271 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1780 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_1780  type II secretion system protein  100 
 
 
324 aa  652    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.131583 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3524  type II secretion system protein  87.04 
 
 
324 aa  566  1e-160  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0387  type II secretion system protein  77.78 
 
 
324 aa  533  1e-150  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.88705  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4204  type II secretion system protein  79.32 
 
 
324 aa  513  1e-144  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0804917  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3717  type II secretion system protein  80.25 
 
 
324 aa  498  1e-140  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.20351  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0297  type II secretion system protein  77.16 
 
 
324 aa  492  9.999999999999999e-139  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7035  putative pilus assembly protein  78.09 
 
 
324 aa  491  9.999999999999999e-139  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.611985 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2412  type II secretion system protein  52.87 
 
 
323 aa  317  2e-85  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2484  type II secretion system protein  53.33 
 
 
323 aa  314  9.999999999999999e-85  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2380  type II secretion system protein  50.77 
 
 
322 aa  310  2e-83  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.316858  normal  0.875213 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0237  type II secretion system protein  48.44 
 
 
328 aa  308  5.9999999999999995e-83  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.383042  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4480  type II secretion system protein  48.98 
 
 
335 aa  299  4e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2831  type II secretion system protein  52.79 
 
 
322 aa  299  5e-80  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.532359  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0603  type II secretion system protein  47.69 
 
 
338 aa  298  6e-80  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.512211  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2707  type II secretion system protein  53.44 
 
 
323 aa  297  2e-79  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.608864  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0213  component of type IV pilus  46.82 
 
 
334 aa  295  8e-79  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4001  type II secretion system protein  44.51 
 
 
337 aa  294  1e-78  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4192  type II secretion system protein  47.62 
 
 
335 aa  294  2e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0727  type II secretion system protein  48.62 
 
 
337 aa  286  4e-76  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.352668  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0423  type II secretion system protein  50 
 
 
327 aa  281  1e-74  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3794  type II secretion system protein  50.46 
 
 
327 aa  279  4e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.927579  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3795  type II secretion system protein  51.5 
 
 
325 aa  276  4e-73  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.187172  normal  0.96616 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5121  type II secretion system protein  46.88 
 
 
332 aa  271  8.000000000000001e-72  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0725578 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3356  type II secretion system protein  48.21 
 
 
336 aa  271  1e-71  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4189  type II secretion system protein  48.53 
 
 
325 aa  258  1e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.54214  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1076  type II secretion system protein  36.59 
 
 
324 aa  186  5e-46  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.195162  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4865  type II secretion system protein  41.74 
 
 
324 aa  175  9.999999999999999e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1126  type II secretion system protein  35.13 
 
 
310 aa  169  7e-41  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0371029  normal  0.497639 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0654  TadB protein  37.95 
 
 
322 aa  135  7.000000000000001e-31  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.179736 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0805  type II secretion system protein  36.9 
 
 
332 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0587  type II secretion system protein  33.19 
 
 
325 aa  133  3.9999999999999996e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.292089  normal  0.415996 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0651  putative tight adherence TadB-related transmembrane protein  26.07 
 
 
325 aa  132  9e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.280791 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0800  type II secretion system protein  31.16 
 
 
322 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1529  type II secretion system protein  30.38 
 
 
330 aa  132  1.0000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2275  Flp pilus assembly protein TadB  32.23 
 
 
325 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2556  type II secretion system protein  31.43 
 
 
325 aa  128  1.0000000000000001e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.460971  normal  0.349812 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1753  Flp pilus assembly protein TadB  31.09 
 
 
325 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1523  type II secretion system protein  29.96 
 
 
328 aa  127  2.0000000000000002e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0794  TadB protein  35.06 
 
 
322 aa  127  3e-28  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2350  type II secretion system protein  28.62 
 
 
322 aa  127  3e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.363474 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5325  type II secretion system protein  31.84 
 
 
326 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.61312  hitchhiker  0.00813406 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6365  type II secretion system protein  30.58 
 
 
325 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2353  type II secretion system protein  32.38 
 
 
323 aa  126  5e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.173092  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2017  type II secretion system protein  35.83 
 
 
319 aa  125  1e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0301  type II secretion system protein  29.79 
 
 
322 aa  124  3e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.83716  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2364  hypothetical protein  28.14 
 
 
321 aa  124  3e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.288668  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6777  type II secretion system protein  30.17 
 
 
325 aa  123  4e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.270969  normal  0.612228 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5491  type II secretion system protein  30.17 
 
