More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_13830 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013521  Sked_13830  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  100 
 
 		 406 aa  826    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.144001  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1530  TIM-barrel protein, nifR3 family  78.48 
 
 		 380 aa  607  9.999999999999999e-173  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.85935  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2165  TIM-barrel protein, nifR3 family  74.94 
 
 		 400 aa  563  1.0000000000000001e-159  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0853997  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2181  TIM-barrel protein, nifR3 family  71.76 
 
 		 442 aa  535  1e-151  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.14819 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1779  TIM-barrel protein, nifR3 family  65.48 
 
 		 397 aa  508  1e-143  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.081766  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06240  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  62.99 
 
 		 436 aa  498  1e-140  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1336  nifR3 family TIM-barrel protein  66.05 
 
 		 392 aa  499  1e-140  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3365  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  64.43 
 
 		 388 aa  496  1e-139  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.815066  hitchhiker  0.00739513 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1372  TIM-barrel protein, nifR3 family  65.53 
 
 		 392 aa  493  9.999999999999999e-139  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000000190113 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16990  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  64.23 
 
 		 415 aa  492  9.999999999999999e-139  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.56447  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11870  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  58.62 
 
 		 419 aa  484  1e-135  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0673914  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6811  TIM-barrel protein, nifR3 family  61.84 
 
 		 393 aa  456  1e-127  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.394979  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37590  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  63.76 
 
 		 379 aa  429  1e-119  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.298865 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7030  TIM-barrel protein, nifR3 family  62.01 
 
 		 379 aa  430  1e-119  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.417643 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4974  TIM-barrel protein, nifR3 family  58.73 
 
 		 398 aa  426  1e-118  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3809  nifR3 family TIM-barrel protein  59.85 
 
 		 391 aa  424  1e-117  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0210631 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0135  tRNA-dihydrouridine synthase  53.91 
 
 		 414 aa  419  1e-116  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.000169706  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6205  hypothetical protein  57.52 
 
 		 373 aa  421  1e-116  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0545793  normal  0.375 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10838  transcriptional regulator  60.88 
 
 		 389 aa  412  1e-114  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000011847  hitchhiker  0.0000346308 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1670  TIM-barrel protein, nifR3 family  58.9 
 
 		 400 aa  408  1.0000000000000001e-112  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3537  TIM-barrel protein, nifR3 family  55.58 
 
 		 396 aa  407  1.0000000000000001e-112  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.193197  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1667  nifR3 family TIM-barrel protein  58.89 
 
 		 455 aa  405  1.0000000000000001e-112  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2060  TIM-barrel protein, nifR3 family  57.07 
 
 		 394 aa  402  1e-111  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.453672 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0455  TIM-barrel protein, nifR3 family  52.96 
 
 		 384 aa  402  1e-111  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3919  TIM-barrel protein, nifR3 family  54.79 
 
 		 394 aa  399  9.999999999999999e-111  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5086  nifR3 family TIM-barrel protein  59.72 
 
 		 377 aa  394  1e-108  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4895  nifR3 family TIM-barrel protein  60.17 
 
 		 370 aa  388  1e-107  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.495548 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4599  nifR3 family TIM-barrel protein  60.17 
 
 		 370 aa  388  1e-107  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4512  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  60.17 
 
 		 370 aa  388  1e-107  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3432  nifR3 family TIM-barrel protein  60.43 
 
 		 368 aa  389  1e-107  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.113177 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1942  nifR3 family TIM-barrel protein  54.71 
 
 		 386 aa  384  1e-105  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.439583  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  40 
 
 		 347 aa  251  2e-65  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  40.56 
 
 		 319 aa  241  2e-62  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  37.35 
 
 		 322 aa  239  5e-62  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.35 
 
 		 328 aa  238  2e-61  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.18 
 
 		 320 aa  226  8e-58  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.28 
 
 		 332 aa  224  2e-57  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  37.42 
 
 		 326 aa  223  4.9999999999999996e-57  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  37.42 
 
 		 326 aa  223  4.9999999999999996e-57  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  39.17 
 
 		 324 aa  222  9.999999999999999e-57  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl029  tRNA dihydrouridine synthetase  37.63 
 
 		 325 aa  221  1.9999999999999999e-56  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.69 
 
 		 322 aa  221  1.9999999999999999e-56  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  40.89 
 
 		 333 aa  218  1e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  38.78 
 
 		 343 aa  217  2.9999999999999998e-55  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1078  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.78 
 
 		 343 aa  215  9e-55  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.165746  normal  0.195756 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  35.83 
 
