More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ajs_0205 on replicon NC_008782
Organism: Acidovorax sp. JS42



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_3364  putative sigma54 specific transcriptional regulator  72.69 
 
 
585 aa  764    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0205  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  100 
 
 
566 aa  1139    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4640  putative sigma54 specific transcriptional regulator  60.83 
 
 
564 aa  638    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.277441  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2972  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  60.14 
 
 
562 aa  655    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3564  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  60.83 
 
 
564 aa  638    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.592238  normal  0.192769 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2797  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  59.67 
 
 
560 aa  628  1e-178  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.284817  normal  0.341611 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5671  helix-turn-helix, Fis-type  57.76 
 
 
564 aa  603  1.0000000000000001e-171  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3117  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  54.89 
 
 
555 aa  599  1e-170  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.124819  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3798  helix-turn-helix, Fis-type  54.93 
 
 
558 aa  596  1e-169  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.852136  hitchhiker  0.00299193 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2116  Fis family transcriptional regulator  49.73 
 
 
579 aa  549  1e-155  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2114  Fis family transcriptional regulator  50.81 
 
 
573 aa  546  1e-154  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2099  Fis family transcriptional regulator  49.47 
 
 
574 aa  539  9.999999999999999e-153  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2855  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  50.54 
 
 
582 aa  541  9.999999999999999e-153  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3312  putative sigma54 specific transcriptional regulator  47.78 
 
 
562 aa  502  1e-141  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1788  sigma-54 factor, interaction region  49.19 
 
 
542 aa  503  1e-141  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.337598  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1698  helix-turn-helix, Fis-type  48.65 
 
 
540 aa  495  1e-139  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.584342  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3310  Fis family transcriptional regulator  48.02 
 
 
587 aa  494  9.999999999999999e-139  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3204  Fis family transcriptional regulator  45.55 
 
 
570 aa  491  1e-137  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.832965  normal  0.0333314 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5673  helix-turn-helix, Fis-type  46.15 
 
 
592 aa  484  1e-135  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.450699  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1542  Fis family transcriptional regulator  45.68 
 
 
586 aa  485  1e-135  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.332914  normal  0.115616 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1305  sigma-54 factor, interaction region  46.47 
 
 
614 aa  483  1e-135  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.506042  normal  0.0778502 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4638  putative sigma54 specific transcriptional regulator  46.45 
 
 
592 aa  478  1e-134  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.335351  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2951  sigma-54 dependent transcriptional regulator  47.22 
 
 
561 aa  479  1e-134  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.201799  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3562  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  46.45 
 
 
592 aa  478  1e-134  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.705523 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3476  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.18 
 
 
540 aa  476  1e-133  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2286  phenol-degradation regulator  50.46 
 
 
550 aa  478  1e-133  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0505  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.03 
 
 
587 aa  476  1e-133  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2735  helix-turn-helix, Fis-type  46.52 
 
 
587 aa  474  1e-132  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.366185 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08880  sigma54-dependent activator protein, XylR/DmpR family  47.83 
 
 
564 aa  474  1e-132  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.493647  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05195  putative phenol-degradative gene regulator transcription regulator protein  45.73 
 
 
623 aa  465  9.999999999999999e-131  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000454847  normal  0.120965 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0127  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.29 
 
 
604 aa  461  9.999999999999999e-129  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.857442 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3898  Fis family transcriptional regulator  44.8 
 
 
590 aa  460  9.999999999999999e-129  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30810  sigma54-dependent activator protein  49.72 
 
 
564 aa  459  9.999999999999999e-129  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3262  Fis family transcriptional regulator  45.49 
 
 
581 aa  454  1.0000000000000001e-126  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0731246  hitchhiker  0.00134549 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1494  Fis family transcriptional regulator  43.75 
 
 
574 aa  446  1.0000000000000001e-124  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6646  xylR-like aromatic hydrocarbon degradgation transcriptional regulatory protein  44.4 
 
 
587 aa  427  1e-118  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.165566 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1002  phenol-degradation regulator  45.62 
 
 
570 aa  423  1e-117  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0962  putative phenol-degradative gene regulator transcription regulator protein  41.58 
 
 
623 aa  420  1e-116  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3839  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  41.65 
 
 
546 aa  404  1e-111  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.719613  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0299  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  37.92 
 
 
547 aa  343  5.999999999999999e-93  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00444177  hitchhiker  0.000000221219 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3191  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.28 
 
 
553 aa  335  1e-90  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0890  putative sigma54 specific transcriptional regulator  42.25 
 
 
543 aa  331  2e-89  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2730  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.99 
 
 
535 aa  330  5.0000000000000004e-89  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.928628  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0888  putative sigma54 specific transcriptional regulator  37.25 
 
 
543 aa  327  3e-88  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3095  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  40.29 
 
 
575 aa  325  2e-87  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.458911 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0917  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  38.41 
 
