292 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_06693 on replicon NC_009784
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



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Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009784  VIBHAR_06693  deoxyribodipyrimidine photolyase  100 
 
 
460 aa  968    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000796  deoxyribodipyrimidine photolyase single-strand-specific  68.49 
 
 
444 aa  646    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1410  RNA-binding cryptochrome Cry1  62.42 
 
 
461 aa  588  1e-167  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0336  cryptochrome DASH  48.75 
 
 
441 aa  432  1e-120  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0152  deoxyribodipyrimidine photolyase  46.54 
 
 
445 aa  385  1e-106  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1548  DNA photolyase FAD-binding subunit  44.49 
 
 
448 aa  382  1e-105  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.444099  normal  0.384798 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0320  DNA photolyase FAD-binding subunit  47.07 
 
 
440 aa  380  1e-104  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1053  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  43.62 
 
 
434 aa  333  5e-90  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.632798 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1411  cryptochrome, DASH family  38.9 
 
 
447 aa  300  3e-80  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6186  cryptochrome, DASH family  40 
 
 
487 aa  284  2.0000000000000002e-75  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4538  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  37.93 
 
 
498 aa  283  5.000000000000001e-75  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0705059 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0729  cryptochrome, DASH family  38.75 
 
 
488 aa  281  2e-74  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.264496  normal  0.107921 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0700  cryptochrome, DASH family  38.73 
 
 
488 aa  279  8e-74  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0343  cryptochrome, DASH family  38.24 
 
 
488 aa  277  2e-73  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2235  cryptochrome, DASH family  37.5 
 
 
483 aa  275  1.0000000000000001e-72  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.14399  normal  0.570848 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2595  cryptochrome, DASH family  37.82 
 
 
478 aa  267  2.9999999999999995e-70  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0775599  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3953  cryptochrome, DASH family  35.02 
 
 
515 aa  249  7e-65  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07806  probable bacterial cryptochrome  34.93 
 
 
421 aa  241  2e-62  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_29275  predicted protein  34.04 
 
 
551 aa  231  2e-59  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_34592  cry-dash from the cryptochrome/photolyase family  32.43 
 
 
610 aa  225  1e-57  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3718  cryptochrome, DASH family  33.41 
 
 
430 aa  219  8.999999999999998e-56  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0339  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.63 
 
 
484 aa  155  2e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0994  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.93 
 
 
462 aa  148  2.0000000000000003e-34  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1113  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  28.34 
 
 
474 aa  148  2.0000000000000003e-34  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.289495  normal  0.288843 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5903  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.6 
 
 
436 aa  147  4.0000000000000006e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.696635 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1467  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.89 
 
 
481 aa  145  2e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0241  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.94 
 
 
475 aa  144  3e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.581458 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3038  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.44 
 
 
477 aa  144  3e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3586  deoxyribodipyrimidine photolyase  29.38 
 
 
487 aa  144  4e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1212  deoxyribodipyrimidine photolyase  29.6 
 
 
470 aa  143  6e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.821476  normal  0.0350184 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2838  deoxyribodipyrimidine photolyase  30.16 
 
 
497 aa  143  7e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.182548  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0866  deoxyribodipyrimidine photolyase  30.09 
 
 
473 aa  143  7e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.55052 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0817  deoxyribodipyrimidine photolyase  29.45 
 
 
473 aa  142  8e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0439  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  30.14 
 
 
435 aa  142  9.999999999999999e-33  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1441  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.99 
 
 
481 aa  142  9.999999999999999e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1163  deoxyribodipyrimidine photolyase  29.91 
 
 
487 aa  142  9.999999999999999e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1112  deoxyribodipyrimidine photolyase  28.6 
 
 
487 aa  141  1.9999999999999998e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.196695  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1224  deoxyribodipyrimidine photolyase  29.21 
 
 
497 aa  141  3e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0756  deoxyribodipyrimidine photolyase  29.19 
 
 
473 aa  141  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.645703  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0769  deoxyribodipyrimidine photolyase  29.64 
 
 
473 aa  141  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.568717 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0831  deoxyribodipyrimidine photolyase  29.19 
 
 
473 aa  140  4.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.31293  hitchhiker  0.0019608 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1252  deoxyribodipyrimidine photolyase  30.16 
 
 
476 aa  139  1e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0460072  normal  0.903658 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0733  deoxyribodipyrimidine photolyase  29.91 
 
 
472 aa  139  1e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3112  deoxyribodipyrimidine photolyase  29.41 
 
 
492 aa  139  1e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.671492  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0811  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.62 
 
 
475 aa  139  1e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0798  deoxyribodipyrimidine photolyase  29.14 
 
 
472 aa  139  1e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.825453  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0625  deoxyribodipyrimidine photolyase  29.7 
 
