293 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_A1410 on replicon NC_009457
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009457  VC0395_A1410  RNA-binding cryptochrome Cry1  100 
 
 
461 aa  964    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000796  deoxyribodipyrimidine photolyase single-strand-specific  65.17 
 
 
444 aa  604  1.0000000000000001e-171  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06693  deoxyribodipyrimidine photolyase  62.42 
 
 
460 aa  588  1e-167  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0336  cryptochrome DASH  50.56 
 
 
441 aa  443  1e-123  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0152  deoxyribodipyrimidine photolyase  47.65 
 
 
445 aa  393  1e-108  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1548  DNA photolyase FAD-binding subunit  42.67 
 
 
448 aa  375  1e-102  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.444099  normal  0.384798 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0320  DNA photolyase FAD-binding subunit  45.75 
 
 
440 aa  366  1e-100  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1053  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  41.84 
 
 
434 aa  320  1.9999999999999998e-86  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.632798 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1411  cryptochrome, DASH family  40.22 
 
 
447 aa  302  8.000000000000001e-81  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0343  cryptochrome, DASH family  40.27 
 
 
488 aa  294  2e-78  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4538  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  39.91 
 
 
498 aa  288  1e-76  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0705059 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0700  cryptochrome, DASH family  38.75 
 
 
488 aa  281  1e-74  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6186  cryptochrome, DASH family  37.56 
 
 
487 aa  281  2e-74  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0729  cryptochrome, DASH family  38.3 
 
 
488 aa  279  8e-74  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.264496  normal  0.107921 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2235  cryptochrome, DASH family  36.72 
 
 
483 aa  259  5.0000000000000005e-68  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.14399  normal  0.570848 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2595  cryptochrome, DASH family  35.23 
 
 
478 aa  252  8.000000000000001e-66  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0775599  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07806  probable bacterial cryptochrome  34.61 
 
 
421 aa  239  8e-62  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_29275  predicted protein  33.48 
 
 
551 aa  233  7.000000000000001e-60  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3953  cryptochrome, DASH family  51.13 
 
 
515 aa  232  1e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_34592  cry-dash from the cryptochrome/photolyase family  32.84 
 
 
610 aa  215  9.999999999999999e-55  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3718  cryptochrome, DASH family  31.38 
 
 
430 aa  206  7e-52  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4270  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.89 
 
 
473 aa  159  8e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.397965  normal  0.444789 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0339  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.36 
 
 
484 aa  157  4e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1113  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  27.82 
 
 
474 aa  152  1e-35  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.289495  normal  0.288843 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0994  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.29 
 
 
462 aa  151  3e-35  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4337  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.14 
 
 
396 aa  147  3e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.660905 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1252  deoxyribodipyrimidine photolyase  29.12 
 
 
476 aa  147  3e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0460072  normal  0.903658 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5903  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.4 
 
 
436 aa  147  4.0000000000000006e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.696635 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0811  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.73 
 
 
475 aa  145  2e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2665  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.77 
 
 
501 aa  143  6e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1224  deoxyribodipyrimidine photolyase  28.44 
 
 
497 aa  142  9.999999999999999e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3098  deoxyribodipyrimidine photolyase  30.45 
 
 
487 aa  142  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.383524  normal  0.0341678 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3586  deoxyribodipyrimidine photolyase  29.14 
 
 
487 aa  140  3.9999999999999997e-32  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1163  deoxyribodipyrimidine photolyase  29.21 
 
 
487 aa  140  6e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0439  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  29.04 
 
 
435 aa  139  1e-31  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1112  deoxyribodipyrimidine photolyase  28.7 
 
 
487 aa  138  2e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.196695  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3193  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  27.81 
 
 
476 aa  138  2e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3112  deoxyribodipyrimidine photolyase  27.88 
 
 
492 aa  138  2e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.671492  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1604  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.82 
 
 
486 aa  137  5e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05122  deoxyribodipyrimidine photolyase  27.9 
 
 
471 aa  137  5e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0061  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.15 
 
 
431 aa  137  5e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2364  deoxyribodipyrimidine photolyase  29.52 
 
 
487 aa  137  5e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.513248 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1268a  deoxyribodipyrimidine photolyase  27.78 
 
 
452 aa  137  5e-31  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.432586  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1491  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  29.03 
 
 
499 aa  137  5e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.675954 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0074  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.58 
 
 
475 aa  136  7.000000000000001e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4932  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  28.8 
 
