180 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4448 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_4448  type II secretion system protein  100 
 
 		 241 aa  472  1e-132  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.778802  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1656  type II secretion system protein  50.46 
 
 		 342 aa  224  1e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.394438 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2539  hypothetical protein  50.94 
 
 		 336 aa  211  1e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1945  putative fimbriae-related outer membrane protein  52.91 
 
 		 335 aa  210  2e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000171773  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1775  type II secretion system protein  52.91 
 
 		 306 aa  210  2e-53  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.628418  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0120  hypothetical protein  52.91 
 
 		 306 aa  210  2e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0013193  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1771  type II secretion system protein  52.91 
 
 		 335 aa  210  2e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1792  type II secretion system protein  52.91 
 
 		 335 aa  210  2e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0984165  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1045  type II secretion system protein  52.91 
 
 		 306 aa  210  2e-53  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.506555  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2795  putative tight adherence TadB related transmembrane protein  55.08 
 
 		 359 aa  209  3e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.136079  normal  0.229715 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1500  type II secretion system protein  51.65 
 
 		 326 aa  206  3e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000537712 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1729  type II secretion system protein  51.04 
 
 		 330 aa  204  1e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000108814 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1044  type II secretion system protein  51.1 
 
 		 326 aa  204  1e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.932075  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1524  type II secretion system protein  51.1 
 
 		 326 aa  204  1e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.437925  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1446  type II secretion system protein  48.58 
 
 		 330 aa  203  2e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.435179  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5412  type II secretion system protein  48.47 
 
 		 312 aa  202  4e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.246566  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4664  Flp pilus assembly protein TadB  48.9 
 
 		 326 aa  201  6e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.265819  decreased coverage  0.000651584 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1406  type II secretion system protein  47.62 
 
 		 322 aa  199  3e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2069  type II secretion system protein  46.96 
 
 		 320 aa  199  5e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.807622  normal  0.805179 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3657  type II secretion system protein, pilus assembly, transmembrane part  45.85 
 
 		 309 aa  197  1.0000000000000001e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02591  pilus assembly transmembrane protein  44.49 
 
 		 308 aa  193  2e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4251  type II secretion system protein  43.61 
 
 		 308 aa  189  2e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.474366  normal  0.45717 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4361  type II secretion system protein  43.61 
 
 		 308 aa  189  2e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.395481  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2324  type II secretion system protein  46.41 
 
 		 318 aa  175  7e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0645  type II secretion system protein  38.5 
 
 		 293 aa  138  7.999999999999999e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.683761  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4854  hypothetical protein  40 
 
 		 295 aa  135  4e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4394  type II secretion system protein  35.68 
 
 		 294 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0845  type II secretion system protein  37.13 
 
 		 293 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2159  type II secretion system protein  33.97 
 
 		 294 aa  114  1.0000000000000001e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0653395  normal  0.01997 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2701  tight adherence protein TadB, putative  36.16 
 
 		 313 aa  114  1.0000000000000001e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.938711  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2323  type II secretion system protein  36.16 
 
 		 313 aa  114  1.0000000000000001e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1639  type II secretion system protein  28.28 
 
 		 303 aa  112  5e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.473605  normal  0.315413 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55880  hypothetical protein  35.59 
 
 		 294 aa  105  5e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3511  type II secretion system protein  31.98 
 
 		 302 aa  103  3e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.798024  normal  0.0839848 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1660  type II secretion system protein  31.18 
 
 		 291 aa  99.4  4e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4868  hypothetical protein  35.26 
 
 		 293 aa  99  5e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.127114  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2648  type II secretion system protein  27.8 
 
 		 325 aa  96.3  4e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.846327  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0640  type II secretion system protein  28.89 
 
 		 325 aa  89.4  4e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.295246 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1814  type II secretion system protein  28 
 
 		 285 aa  85.5  7e-16  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0127821  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0587  type II secretion system protein  26.73 
 
 		 325 aa  85.1  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.292089  normal  0.415996 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2353  type II secretion system protein  28.02 
 
 		 323 aa  84  0.000000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.173092  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5491  type II secretion system protein  30.17 
 
 		 325 aa  82.4  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2570  type II secretion system protein  29.65 
 
 		 314 aa  82.8  0.000000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6777  type II secretion system protein  29.61 
 
 		 325 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.270969  normal  0.612228 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5325  type II secretion system protein  30.48 
 
 		 326 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.61312  hitchhiker  0.00813406 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6365  type II secretion system protein  29.61 
 
 		 325 aa  79.7  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4618  type II secretion system protein  29.09 
 
 		 325 aa  79.3  0.00000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.347884 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0651  putative tight adherence TadB-related transmembrane protein  26.86 
 
 		 325 aa  78.2  0.0000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.280791 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1529  type II secretion system protein  29.02 
 
 		 330 aa  76.6  0.0000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3117  type II secretion system protein  28.96 
 
