More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3938 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_3938  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 231 aa  471  1e-132  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00284915  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2373  TetR family transcriptional regulator  64.97 
 
 		 205 aa  274  8e-73  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1225  TetR family transcriptional regulator  43.37 
 
 		 208 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.657492  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3021  regulatory protein, TetR  37.93 
 
 		 205 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.84883  normal  0.636371 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2431  TetR family transcriptional regulator  37.13 
 
 		 214 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0857946 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2257  TetR family transcriptional regulator  37.06 
 
 		 202 aa  129  6e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.92818  normal  0.36633 
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4804  TetR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 210 aa  112  6e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0360919  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1751  TetR family transcriptional regulator  40.46 
 
 		 206 aa  110  3e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6341  TetR family transcriptional regulator  40.46 
 
 		 206 aa  110  3e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0497044  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1738  TetR family transcriptional regulator  40.46 
 
 		 206 aa  110  3e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2291  transcriptional regulator, TetR family  36.84 
 
 		 205 aa  103  2e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.857741  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1969  TetR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 205 aa  102  4e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0320964 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1264  TetR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 206 aa  99.8  3e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.599329  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0955  TetR family transcriptional regulator  36.87 
 
 		 212 aa  97.4  2e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1659  TetR family transcriptional regulator  40.59 
 
 		 206 aa  97.4  2e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2294  TetR family regulatory protein  37.36 
 
 		 206 aa  96.7  3e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2102  TetR family transcriptional regulator  37.36 
 
 		 206 aa  96.7  3e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.526616  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2161  TetR family transcriptional regulator  37.36 
 
 		 206 aa  96.7  3e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.720901  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1116  TetR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 209 aa  95.1  9e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.863597  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5045  TetR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 206 aa  94.4  1e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.906168  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5815  TetR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 206 aa  94.4  1e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1659  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 206 aa  94  2e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5034  TetR family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 206 aa  92.4  6e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.553825 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1521  TetR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 206 aa  90.9  1e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.375612 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4364  TetR family transcriptional regulator  35.5 
 
 		 206 aa  90.5  2e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3524  TetR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 187 aa  87  2e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2290  TetR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 206 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.721121  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5280  TetR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 175 aa  80.1  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0483  transcriptional regulator, TetR family  28.65 
 
 		 226 aa  79  0.00000000000006  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1428  TetR family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 204 aa  78.2  0.00000000000009  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.530378  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0046  transcriptional regulator, TetR family  38.93 
 
 		 209 aa  77  0.0000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2996  TetR family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 237 aa  77  0.0000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6268  TetR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 182 aa  73.2  0.000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.700387  normal  0.409486 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0402  transcriptional regulator, TetR family  26.5 
 
 		 219 aa  73.6  0.000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.67084  normal  0.0771341 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5812  TetR family transcriptional regulator  48.44 
 
 		 188 aa  73.2  0.000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0159111 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6828  TetR family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 225 aa  72  0.000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.196798  normal  0.216852 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5987  transcriptional regulator, TetR family  31.91 
 
 		 204 aa  70.9  0.00000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3148  transcriptional regulator, TetR family  32.35 
 
 		 310 aa  68.6  0.00000000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3354  transcriptional regulator, TetR family  38.89 
 
 		 210 aa  68.2  0.0000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.216649  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9154  putative transcriptional regulator, TetR family  25.76 
 
 		 226 aa  67.4  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.231214  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4194  TetR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 201 aa  66.2  0.0000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3734  TetR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 202 aa  65.9  0.0000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0165853  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2327  TetR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 199 aa  65.9  0.0000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.194102 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3722  TetR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 202 aa  65.5  0.0000000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.869277  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3795  TetR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 202 aa  65.5  0.0000000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.796114  normal  0.124585 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1052  TetR family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 215 aa  64.7  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.857726  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28480  transcriptional regulator  44.12 
 
 		 326 aa  63.2  0.000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.552525 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0788  TetR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 221 aa  62.8  0.000000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.796627 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1845  transcriptional regulator, TetR family  26.36 
 
 		 211 aa  62.4  0.000000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.025211  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2460  TetR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 201 aa  62.4  0.000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.315446  normal  0.37249 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0282  TetR family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 201 aa  62  0.000000008  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.356366  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1987  TetR family transcriptional regulator  40.24 
 
