284 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_3718 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013061  Phep_3718  cryptochrome, DASH family  100 
 
 
430 aa  890    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1053  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  41.67 
 
 
434 aa  320  1.9999999999999998e-86  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.632798 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0729  cryptochrome, DASH family  38.53 
 
 
488 aa  306  5.0000000000000004e-82  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.264496  normal  0.107921 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6186  cryptochrome, DASH family  39.51 
 
 
487 aa  303  3.0000000000000004e-81  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0700  cryptochrome, DASH family  38.06 
 
 
488 aa  301  1e-80  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4538  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  38.3 
 
 
498 aa  301  1e-80  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0705059 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0343  cryptochrome, DASH family  38.84 
 
 
488 aa  289  6e-77  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4337  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.48 
 
 
396 aa  262  6.999999999999999e-69  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.660905 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2235  cryptochrome, DASH family  35.05 
 
 
483 aa  250  3e-65  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.14399  normal  0.570848 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2595  cryptochrome, DASH family  33.33 
 
 
478 aa  220  3.9999999999999997e-56  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0775599  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06693  deoxyribodipyrimidine photolyase  33.41 
 
 
460 aa  219  7.999999999999999e-56  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_29275  predicted protein  32.6 
 
 
551 aa  210  3e-53  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0320  DNA photolyase FAD-binding subunit  30.33 
 
 
440 aa  208  1e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1411  cryptochrome, DASH family  30.72 
 
 
447 aa  207  4e-52  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1410  RNA-binding cryptochrome Cry1  31.38 
 
 
461 aa  206  7e-52  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0152  deoxyribodipyrimidine photolyase  32.54 
 
 
445 aa  203  5e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000796  deoxyribodipyrimidine photolyase single-strand-specific  31.59 
 
 
444 aa  202  9e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07806  probable bacterial cryptochrome  33.17 
 
 
421 aa  201  1.9999999999999998e-50  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1548  DNA photolyase FAD-binding subunit  31.4 
 
 
448 aa  199  5e-50  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.444099  normal  0.384798 
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_34592  cry-dash from the cryptochrome/photolyase family  29.67 
 
 
610 aa  191  2.9999999999999997e-47  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0336  cryptochrome DASH  28.4 
 
 
441 aa  183  4.0000000000000006e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11303  deoxyribodipyrimidine photolyase-class I  29.09 
 
 
434 aa  148  2.0000000000000003e-34  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0439  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  29.6 
 
 
435 aa  141  3e-32  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5903  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.53 
 
 
436 aa  135  9.999999999999999e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.696635 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4249  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.09 
 
 
442 aa  135  9.999999999999999e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.846588  normal 
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_27429  cryptochrome photolyase family 1  27.42 
 
 
550 aa  134  1.9999999999999998e-30  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0475276  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0271  hypothetical protein  26.27 
 
 
471 aa  133  6.999999999999999e-30  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0266  hypothetical protein  26.27 
 
 
471 aa  132  1.0000000000000001e-29  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3446  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.08 
 
 
491 aa  130  4.0000000000000003e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.998107  normal  0.118354 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0061  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.44 
 
 
431 aa  130  5.0000000000000004e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1215  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.51 
 
 
477 aa  129  9.000000000000001e-29  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.300983  hitchhiker  0.000693547 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2143  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  28.64 
 
 
471 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1958  deoxyribodipyrimidine photolyase (photoreactivating enzyme)  27.52 
 
 
433 aa  128  2.0000000000000002e-28  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0021636 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0994  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.67 
 
 
462 aa  128  2.0000000000000002e-28  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0813  hypothetical protein  26.44 
 
 
486 aa  126  6e-28  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.182333 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0241  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.42 
 
 
492 aa  126  8.000000000000001e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.76233  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1604  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.78 
 
 
486 aa  126  9e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2903  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  26.44 
 
 
478 aa  126  9e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.599485  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0263  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.38 
 
 
490 aa  125  1e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3098  deoxyribodipyrimidine photolyase  26.1 
 
 
487 aa  125  1e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.383524  normal  0.0341678 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1491  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  27.38 
 
 
499 aa  125  1e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.675954 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5849  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.54 
 
 
505 aa  125  2e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1623  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.74 
 
 
482 aa  125  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.528738 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3953  cryptochrome, DASH family  35.55 
 
