More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_1510 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_1510  secretion protein HlyD  100 
 
 		 357 aa  724    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2870  RND family efflux transporter MFP subunit  43.24 
 
 		 351 aa  286  5e-76  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.551784  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000227  periplasmic linker protein  42.57 
 
 		 353 aa  280  2e-74  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0697  RND family efflux transporter MFP subunit  32.34 
 
 		 359 aa  149  7e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0551  RND family efflux transporter MFP subunit  32.24 
 
 		 360 aa  149  9e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.139954 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0467  RND family efflux transporter MFP subunit  33.77 
 
 		 360 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.949455  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3695  RND family efflux transporter MFP subunit  29.33 
 
 		 360 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.101272  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3401  RND family efflux transporter MFP subunit  32.79 
 
 		 360 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.392528  hitchhiker  0.00103818 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4144  RND family efflux transporter MFP subunit  30.12 
 
 		 365 aa  144  2e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.473768 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3571  RND family efflux transporter MFP subunit  31.14 
 
 		 360 aa  143  5e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.239658  normal  0.276589 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003810  linker protein putative  28.8 
 
 		 365 aa  137  4e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0668  RND family efflux transporter MFP subunit  30.14 
 
 		 360 aa  136  6.0000000000000005e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1352  organic solvent efflux pump precursor (periplasmic linker protein component)  26.97 
 
 		 359 aa  135  9.999999999999999e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.896212  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3712  RND family efflux transporter MFP subunit  29.39 
 
 		 367 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.975013  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1351  putative multidrug resistance protein precursor  29.67 
 
 		 357 aa  134  1.9999999999999998e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0641  RND family efflux transporter MFP subunit  29.17 
 
 		 360 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0630  RND family efflux transporter MFP subunit  29.14 
 
 		 364 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0664  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.17 
 
 		 360 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4314  RND family efflux transporter MFP subunit  27.41 
 
 		 360 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00180968  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0671  secretion protein HlyD  28.37 
 
 		 432 aa  129  8.000000000000001e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2567  RND family efflux transporter MFP subunit  29.22 
 
 		 331 aa  127  4.0000000000000003e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.17029 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01876  hypothetical protein  26.64 
 
 		 359 aa  125  1e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0056  secretion protein HlyD  27.42 
 
 		 354 aa  125  1e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1418  RND family efflux transporter MFP subunit  26.95 
 
 		 384 aa  125  1e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.267918  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1435  RND family efflux transporter MFP subunit  31.03 
 
 		 359 aa  124  2e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0674  periplasmic linker protein  26.55 
 
 		 358 aa  124  2e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02529  putative multidrug resistance protein (substrate binding lipoprotein)  27.89 
 
 		 403 aa  119  6e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4143  RND family efflux transporter MFP subunit  28.85 
 
 		 343 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.478516 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0673  multidrug resistance protein  28.01 
 
 		 354 aa  117  3e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2562  RND family efflux transporter MFP subunit  26.43 
 
 		 389 aa  117  3.9999999999999997e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.718255  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1279  HlyD family secretion protein  27.22 
 
 		 359 aa  117  3.9999999999999997e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05964  hypothetical protein  33.85 
 
 		 260 aa  116  6e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2115  RND family efflux transporter MFP subunit  27.57 
 
 		 358 aa  116  6.9999999999999995e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.243289  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1280  putative multidrug resistance protein  26.11 
 
 		 343 aa  113  5e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1354  HlyD family secretion protein  27.89 
 
 		 364 aa  112  7.000000000000001e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000336467  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1730  RND family efflux transporter MFP subunit  26.87 
 
 		 368 aa  110  3e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.674972  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01875  hypothetical protein  25.99 
 
 		 343 aa  110  3e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003811  membrane-fusion protein  26.18 
 
 		 343 aa  108  1e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3992  RND efflux system membrane fusion protein  24.52 
 
 		 366 aa  108  2e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0849  RND family efflux transporter MFP subunit  27.05 
 
 		 360 aa  104  2e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.880012  normal  0.445386 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3513  RND family efflux transporter MFP subunit  27.05 
 
 		 360 aa  104  2e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2293  RND family efflux transporter MFP subunit  26.65 
 
 		 371 aa  105  2e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02664  putative multidrug resistance protein (substrate binding lipoprotein)  28.13 
 
 		 359 aa  104  2e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0150101  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3643  RND family efflux transporter MFP subunit  27.05 
 
 		 360 aa  104  2e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1559  RND efflux system, membrane fusion protein CmeA  27.17 
 
 		 365 aa  102  1e-20  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3664  RND family efflux transporter MFP subunit  27.08 
 
 		 370 aa  101  2e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2871  RND family efflux transporter MFP subunit  27.48 
 
 		 357 aa  100  5e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0793  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.27 
 
 		 390 aa  99  1e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1916  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25 
 
 		 388 aa  97.8  2e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.631291  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5035  HlyD family secretion protein  25.91 
 
 		 396 aa  98.2  2e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.611497 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3214  putative efflux protein  26.4 
 
