298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_1053 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008255  CHU_1053  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  100 
 
 
434 aa  907    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.632798 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0729  cryptochrome, DASH family  52.46 
 
 
488 aa  455  1e-127  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.264496  normal  0.107921 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0700  cryptochrome, DASH family  52.46 
 
 
488 aa  450  1e-125  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0343  cryptochrome, DASH family  50.47 
 
 
488 aa  442  1e-123  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4538  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  50.35 
 
 
498 aa  433  1e-120  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0705059 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6186  cryptochrome, DASH family  48.2 
 
 
487 aa  417  9.999999999999999e-116  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2235  cryptochrome, DASH family  41.84 
 
 
483 aa  356  3.9999999999999996e-97  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.14399  normal  0.570848 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07806  probable bacterial cryptochrome  44.31 
 
 
421 aa  350  3e-95  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2595  cryptochrome, DASH family  41.8 
 
 
478 aa  341  1e-92  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0775599  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_29275  predicted protein  43.29 
 
 
551 aa  340  2e-92  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1411  cryptochrome, DASH family  41.12 
 
 
447 aa  333  3e-90  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06693  deoxyribodipyrimidine photolyase  43.62 
 
 
460 aa  333  5e-90  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0152  deoxyribodipyrimidine photolyase  41.61 
 
 
445 aa  323  4e-87  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1410  RNA-binding cryptochrome Cry1  41.84 
 
 
461 aa  320  1.9999999999999998e-86  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3718  cryptochrome, DASH family  41.67 
 
 
430 aa  320  1.9999999999999998e-86  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000796  deoxyribodipyrimidine photolyase single-strand-specific  40.98 
 
 
444 aa  308  1.0000000000000001e-82  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0320  DNA photolyase FAD-binding subunit  38.75 
 
 
440 aa  305  8.000000000000001e-82  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0336  cryptochrome DASH  39.58 
 
 
441 aa  296  5e-79  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3953  cryptochrome, DASH family  36.55 
 
 
515 aa  272  7e-72  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1548  DNA photolyase FAD-binding subunit  34.94 
 
 
448 aa  265  8.999999999999999e-70  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.444099  normal  0.384798 
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_34592  cry-dash from the cryptochrome/photolyase family  36.54 
 
 
610 aa  263  4.999999999999999e-69  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4337  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.16 
 
 
396 aa  249  9e-65  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.660905 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5903  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.68 
 
 
436 aa  198  2.0000000000000003e-49  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.696635 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4411  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.11 
 
 
487 aa  183  4.0000000000000006e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00088119  normal  0.0752784 
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_27429  cryptochrome photolyase family 1  29.44 
 
 
550 aa  178  2e-43  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0475276  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0870  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.44 
 
 
479 aa  176  7e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.040956 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1613  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.47 
 
 
425 aa  176  8e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3446  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.77 
 
 
491 aa  174  3.9999999999999995e-42  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.998107  normal  0.118354 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4270  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.81 
 
 
473 aa  168  2e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.397965  normal  0.444789 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4658  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.23 
 
 
476 aa  167  4e-40  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0553081  normal  0.710404 
 
 
-
 
NC_011692  PHATRDRAFT_55091  predicted protein  25.38 
 
 
524 aa  164  3e-39  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1212  deoxyribodipyrimidine photolyase  29.71 
 
 
470 aa  164  4.0000000000000004e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.821476  normal  0.0350184 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0029  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.21 
 
 
438 aa  162  7e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.919202  normal  0.63493 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1467  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.78 
 
 
481 aa  161  2e-38  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0439  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  28.74 
 
 
435 aa  159  7e-38  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1577  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.89 
 
 
493 aa  159  8e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.547552  normal  0.6563 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1441  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.33 
 
 
481 aa  158  1e-37  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0263  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28 
 
 
490 aa  158  2e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4409  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.69 
 
 
504 aa  157  2e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.421142  normal  0.735576 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3589  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.52 
 
 
483 aa  157  4e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0575  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.12 
 
 
468 aa  157  4e-37  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6799  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.8 
 
 
499 aa  157  5.0000000000000005e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000114492  decreased coverage  0.000000135491 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0704  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  27.31 
 
 
497 aa  156  8e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04795  photolyase  28.54 
 
 
472 aa  155  1e-36  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.722935  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0241  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.02 
 
 
492 aa  155  2e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.76233  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0074  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.74 
 
