More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2552 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2552  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 616 aa  1264    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.437338  normal  0.0565568 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1807  extracellular solute-binding protein  49.11 
 
 		 665 aa  578  1.0000000000000001e-163  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.625712  normal  0.143321 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0526  extracellular solute-binding protein  48.62 
 
 		 643 aa  574  1.0000000000000001e-162  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0241638  normal  0.268494 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0704  ABC peptide transporter, substrate binding protein  49.5 
 
 		 645 aa  558  1e-158  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.49782  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2359  extracellular solute-binding protein  49.02 
 
 		 645 aa  561  1e-158  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0844875  normal  0.182874 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0655  ABC peptide transporter  49.08 
 
 		 633 aa  557  1e-157  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3863  extracellular solute-binding protein  45.01 
 
 		 643 aa  541  9.999999999999999e-153  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1759  extracellular solute-binding protein  38.24 
 
 		 609 aa  401  9.999999999999999e-111  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.358749  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3914  extracellular solute-binding protein family 5  40.07 
 
 		 630 aa  396  1e-109  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3716  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  37.58 
 
 		 609 aa  394  1e-108  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3358  extracellular solute-binding protein  38.5 
 
 		 636 aa  382  1e-105  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0726814  normal  0.160875 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2061  extracellular solute-binding protein  38.33 
 
 		 616 aa  384  1e-105  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.409615  normal  0.170665 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1615  extracellular solute-binding protein  39.23 
 
 		 627 aa  384  1e-105  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.316028 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0515  extracellular solute-binding protein family 5  39.39 
 
 		 626 aa  383  1e-105  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2182  extracellular solute-binding protein  37 
 
 		 610 aa  381  1e-104  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7054  oligopeptide ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  38 
 
 		 614 aa  379  1e-104  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.334122  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3166  extracellular solute-binding protein  37.65 
 
 		 615 aa  382  1e-104  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0422  extracellular solute-binding protein family 5  37.69 
 
 		 625 aa  379  1e-104  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.175563  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3640  extracellular solute-binding protein  38.38 
 
 		 615 aa  377  1e-103  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.133111 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0248  extracellular solute-binding protein  37.76 
 
 		 626 aa  377  1e-103  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2274  extracellular solute-binding protein  37.65 
 
 		 600 aa  375  1e-102  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3471  extracellular solute-binding protein  35.55 
 
 		 609 aa  372  1e-101  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.640162  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0343  extracellular solute-binding protein  38.72 
 
 		 624 aa  370  1e-101  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3485  putative solute-binding protein  34.56 
 
 		 626 aa  370  1e-101  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29640  oligopeptide ABC transporter, periplasmic substrate binding protein  37.06 
 
 		 609 aa  367  1e-100  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.113024  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0388  extracellular solute-binding protein family 5  37.3 
 
 		 624 aa  368  1e-100  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.420489  normal  0.698142 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0249  extracellular solute-binding protein  37.41 
 
 		 670 aa  368  1e-100  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41110  putative solute-binding protein  34.72 
 
 		 609 aa  368  1e-100  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4146  peptide ABC transporter, periplamic peptide-binding protein  35.71 
 
 		 609 aa  364  2e-99  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1719  extracellular solute-binding protein  35.71 
 
 		 646 aa  365  2e-99  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.244782  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3718  extracellular solute-binding protein  35.71 
 
 		 590 aa  365  2e-99  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.357391  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1538  extracellular solute-binding protein  37.04 
 
 		 609 aa  363  4e-99  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7055  oligopeptide ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  36.77 
 
 		 614 aa  363  4e-99  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0391894  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2633  extracellular solute-binding protein  37.94 
 
 		 629 aa  362  1e-98  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.350381  normal  0.525149 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1497  ABC transporter periplamic substrate-binding protein  35.26 
 
 		 602 aa  361  2e-98  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0289  extracellular solute-binding protein  37.5 
 
 		 632 aa  360  3e-98  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2786  extracellular solute-binding protein  35.26 
 
 		 602 aa  360  3e-98  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.426757  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2153  extracellular solute-binding protein  38.9 
 
 		 597 aa  361  3e-98  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.453344 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1348  extracellular solute-binding protein family 5  37.33 
 
 		 603 aa  360  5e-98  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0798387  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2711  ABC transporter, periplamic substrate-binding protein  35.09 
 
 		 602 aa  359  8e-98  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4147  peptide ABC transporter, periplamic peptide-binding protein  35.91 
 
 		 611 aa  358  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1718  extracellular solute-binding protein  36.07 
 
 		 611 aa  358  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.359306  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0597  extracellular solute-binding protein  37.48 
 
 		 633 aa  357  2.9999999999999997e-97  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3728  extracellular solute-binding protein  37.01 
 
 		 621 aa  357  3.9999999999999996e-97  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3472  extracellular solute-binding protein  35.97 
 
 		 611 aa  357  5e-97  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0288  extracellular solute-binding protein  36.97 
 
 		 631 aa  356  6.999999999999999e-97  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0379  extracellular solute-binding protein  37.5 
 
 		 628 aa  354  2e-96  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0289  ABC transporter extracellular solute-binding protein  35.36 
 
 		 606 aa  353  4e-96  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3719  extracellular solute-binding protein  35.57 
 
 		 611 aa  352  8e-96  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0280101  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1946  extracellular solute-binding protein  36.65 
 
 		 611 aa  352  1e-95  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.185407  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0180  extracellular solute-binding protein family 5  36.84 
 
