More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_0056 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007520  Tcr_0056  secretion protein HlyD  100 
 
 		 354 aa  725    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0671  secretion protein HlyD  33.15 
 
 		 432 aa  212  9e-54  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1715  acriflavin resistance periplasmic protein  33.14 
 
 		 357 aa  200  3e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000921401  normal  0.0591325 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1354  HlyD family secretion protein  31.64 
 
 		 364 aa  196  5.000000000000001e-49  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000336467  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3695  RND family efflux transporter MFP subunit  32.85 
 
 		 360 aa  194  3e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.101272  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1916  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.06 
 
 		 388 aa  191  2e-47  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.631291  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0467  RND family efflux transporter MFP subunit  32.84 
 
 		 360 aa  190  4e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.949455  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4314  RND family efflux transporter MFP subunit  34.21 
 
 		 360 aa  187  2e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00180968  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0668  RND family efflux transporter MFP subunit  33.82 
 
 		 360 aa  187  2e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3712  RND family efflux transporter MFP subunit  32.94 
 
 		 367 aa  186  7e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.975013  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2562  RND family efflux transporter MFP subunit  32.45 
 
 		 389 aa  184  2.0000000000000003e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.718255  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0664  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.24 
 
 		 360 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0641  RND family efflux transporter MFP subunit  33.24 
 
 		 360 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1730  RND family efflux transporter MFP subunit  32.45 
 
 		 368 aa  182  8.000000000000001e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.674972  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0034  secretion protein, HlyD family  31.36 
 
 		 369 aa  181  2e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3848  RND family efflux transporter MFP subunit  29.97 
 
 		 361 aa  179  7e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.918542  normal  0.711455 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3992  RND efflux system membrane fusion protein  31.34 
 
 		 366 aa  178  2e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3401  RND family efflux transporter MFP subunit  33.04 
 
 		 360 aa  177  2e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.392528  hitchhiker  0.00103818 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0551  RND family efflux transporter MFP subunit  32.74 
 
 		 360 aa  177  2e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.139954 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1613  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.57 
 
 		 469 aa  174  1.9999999999999998e-42  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3571  RND family efflux transporter MFP subunit  32.75 
 
 		 360 aa  173  3.9999999999999995e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.239658  normal  0.276589 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01875  hypothetical protein  32.12 
 
 		 343 aa  172  9e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003810  linker protein putative  29.49 
 
 		 365 aa  171  1e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1280  putative multidrug resistance protein  31.23 
 
 		 343 aa  172  1e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01876  hypothetical protein  29.1 
 
 		 359 aa  172  1e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0630  RND family efflux transporter MFP subunit  30.51 
 
 		 364 aa  171  2e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003811  membrane-fusion protein  31.67 
 
 		 343 aa  170  3e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1435  RND family efflux transporter MFP subunit  31.32 
 
 		 359 aa  170  3e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3664  RND family efflux transporter MFP subunit  33.93 
 
 		 370 aa  170  4e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1351  putative multidrug resistance protein precursor  31.64 
 
 		 357 aa  166  5e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0697  RND family efflux transporter MFP subunit  32.16 
 
 		 359 aa  166  5.9999999999999996e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2715  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.69 
 
 		 366 aa  166  6.9999999999999995e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.37732  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4144  RND family efflux transporter MFP subunit  29.65 
 
 		 365 aa  162  9e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.473768 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2115  RND family efflux transporter MFP subunit  28.61 
 
 		 358 aa  162  9e-39  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.243289  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1352  organic solvent efflux pump precursor (periplasmic linker protein component)  30.72 
 
 		 359 aa  157  3e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.896212  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1511  secretion protein HlyD  29.74 
 
 		 357 aa  156  5.0000000000000005e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1279  HlyD family secretion protein  26.48 
 
 		 359 aa  156  7e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0674  periplasmic linker protein  28.49 
 
 		 358 aa  155  1e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1418  RND family efflux transporter MFP subunit  26.85 
 
 		 384 aa  154  2e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.267918  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0849  RND family efflux transporter MFP subunit  29.38 
 
 		 360 aa  151  2e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.880012  normal  0.445386 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3643  RND family efflux transporter MFP subunit  29.38 
 
 		 360 aa  151  2e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3513  RND family efflux transporter MFP subunit  29.38 
 
 		 360 aa  151  2e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05965  hypothetical protein  29.83 
 
 		 357 aa  149  6e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000228  membrane-fusion protein  30.59 
 
 		 357 aa  147  2.0000000000000003e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1263  efflux transporter  25 
 
 		 415 aa  148  2.0000000000000003e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.471028  normal  0.778162 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0630  secretion protein HlyD  30.61 
 
 		 357 aa  147  3e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0232449  normal  0.116732 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0793  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.65 
 
 		 390 aa  146  5e-34  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2293  RND family efflux transporter MFP subunit  28.01 
 
 		 371 aa  145  1e-33  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2567  RND family efflux transporter MFP subunit  27.33 
 