 		 333 aa  215  9.999999999999999e-55  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.98 
 
 		 353 aa  213  4.9999999999999996e-54  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  38.82 
 
 		 332 aa  212  1e-53  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  36.22 
 
 		 332 aa  212  1e-53  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  35.91 
 
 		 332 aa  210  4e-53  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  37.8 
 
 		 332 aa  209  6e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  36.25 
 
 		 332 aa  209  8e-53  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  36.45 
 
 		 318 aa  209  8e-53  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  36.25 
 
 		 332 aa  209  9e-53  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  36.25 
 
 		 332 aa  209  9e-53  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  36.39 
 
 		 332 aa  209  1e-52  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  36.42 
 
 		 327 aa  208  1e-52  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5233  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  35.91 
 
 		 332 aa  207  2e-52  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.471264  hitchhiker  0.000000472201 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.77 
 
 		 333 aa  207  2e-52  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5572  hypothetical protein  42.37 
 
 		 332 aa  207  2e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0083  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  35.94 
 
 		 332 aa  207  4e-52  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.419375  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.11 
 
 		 351 aa  207  4e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64180  hypothetical protein  42.03 
 
 		 332 aa  207  4e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3215  tRNA-dihydrouridine synthase  36.45 
 
 		 319 aa  205  1e-51  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.618108 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.04 
 
 		 332 aa  205  1e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  37.97 
 
 		 342 aa  204  2e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0837  tRNA-dihydrouridine synthase  37.63 
 
 		 308 aa  204  2e-51  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.23 
 
 		 327 aa  204  2e-51  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0075  NifR3 family TIM-barrel protein  36.33 
 
 		 324 aa  203  4e-51  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0075  NifR3 family TIM-barrel protein  36.33 
 
 		 324 aa  203  4e-51  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0550  NifR3/Smm1 family protein  36.9 
 
 		 338 aa  200  3.9999999999999996e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.000498133  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0935  NifR3 family TIM-barrel protein  37.34 
 
 		 370 aa  199  7e-50  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.489775  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  38.93 
 
 		 327 aa  199  7e-50  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  36.45 
 
 		 347 aa  198  1.0000000000000001e-49  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2221  tRNA-dihydrouridine synthase  35.71 
 
 		 334 aa  198  2.0000000000000003e-49  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.65395  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1325  nifR3 family TIM-barrel protein  36.59 
 
 		 334 aa  197  3e-49  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.544118  normal  0.772005 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2838  tRNA-dihydrouridine synthase B  35.58 
 
 		 322 aa  197  4.0000000000000005e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00370185  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.19 
 
 		 348 aa  196  6e-49  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0953  nifR3 family TIM-barrel protein  38.14 
 
 		 344 aa  196  7e-49  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000354539  hitchhiker  0.0013853 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  36.7 
 
 		 332 aa  196  7e-49  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4695  nifR3 family TIM-barrel protein  40.6 
 
 		 337 aa  195  1e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2032  nifR3 family TIM-barrel protein  37.31 
 
 		 353 aa  194  2e-48  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4820  NifR3 family TIM-barrel protein  40.6 
 
 		 337 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  34.58 
 
 		 320 aa  194  2e-48  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.42 
 
 		 321 aa  194  2e-48  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0279  tRNA-dihydrouridine synthase  34.22 
 
 		 335 aa  194  2e-48  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.690235  hitchhiker  0.007193 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2731  NifR3 family TIM-barrel protein  33.64 
 
 		 333 aa  194  3e-48  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00411092  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4423  tRNA-dihydrouridine synthase B  35.09 
 
 		 321 aa  194  3e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000000618743  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.93 
 
 		 354 aa  194  3e-48  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2456  dihydrouridine synthase  37.14 
 
 		 350 aa  193  4e-48  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3612  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.14 
 
 		 357 aa  193  5e-48  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807702  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0645  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.37 
 
 		 350 aa  192  6e-48  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.446085  normal  0.634764 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4873  NifR3 family TIM-barrel protein  40.6 
 
 		 337 aa  192  6e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  35.69 
 
 		 333 aa  192  7e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0169584  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3688  tRNA-dihydrouridine synthase B  35.09 
 
 		 321 aa  192  9e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.51601  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0147  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.2 
 
 		 334 aa  192  1e-47  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  39.6 
 
 		 347 aa  192  1e-47  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3846  tRNA-dihydrouridine synthase B  35.71 
 
 		 321 aa  191  2e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.123531  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1445  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.43 
 
 		 346 aa  191  2e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3447  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.97 
 
 		 337 aa  191  2e-47  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>