More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shel_19620 on replicon NC_013165
Organism: Slackia heliotrinireducens DSM 20476



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013165  Shel_19620  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  100 
 
 		 364 aa  745    Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0263779 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0577  Polyprenyl synthetase  76.09 
 
 		 349 aa  535  1e-151  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.25249  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03940  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  76.07 
 
 		 354 aa  532  1e-150  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.530934 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0345  Polyprenyl synthetase  50.81 
 
 		 347 aa  301  1e-80  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2351  polyprenyl synthetase  40.91 
 
 		 386 aa  187  3e-46  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.777136 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2312  polyprenyl synthetase  40.91 
 
 		 386 aa  186  4e-46  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2359  polyprenyl synthetase  40.91 
 
 		 386 aa  186  4e-46  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.852076  normal  0.554984 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0472  farnesyltranstransferase  35.69 
 
 		 327 aa  170  4e-41  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0424008  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2048  Polyprenyl synthetase  35.74 
 
 		 348 aa  167  2e-40  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.225827  normal  0.179552 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2399  farnesyltranstransferase  35.96 
 
 		 322 aa  166  9e-40  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0453989  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0533  polyprenyl synthetase  39.61 
 
 		 338 aa  163  3e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.506738 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3242  Polyprenyl synthetase  32.65 
 
 		 354 aa  162  1e-38  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.650754  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0016  Polyprenyl synthetase  36.47 
 
 		 332 aa  162  1e-38  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.24479 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1125  Polyprenyl synthetase  31.86 
 
 		 350 aa  157  3e-37  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.0728299  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1042  Dimethylallyltranstransferase  34.01 
 
 		 332 aa  156  5.0000000000000005e-37  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1252  trans-hexaprenyltranstransferase  32.24 
 
 		 322 aa  154  2e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.192713 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0011  Polyprenyl synthetase  35.21 
 
 		 336 aa  153  4e-36  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1604  Polyprenyl synthetase  34.69 
 
 		 343 aa  153  5e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.643499 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1060  polyprenyl synthetase  35.27 
 
 		 317 aa  152  8e-36  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0904  polyprenyl synthetase  34.93 
 
 		 317 aa  152  8.999999999999999e-36  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.28863  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1618  polyprenyl synthetase  35.91 
 
 		 329 aa  152  1e-35  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.399283 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2538  Dimethylallyltranstransferase  33.84 
 
 		 349 aa  152  1e-35  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1635  dimethylallyltranstransferase  34.59 
 
 		 317 aa  151  2e-35  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.750047  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2886  farnesyltranstransferase  33.24 
 
 		 320 aa  151  2e-35  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.435226  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1286  polyprenyl synthetase  37.84 
 
 		 338 aa  151  2e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.916051  normal  0.252037 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1186  polyprenyl synthetase  32.99 
 
 		 320 aa  150  3e-35  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1417  dimethylallyltranstransferase / geranyltranstransferase  34.25 
 
 		 321 aa  150  4e-35  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.0000231045  decreased coverage  0.000138058 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01980  putative isoprenoid biosynthesis related protein  33.99 
 
 		 324 aa  146  4.0000000000000006e-34  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.586835  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1844  Polyprenyl synthetase  34.78 
 
 		 321 aa  146  6e-34  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1042  polyprenyl synthetase  33.22 
 
 		 317 aa  143  5e-33  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.623686 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0443  Dimethylallyltranstransferase  34.02 
 
 		 349 aa  143  5e-33  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.843643  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1816  geranyltranstransferase  32.93 
 
 		 321 aa  143  5e-33  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.204305  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2209  farnesyltranstransferase  33.79 
 
 		 325 aa  142  6e-33  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0312  polyprenyl synthetase  29.97 
 
 		 326 aa  142  6e-33  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.440979 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1188  Polyprenyl synthetase  34.3 
 
 		 324 aa  142  8e-33  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000116702  normal  0.535135 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2608  Polyprenyl synthetase  34.14 
 
 		 344 aa  140  3.9999999999999997e-32  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.879675  normal  0.754762 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3558  Polyprenyl synthetase  32.26 
 
 		 324 aa  140  3.9999999999999997e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.358562  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1263  polyprenyl synthetase  31.7 
 
 		 324 aa  140  3.9999999999999997e-32  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5744  Dimethylallyltranstransferase  35.32 
 
 		 323 aa  139  7e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2372  Polyprenyl synthetase  31.85 
 
 		 320 aa  139  7.999999999999999e-32  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.550389  normal  0.440356 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0988  trans-hexaprenyltranstransferase  33.9 
 
 		 324 aa  139  8.999999999999999e-32  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.955039  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3415  Polyprenyl synthetase  31.4 
 
 		 322 aa  138  2e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00212563  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3026  Polyprenyl synthetase  36.36 
 
 		 295 aa  137  2e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0963  polyprenyl synthetase  34.25 
 
 		 324 aa  137  4e-31  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.728777  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2049  Polyprenyl synthetase  32.33 
 
 		 346 aa  137  4e-31  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  hitchhiker  0.000493992  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3477  Trans-hexaprenyltranstransferase  31.06 
 
 		 322 aa  136  6.0000000000000005e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00654823 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3672  Polyprenyl synthetase  30.23 
 
 		 323 aa  136  6.0000000000000005e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00904172  normal  0.171557 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1257  Polyprenyl synthetase  36.1 
 