 		 331 aa  137  2e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.17029 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4143  RND family efflux transporter MFP subunit  27.35 
 
 		 343 aa  137  4e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.478516 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3002  membrane-fusion protein, component of multidrug efflux system  28.53 
 
 		 367 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2871  RND family efflux transporter MFP subunit  27.38 
 
 		 357 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02529  putative multidrug resistance protein (substrate binding lipoprotein)  28.53 
 
 		 403 aa  127  2.0000000000000002e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1510  secretion protein HlyD  27.42 
 
 		 357 aa  125  1e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0673  multidrug resistance protein  27.35 
 
 		 354 aa  124  2e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2532  secretion protein HlyD  29.15 
 
 		 359 aa  123  6e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.19676  normal  0.860631 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000654  putative efflux protein  27.51 
 
 		 360 aa  122  9e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02664  putative multidrug resistance protein (substrate binding lipoprotein)  25.92 
 
 		 359 aa  122  9.999999999999999e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0150101  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2234  RND family efflux transporter MFP subunit  28.32 
 
 		 407 aa  119  7.999999999999999e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.282252  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3214  putative efflux protein  27.07 
 
 		 367 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3773  RND family efflux transporter MFP subunit  25.99 
 
 		 384 aa  117  1.9999999999999998e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.265534  normal  0.799504 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2214  putative component of multidrug efflux system  29.16 
 
 		 368 aa  117  3e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.082194  normal  0.474627 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2814  RND family efflux transporter MFP subunit  26.8 
 
 		 370 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2778  RND family efflux transporter MFP subunit  24.79 
 
 		 359 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.223876 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0915  secretion protein, putative  29.13 
 
 		 368 aa  115  2.0000000000000002e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2781  RND family efflux transporter MFP subunit  27.7 
 
 		 372 aa  114  3e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00032103  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1079  secretion protein HlyD  25.5 
 
 		 366 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0767  RND family efflux transporter MFP subunit  26.21 
 
 		 372 aa  112  7.000000000000001e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00075698  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0591  RND family efflux transporter MFP subunit  26.11 
 
 		 350 aa  112  9e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1356  secretion protein HlyD  27.25 
 
 		 365 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.925373  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0746  AcrA/E family efflux transporter MFP subunit  27.89 
 
 		 366 aa  110  5e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.339879  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1462  RND family efflux transporter MFP subunit  25.34 
 
 		 418 aa  109  6e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000227  periplasmic linker protein  25.85 
 
 		 353 aa  109  7.000000000000001e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3758  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.79 
 
 		 379 aa  109  7.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2426  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.93 
 
 		 365 aa  109  9.000000000000001e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.54628  hitchhiker  0.0000000883837 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3301  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.86 
 
 		 366 aa  108  1e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.168698  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1452  RND family efflux transporter MFP subunit  26.18 
 
 		 369 aa  108  1e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0187105  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1943  secretion protein HlyD  27.22 
 
 		 523 aa  107  2e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.354822  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3351  RND family efflux transporter MFP subunit  24.59 
 
 		 367 aa  107  2e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2557  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.72 
 
 		 356 aa  107  3e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000000027885  normal  0.211023 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6340  secretion protein HlyD  24.65 
 
 		 369 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.900675  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0730  RND family efflux transporter MFP subunit  26.65 
 
 		 350 aa  107  3e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.13685  normal  0.700394 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  24.65 
 
 		 369 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357806  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1752  RND family efflux transporter MFP subunit  24.93 
 
 		 369 aa  107  4e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3470  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.36 
 
 		 379 aa  106  6e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.430372  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1186  RND family efflux transporter MFP subunit  24.93 
 
 		 374 aa  106  7e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.425099  normal  0.0297054 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1081  secretion protein HlyD  29.2 
 
 		 374 aa  105  1e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.157732  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0200  secretion protein HlyD  26.51 
 
 		 365 aa  105  2e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4902  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.75 
 
 		 368 aa  104  2e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1462  RND efflux membrane fusion protein precursor  25 
 
 		 367 aa  104  2e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1122  RND family efflux transporter MFP subunit  23.72 
 
 		 366 aa  105  2e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2960  RND family efflux transporter MFP subunit  28.3 
 
 		 387 aa  104  3e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.147665  hitchhiker  0.0025793 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2027  secretion protein HlyD  26.74 
 
 		 390 aa  104  3e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.423658  normal  0.283543 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16800  putative efflux transmembrane protein  25 
 
 		 367 aa  103  5e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0868415  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3340  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.58 
 
 		 379 aa  102  7e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0815  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.1 
 
 		 386 aa  102  7e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4207  RND family efflux transporter MFP subunit  23.4 
 
 		 366 aa  102  8e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.647045 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1516  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.08 
 
 		 366 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0513  RND family efflux transporter MFP subunit  27.58 
 
 		 435 aa  101  2e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.497794  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2229  RND family efflux transporter MFP subunit  25.28 
 
 		 405 aa  101  2e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>