 		 326 aa  76.3  0.0000000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.193846  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0805  type II secretion system protein  26.13 
 
 		 332 aa  76.3  0.0000000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2824  type II secretion system protein  28.96 
 
 		 320 aa  75.5  0.0000000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2912  type II secretion system protein  28.98 
 
 		 320 aa  75.1  0.0000000000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0544  type II secretion system protein  27.08 
 
 		 325 aa  75.5  0.0000000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.106661  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7194  Flp pilus assembly protein TadB  28.49 
 
 		 325 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0666217  normal  0.429019 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2275  Flp pilus assembly protein TadB  26.24 
 
 		 325 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2017  type II secretion system protein  28.77 
 
 		 319 aa  75.1  0.000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1317  Flp pilus assembly protein TadB  26.42 
 
 		 325 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6003  type II secretion system protein  28.65 
 
 		 325 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3092  type II secretion system protein  26.7 
 
 		 325 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2967  type II secretion system protein  26.7 
 
 		 325 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.350744  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0073  type II secretion system protein  26.73 
 
 		 291 aa  73.9  0.000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.53899  normal  0.541606 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6299  type II secretion system protein  29.24 
 
 		 325 aa  72.8  0.000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0310  type II secretion system protein  30.54 
 
 		 329 aa  72.8  0.000000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.873631  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3795  type II secretion system protein  25 
 
 		 325 aa  72.8  0.000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.187172  normal  0.96616 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0794  TadB protein  24.89 
 
 		 322 aa  72  0.000000000007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2484  type II secretion system protein  25 
 
 		 323 aa  71.2  0.00000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2707  type II secretion system protein  25 
 
 		 323 aa  71.6  0.00000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.608864  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2364  hypothetical protein  25.68 
 
 		 321 aa  70.5  0.00000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.288668  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3356  type II secretion system protein  24.7 
 
 		 336 aa  70.9  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3965  type II secretion system protein  28.57 
 
 		 320 aa  70.9  0.00000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.264844 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1724  type II secretion system protein  26.84 
 
 		 315 aa  69.7  0.00000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2649  type II secretion system protein  28.76 
 
 		 310 aa  69.7  0.00000000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4204  type II secretion system protein  24.86 
 
 		 324 aa  69.7  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0804917  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0727  type II secretion system protein  23.91 
 
 		 337 aa  69.3  0.00000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.352668  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2934  type II secretion system protein  25.82 
 
 		 310 aa  68.9  0.00000000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.898697  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2737  type II secretion system protein  23.37 
 
 		 321 aa  68.6  0.00000000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0213  component of type IV pilus  24.43 
 
 		 334 aa  68.6  0.00000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3491  type II secretion system protein  27.04 
 
 		 317 aa  68.2  0.0000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0435404 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4156  type II secretion system protein  22.36 
 
 		 323 aa  67.8  0.0000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.625918  normal  0.530435 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1780  type II secretion system protein  27.37 
 
 		 324 aa  67  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.131583 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0603  type II secretion system protein  26.83 
 
 		 338 aa  67.4  0.0000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.512211  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2117  type II secretion system protein  21.78 
 
 		 323 aa  67.4  0.0000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.215511  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4445  type II secretion system protein  26.59 
 
 		 309 aa  67.8  0.0000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00467148 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1753  Flp pilus assembly protein TadB  23.08 
 
 		 325 aa  66.2  0.0000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4395  type II secretion system protein  25.91 
 
 		 317 aa  66.2  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.925008  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2556  type II secretion system protein  25.15 
 
 		 325 aa  66.2  0.0000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.460971  normal  0.349812 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0387  type II secretion system protein  28.65 
 
 		 324 aa  66.2  0.0000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.88705  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2693  type II secretion system protein  24.06 
 
 		 319 aa  65.5  0.0000000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1917  type II secretion system protein  21.4 
 
 		 321 aa  65.5  0.0000000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.258716  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002650  flp pilus assembly protein TadB  28.72 
 
 		 322 aa  65.1  0.000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1523  type II secretion system protein  23.97 
 
 		 328 aa  65.1  0.000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0800  type II secretion system protein  27.49 
 
 		 322 aa  64.7  0.000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3421  Type II secretion system F domain protein  28.42 
 
 		 310 aa  64.7  0.000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.735611  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1851  type II secretion system protein  25.79 
 
 		 660 aa  65.1  0.000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00122698  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3524  type II secretion system protein  26.19 
 
 		 324 aa  63.2  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0899  Type II secretion system F domain protein  27.43 
 
 		 326 aa  63.5  0.000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2115  type II secretion system protein  25.25 
 
 		 279 aa  63.5  0.000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4865  type II secretion system protein  25.29 
 
 		 324 aa  63.5  0.000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2640  type II secretion system protein  26.78 
 
 		 316 aa  63.5  0.000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>