 		 295 aa  135  8e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00136441  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0150  polyprenyl synthetase  32.15 
 
 		 334 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1538  polyprenyl synthetase  35.71 
 
 		 294 aa  133  5e-30  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000356422  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3742  farnesyltranstransferase  33.9 
 
 		 336 aa  133  6e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.326793  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0606  geranyltranstransferase  31.33 
 
 		 337 aa  132  7.999999999999999e-30  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2135  geranyltranstransferase  33.83 
 
 		 327 aa  132  1.0000000000000001e-29  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.0551821  decreased coverage  0.00000978796 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3743  polyprenyl synthetase  30.72 
 
 		 322 aa  131  1.0000000000000001e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03300  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  36.77 
 
 		 337 aa  132  1.0000000000000001e-29  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0784  polyprenyl synthetase  35.81 
 
 		 325 aa  131  2.0000000000000002e-29  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2662  Polyprenyl synthetase  33.23 
 
 		 362 aa  131  2.0000000000000002e-29  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2166  trans-hexaprenyltranstransferase  30.67 
 
 		 320 aa  130  3e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1586  trans-hexaprenyltranstransferase  34.59 
 
 		 323 aa  130  4.0000000000000003e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1628  Polyprenyl synthetase  32.8 
 
 		 322 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.310703 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1446  isoprenyl synthetase  32.56 
 
 		 331 aa  129  6e-29  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1262  Trans-hexaprenyltranstransferase  32.76 
 
 		 320 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0461  geranyltranstransferase (farnesyl-diphosphate synthase)  32.81 
 
 		 325 aa  128  2.0000000000000002e-28  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.215839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1275  Polyprenyl synthetase  35.29 
 
 		 343 aa  128  2.0000000000000002e-28  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.360405  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0181  polyprenyl synthetase  31.48 
 
 		 334 aa  127  3e-28  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.375352 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0685  GCN5-related N-acetyltransferase  33.11 
 
 		 322 aa  127  3e-28  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.27357  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2928  trans-hexaprenyltranstransferase  32.68 
 
 		 323 aa  127  3e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000191483  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1248  Trans-hexaprenyltranstransferase  29.07 
 
 		 323 aa  127  3e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1454  Polyprenyl synthetase  33.22 
 
 		 324 aa  127  3e-28  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.322683  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2176  polyprenyl synthetase  35.45 
 
 		 297 aa  127  4.0000000000000003e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000107352  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1076  polyprenyl synthetase  34.2 
 
 		 294 aa  126  5e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00179719  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3230  polyprenyl synthetase  33.22 
 
 		 327 aa  126  6e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00305524  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0416  Polyprenyl synthetase  31.15 
 
 		 332 aa  126  7e-28  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0642376 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0854  farnesyltranstransferase  30.71 
 
 		 322 aa  126  7e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1814  farnesyltranstransferase  29.41 
 
 		 322 aa  125  9e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_11191  polyprenyl synthetase  36.73 
 
 		 300 aa  125  1e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.646183 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0413  Polyprenyl synthetase  30.91 
 
 		 337 aa  125  1e-27  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2455  polyprenyl synthetase  30.49 
 
 		 322 aa  125  1e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000180398  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0384  polyprenyl synthetase  30.41 
 
 		 332 aa  125  1e-27  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.671664  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1537  polyprenyl synthetase family protein  28.9 
 
 		 350 aa  124  2e-27  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0410  polyprenyl synthetase family protein  29.79 
 
 		 328 aa  124  2e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.21047  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0519  polyprenyl synthetase  30.14 
 
 		 356 aa  124  2e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0471  Polyprenyl synthetase  30.82 
 
 		 362 aa  124  2e-27  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.25272  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1400  Polyprenyl synthetase  32.92 
 
 		 356 aa  125  2e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2470  polyprenyl synthetase  31.96 
 
 		 333 aa  124  3e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.870364  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1007  phage tail region protein  30.87 
 
 		 320 aa  124  3e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000193077  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1317  octaprenyl-diphosphate synthase  28.75 
 
 		 322 aa  123  4e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0637  polyprenyl synthetase  30.97 
 
 		 340 aa  123  4e-27  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0863  trans-hexaprenyltranstransferase  31.19 
 
 		 343 aa  123  4e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0603068  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0165  polyprenyl synthetase  31.61 
 
 		 334 aa  123  4e-27  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1219  trans-hexaprenyltranstransferase  31.97 
 
 		 324 aa  123  5e-27  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.581853 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3361  octaprenyl diphosphate synthase  33.07 
 
 		 323 aa  123  5e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  unclonable  0.000000777945  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1206  polyprenyl synthetase  32.01 
 
 		 334 aa  123  5e-27  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.513986  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02016  polyprenyl synthetase  32.41 
 
 		 332 aa  123  6e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2220  trans-hexaprenyltranstransferase  31.37 
 
 		 322 aa  123  6e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000307661  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1417  polyprenyl synthetase  36.16 
 
 		 296 aa  122  7e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.430266  normal  0.288086 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2183  Polyprenyl synthetase  38.84 
 
 		 297 aa  122  8e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000465843  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3623  octaprenyl diphosphate synthase  31.83 
 
 		 323 aa  122  8e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000129591  normal  0.282199 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0672  polyprenyl synthetase  29.31 
 
 		 322 aa  122  9.999999999999999e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.188154  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0750  geranylgeranyl pyrophosphate synthase/polyprenyl synthetase  31.96 
 
 		 333 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>