More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_1453 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_1453  preprotein translocase subunit SecD  100 
 
 		 531 aa  1063    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2073  preprotein translocase subunit SecD  63.31 
 
 		 535 aa  652    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1714  preprotein translocase subunit SecD  61.64 
 
 		 537 aa  653    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4406  preprotein translocase subunit SecD  47.66 
 
 		 533 aa  489  1e-137  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.638067  normal  0.207578 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1799  preprotein translocase subunit SecD  46 
 
 		 533 aa  480  1e-134  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.127943  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1769  preprotein translocase subunit SecD  45.61 
 
 		 532 aa  473  1e-132  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.462584  normal  0.0130342 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3036  preprotein translocase subunit SecD  47.05 
 
 		 535 aa  471  1.0000000000000001e-131  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3172  preprotein translocase subunit SecD  45.79 
 
 		 533 aa  467  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.881845  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2732  preprotein translocase subunit SecD  45.98 
 
 		 533 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.735593  normal  0.282861 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2776  preprotein translocase subunit SecD  45.15 
 
 		 534 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.336703  normal  0.245371 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2777  preprotein translocase subunit SecD  46.54 
 
 		 533 aa  465  1e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.626907  normal  0.768312 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1796  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  45 
 
 		 856 aa  453  1.0000000000000001e-126  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4309  preprotein translocase subunit SecD  44.51 
 
 		 535 aa  447  1.0000000000000001e-124  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2658  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  45.56 
 
 		 856 aa  436  1e-121  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3108  preprotein translocase subunit SecD  42.7 
 
 		 532 aa  429  1e-119  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.2173 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2855  protein-export membrane protein SecD  45.14 
 
 		 532 aa  430  1e-119  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.20247 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2491  protein-export membrane protein SecD  45.09 
 
 		 534 aa  419  1e-116  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.743414  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2188  protein-export membrane protein SecD  44.1 
 
 		 534 aa  416  9.999999999999999e-116  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.521622  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3671  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  44.32 
 
 		 853 aa  415  1e-114  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0862684  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4747  protein-export membrane protein SecD  44.12 
 
 		 533 aa  413  1e-114  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.122054  normal  0.0344397 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4598  protein-export membrane protein SecD  43.85 
 
 		 532 aa  409  1e-113  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.278601  normal  0.122779 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4228  protein-export membrane protein SecD  44.04 
 
 		 532 aa  410  1e-113  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.250212  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1001  protein-export membrane protein SecD  45.02 
 
 		 531 aa  411  1e-113  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.541747  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2276  protein-export membrane protein SecD  44.36 
 
 		 534 aa  409  1e-113  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.394363  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0456  preprotein translocase subunit SecD  41.74 
 
 		 554 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.171448  normal  0.0964807 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1084  preprotein translocase subunit SecD  41.64 
 
 		 556 aa  398  1e-109  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.111435 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0290  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  41.89 
 
 		 849 aa  392  1e-108  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.870898 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0321  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  43.11 
 
 		 848 aa  393  1e-108  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.898839 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1416  preprotein translocase subunit SecD  41.04 
 
 		 554 aa  393  1e-108  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.457453  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0444  preprotein translocase subunit SecD  41.99 
 
 		 554 aa  390  1e-107  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0562014  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1798  preprotein translocase subunit SecD  41.99 
 
 		 554 aa  390  1e-107  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0996  preprotein translocase subunit SecD  39.18 
 
 		 554 aa  391  1e-107  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1859  preprotein translocase subunit SecD  42.8 
 
 		 554 aa  386  1e-106  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.182959  normal  0.940484 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6059  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  43.73 
 
 		 839 aa  384  1e-105  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1899  protein-export membrane protein SecD  38.91 
 
 		 551 aa  377  1e-103  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.680962  normal  0.478196 
 
 
-
 
NC_004310  BR1324  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  41.87 
 
 		 845 aa  373  1e-102  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0375911  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1284  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  41.68 
 
 		 844 aa  370  1e-101  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1860  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  41.48 
 
 		 844 aa  372  1e-101  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3212  protein-export membrane protein SecD  39.49 
 
 		 525 aa  365  1e-100  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0181  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  42.44 
 
 		 844 aa  355  1e-96  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1892  preprotein translocase subunit SecD  40.04 
 
 		 533 aa  353  2.9999999999999997e-96  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000256259  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3280  preprotein translocase subunit SecD  41.92 
 
 		 625 aa  350  3e-95  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.527735  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2617  preprotein translocase subunit SecD  39.63 
 
 		 533 aa  350  4e-95  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1818  preprotein translocase subunit SecD  39.59 
 
 		 530 aa  348  1e-94  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00022831  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4005  preprotein translocase subunit SecD  40.48 
 
 		 632 aa  348  1e-94  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2009  preprotein translocase subunit SecD  40.49 
 
 		 530 aa  348  1e-94  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0878  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  38.3 
 
 		 834 aa  348  2e-94  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.335263  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1784  preprotein translocase subunit SecD  38.62 
 
 		 532 aa  347  2e-94  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00162006 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3355  preprotein translocase subunit SecD  40.48 
 
 		 632 aa  348  2e-94  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4644  preprotein translocase subunit SecD  40.23 
 
 		 632 aa  347  3e-94  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1230  preprotein translocase subunit SecD  39 
 
 		 614 aa  346  5e-94  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.181896  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1341  preprotein translocase subunit SecD  40 
 
 		 532 aa  344  2e-93  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.087277  normal  0.613358 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1718  preprotein translocase subunit SecD  38.2 
 
