More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_002742 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013456  VEA_002742  tRNA pseudouridine synthase C  100 
 
 		 256 aa  533  1e-151  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.766432  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03241  tRNA pseudouridine synthase C  94.12 
 
 		 255 aa  504  9.999999999999999e-143  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0411  tRNA pseudouridine synthase C  80 
 
 		 244 aa  415  9.999999999999999e-116  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0713  tRNA pseudouridine synthase C  72.08 
 
 		 263 aa  383  1e-105  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.772217  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3171  tRNA pseudouridine synthase C  60.17 
 
 		 260 aa  316  2e-85  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3095  tRNA pseudouridine synthase C  61.7 
 
 		 260 aa  312  2.9999999999999996e-84  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.352774  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0935  tRNA pseudouridine synthase C  60.85 
 
 		 266 aa  312  2.9999999999999996e-84  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00065013  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3244  tRNA pseudouridine synthase C  60.85 
 
 		 261 aa  311  5.999999999999999e-84  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.392486 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02636  tRNA pseudouridine synthase  61.7 
 
 		 260 aa  311  7.999999999999999e-84  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.908245  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0897  pseudouridine synthase  61.7 
 
 		 260 aa  311  7.999999999999999e-84  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0921  tRNA pseudouridine synthase C  61.7 
 
 		 260 aa  311  7.999999999999999e-84  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02598  hypothetical protein  61.7 
 
 		 260 aa  311  7.999999999999999e-84  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.908938  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2935  tRNA pseudouridine synthase C  61.7 
 
 		 260 aa  311  7.999999999999999e-84  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2931  tRNA pseudouridine synthase C  61.7 
 
 		 260 aa  311  7.999999999999999e-84  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.980626 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3081  tRNA pseudouridine synthase C  61.7 
 
 		 260 aa  311  7.999999999999999e-84  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.495199  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2824  tRNA pseudouridine synthase C  58.54 
 
 		 284 aa  311  7.999999999999999e-84  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3796  tRNA pseudouridine synthase C  59.83 
 
 		 256 aa  311  9e-84  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000461215 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4054  tRNA pseudouridine synthase C  61.7 
 
 		 260 aa  311  1e-83  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3366  tRNA pseudouridine synthase C  60.43 
 
 		 261 aa  309  2e-83  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.116388  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2717  tRNA pseudouridine synthase C  57.66 
 
 		 284 aa  309  2e-83  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3441  tRNA pseudouridine synthase C  60.17 
 
 		 257 aa  308  4e-83  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1060  tRNA pseudouridine synthase C  60.17 
 
 		 257 aa  308  4e-83  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.323786  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1007  tRNA pseudouridine synthase C  60.17 
 
 		 257 aa  308  4e-83  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.228386  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2650  tRNA pseudouridine synthase C  57.61 
 
 		 284 aa  308  8e-83  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3124  tRNA pseudouridine synthase C  61.28 
 
 		 260 aa  307  1.0000000000000001e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.756442 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3187  tRNA pseudouridine synthase C  61.28 
 
 		 260 aa  306  2.0000000000000002e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.719199 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3286  tRNA pseudouridine synthase C  61.28 
 
 		 260 aa  306  2.0000000000000002e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.195915  normal  0.923379 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3106  tRNA pseudouridine synthase C  61.28 
 
 		 260 aa  305  3e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2987  tRNA pseudouridine synthase C  60 
 
 		 261 aa  305  3e-82  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3171  tRNA pseudouridine synthase C  61.28 
 
 		 260 aa  305  6e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.316896  normal  0.156294 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1436  pseudouridine synthase  55.73 
 
 		 287 aa  301  1e-80  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1442  pseudouridine synthase  55.73 
 
 		 287 aa  301  1e-80  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1472  pseudouridine synthase  55.73 
 
 		 287 aa  301  1e-80  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.329833  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2911  pseudouridine synthase  54.94 
 
 		 287 aa  299  2e-80  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.131097  normal  0.387721 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3184  pseudouridylate synthase  56.2 
 
 		 252 aa  298  8e-80  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.575849  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1339  pseudouridylate synthase  55.79 
 
 		 275 aa  296  3e-79  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1262  pseudouridylate synthase  54.55 
 
 		 293 aa  296  3e-79  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.308846  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0854  tRNA pseudouridine synthase C  57.02 
 
 		 234 aa  292  4e-78  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00000219419  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1821  pseudouridylate synthase  55 
 
 		 256 aa  289  3e-77  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1546  pseudouridylate synthase  55.06 
 
 		 298 aa  287  9e-77  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1131  pseudouridylate synthase  55 
 
 		 258 aa  285  7e-76  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0611  pseudouridine synthase  54.58 
 
 		 241 aa  284  1.0000000000000001e-75  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1214  pseudouridine synthase  53.33 
 
 		 256 aa  280  2e-74  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0262969  normal  0.0773079 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3169  pseudouridylate synthase  53.54 
 
 		 278 aa  277  1e-73  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2891  pseudouridine synthase  51.16 
 
 		 284 aa  277  1e-73  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3289  pseudouridine synthase  52.78 
 
 		 285 aa  276  2e-73  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.629665  hitchhiker  0.00000299463 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2643  pseudouridylate synthase  52.7 
 
