95 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2756 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_2756  hypothetical protein  100 
 
 		 137 aa  284  2.9999999999999996e-76  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0928173 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1882  TetR family transcriptional regulator  86.86 
 
 		 137 aa  251  2.0000000000000002e-66  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0571882 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1823  TetR family transcriptional regulator  77.44 
 
 		 137 aa  216  7e-56  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000376424  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2816  hypothetical protein  35.82 
 
 		 222 aa  51.6  0.000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0366008  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00902  transcription regulator protein  30.11 
 
 		 209 aa  48.1  0.00004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.806346  normal  0.603909 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0354  hypothetical protein  42.31 
 
 		 230 aa  47.8  0.00005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0313675 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3866  TetR family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 230 aa  47.8  0.00006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.599707  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5623  putative transcriptional regulator, TetR family  40.98 
 
 		 180 aa  47.4  0.00007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.118423  normal  0.282365 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4244  TetR family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 212 aa  47.4  0.00007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.950938  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4104  TetR family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 438 aa  47  0.00008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0202  TetR family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 186 aa  45.8  0.0002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3222  transcriptional regulator, TetR family  31.91 
 
 		 204 aa  45.4  0.0002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.067896  hitchhiker  0.00000207795 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01162  transcription regulator, TetR family protein  40 
 
 		 201 aa  45.1  0.0003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2893  TetR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 205 aa  45.1  0.0003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0699347  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3445  TetR family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 208 aa  45.1  0.0003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2722  TetR family transcriptional regulator  41.82 
 
 		 237 aa  45.4  0.0003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2441  TetR family transcriptional regulator  24.72 
 
 		 193 aa  45.1  0.0003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.264842  normal  0.509096 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2726  transcriptional regulator, TetR family  36.92 
 
 		 203 aa  45.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00544157 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0371  TetR family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 227 aa  45.4  0.0003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1404  transcriptional regulator, TetR family  24.72 
 
 		 193 aa  45.1  0.0004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0137  transcriptional regulator, TetR family  38.71 
 
 		 217 aa  44.7  0.0004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23170  transcriptional regulator, TetR family  37.04 
 
 		 206 aa  45.1  0.0004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.946487  normal  0.100375 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0604  TetR family transcriptional regulator  44 
 
 		 205 aa  44.7  0.0005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.229279 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3999  regulatory protein, TetR  36.07 
 
 		 258 aa  44.3  0.0005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.163281  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2867  TetR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 211 aa  44.7  0.0005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.451195  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6886  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 239 aa  44.3  0.0006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0975429  normal  0.0518769 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3517  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 236 aa  43.9  0.0008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0435497  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0262  transcriptional regulator, TetR family  38 
 
 		 199 aa  43.9  0.0008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.670528 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4245  regulatory protein, TetR  38.98 
 
 		 221 aa  43.9  0.0008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.933468  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3106  transcriptional regulator, TetR family  28.05 
 
 		 205 aa  43.9  0.0008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2692  TetR family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 195 aa  43.5  0.0009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.728372  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3136  TetR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 205 aa  43.5  0.001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.495546  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0133  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 218 aa  43.5  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.440249 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2131  transcriptional regulator, TetR family  28.05 
 
 		 205 aa  43.5  0.001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1336  TetR family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 200 aa  43.1  0.001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00010036 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3118  transcriptional regulator, TetR family  28.05 
 
 		 205 aa  43.1  0.001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4942  transcriptional regulator, TetR family  41.51 
 
 		 247 aa  43.5  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.134742  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37010  transcriptional regulator  45.83 
 
 		 195 aa  43.5  0.001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.545642 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2898  TetR family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 205 aa  43.1  0.001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2824  TetR family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 211 aa  43.1  0.001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.551621  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4249  TetR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 191 aa  42.7  0.001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.399807  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3115  TetR family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 205 aa  43.1  0.001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4599  TetR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 220 aa  42.4  0.002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2448  TetR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 204 aa  42.7  0.002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0199857  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30260  transcriptional regulator  40 
 
 		 400 aa  42.7  0.002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.473296 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25080  Transcriptional regulator, TetR family  36.23 
 
 		 191 aa  42.4  0.002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3234  transcriptional regulator, TetR family  29.33 
 
