More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Reut_B5673 on replicon NC_007348
Organism: Ralstonia eutropha JMP134



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007348  Reut_B5673  helix-turn-helix, Fis-type  100 
 
 
592 aa  1216    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.450699  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3562  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  88.59 
 
 
592 aa  1074    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.705523 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4638  putative sigma54 specific transcriptional regulator  88.59 
 
 
592 aa  1074    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.335351  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1305  sigma-54 factor, interaction region  53.01 
 
 
614 aa  618  1e-176  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.506042  normal  0.0778502 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3310  Fis family transcriptional regulator  52.17 
 
 
587 aa  612  9.999999999999999e-175  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0127  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  51.96 
 
 
604 aa  564  1.0000000000000001e-159  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.857442 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3476  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  52.17 
 
 
540 aa  555  1e-157  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05195  putative phenol-degradative gene regulator transcription regulator protein  50.43 
 
 
623 aa  555  1e-156  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000454847  normal  0.120965 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2735  helix-turn-helix, Fis-type  48.39 
 
 
587 aa  541  1e-153  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.366185 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3798  helix-turn-helix, Fis-type  49.28 
 
 
558 aa  540  9.999999999999999e-153  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.852136  hitchhiker  0.00299193 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0505  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  49.1 
 
 
587 aa  537  1e-151  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3117  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  48.84 
 
 
555 aa  521  1e-146  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.124819  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2951  sigma-54 dependent transcriptional regulator  47.62 
 
 
561 aa  518  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.201799  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2116  Fis family transcriptional regulator  47.64 
 
 
579 aa  515  1.0000000000000001e-145  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3312  putative sigma54 specific transcriptional regulator  47.31 
 
 
562 aa  512  1e-144  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1494  Fis family transcriptional regulator  46.18 
 
 
574 aa  513  1e-144  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3898  Fis family transcriptional regulator  45.55 
 
 
590 aa  515  1e-144  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6646  xylR-like aromatic hydrocarbon degradgation transcriptional regulatory protein  47.4 
 
 
587 aa  511  1e-143  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.165566 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2114  Fis family transcriptional regulator  47.35 
 
 
573 aa  511  1e-143  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0962  putative phenol-degradative gene regulator transcription regulator protein  45.24 
 
 
623 aa  508  9.999999999999999e-143  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1002  phenol-degradation regulator  49.1 
 
 
570 aa  506  9.999999999999999e-143  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3262  Fis family transcriptional regulator  46.86 
 
 
581 aa  503  1e-141  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0731246  hitchhiker  0.00134549 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3564  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  48.11 
 
 
564 aa  501  1e-140  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.592238  normal  0.192769 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3204  Fis family transcriptional regulator  44.92 
 
 
570 aa  500  1e-140  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.832965  normal  0.0333314 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4640  putative sigma54 specific transcriptional regulator  48.11 
 
 
564 aa  501  1e-140  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.277441  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2099  Fis family transcriptional regulator  45.99 
 
 
574 aa  497  1e-139  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2797  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.59 
 
 
560 aa  496  1e-139  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.284817  normal  0.341611 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5671  helix-turn-helix, Fis-type  47.76 
 
 
564 aa  488  1e-136  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2286  phenol-degradation regulator  48.08 
 
 
550 aa  486  1e-136  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08880  sigma54-dependent activator protein, XylR/DmpR family  46.4 
 
 
564 aa  486  1e-136  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.493647  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2855  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  45.57 
 
 
582 aa  482  1e-134  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2972  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.81 
 
 
562 aa  476  1e-133  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3364  putative sigma54 specific transcriptional regulator  46.43 
 
 
585 aa  465  9.999999999999999e-131  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30810  sigma54-dependent activator protein  46.91 
 
 
564 aa  465  1e-129  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1542  Fis family transcriptional regulator  44.16 
 
 
586 aa  464  1e-129  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.332914  normal  0.115616 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0205  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.15 
 
 
566 aa  460  9.999999999999999e-129  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1698  helix-turn-helix, Fis-type  43.06 
 
 
540 aa  458  1e-127  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.584342  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1788  sigma-54 factor, interaction region  43.77 
 
 
542 aa  453  1.0000000000000001e-126  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.337598  normal 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3839  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  43.24 
 
 
546 aa  448  1.0000000000000001e-124  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.719613  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3191  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.46 
 
 
553 aa  340  5e-92  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3095  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  38.81 
 
 
575 aa  337  2.9999999999999997e-91  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.458911 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0299  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  36.49 
 
 
547 aa  329  1.0000000000000001e-88  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00444177  hitchhiker  0.000000221219 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0888  putative sigma54 specific transcriptional regulator  37.05 
 
 
543 aa  326  6e-88  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0890  putative sigma54 specific transcriptional regulator  37.92 
 
 
543 aa  323  4e-87  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0349  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  38.15 
 