 
325 aa  122  7e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1317  Flp pilus assembly protein TadB  30.64 
 
 
325 aa  122  9e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4618  type II secretion system protein  29.67 
 
 
325 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.347884 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2967  type II secretion system protein  30.3 
 
 
325 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.350744  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3092  type II secretion system protein  30.3 
 
 
325 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2648  type II secretion system protein  30.87 
 
 
325 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.846327  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7194  Flp pilus assembly protein TadB  29.88 
 
 
325 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0666217  normal  0.429019 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1917  type II secretion system protein  28.96 
 
 
321 aa  121  1.9999999999999998e-26  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.258716  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2762  type II secretion system protein  31.98 
 
 
333 aa  119  9e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.58237 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1877  type II secretion system protein  28.89 
 
 
331 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.395121  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2045  hypothetical protein  28.89 
 
 
331 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0674023  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1904  putative Flp pilus assembly protein TadB  28.87 
 
 
322 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0239588  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0671  type II secretion system protein  31.02 
 
 
326 aa  118  9.999999999999999e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.732749  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2455  pilus assembly protein, putative  29.51 
 
 
330 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.112538  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0829  type II secretion system protein  28.89 
 
 
331 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.226795  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1889  type II secretion system protein  28.89 
 
 
331 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0553  type II secretion system protein  28.87 
 
 
322 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1108  type II secretion system protein  24.83 
 
 
321 aa  119  9.999999999999999e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.143075  normal  0.274836 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1676  Flp pilus assembly protein TadB  28.89 
 
 
331 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0332  hypothetical protein  28.89 
 
 
331 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.100771  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2046  type II secretion system protein  33.18 
 
 
325 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0673516  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0544  type II secretion system protein  28.29 
 
 
325 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.106661  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2824  type II secretion system protein  31.28 
 
 
320 aa  118  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2053  type II secretion system protein  30.98 
 
 
325 aa  117  3e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00000824726  normal  0.0936478 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1499  type II secretion system protein  31.88 
 
 
321 aa  117  3e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.698875  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2693  type II secretion system protein  32.5 
 
 
319 aa  116  6e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3425  type II secretion system protein  28.96 
 
 
325 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.263373  normal  0.657196 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3932  type II secretion system protein  28.96 
 
 
325 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0420764  normal  0.280623 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0899  Type II secretion system F domain protein  32.96 
 
 
326 aa  115  7.999999999999999e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4395  type II secretion system protein  32.29 
 
 
317 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.925008  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6299  type II secretion system protein  29.79 
 
 
325 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0640  type II secretion system protein  31.98 
 
 
325 aa  114  3e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.295246 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6003  type II secretion system protein  29.36 
 
 
325 aa  114  3e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1125  type II secretion system protein  28.42 
 
 
322 aa  113  4.0000000000000004e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0517135  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3010  type II secretion system protein  32.02 
 
 
321 aa  113  5e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0310  type II secretion system protein  38.16 
 
 
329 aa  113  5e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.873631  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2737  type II secretion system protein  29.78 
 
 
321 aa  112  9e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2115  type II secretion system protein  31.07 
 
 
279 aa  112  1.0000000000000001e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2570  type II secretion system protein  30.6 
 
 
314 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0747  type II secretion system protein  27.34 
 
 
283 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.725692  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3965  type II secretion system protein  31.15 
 
 
320 aa  110  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.264844 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0643  type II secretion system protein  28.42 
 
 
283 aa  110  3e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0248  type II secretion system protein  32.38 
 
 
290 aa  110  3e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.90531 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1832  type II secretion system protein  28.57 
 
 
316 aa  109  5e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1018  type II secretion system protein  28.51 
 
 
336 aa  109  7.000000000000001e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2926  type II secretion system protein  29.75 
 
 
316 aa  109  8.000000000000001e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.194464  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4445  type II secretion system protein  29.95 
 
 
309 aa  108  9.000000000000001e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00467148 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002650  flp pilus assembly protein TadB  32.24 
 
 
322 aa  108  2e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1814  type II secretion system protein  32.57 
 
 
285 aa  107  2e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0127821  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0845  type II secretion system protein  30.16 
 
 
293 aa  107  3e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2912  type II secretion system protein  30.34 
 
 
320 aa  107  3e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2934  type II secretion system protein  30.85 
 
 
310 aa  107  3e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.898697  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1042  Type II secretion system F domain protein  26.92 
 
 
313 aa  106  5e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.205171  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>