 
481 aa  136  8e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001252  deoxyribodipyrimidine photolyase  40.5 
 
 
471 aa  135  9.999999999999999e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.553687  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2179  deoxyribodipyrimidine photolyase  27.74 
 
 
481 aa  136  9.999999999999999e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0998  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.15 
 
 
453 aa  135  9.999999999999999e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2021  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  28.57 
 
 
445 aa  135  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.128536 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1441  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.74 
 
 
481 aa  135  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2038  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  28.57 
 
 
445 aa  135  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2084  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  28.57 
 
 
445 aa  135  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.963187  normal  0.606959 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4411  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.7 
 
 
487 aa  134  3e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00088119  normal  0.0752784 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1613  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.75 
 
 
425 aa  134  3e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3038  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.44 
 
 
477 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0849  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.55 
 
 
454 aa  134  5e-30  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.201808  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41430  Deoxyribodipyrimidine photolyase  29.4 
 
 
468 aa  133  5e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0814  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.28 
 
 
490 aa  133  6.999999999999999e-30  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3446  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.15 
 
 
491 aa  133  7.999999999999999e-30  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.998107  normal  0.118354 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1467  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.01 
 
 
481 aa  132  1.0000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2305  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  28.12 
 
 
467 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00000000471562  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0266  hypothetical protein  29.75 
 
 
471 aa  132  2.0000000000000002e-29  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11303  deoxyribodipyrimidine photolyase-class I  26.08 
 
 
434 aa  132  2.0000000000000002e-29  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3068  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.98 
 
 
500 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5899  deoxyribodipyrimidine photolyase  26.36 
 
 
519 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0769953  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2178  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.36 
 
 
519 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.240707  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0276  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.21 
 
 
431 aa  131  3e-29  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3184  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  27.11 
 
 
476 aa  131  3e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.262936  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3054  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.09 
 
 
505 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.746759  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4409  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.15 
 
 
504 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.421142  normal  0.735576 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0271  hypothetical protein  29.52 
 
 
471 aa  130  5.0000000000000004e-29  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0866  deoxyribodipyrimidine photo-lyase (photoreactivating enzyme)  25.84 
 
 
479 aa  130  5.0000000000000004e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1309  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.55 
 
 
499 aa  130  6e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2357  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.71 
 
 
463 aa  130  6e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0513  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.77 
 
 
475 aa  129  9.000000000000001e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.237418 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2469  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.37 
 
 
475 aa  129  9.000000000000001e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000205711 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2196  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.59 
 
 
519 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3211  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.08 
 
 
499 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.941968 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1212  deoxyribodipyrimidine photolyase  28.31 
 
 
470 aa  129  1.0000000000000001e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.821476  normal  0.0350184 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0756  deoxyribodipyrimidine photolyase  27.51 
 
 
473 aa  128  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.645703  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0703  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  28.25 
 
 
525 aa  128  2.0000000000000002e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4292  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  24.83 
 
 
479 aa  128  2.0000000000000002e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6960  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.91 
 
 
434 aa  128  2.0000000000000002e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.386716  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2838  deoxyribodipyrimidine photolyase  29.53 
 
 
497 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.182548  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2745  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  27.87 
 
 
513 aa  128  2.0000000000000002e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2075  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  27.43 
 
 
476 aa  128  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3963  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.6 
 
 
511 aa  128  2.0000000000000002e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000556996 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0831  deoxyribodipyrimidine photolyase  27.51 
 
 
473 aa  127  4.0000000000000003e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.31293  hitchhiker  0.0019608 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2714  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.31 
 
 
493 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3384  deoxyribodipyrimidine photolyase  33.56 
 
 
512 aa  127  6e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1272  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.21 
 
 
434 aa  127  6e-28  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0866  deoxyribodipyrimidine photolyase  27.27 
 
 
473 aa  126  7e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.55052 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5488  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  25.99 
 
 
518 aa  126  7e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2903  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  26.39 
 
 
478 aa  126  8.000000000000001e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.599485  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1165  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  28.77 
 
 
493 aa  126  8.000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1166  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  27.8 
 
 
493 aa  126  8.000000000000001e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1134  deoxyribodipyrimidine photolyase  28.31 
 
 
477 aa  126  9e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.172014  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0817  deoxyribodipyrimidine photolyase  27.21 
 
 
473 aa  126  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2924  deoxyribodipyrimidine photolyase  29.29 
 
 
476 aa  125  1e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>