293 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Fnod_1383 on replicon NC_009718
Organism: Fervidobacterium nodosum Rt17-B1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009718  Fnod_1383  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  100 
 
 
436 aa  888    Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0135788  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0994  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.74 
 
 
462 aa  278  1e-73  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6960  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.07 
 
 
434 aa  269  8.999999999999999e-71  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.386716  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0061  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.59 
 
 
431 aa  261  2e-68  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1467  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.62 
 
 
481 aa  260  4e-68  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1441  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.04 
 
 
481 aa  259  8e-68  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0870  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.41 
 
 
479 aa  254  2.0000000000000002e-66  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.040956 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4249  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.7 
 
 
442 aa  253  4.0000000000000004e-66  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.846588  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0810  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  37.45 
 
 
470 aa  253  4.0000000000000004e-66  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2541  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.11 
 
 
466 aa  253  7e-66  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.272644 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4292  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  33.19 
 
 
479 aa  252  1e-65  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0112  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  33.41 
 
 
484 aa  251  1e-65  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  decreased coverage  0.00531501  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2087  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.68 
 
 
434 aa  251  2e-65  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0527605  normal  0.0533895 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1113  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  32.48 
 
 
474 aa  250  3e-65  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.289495  normal  0.288843 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0074  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.4 
 
 
475 aa  249  6e-65  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3349  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.43 
 
 
477 aa  249  6e-65  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.355989  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11303  deoxyribodipyrimidine photolyase-class I  34.65 
 
 
434 aa  249  7e-65  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_03081  putative DNA photolyase  35.37 
 
 
477 aa  248  1e-64  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4411  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.9 
 
 
487 aa  246  4.9999999999999997e-64  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00088119  normal  0.0752784 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1958  deoxyribodipyrimidine photolyase (photoreactivating enzyme)  34.59 
 
 
433 aa  241  1e-62  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0021636 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_03091  putative DNA photolyase  35.62 
 
 
478 aa  240  4e-62  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0029  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.53 
 
 
438 aa  239  5.999999999999999e-62  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.919202  normal  0.63493 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3446  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.74 
 
 
491 aa  239  1e-61  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.998107  normal  0.118354 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2305  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  33.05 
 
 
467 aa  238  2e-61  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00000000471562  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_03651  putative DNA photolyase  33.47 
 
 
504 aa  233  4.0000000000000004e-60  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.305782  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0439  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  34.23 
 
 
435 aa  233  7.000000000000001e-60  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1651  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  32.38 
 
 
493 aa  230  3e-59  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.309463  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0241  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.44 
 
 
475 aa  230  3e-59  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.581458 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0704  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  29.11 
 
 
497 aa  230  4e-59  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0287  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  34.24 
 
 
478 aa  229  7e-59  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0276  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.76 
 
 
431 aa  229  1e-58  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1444  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.79 
 
 
483 aa  229  1e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.750444 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4658  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.45 
 
 
476 aa  227  4e-58  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0553081  normal  0.710404 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1268a  deoxyribodipyrimidine photolyase  33.92 
 
 
452 aa  226  8e-58  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.432586  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1376  deoxyribodipyrimidine photolyase  31.54 
 
 
492 aa  226  8e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4618  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.69 
 
 
515 aa  225  9e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0591  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  30.47 
 
 
481 aa  226  9e-58  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.2693 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1921  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.77 
 
 
488 aa  225  1e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_03181  putative DNA photolyase  33.4 
 
 
478 aa  225  1e-57  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0776  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  31.66 
 
 
479 aa  225  1e-57  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0436296  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0575  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.85 
 
 
468 aa  225  1e-57  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1801  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  29.98 
 
 
488 aa  225  1e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1611  deoxyribodipyrimidine photolyase  34.39 
 
 
445 aa  223  4.9999999999999996e-57  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2357  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.23 
 
 
463 aa  223  6e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2879  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.98 
 
 
470 aa  223  7e-57  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05122  deoxyribodipyrimidine photolyase  32.47 
 
 
471 aa  222  9.999999999999999e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3694  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.91 
 
 
484 aa  222  9.999999999999999e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3963  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.6 
 
 
511 aa  222  9.999999999999999e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000556996 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1252  deoxyribodipyrimidine photolyase  31.73 
 
 
476 aa  221  3e-56  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0460072  normal  0.903658 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001252  deoxyribodipyrimidine photolyase  29.98 
 
 
471 aa  219  6e-56  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.553687  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1134  deoxyribodipyrimidine photolyase  31.58 
 
 
477 aa  219  7.999999999999999e-56  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.172014  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0529  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.36 
 