 		 191 aa  42.7  0.002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0778  TetR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 200 aa  42.4  0.002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0718  TetR family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 214 aa  42.4  0.002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4758  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 236 aa  42.7  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0425  transcriptional regulator, TetR family  44.68 
 
 		 195 aa  42.4  0.002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.752712  normal  0.122961 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1844  TetR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 242 aa  42.4  0.002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000808903 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0543  TetR family transcriptional regulator  45.1 
 
 		 203 aa  42.7  0.002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.889127 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3070  TetR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 211 aa  42.7  0.002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.519807  normal  0.499995 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0855  TetR family transcriptional regulator  35 
 
 		 196 aa  42.4  0.002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.179371  normal  0.0690104 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3139  transcriptional regulator, TetR family  26.83 
 
 		 205 aa  42  0.003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.145779  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4467  TetR family transcriptional regulator  48.98 
 
 		 206 aa  42  0.003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0963408 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4675  regulatory protein TetR  37.74 
 
 		 190 aa  42  0.003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3795  transcriptional regulator, TetR family  45.83 
 
 		 202 aa  42  0.003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.277058  hitchhiker  0.000257317 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0252  transcriptional regulator  35.71 
 
 		 224 aa  41.6  0.003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2581  regulatory protein, TetR  36.84 
 
 		 197 aa  42  0.003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.155315 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3431  transcriptional regulator, TetR family  38.46 
 
 		 189 aa  42  0.003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0778  transcriptional regulator BetI  35.38 
 
 		 211 aa  41.2  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.576335  normal  0.0961486 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0855  transcriptional regulator, TetR family  38.89 
 
 		 244 aa  41.6  0.004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3421  transcriptional regulator, TetR family  36 
 
 		 223 aa  41.6  0.004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.288907  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2105  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 202 aa  41.6  0.004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.143952  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4322  TetR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 198 aa  41.2  0.005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0136212  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0090  transcriptional regulator, TetR family  37.5 
 
 		 216 aa  41.2  0.005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4154  TetR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 234 aa  41.2  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0726195  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0891  transcriptional regulator BetI  35.38 
 
 		 208 aa  41.2  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.21263  normal  0.810171 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1231  TetR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 289 aa  41.2  0.005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00074883  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3535  TetR family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 210 aa  41.2  0.005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.926686  normal  0.288543 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1526  TetR family transcriptional regulator  42 
 
 		 208 aa  41.2  0.005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0534186  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1034  TetR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 204 aa  41.2  0.005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2518  transcriptional regulator, TetR family  39.06 
 
 		 191 aa  41.2  0.005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0208752  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0438  transcriptional regulator, TetR family  34.12 
 
 		 219 aa  41.2  0.005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.275927  normal  0.867846 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2346  hypothetical protein  33.8 
 
 		 217 aa  40.8  0.006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1467  transcriptional regulator, TetR family  35.06 
 
 		 217 aa  40.8  0.006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0836  transcriptional regulator, TetR family  23.74 
 
 		 199 aa  40.8  0.006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5863  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 222 aa  40.8  0.006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3744  transcriptional regulator, TetR family  36 
 
 		 223 aa  40.8  0.006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1805  TetR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 235 aa  40.8  0.007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.604953  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1369  TetR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 208 aa  40.8  0.007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16730  transcriptional regulator, TetR family  34.85 
 
 		 213 aa  40.4  0.008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2548  TetR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 236 aa  40.4  0.008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.00000000944763  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2214  transcriptional regulator, TetR family  36.36 
 
 		 201 aa  40.4  0.008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000301704  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2442  transcriptional regulator, TetR family  35.85 
 
 		 218 aa  40.4  0.008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.510523  normal  0.120027 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0070  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 		 202 aa  40.4  0.008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00707412 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1304  transcriptional regulator, TetR family  41.18 
 
 		 234 aa  40.4  0.008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3878  TetR family transcriptional regulator  42 
 
 		 198 aa  40  0.009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.348506 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3306  regulatory protein TetR  36.11 
 
 		 189 aa  40.4  0.009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000000516611  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3966  TetR family transcriptional regulator  42 
 
 		 198 aa  40  0.009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.176455  normal  0.497396 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11992  MarR family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 406 aa  40.4  0.009  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3892  TetR family transcriptional regulator  42 
 
 		 198 aa  40  0.009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0005  TetR family transcriptional regulator  38.3 
 
 		 195 aa  40  0.01  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0931339  normal  0.381518 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>