More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_3839 on replicon NC_009426
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009426  Saro_3839  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  100 
 
 
546 aa  1106    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.719613  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3562  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  43.59 
 
 
592 aa  452  1.0000000000000001e-126  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.705523 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4638  putative sigma54 specific transcriptional regulator  43.59 
 
 
592 aa  452  1.0000000000000001e-126  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.335351  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5673  helix-turn-helix, Fis-type  43.24 
 
 
592 aa  448  1e-125  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.450699  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3310  Fis family transcriptional regulator  45.18 
 
 
587 aa  445  1.0000000000000001e-124  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1305  sigma-54 factor, interaction region  42.02 
 
 
614 aa  443  1e-123  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.506042  normal  0.0778502 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2951  sigma-54 dependent transcriptional regulator  43.24 
 
 
561 aa  431  1e-119  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.201799  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2116  Fis family transcriptional regulator  42.24 
 
 
579 aa  429  1e-119  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3898  Fis family transcriptional regulator  40.18 
 
 
590 aa  431  1e-119  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0127  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  42.91 
 
 
604 aa  425  1e-118  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.857442 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6646  xylR-like aromatic hydrocarbon degradgation transcriptional regulatory protein  43.6 
 
 
587 aa  424  1e-117  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.165566 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2735  helix-turn-helix, Fis-type  42.42 
 
 
587 aa  422  1e-117  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.366185 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3312  putative sigma54 specific transcriptional regulator  42.99 
 
 
562 aa  421  1e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3476  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.46 
 
 
540 aa  419  1e-116  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0505  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.18 
 
 
587 aa  417  9.999999999999999e-116  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2099  Fis family transcriptional regulator  41.38 
 
 
574 aa  415  1e-114  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2855  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  42.29 
 
 
582 aa  412  1e-114  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3204  Fis family transcriptional regulator  40.25 
 
 
570 aa  410  1e-113  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.832965  normal  0.0333314 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3262  Fis family transcriptional regulator  41.18 
 
 
581 aa  410  1e-113  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0731246  hitchhiker  0.00134549 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1494  Fis family transcriptional regulator  41.94 
 
 
574 aa  410  1e-113  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3117  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  42.27 
 
 
555 aa  407  1.0000000000000001e-112  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.124819  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05195  putative phenol-degradative gene regulator transcription regulator protein  41.44 
 
 
623 aa  407  1.0000000000000001e-112  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000454847  normal  0.120965 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2114  Fis family transcriptional regulator  41.34 
 
 
573 aa  404  1e-111  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0962  putative phenol-degradative gene regulator transcription regulator protein  39.72 
 
 
623 aa  404  1e-111  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2797  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  41.99 
 
 
560 aa  402  9.999999999999999e-111  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.284817  normal  0.341611 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2972  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.81 
 
 
562 aa  397  1e-109  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3798  helix-turn-helix, Fis-type  40.47 
 
 
558 aa  394  1e-108  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.852136  hitchhiker  0.00299193 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30810  sigma54-dependent activator protein  43.12 
 
 
564 aa  394  1e-108  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08880  sigma54-dependent activator protein, XylR/DmpR family  41.11 
 
 
564 aa  392  1e-108  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.493647  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4640  putative sigma54 specific transcriptional regulator  41.58 
 
 
564 aa  387  1e-106  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.277441  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3564  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  41.58 
 
 
564 aa  387  1e-106  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.592238  normal  0.192769 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0205  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  41.65 
 
 
566 aa  382  1e-105  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1698  helix-turn-helix, Fis-type  42.36 
 
 
540 aa  384  1e-105  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.584342  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3364  putative sigma54 specific transcriptional regulator  42.42 
 
 
585 aa  384  1e-105  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5671  helix-turn-helix, Fis-type  40 
 
 
564 aa  375  1e-102  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1002  phenol-degradation regulator  40.32 
 
 
570 aa  371  1e-101  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1542  Fis family transcriptional regulator  39.64 
 
 
586 aa  367  1e-100  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.332914  normal  0.115616 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2286  phenol-degradation regulator  40.94 
 
 
550 aa  367  1e-100  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1788  sigma-54 factor, interaction region  40.54 
 
 
542 aa  367  1e-100  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.337598  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0890  putative sigma54 specific transcriptional regulator  36.09 
 
 
543 aa  291  2e-77  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1951  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.16 
 
 
470 aa  280  4e-74  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.516267  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0917  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  35.93 
 
 
568 aa  277  3e-73  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1908  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.41 
 
 
473 aa  277  4e-73  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2056  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.15 
 
 
473 aa  275  2.0000000000000002e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.732718  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1228  Fis family transcriptional regulator  44.19 
 
 
549 aa  275  2.0000000000000002e-72  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3191  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.61 
 
 
553 aa  274  2.0000000000000002e-72  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1971  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.15 
 
 
473 aa  275  2.0000000000000002e-72  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0887215  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0888  putative sigma54 specific transcriptional regulator  35.34 
 