 		 533 aa  344  2.9999999999999997e-93  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1798  preprotein translocase subunit SecD  38.86 
 
 		 530 aa  343  2.9999999999999997e-93  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0846  preprotein translocase subunit SecD  38.96 
 
 		 533 aa  343  5e-93  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000476642  normal  0.132271 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0854  preprotein translocase subunit SecD  40.41 
 
 		 533 aa  342  8e-93  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0541  preprotein translocase subunit SecD  39.59 
 
 		 532 aa  341  2e-92  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0137043 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2442  protein-export membrane protein SecD  39.82 
 
 		 524 aa  340  2.9999999999999998e-92  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00000311445  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2433  preprotein translocase subunit SecD  37.64 
 
 		 532 aa  339  7e-92  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.932422  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2079  preprotein translocase protein SecD  41.92 
 
 		 604 aa  338  1.9999999999999998e-91  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0681  preprotein translocase subunit SecD  38.1 
 
 		 531 aa  337  2.9999999999999997e-91  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.565803  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0838  preprotein translocase subunit SecD  40.88 
 
 		 640 aa  336  5e-91  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1715  protein-export membrane protein SecD  40 
 
 		 594 aa  334  3e-90  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3409  preprotein translocase subunit SecD  40 
 
 		 621 aa  333  3e-90  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.768129  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2057  protein-export membrane protein SecD  40 
 
 		 594 aa  334  3e-90  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1239  protein-export membrane protein SecD  38.21 
 
 		 533 aa  333  4e-90  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5119  preprotein translocase subunit SecD  39.88 
 
 		 627 aa  333  5e-90  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4087  preprotein translocase subunit SecD  41.14 
 
 		 636 aa  333  7.000000000000001e-90  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.15751  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01347  preprotein translocase subunit SecD  40.67 
 
 		 599 aa  332  1e-89  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.151962  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03171  Acriflavin resistance protein  36.8 
 
 		 843 aa  329  8e-89  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0086  preprotein translocase subunit SecD  35.26 
 
 		 501 aa  327  3e-88  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.509625  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0877  preprotein translocase subunit SecD  39.06 
 
 		 615 aa  325  1e-87  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0883  preprotein translocase subunit SecD  37.62 
 
 		 508 aa  325  1e-87  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1063  preprotein translocase subunit SecD  39.26 
 
 		 615 aa  325  1e-87  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00256647 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1106  preprotein translocase subunit SecD  37.89 
 
 		 505 aa  323  4e-87  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.737656  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2810  preprotein translocase subunit SecD  38.07 
 
 		 621 aa  322  9.999999999999999e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3201  protein-export membrane protein SecD  38.17 
 
 		 604 aa  320  3e-86  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.167397  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0466  preprotein translocase subunit SecD  38.93 
 
 		 615 aa  320  3e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3225  preprotein translocase subunit SecD  38.17 
 
 		 604 aa  320  3e-86  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.457914  hitchhiker  0.00000220398 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0507  preprotein translocase subunit SecD  38.93 
 
 		 615 aa  320  3e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.714923  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0447  preprotein translocase subunit SecD  38.93 
 
 		 615 aa  320  3e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00356  protein export protein SecD  38.17 
 
 		 615 aa  320  3.9999999999999996e-86  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.698554  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0327  preprotein translocase subunit SecD  38.17 
 
 		 615 aa  320  3.9999999999999996e-86  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.328268  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00360  hypothetical protein  38.17 
 
 		 615 aa  320  3.9999999999999996e-86  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.674482  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0440  preprotein translocase subunit SecD  38.17 
 
 		 615 aa  320  3.9999999999999996e-86  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0488  preprotein translocase subunit SecD  38.17 
 
 		 615 aa  320  3.9999999999999996e-86  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0438  preprotein translocase subunit SecD  38.17 
 
 		 615 aa  320  3.9999999999999996e-86  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0503  preprotein translocase subunit SecD  38.26 
 
 		 534 aa  320  3.9999999999999996e-86  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.153104  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0277  preprotein translocase subunit SecD  40.4 
 
 		 626 aa  320  3.9999999999999996e-86  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.130868  normal  0.176148 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0478  preprotein translocase subunit SecD  38.17 
 
 		 615 aa  320  3.9999999999999996e-86  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0453  preprotein translocase subunit SecD  38.93 
 
 		 615 aa  319  6e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0446  preprotein translocase subunit SecD  38.93 
 
 		 615 aa  319  6e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1449  preprotein translocase subunit SecD  40.99 
 
 		 616 aa  319  9e-86  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00202636  normal  0.0146122 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1437  preprotein translocase subunit SecD  40.99 
 
 		 616 aa  319  9e-86  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000013441  hitchhiker  0.000143717 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3866  preprotein translocase subunit SecD  39.17 
 
 		 626 aa  318  2e-85  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2715  preprotein translocase subunit SecD  37.68 
 
 		 626 aa  316  5e-85  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.177706 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1929  preprotein translocase subunit SecD  38.72 
 
 		 526 aa  316  6e-85  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.991559  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1384  preprotein translocase subunit SecD  40.79 
 
 		 616 aa  316  8e-85  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000494152  hitchhiker  0.000000727457 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3111  preprotein translocase subunit SecD  40.79 
 
 		 616 aa  315  9.999999999999999e-85  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2482  preprotein translocase subunit SecD  41.24 
 
 		 616 aa  315  9.999999999999999e-85  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000187651  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>