 
421 aa  219  8.999999999999998e-56  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0312273  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0271  hypothetical protein  30.63 
 
 
471 aa  218  1e-55  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0266  hypothetical protein  30.4 
 
 
471 aa  218  1e-55  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0339  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.17 
 
 
484 aa  219  1e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1623  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.25 
 
 
482 aa  218  2e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.528738 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3112  deoxyribodipyrimidine photolyase  31.39 
 
 
492 aa  217  2.9999999999999998e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.671492  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3038  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  31.13 
 
 
477 aa  217  4e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1262  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  31.01 
 
 
463 aa  216  5e-55  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.103305  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0866  deoxyribodipyrimidine photo-lyase (photoreactivating enzyme)  32.48 
 
 
479 aa  216  5.9999999999999996e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1437  DNA photolyase FAD-binding  29.33 
 
 
514 aa  216  7e-55  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1151  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  31.88 
 
 
452 aa  215  9.999999999999999e-55  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.146213  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3894  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  30.26 
 
 
470 aa  215  1.9999999999999998e-54  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0241  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.91 
 
 
492 aa  214  1.9999999999999998e-54  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.76233  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61640  deoxyribodipyrimidine photolyase  31.43 
 
 
481 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0940349 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2179  deoxyribodipyrimidine photolyase  30.27 
 
 
481 aa  213  5.999999999999999e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6799  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.73 
 
 
499 aa  213  7e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000114492  decreased coverage  0.000000135491 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0733  deoxyribodipyrimidine photolyase  31.43 
 
 
472 aa  213  7e-54  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2844  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  30.06 
 
 
499 aa  212  9e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0758456  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2838  deoxyribodipyrimidine photolyase  30.83 
 
 
497 aa  212  9e-54  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.182548  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0080  deoxyribodipyrimidine photolyase, cyclobutane pyrimidine dimer-specific  30.08 
 
 
469 aa  212  9e-54  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000198558  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0798  deoxyribodipyrimidine photolyase  31.65 
 
 
472 aa  211  1e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.825453  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4409  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.71 
 
 
504 aa  212  1e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.421142  normal  0.735576 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10630  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  30.51 
 
 
450 aa  212  1e-53  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0877345 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0811  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.49 
 
 
475 aa  211  2e-53  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2947  deoxyribodipyrimidine photolyase  31.21 
 
 
472 aa  210  3e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.139043  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00668  deoxyribodipyrimidine photolyase, FAD-binding  31.21 
 
 
473 aa  210  4e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0866  deoxyribodipyrimidine photolyase  30.41 
 
 
473 aa  210  4e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.55052 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2924  deoxyribodipyrimidine photolyase  31.07 
 
 
476 aa  209  5e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0625  deoxyribodipyrimidine photolyase  31.21 
 
 
472 aa  210  5e-53  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0723  deoxyribodipyrimidine photolyase  32.09 
 
 
472 aa  210  5e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.121356  normal  0.867142 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1212  deoxyribodipyrimidine photolyase  29.74 
 
 
470 aa  209  6e-53  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.821476  normal  0.0350184 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4704  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.07 
 
 
459 aa  209  7e-53  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.940834 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0239  deoxyribodipyrimidine photolyase  29.87 
 
 
477 aa  209  9e-53  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.52668  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2928  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  31.65 
 
 
472 aa  209  1e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0849  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.82 
 
 
454 aa  209  1e-52  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.201808  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00657  hypothetical protein  31.06 
 
 
456 aa  209  1e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0755  deoxyribodipyrimidine photolyase  31.65 
 
 
472 aa  209  1e-52  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.391934  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1613  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.66 
 
 
425 aa  207  2e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0465  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  30.3 
 
 
473 aa  207  2e-52  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0831  deoxyribodipyrimidine photolyase  30.19 
 
 
473 aa  208  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.31293  hitchhiker  0.0019608 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0769  deoxyribodipyrimidine photolyase  30.41 
 
 
473 aa  208  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.568717 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1880  DNA photolyase  29.36 
 
 
483 aa  207  3e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1224  deoxyribodipyrimidine photolyase  30.98 
 
 
497 aa  207  3e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0263  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.91 
 
 
490 aa  207  3e-52  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2777  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.34 
 
 
469 aa  207  3e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02016  DNA photolyase  30.89 
 
 
474 aa  207  4e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0782959  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0817  deoxyribodipyrimidine photolyase  30.69 
 
 
473 aa  207  4e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0756  deoxyribodipyrimidine photolyase  29.98 
 
 
473 aa  206  5e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.645703  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1969  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  31.36 
 
 
486 aa  206  9e-52  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>