477 aa  139  7.999999999999999e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.172014  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2844  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  30.22 
 
 
499 aa  139  1e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0758456  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0591  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  29.08 
 
 
481 aa  138  2e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.2693 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0029  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.87 
 
 
438 aa  138  3.0000000000000003e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.919202  normal  0.63493 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0870  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.33 
 
 
479 aa  137  3.0000000000000003e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.040956 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1394  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.73 
 
 
483 aa  137  5e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2357  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.48 
 
 
463 aa  136  6.0000000000000005e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0769  deoxyribodipyrimidine photolyase  26.99 
 
 
473 aa  136  8e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.568717 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11303  deoxyribodipyrimidine photolyase-class I  26.22 
 
 
434 aa  136  8e-31  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3211  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.74 
 
 
499 aa  136  9e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.941968 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3384  deoxyribodipyrimidine photolyase  28.04 
 
 
512 aa  136  9e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0339  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.88 
 
 
484 aa  135  9.999999999999999e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3112  deoxyribodipyrimidine photolyase  27.23 
 
 
492 aa  135  9.999999999999999e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.671492  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3963  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.47 
 
 
511 aa  135  9.999999999999999e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000556996 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0798  deoxyribodipyrimidine photolyase  26.74 
 
 
472 aa  136  9.999999999999999e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.825453  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0831  deoxyribodipyrimidine photolyase  26.55 
 
 
473 aa  135  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.31293  hitchhiker  0.0019608 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0866  deoxyribodipyrimidine photolyase  27.31 
 
 
473 aa  135  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.55052 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6799  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.05 
 
 
499 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000114492  decreased coverage  0.000000135491 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0776  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.84 
 
 
479 aa  135  1.9999999999999998e-30  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0436296  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1212  deoxyribodipyrimidine photolyase  27.62 
 
 
470 aa  135  1.9999999999999998e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.821476  normal  0.0350184 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0849  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.85 
 
 
454 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.201808  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0817  deoxyribodipyrimidine photolyase  26.16 
 
 
473 aa  134  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3165  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  30.36 
 
 
476 aa  134  3e-30  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0723  deoxyribodipyrimidine photolyase  27.11 
 
 
472 aa  134  5e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.121356  normal  0.867142 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1801  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  28.26 
 
 
488 aa  133  5e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1224  deoxyribodipyrimidine photolyase  28.18 
 
 
497 aa  134  5e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0703  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  27.51 
 
 
525 aa  133  6e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2928  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.39 
 
 
472 aa  132  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0755  deoxyribodipyrimidine photolyase  26.39 
 
 
472 aa  132  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.391934  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_03651  putative DNA photolyase  27.9 
 
 
504 aa  132  1.0000000000000001e-29  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.305782  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1112  deoxyribodipyrimidine photolyase  27.07 
 
 
487 aa  132  1.0000000000000001e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.196695  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3586  deoxyribodipyrimidine photolyase  26.85 
 
 
487 aa  132  1.0000000000000001e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0756  deoxyribodipyrimidine photolyase  26.33 
 
 
473 aa  132  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.645703  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3187  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  29.24 
 
 
476 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3356  deoxyribodipyrimidine photolyase  29.66 
 
 
483 aa  132  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.617341  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2956  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  29.24 
 
 
476 aa  131  3e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.13805  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2935  deoxyribodipyrimidine photolyase  29.24 
 
 
476 aa  131  3e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3180  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  29.24 
 
 
469 aa  131  3e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.478094  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0287  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  29.17 
 
 
478 aa  130  3e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2903  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  28.8 
 
 
478 aa  131  3e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.599485  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0241  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.97 
 
 
492 aa  130  4.0000000000000003e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.76233  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0241  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.29 
 
 
475 aa  130  4.0000000000000003e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.581458 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1921  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.97 
 
 
488 aa  130  6e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2075  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  30.13 
 
 
476 aa  129  8.000000000000001e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0625  deoxyribodipyrimidine photolyase  25.56 
 
 
472 aa  129  8.000000000000001e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00657  hypothetical protein  25.39 
 
 
456 aa  129  9.000000000000001e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00668  deoxyribodipyrimidine photolyase, FAD-binding  25.39 
 
 
473 aa  129  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0704  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  26.62 
 
 
497 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0998  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.31 
 
 
453 aa  129  1.0000000000000001e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2947  deoxyribodipyrimidine photolyase  25.39 
 
 
472 aa  129  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.139043  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>