 
472 aa  138  2e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4409  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.05 
 
 
504 aa  138  2e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.421142  normal  0.735576 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0074  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.15 
 
 
475 aa  138  2e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00657  hypothetical protein  29.67 
 
 
456 aa  138  2e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00668  deoxyribodipyrimidine photolyase, FAD-binding  29.67 
 
 
473 aa  137  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0849  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.67 
 
 
454 aa  138  3.0000000000000003e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.201808  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2947  deoxyribodipyrimidine photolyase  29.67 
 
 
472 aa  138  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.139043  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4411  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.66 
 
 
487 aa  137  3.0000000000000003e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00088119  normal  0.0752784 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0723  deoxyribodipyrimidine photolyase  28.94 
 
 
472 aa  136  6.0000000000000005e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.121356  normal  0.867142 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2928  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.5 
 
 
472 aa  136  7.000000000000001e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0755  deoxyribodipyrimidine photolyase  28.5 
 
 
472 aa  136  7.000000000000001e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.391934  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2714  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.35 
 
 
493 aa  136  8e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0263  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.99 
 
 
490 aa  135  9.999999999999999e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3184  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  27.05 
 
 
476 aa  135  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.262936  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4270  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.92 
 
 
473 aa  135  1.9999999999999998e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.397965  normal  0.444789 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0866  deoxyribodipyrimidine photo-lyase (photoreactivating enzyme)  28.28 
 
 
479 aa  135  1.9999999999999998e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1958  deoxyribodipyrimidine photolyase (photoreactivating enzyme)  27.74 
 
 
433 aa  134  3e-30  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0021636 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1165  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  29.32 
 
 
493 aa  134  3e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11303  deoxyribodipyrimidine photolyase-class I  27.25 
 
 
434 aa  134  3.9999999999999996e-30  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1236  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  28.64 
 
 
493 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2021  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  29.11 
 
 
445 aa  133  6e-30  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.128536 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2038  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  29.11 
 
 
445 aa  133  6e-30  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2084  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  29.11 
 
 
445 aa  133  6e-30  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.963187  normal  0.606959 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2956  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  26.74 
 
 
476 aa  133  6.999999999999999e-30  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.13805  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2357  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.97 
 
 
463 aa  133  7.999999999999999e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2087  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.69 
 
 
434 aa  132  9e-30  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0527605  normal  0.0533895 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2935  deoxyribodipyrimidine photolyase  27.27 
 
 
476 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1309  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.25 
 
 
499 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0239  deoxyribodipyrimidine photolyase  30.54 
 
 
477 aa  132  1.0000000000000001e-29  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.52668  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3187  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  26.74 
 
 
476 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4337  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.15 
 
 
396 aa  132  1.0000000000000001e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.660905 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3165  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  26.92 
 
 
476 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1166  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  27.94 
 
 
493 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3054  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.01 
 
 
505 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.746759  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3180  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  26.54 
 
 
469 aa  132  2.0000000000000002e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.478094  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1071  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  27.88 
 
 
477 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2075  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  26.92 
 
 
476 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4292  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  26.77 
 
 
479 aa  130  4.0000000000000003e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2179  deoxyribodipyrimidine photolyase  27.39 
 
 
481 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3384  deoxyribodipyrimidine photolyase  27.17 
 
 
512 aa  130  6e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3211  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.02 
 
 
499 aa  130  6e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.941968 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2745  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  28.85 
 
 
513 aa  130  7.000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_013501  Rmar_1604  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.21 
 
 
486 aa  130  7.000000000000001e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_013739  Cwoe_4658  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.82 
 
 
476 aa  129  8.000000000000001e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0553081  normal  0.710404 
 
 
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NC_012912  Dd1591_2924  deoxyribodipyrimidine photolyase  28.28 
 
 
476 aa  129  1.0000000000000001e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_011369  Rleg2_1444  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.36 
 
 
483 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.750444 
 
 
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NC_009665  Shew185_3068  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.66 
 
 
500 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_011658  BCAH187_A3193  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  25.85 
 
 
476 aa  128  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_007516  Syncc9605_0213  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  28.67 
 
 
477 aa  127  3e-28  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.615271  normal 
 
 
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NC_010717  PXO_04795  photolyase  28.64 
 
 
472 aa  127  5e-28  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.722935  n/a   
 
 
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NC_008044  TM1040_1441  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  27.8 
 
 
474 aa  127  6e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.511514  normal  0.115222 
 
 
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NC_008347  Mmar10_1491  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  27.45 
 
 
499 aa  126  7e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.675954 
 
 
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NC_006369  lpl0266  hypothetical protein  28.1 
 
 
471 aa  126  9e-28  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_011901  Tgr7_1394  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.64 
 
 
483 aa  126  9e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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