 		 607 aa  351  2e-95  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0115715  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1645  extracellular solute-binding protein family 5  34.43 
 
 		 602 aa  351  2e-95  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.819399  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1916  extracellular solute-binding protein family 5  35.02 
 
 		 602 aa  351  3e-95  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3534  extracellular solute-binding protein  36.75 
 
 		 626 aa  350  4e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.173833  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2326  ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  34.21 
 
 		 604 aa  349  1e-94  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00440714 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4213  extracellular solute-binding protein family 5  36.11 
 
 		 621 aa  348  2e-94  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.238618  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2060  extracellular solute-binding protein  36.03 
 
 		 615 aa  348  2e-94  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163136  normal  0.391933 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4214  extracellular solute-binding protein family 5  36.64 
 
 		 631 aa  346  6e-94  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.159532  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2129  extracellular solute-binding protein  36.53 
 
 		 627 aa  345  1e-93  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.641802  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2410  extracellular solute-binding protein  33.93 
 
 		 601 aa  345  1e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00115101 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2453  extracellular solute-binding protein  33.93 
 
 		 601 aa  345  1e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.958299  hitchhiker  0.000003014 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2456  extracellular solute-binding protein  33.93 
 
 		 601 aa  345  1e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02107  predicted oligopeptide transporter subunit  33.72 
 
 		 604 aa  344  2.9999999999999997e-93  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.213726  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1480  extracellular solute-binding protein family 5  33.66 
 
 		 604 aa  344  2.9999999999999997e-93  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.173724  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2315  ABC transporter, peripllasmic solute-binding proteins  33.66 
 
 		 604 aa  344  2.9999999999999997e-93  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1470  extracellular solute-binding protein  33.72 
 
 		 604 aa  344  2.9999999999999997e-93  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000141163  normal  0.0234366 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02066  hypothetical protein  33.72 
 
 		 604 aa  344  2.9999999999999997e-93  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.250617  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3315  ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  33.88 
 
 		 604 aa  344  2.9999999999999997e-93  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.644955  normal  0.133502 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2475  ABC transporter, peripllasmic solute-binding proteins  33.72 
 
 		 604 aa  343  4e-93  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1770  extracellular solute-binding protein  36.94 
 
 		 635 aa  343  5.999999999999999e-93  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.235807  normal  0.035612 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0378  extracellular solute-binding protein  35.67 
 
 		 659 aa  342  9e-93  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.296975  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0781  ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  33.55 
 
 		 604 aa  342  1e-92  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2365  extracellular solute-binding protein  33.77 
 
 		 601 aa  342  1e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0436387  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2567  extracellular solute-binding protein  33.77 
 
 		 601 aa  341  2e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00156108 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0576  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  35.48 
 
 		 615 aa  340  5.9999999999999996e-92  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0542  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  35.48 
 
 		 616 aa  339  9.999999999999999e-92  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0535  putative peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  33.94 
 
 		 611 aa  338  9.999999999999999e-92  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2181  extracellular solute-binding protein  34.75 
 
 		 613 aa  338  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1771  extracellular solute-binding protein  34.96 
 
 		 625 aa  338  1.9999999999999998e-91  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.235807  normal  0.0344403 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0514  extracellular solute-binding protein family 5  36.35 
 
 		 617 aa  337  2.9999999999999997e-91  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.772903  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3717  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  35.8 
 
 		 618 aa  337  3.9999999999999995e-91  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2146  extracellular solute-binding protein  36.56 
 
 		 661 aa  337  3.9999999999999995e-91  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.155446  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1758  extracellular solute-binding protein  35.97 
 
 		 618 aa  336  7e-91  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.316004  normal  0.0569954 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3246  extracellular solute-binding protein  34.7 
 
 		 602 aa  336  7.999999999999999e-91  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.645009  normal  0.0170676 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2632  extracellular solute-binding protein  35.47 
 
 		 638 aa  334  2e-90  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.267737 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2773  extracellular solute-binding protein  33.83 
 
 		 600 aa  335  2e-90  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3535  twin-arginine translocation pathway signal  36.36 
 
 		 631 aa  334  3e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.10202  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2336  extracellular solute-binding protein family 5  34.15 
 
 		 603 aa  333  5e-90  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1014  extracellular solute-binding protein family 5  37.05 
 
 		 628 aa  333  6e-90  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.517437  normal  0.0342428 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1173  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  37.29 
 
 		 625 aa  333  7.000000000000001e-90  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000592479  normal  0.415148 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41130  putative binding protein component of ABC transporter  35.97 
 
 		 615 aa  333  7.000000000000001e-90  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0015  extracellular solute-binding protein  34.35 
 
 		 622 aa  332  9e-90  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.440164  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1108  extracellular solute-binding protein family 5  37.38 
 
 		 628 aa  332  1e-89  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.762365 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3486  ABC transporter periplasmic binding protein  35.41 
 
 		 615 aa  331  3e-89  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3826  extracellular solute-binding protein family 5  34.76 
 
 		 610 aa  330  6e-89  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0497538 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1616  extracellular solute-binding protein  36.76 
 
 		 621 aa  328  1.0000000000000001e-88  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.320311 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37880  putative binding protein component of ABC transporter  33.61 
 
 		 602 aa  327  5e-88  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00173754  normal  0.230207 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4084  extracellular solute-binding protein  34.36 
 
 		 622 aa  327  6e-88  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0010  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  33.55 
 
 		 622 aa  326  9e-88  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.427067  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0010  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  33.44 
 
 		 610 aa  325  1e-87  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.113788  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>