 
475 aa  155  2e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2844  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  28.26 
 
 
499 aa  153  5.9999999999999996e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0758456  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11303  deoxyribodipyrimidine photolyase-class I  26.56 
 
 
434 aa  151  2e-35  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1113  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  25.96 
 
 
474 aa  151  2e-35  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.289495  normal  0.288843 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1491  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  28.15 
 
 
499 aa  152  2e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.675954 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2665  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.86 
 
 
501 aa  150  5e-35  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0271  hypothetical protein  30.3 
 
 
471 aa  149  7e-35  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0266  hypothetical protein  30.3 
 
 
471 aa  149  8e-35  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2364  deoxyribodipyrimidine photolyase  28.67 
 
 
487 aa  149  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.513248 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0849  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.91 
 
 
454 aa  149  1.0000000000000001e-34  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.201808  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3098  deoxyribodipyrimidine photolyase  28.51 
 
 
487 aa  149  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.383524  normal  0.0341678 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3963  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.93 
 
 
511 aa  149  1.0000000000000001e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000556996 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3349  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.52 
 
 
477 aa  149  1.0000000000000001e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.355989  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5849  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.25 
 
 
505 aa  147  3e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0739  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.83 
 
 
480 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1623  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.64 
 
 
482 aa  147  4.0000000000000006e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.528738 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1121  deoxyribodipyrimidine photolyase  28.03 
 
 
482 aa  147  5e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0994  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.87 
 
 
462 aa  147  5e-34  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1562  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.56 
 
 
471 aa  147  5e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.51951  normal  0.490223 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6960  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.93 
 
 
434 aa  146  6e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.386716  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0767  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.6 
 
 
475 aa  146  8.000000000000001e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0811  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.08 
 
 
475 aa  146  8.000000000000001e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0339  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.94 
 
 
484 aa  145  1e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1262  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.31 
 
 
463 aa  145  1e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.103305  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4736  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  28.57 
 
 
488 aa  145  1e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.303761 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4932  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  29.03 
 
 
481 aa  145  1e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0591  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  26.42 
 
 
481 aa  145  1e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.2693 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0814  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.02 
 
 
490 aa  145  1e-33  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1801  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  27.06 
 
 
488 aa  145  1e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5488  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  26.64 
 
 
518 aa  145  2e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_31489  predicted protein  25.11 
 
 
562 aa  144  2e-33  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.0512006 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1252  deoxyribodipyrimidine photolyase  27.74 
 
 
476 aa  144  2e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0460072  normal  0.903658 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0961  deoxyribodipyrimidine photolyase  27.58 
 
 
482 aa  144  3e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0906  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  27.31 
 
 
493 aa  144  3e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.207875  normal  0.966672 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0276  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.84 
 
 
431 aa  143  5e-33  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2469  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.21 
 
 
475 aa  143  5e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000205711 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0820  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.07 
 
 
469 aa  143  5e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.627339 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1921  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.61 
 
 
488 aa  142  9e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1383  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.36 
 
 
436 aa  142  9.999999999999999e-33  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0135788  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2745  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  28.76 
 
 
513 aa  142  9.999999999999999e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1958  deoxyribodipyrimidine photolyase (photoreactivating enzyme)  27.08 
 
 
433 aa  142  9.999999999999999e-33  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0021636 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1268a  deoxyribodipyrimidine photolyase  27.34 
 
 
452 aa  142  1.9999999999999998e-32  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.432586  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2095  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.09 
 
 
500 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2903  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  26.26 
 
 
478 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.599485  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2305  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  29.49 
 
 
467 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00000000471562  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4333  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.01 
 
 
435 aa  140  3e-32  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.652268 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0513  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.76 
 
 
475 aa  141  3e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.237418 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1166  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  27.63 
 
 
493 aa  140  3e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4692  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.42 
 
 
476 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3694  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.48 
 
 
484 aa  140  3.9999999999999997e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1444  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.34 
 
 
483 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.750444 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1215  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.71 
 
 
477 aa  140  4.999999999999999e-32  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.300983  hitchhiker  0.000693547 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0998  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.88 
 
 
453 aa  140  4.999999999999999e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0866  deoxyribodipyrimidine photolyase  29.31 
 
 
473 aa  140  6e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.55052 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2747  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  28.74 
 
 
474 aa  139  7e-32  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00995843  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>