 		 210 aa  61.6  0.000000009  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3219  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 		 215 aa  61.6  0.00000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13232  TetR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 228 aa  61.2  0.00000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.414971 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3545  transcriptional regulator, TetR family  30.25 
 
 		 192 aa  60.5  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1372  TetR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 212 aa  60.5  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00027491 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4973  TetR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 201 aa  60.8  0.00000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0231413  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4572  TetR family transcriptional regulator  35.85 
 
 		 208 aa  60.5  0.00000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.270475 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0059  transcriptional regulator, TetR family  21.65 
 
 		 194 aa  60.1  0.00000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00007304  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3299  transcriptional regulator, TetR family  35.78 
 
 		 307 aa  59.7  0.00000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1467  transcriptional regulator, TetR family  41.43 
 
 		 217 aa  59.3  0.00000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4672  TetR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 224 aa  59.3  0.00000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.959951  normal  0.170381 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4094  TetR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 204 aa  58.9  0.00000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0325183  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1397  TetR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 224 aa  58.9  0.00000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.515474  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4245  regulatory protein, TetR  38.64 
 
 		 221 aa  58.9  0.00000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.933468  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1415  TetR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 224 aa  58.9  0.00000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1451  TetR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 224 aa  58.9  0.00000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3995  transcriptional regulator, TetR family  28.9 
 
 		 197 aa  58.5  0.00000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.200757  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4193  TetR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 200 aa  58.5  0.00000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2285  TetR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 211 aa  57.8  0.0000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0118465  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2434  transcriptional regulator, TetR family  31.65 
 
 		 211 aa  57.8  0.0000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0452  TetR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 212 aa  58.2  0.0000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.681881  decreased coverage  0.00000297509 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2558  TetR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 190 aa  58.2  0.0000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1381  transcriptional regulator, TetR family  27.14 
 
 		 184 aa  58.2  0.0000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.419771  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3892  regulatory protein TetR  42.86 
 
 		 214 aa  57.8  0.0000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2741  TetR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 215 aa  57.8  0.0000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1709  transcriptional regulator, TetR family  24.37 
 
 		 198 aa  57.8  0.0000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3715  TetR family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 208 aa  57  0.0000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.158333 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_30610  transcriptional regulator  36.14 
 
 		 201 aa  57.8  0.0000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1941  transcriptional regulator, TetR family  24.23 
 
 		 189 aa  57.4  0.0000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.842083  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47520  putative transcriptional regulator  42.67 
 
 		 197 aa  57.4  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0265  TetR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 194 aa  57.8  0.0000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.250901  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2948  TetR family transcriptional regulator  22.51 
 
 		 191 aa  57.8  0.0000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6941  transcriptional regulator, TetR family  27.78 
 
 		 221 aa  56.6  0.0000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0355  transcriptional regulator, TetR family  38.71 
 
 		 195 aa  56.6  0.0000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1632  transcriptional regulator, TetR family  35.48 
 
 		 239 aa  56.6  0.0000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4734  TetR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 242 aa  56.6  0.0000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3836  transcriptional regulator, TetR family  40.3 
 
 		 192 aa  56.6  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.410307  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1795  TetR family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 224 aa  56.6  0.0000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.141886 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06720  transcriptional regulator, TetR family  30.39 
 
 		 221 aa  56.2  0.0000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0361  TetR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 212 aa  56.2  0.0000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.23201  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15710  transcriptional regulator  41.18 
 
 		 221 aa  56.2  0.0000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.274511  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1493  TetR family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 200 aa  56.2  0.0000004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2304  transcriptional regulator, TetR family  27.98 
 
 		 201 aa  56.2  0.0000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7816  transcriptional regulator, TetR family  28.97 
 
 		 216 aa  56.2  0.0000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0740  TetR family transcriptional regulator  41.82 
 
 		 205 aa  56.2  0.0000004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.891023  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2497  transcriptional regulator, TetR family  43.24 
 
 		 221 aa  55.8  0.0000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000693939 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2775  TetR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 228 aa  55.8  0.0000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0212844  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6560  transcriptional regulator, TetR family  42.59 
 
 		 203 aa  55.8  0.0000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2575  transcriptional regulator, TetR family  30.38 
 
 		 211 aa  55.5  0.0000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000582548  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>