 		 367 aa  97.4  3e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6340  secretion protein HlyD  25.7 
 
 		 369 aa  97.4  3e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.900675  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  25.7 
 
 		 369 aa  97.4  3e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357806  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1924  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.94 
 
 		 352 aa  97.4  4e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.896235 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1715  acriflavin resistance periplasmic protein  28.61 
 
 		 357 aa  95.5  1e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000921401  normal  0.0591325 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1752  RND family efflux transporter MFP subunit  25.83 
 
 		 369 aa  94  3e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0034  secretion protein, HlyD family  25.85 
 
 		 369 aa  93.6  5e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2140  RND family efflux transporter MFP subunit  24.47 
 
 		 393 aa  90.5  4e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  24.86 
 
 		 369 aa  90.1  5e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1462  RND family efflux transporter MFP subunit  28.06 
 
 		 418 aa  90.1  6e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000654  putative efflux protein  25.08 
 
 		 360 aa  89.7  8e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  25.21 
 
 		 361 aa  89.4  8e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1536  AcrA/E family efflux transporter MFP subunit  24.46 
 
 		 416 aa  88.6  1e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2289  RND family efflux transporter MFP subunit  25.76 
 
 		 371 aa  89  1e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.412391  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3103  multidrug efflux system subunit MdtA  27.91 
 
 		 427 aa  88.6  1e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0429  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.65 
 
 		 361 aa  89  1e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1215  multidrug efflux system subunit MdtA  27.91 
 
 		 444 aa  89  1e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0119  CmeA  25.24 
 
 		 373 aa  89.4  1e-16  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05965  hypothetical protein  27.25 
 
 		 357 aa  88.2  2e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000105  membrane-fusion protein  26.42 
 
 		 351 aa  88.2  2e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.860226  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2778  RND family efflux transporter MFP subunit  26.32 
 
 		 359 aa  88.6  2e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.223876 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000228  membrane-fusion protein  26.05 
 
 		 357 aa  88.6  2e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0630  secretion protein HlyD  24.31 
 
 		 357 aa  88.2  2e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0232449  normal  0.116732 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1332  multidrug efflux system subunit MdtA  27.62 
 
 		 444 aa  87.8  3e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.713792  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2424  RND family efflux transporter MFP subunit  27.05 
 
 		 367 aa  87  4e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.295502  normal  0.460452 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1520  RND family efflux transporter MFP subunit  25.28 
 
 		 370 aa  86.7  5e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.289277 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3799  RND family efflux transporter MFP subunit  27.01 
 
 		 361 aa  86.7  7e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2715  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.94 
 
 		 366 aa  86.7  7e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.37732  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2103  RND family efflux transporter MFP subunit  24.92 
 
 		 403 aa  86.3  8e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0796794  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2786  RND family efflux transporter MFP subunit  25.71 
 
 		 372 aa  86.3  8e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000125206  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3301  RND efflux membrane fusion protein  26.17 
 
 		 367 aa  85.9  9e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.176588 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3002  membrane-fusion protein, component of multidrug efflux system  24.86 
 
 		 367 aa  86.3  9e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1511  secretion protein HlyD  25.5 
 
 		 357 aa  85.5  0.000000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4122  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.43 
 
 		 361 aa  85.5  0.000000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0591  RND family efflux transporter MFP subunit  26.65 
 
 		 350 aa  85.5  0.000000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5362  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.07 
 
 		 371 aa  84.7  0.000000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0864007  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0416  RND efflux system, membrane fusion protein CmeA  26.72 
 
 		 367 aa  85.1  0.000000000000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2426  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.83 
 
 		 365 aa  84.3  0.000000000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.54628  hitchhiker  0.0000000883837 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3301  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.43 
 
 		 366 aa  84  0.000000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.168698  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3773  RND family efflux transporter MFP subunit  25 
 
 		 384 aa  84  0.000000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.265534  normal  0.799504 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004022  membrane-fusion protein  23.9 
 
 		 369 aa  83.2  0.000000000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000160707  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0746  AcrA/E family efflux transporter MFP subunit  22.43 
 
 		 366 aa  82.4  0.00000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.339879  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2484  secretion protein HlyD  26.16 
 
 		 369 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00634188  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6002  RND family efflux transporter MFP subunit  28.33 
 
 		 363 aa  82.4  0.00000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.249457  normal  0.124375 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3456  RND family efflux transporter MFP subunit  26.18 
 
 		 391 aa  82.4  0.00000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1590  RND efflux system, membrane fusion protein CmeA  26.72 
 
 		 367 aa  81.3  0.00000000000002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1201  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.86 
 
 		 369 aa  81.3  0.00000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000118856  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3313  RND family efflux transporter MFP subunit  24.66 
 
 		 369 aa  80.9  0.00000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000984298  normal  0.15916 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5640  secretion protein HlyD  26.79 
 
 		 375 aa  80.1  0.00000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3112  RND family efflux transporter MFP subunit  23.51 
 
 		 374 aa  80.1  0.00000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>