 
568 aa  301  2e-80  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0337  putative sigma54 specific transcriptional regulator  41.54 
 
 
541 aa  294  3e-78  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0349  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  41.54 
 
 
541 aa  294  3e-78  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.497351  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0437  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.32 
 
 
490 aa  293  5e-78  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0944  putative sigma54 specific transcriptional regulator  35.7 
 
 
545 aa  292  1e-77  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1625  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  45.07 
 
 
544 aa  290  4e-77  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0165781  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2001  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.98 
 
 
454 aa  290  5.0000000000000004e-77  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2942  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.98 
 
 
451 aa  288  2e-76  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0187  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  49.41 
 
 
457 aa  284  2.0000000000000002e-75  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2606  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  57.36 
 
 
501 aa  285  2.0000000000000002e-75  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.955687 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5460  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  43.69 
 
 
650 aa  284  3.0000000000000004e-75  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.665291  normal  0.225769 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1748  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  42.55 
 
 
542 aa  283  6.000000000000001e-75  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0109  two component Fis family transcriptional regulator  48.7 
 
 
466 aa  283  6.000000000000001e-75  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0508  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family protein  34.86 
 
 
547 aa  283  6.000000000000001e-75  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0823  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.77 
 
 
456 aa  281  3e-74  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.449732 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0769  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.75 
 
 
453 aa  279  1e-73  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.165448  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1510  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.67 
 
 
448 aa  279  1e-73  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2149  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  49.38 
 
 
477 aa  279  1e-73  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1624  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  46.13 
 
 
561 aa  278  2e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.714408  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1388  NifA subfamily transcriptional regulator  46.75 
 
 
533 aa  277  5e-73  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0427  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.7 
 
 
458 aa  276  5e-73  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0689  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  43.08 
 
 
544 aa  276  6e-73  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.430174  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1146  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  46.77 
 
 
522 aa  275  1.0000000000000001e-72  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0970  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.52 
 
 
459 aa  275  2.0000000000000002e-72  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000694494  normal  0.524712 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0115  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  52.63 
 
 
481 aa  274  3e-72  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2510  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.51 
 
 
472 aa  273  5.000000000000001e-72  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0791346  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1157  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  43.96 
 
 
502 aa  273  5.000000000000001e-72  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2392  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.73 
 
 
458 aa  273  5.000000000000001e-72  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0321511  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1411  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  45.19 
 
 
664 aa  273  7e-72  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2345  two component signal transduction response regulator  46.46 
 
 
455 aa  273  8.000000000000001e-72  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00459366  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1228  Fis family transcriptional regulator  43.33 
 
 
549 aa  273  8.000000000000001e-72  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4307  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  52.44 
 
 
635 aa  272  1e-71  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.056389 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2869  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  45.19 
 
 
648 aa  272  1e-71  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.990966 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0097  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.31 
 
 
448 aa  272  1e-71  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0050  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.09 
 
 
515 aa  272  1e-71  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0532507 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1320  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  45.56 
 
 
460 aa  271  2e-71  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2398  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.31 
 
 
469 aa  271  2e-71  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.313034  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1919  Fis family transcriptional regulator  42.48 
 
 
545 aa  271  2e-71  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49020  sigma54-dependent transcriptional activator for the iron only nitrogenase, AnfA  44.21 
 
 
537 aa  271  2.9999999999999997e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0884  NifA subfamily transcriptional regulator  45.27 
 
 
539 aa  271  2.9999999999999997e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.871675 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2507  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  52.12 
 
 
488 aa  271  2.9999999999999997e-71  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.182398 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3599  two component Fis family transcriptional regulator  45.57 
 
 
459 aa  270  4e-71  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1555  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.31 
 
 
467 aa  270  4e-71  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.21045  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2310  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.02 
 
 
469 aa  270  5e-71  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.294968  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1527  Fis family transcriptional regulator  43.38 
 
 
537 aa  269  8e-71  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0789  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.82 
 
 
448 aa  269  8e-71  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0732  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.56 
 
 
471 aa  269  8.999999999999999e-71  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.121473  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47100  sigma54-dependent activator protein  44.54 
 
 
517 aa  268  1e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.536607  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4853  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  50.57 
 
 
457 aa  269  1e-70  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.231814  hitchhiker  0.00735887 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1812  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis Family  40.54 
 
 
483 aa  268  2e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.558233  hitchhiker  0.00750422 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0077  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.55 
 
 
457 aa  268  2e-70  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1090  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  40.49 
 
 
484 aa  267  4e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.440204  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0722  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  49.09 
 
 
475 aa  266  5.999999999999999e-70  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1931  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.75 
 
 
477 aa  266  5.999999999999999e-70  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00933111  normal  0.149931 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3740  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.04 
 
 
454 aa  266  7e-70  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0840186  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>