 
541 aa  314  2.9999999999999996e-84  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.497351  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0337  putative sigma54 specific transcriptional regulator  37.98 
 
 
541 aa  313  3.9999999999999997e-84  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2730  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  34.88 
 
 
535 aa  311  2e-83  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.928628  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0944  putative sigma54 specific transcriptional regulator  35.56 
 
 
545 aa  310  6.999999999999999e-83  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0917  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  35.79 
 
 
568 aa  309  8e-83  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0365  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  34.72 
 
 
554 aa  309  1.0000000000000001e-82  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0352  putative sigma54 specific transcriptional regulator  34.38 
 
 
554 aa  307  3e-82  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0338  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  34.08 
 
 
552 aa  298  2e-79  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1748  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  45.35 
 
 
542 aa  295  1e-78  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0427  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.56 
 
 
458 aa  295  2e-78  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1228  Fis family transcriptional regulator  44.61 
 
 
549 aa  294  3e-78  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0050  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  48.65 
 
 
515 aa  294  3e-78  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0532507 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2301  response regulator receiver protein  45.8 
 
 
476 aa  293  6e-78  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.467931  normal  0.644401 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2606  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  48.68 
 
 
501 aa  293  9e-78  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.955687 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1625  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  44.82 
 
 
544 aa  292  1e-77  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0165781  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3232  flagellar regulatory protein A  44.67 
 
 
477 aa  291  3e-77  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1320  sigma-54 factor, interaction region  45.22 
 
 
477 aa  291  3e-77  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1278  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.38 
 
 
477 aa  290  4e-77  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.71706 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2580  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.24 
 
 
477 aa  290  4e-77  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0109  two component Fis family transcriptional regulator  47.77 
 
 
466 aa  290  5.0000000000000004e-77  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1345  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.38 
 
 
477 aa  290  7e-77  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1338  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.67 
 
 
477 aa  290  7e-77  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0526886  normal  0.316977 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0976  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.54 
 
 
442 aa  288  2e-76  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00434157  normal  0.514512 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0508  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family protein  32.8 
 
 
547 aa  288  2e-76  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2149  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.47 
 
 
477 aa  287  4e-76  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0173  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.01 
 
 
463 aa  286  7e-76  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.127235  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4418  transcriptional regulatory protein ZraR  44.38 
 
 
441 aa  286  8e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.298897  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3302  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44 
 
 
469 aa  286  8e-76  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.498619  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1954  transcriptional regulator FleQ  46.9 
 
 
491 aa  286  9e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.145885  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3461  helix-turn-helix, Fis-type  46.9 
 
 
491 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.476212  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1614  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  43.8 
 
 
477 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1061  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  49.24 
 
 
602 aa  285  2.0000000000000002e-75  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3051  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  42.9 
 
 
477 aa  285  2.0000000000000002e-75  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1532  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.59 
 
 
491 aa  284  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.497768  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2930  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.09 
 
 
477 aa  284  3.0000000000000004e-75  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.549756  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2940  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.09 
 
 
477 aa  284  3.0000000000000004e-75  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.568996  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0570  NifA subfamily transcriptional regulator  41.91 
 
 
508 aa  284  3.0000000000000004e-75  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.106051  normal  0.50757 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1433  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  44.09 
 
 
477 aa  284  3.0000000000000004e-75  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0689  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  44.21 
 
 
544 aa  284  3.0000000000000004e-75  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.430174  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3072  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.09 
 
 
477 aa  284  3.0000000000000004e-75  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.584098  normal  0.164477 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4505  transcriptional regulatory protein ZraR  43.26 
 
 
441 aa  283  5.000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.11324 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3698  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.29 
 
 
491 aa  283  6.000000000000001e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.288124  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1362  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  43.52 
 
 
477 aa  283  9e-75  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0789  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.88 
 
 
448 aa  283  9e-75  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4385  transcriptional regulatory protein ZraR  43.26 
 
 
441 aa  283  9e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.712665 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1920  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  43.58 
 
 
543 aa  282  1e-74  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0127788  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4581  transcriptional regulatory protein ZraR  42.98 
 
 
441 aa  282  1e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1178  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family protein  43.52 
 
 
476 aa  282  1e-74  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.128376  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1721  flagellar regulatory protein A  43.21 
 
 
488 aa  281  2e-74  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000009386  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1919  Fis family transcriptional regulator  44.35 
 
 
545 aa  281  2e-74  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4373  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  45.72 
 
 
491 aa  281  3e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.943128 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3934  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.72 
 
 
491 aa  281  3e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.532257  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1510  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.4 
 
 
448 aa  281  3e-74  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2001  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.75 
 
 
454 aa  281  3e-74  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1494  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.72 
 
 
491 aa  281  3e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.959617 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4238  transcriptional regulatory protein ZraR  42.98 
 
 
441 aa  281  3e-74  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.020936  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>