 		 273 aa  270  1e-71  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.998826 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03037  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  51.05 
 
 		 265 aa  263  2e-69  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0267  tRNA pseudouridine synthase C  48.15 
 
 		 270 aa  252  4.0000000000000004e-66  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3160  RNA pseudouridine synthase family protein  47.11 
 
 		 250 aa  251  8.000000000000001e-66  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.466098  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0279  pseudouridine synthase  49.58 
 
 		 252 aa  248  9e-65  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000931063  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3649  tRNA pseudouridine synthase C  42.23 
 
 		 304 aa  241  7e-63  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2110  pseudouridine synthase  47.23 
 
 		 245 aa  236  2e-61  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2869  tRNA pseudouridine synthase C  44.81 
 
 		 242 aa  231  8.000000000000001e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3220  transaldolase  42.75 
 
 		 648 aa  226  2e-58  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3406  pseudouridine synthase  44.77 
 
 		 244 aa  217  1e-55  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0321433 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3329  pseudouridine synthase  42.21 
 
 		 245 aa  216  2e-55  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.346808  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2894  tRNA pseudouridine synthase C  46.41 
 
 		 261 aa  212  3.9999999999999995e-54  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0076  pseudouridine synthase  46.36 
 
 		 228 aa  209  3e-53  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.694832  normal  0.499098 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0254  pseudouridine synthase  43.75 
 
 		 249 aa  205  7e-52  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2205  pseudouridine synthase  45.15 
 
 		 242 aa  203  3e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.323157 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1955  tRNA pseudouridine synthase C  44.64 
 
 		 246 aa  202  3e-51  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0419985 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2358  pseudouridine synthase  40.85 
 
 		 225 aa  200  9.999999999999999e-51  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0324179  normal  0.496956 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1054  tRNA pseudouridine synthase C  44.96 
 
 		 235 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2478  pseudouridine synthase  44.17 
 
 		 319 aa  196  3e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.383615 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2278  tRNA pseudouridine synthase C  44.84 
 
 		 277 aa  189  2.9999999999999997e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0554113  hitchhiker  0.00000285246 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1355  pseudouridine synthase  45.74 
 
 		 268 aa  189  4e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.420116  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2505  tRNA pseudouridine synthase C  45.74 
 
 		 268 aa  189  5e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.246785  normal  0.0153229 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3296  pseudouridine synthase  43.81 
 
 		 258 aa  187  1e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02767  tRNA pseudouridine synthase C  37.8 
 
 		 238 aa  176  4e-43  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.175179  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0177  pseudouridine synthase  37.86 
 
 		 253 aa  171  1e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3492  pseudouridine synthase  40.17 
 
 		 560 aa  148  9e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2576  RNA pseudouridylate synthase family protein  30.77 
 
 		 244 aa  124  2e-27  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0224111  n/a   
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_12940  predicted protein  36.19 
 
 		 200 aa  121  9.999999999999999e-27  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0415  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C, putative  32.79 
 
 		 307 aa  116  3.9999999999999997e-25  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1598  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.95 
 
 		 334 aa  114  2.0000000000000002e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.8835  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.95 
 
 		 347 aa  114  2.0000000000000002e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1840  RluA family pseudouridine synthase  31.4 
 
 		 304 aa  113  3e-24  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  28.97 
 
 		 300 aa  113  3e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3085  RluA family pseudouridine synthase  34.29 
 
 		 398 aa  113  4.0000000000000004e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.780286  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0657  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.54 
 
 		 320 aa  112  8.000000000000001e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.422678 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2148  pseudouridine synthase  30.73 
 
 		 216 aa  110  2.0000000000000002e-23  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3159  pseudouridine synthase, RluA family  31.84 
 
 		 329 aa  110  2.0000000000000002e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1479  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.2 
 
 		 316 aa  110  3e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352781  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2250  pseudouridine synthase  32.33 
 
 		 238 aa  110  3e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.211123  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0522  pseudouridine synthase, RluA family  32.92 
 
 		 304 aa  109  4.0000000000000004e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1288  RluA family pseudouridine synthase  31.4 
 
 		 285 aa  109  4.0000000000000004e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.543506  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  32.67 
 
 		 311 aa  109  4.0000000000000004e-23  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1777  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.8 
 
 		 328 aa  109  4.0000000000000004e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00553261  decreased coverage  0.000101871 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  32.67 
 
 		 311 aa  109  5e-23  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  31.12 
 
 		 306 aa  109  5e-23  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0569  putative RNA pseudouridylate synthase  35.22 
 
 		 561 aa  109  5e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.78 
 
 		 318 aa  108  6e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0268386  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25580  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.3 
 
 		 318 aa  108  6e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.050794  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.65 
 
 		 303 aa  107  2e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0061  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.83 
 
 		 321 aa  107  2e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102185  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1237  RluA family pseudouridine synthase  31.8 
 
 		 334 aa  107  2e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.289539  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3345  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.71 
 
 		 333 aa  107  2e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1196  pseudouridine synthase, RluA family  27.89 
 
 		 307 aa  107  2e-22  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2133  RluA family pseudouridine synthase  30.38 
 
 		 318 aa  106  3e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>