 
543 aa  274  3e-72  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3095  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  35.06 
 
 
575 aa  272  1e-71  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.458911 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1919  Fis family transcriptional regulator  45.21 
 
 
545 aa  271  2e-71  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2001  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.24 
 
 
454 aa  270  2.9999999999999997e-71  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1625  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  44.01 
 
 
544 aa  268  1e-70  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0165781  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1748  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  44.61 
 
 
542 aa  268  2e-70  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2617  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  45.81 
 
 
535 aa  267  2.9999999999999995e-70  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1920  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  44.01 
 
 
543 aa  266  1e-69  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0127788  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2812  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.86 
 
 
466 aa  265  2e-69  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2730  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  35.84 
 
 
535 aa  264  4e-69  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.928628  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0884  NifA subfamily transcriptional regulator  43.88 
 
 
539 aa  263  6.999999999999999e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.871675 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0173  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.1 
 
 
463 aa  263  8e-69  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.127235  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2510  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.61 
 
 
472 aa  263  8.999999999999999e-69  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0791346  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2442  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.37 
 
 
480 aa  262  1e-68  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1624  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  44.71 
 
 
561 aa  261  3e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.714408  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0689  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  44.01 
 
 
544 aa  260  4e-68  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.430174  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0050  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.37 
 
 
515 aa  258  1e-67  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0532507 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1527  Fis family transcriptional regulator  43.28 
 
 
537 aa  259  1e-67  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0570  NifA subfamily transcriptional regulator  45.24 
 
 
508 aa  259  1e-67  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.106051  normal  0.50757 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1010  NifA subfamily transcriptional regulator  43.11 
 
 
510 aa  259  1e-67  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.502201  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1204  transcriptional regulator NifA  44.02 
 
 
550 aa  259  1e-67  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.132443  hitchhiker  0.00777378 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0508  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family protein  34.32 
 
 
547 aa  258  2e-67  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1388  NifA subfamily transcriptional regulator  44.11 
 
 
533 aa  258  3e-67  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1312  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.12 
 
 
455 aa  257  3e-67  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.502008  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2533  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.47 
 
 
483 aa  256  5e-67  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4238  transcriptional regulatory protein ZraR  44.55 
 
 
441 aa  256  5e-67  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.020936  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0437  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.68 
 
 
490 aa  256  6e-67  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4505  transcriptional regulatory protein ZraR  44.55 
 
 
441 aa  256  6e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.11324 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1013  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  51.29 
 
 
456 aa  256  6e-67  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.0616674 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4418  transcriptional regulatory protein ZraR  44.24 
 
 
441 aa  256  7e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.298897  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2629  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.47 
 
 
483 aa  256  1.0000000000000001e-66  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.14604  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4385  transcriptional regulatory protein ZraR  44.24 
 
 
441 aa  255  1.0000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.712665 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4581  transcriptional regulatory protein ZraR  44.24 
 
 
441 aa  255  1.0000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1326  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.47 
 
 
485 aa  256  1.0000000000000001e-66  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0337  putative sigma54 specific transcriptional regulator  37.12 
 
 
541 aa  255  2.0000000000000002e-66  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0962  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  51.63 
 
 
458 aa  254  2.0000000000000002e-66  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.277353 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0764  transcriptional regulator NifA  44.97 
 
 
511 aa  254  3e-66  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0776  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  50.64 
 
 
454 aa  254  3e-66  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0299  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  36.97 
 
 
547 aa  254  3e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00444177  hitchhiker  0.000000221219 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4549  transcriptional regulatory protein ZraR  44.24 
 
 
441 aa  254  3e-66  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000369022  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2453  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.41 
 
 
461 aa  254  4.0000000000000004e-66  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000196128  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1157  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  40.66 
 
 
502 aa  254  4.0000000000000004e-66  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0944  putative sigma54 specific transcriptional regulator  35.57 
 
 
545 aa  254  4.0000000000000004e-66  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4497  transcriptional regulatory protein ZraR  44.24 
 
 
441 aa  253  5.000000000000001e-66  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000279415  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0349  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  36.91 
 
 
541 aa  253  6e-66  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.497351  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2606  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.18 
 
 
501 aa  253  6e-66  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.955687 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03881  fused DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with ZraS: response regulator/sigma54 interaction protein  44.24 
 
 
441 aa  253  7e-66  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0124745  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0976  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.57 
 
 
442 aa  253  7e-66  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00434157  normal  0.514512 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03834  hypothetical protein  44.24 
 
 
441 aa  253  7e-66  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0118236  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4021  transcriptional regulatory protein ZraR  44.24 
 
 
441 aa  253  7e-66  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0128092  normal  0.0227655 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1244  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  44.32 
 
 
545 aa  253  8.000000000000001e-66  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.771278 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1527  Nif-specific regulatory protein  44.32 
 
 
545 aa  253  8.000000000000001e-66  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4507  transcriptional regulatory protein ZraR  44.55 
 
 
441 aa  252  1e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0570238 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>