 
515 aa  124  3e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4411  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.85 
 
 
487 aa  124  4e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00088119  normal  0.0752784 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1113  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  24.94 
 
 
474 aa  124  4e-27  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.289495  normal  0.288843 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6960  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.43 
 
 
434 aa  124  4e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.386716  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2305  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  27.12 
 
 
467 aa  123  5e-27  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00000000471562  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0029  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.09 
 
 
438 aa  123  7e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.919202  normal  0.63493 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0817  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.13 
 
 
471 aa  122  8e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1880  DNA photolyase  26.29 
 
 
483 aa  122  9.999999999999999e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1441  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.23 
 
 
481 aa  122  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0112  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  25.12 
 
 
484 aa  122  9.999999999999999e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  decreased coverage  0.00531501  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1444  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.79 
 
 
483 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.750444 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0074  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.51 
 
 
475 aa  120  3.9999999999999996e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0729  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  27.53 
 
 
483 aa  120  4.9999999999999996e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4658  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.83 
 
 
476 aa  120  4.9999999999999996e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0553081  normal  0.710404 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1613  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.67 
 
 
425 aa  119  7.999999999999999e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1467  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.23 
 
 
481 aa  119  7.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5899  deoxyribodipyrimidine photolyase  27.64 
 
 
519 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0769953  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2178  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.64 
 
 
519 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.240707  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0339  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.42 
 
 
484 aa  119  9.999999999999999e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0276  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.19 
 
 
431 aa  117  3e-25  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0849  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.93 
 
 
454 aa  117  3e-25  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.201808  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02016  DNA photolyase  27.95 
 
 
474 aa  117  3e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0782959  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0241  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.82 
 
 
475 aa  117  5e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.581458 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2665  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.12 
 
 
501 aa  116  6e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0591  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  27.23 
 
 
481 aa  117  6e-25  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.2693 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4333  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.66 
 
 
435 aa  117  6e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.652268 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1364  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.85 
 
 
473 aa  116  8.999999999999998e-25  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1268a  deoxyribodipyrimidine photolyase  26.78 
 
 
452 aa  114  3e-24  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.432586  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2196  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.72 
 
 
519 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0534  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  24.71 
 
 
419 aa  114  4.0000000000000004e-24  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0776453  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2541  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.78 
 
 
466 aa  114  5e-24  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.272644 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4409  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.34 
 
 
504 aa  114  5e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.421142  normal  0.735576 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0377  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.41 
 
 
486 aa  113  6e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.215425 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1441  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  25.19 
 
 
474 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.511514  normal  0.115222 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0575  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.12 
 
 
468 aa  112  1.0000000000000001e-23  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2087  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.06 
 
 
434 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0527605  normal  0.0533895 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2256  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  26.44 
 
 
479 aa  111  2.0000000000000002e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.786952  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3589  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.78 
 
 
483 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2844  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  24.59 
 
 
499 aa  111  3e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0758456  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0288  DNA photolyase FAD-binding  25.3 
 
 
465 aa  110  4.0000000000000004e-23  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.155544  normal  0.119697 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3349  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  24.52 
 
 
477 aa  109  7.000000000000001e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.355989  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2075  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  26.79 
 
 
476 aa  109  8.000000000000001e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1969  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.94 
 
 
486 aa  109  9.000000000000001e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0810  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  25.96 
 
 
470 aa  109  9.000000000000001e-23  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2879  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.34 
 
 
470 aa  109  1e-22  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2364  deoxyribodipyrimidine photolyase  26.43 
 
 
487 aa  108  1e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.513248 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4450  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.12 
 
 
480 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2095  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.27 
 
 
500 aa  108  2e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5488  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  26.83 
 
 
518 aa  108  2e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1437  DNA photolyase FAD-binding  25.28 
 
 
514 aa  108  2e-22  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0780  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.59 
 
 
475 aa  108  2e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.431367  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1577  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.88 
 
 
493 aa  107  3e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.547552  normal  0.6563 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2217  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.78 
 
 
525 aa  107  3e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.511177  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1386  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.9 
 
 
435 aa  107  4e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0285292 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0213  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  26.24 
 
 
477 aa  107  6e-22  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.615271  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2745  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  25.24 
 
 
513 aa  107  6e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6799  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.18 
 
 
499 aa  106  7e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000114492  decreased coverage  0.000000135491 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>