More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpe_A3310 on replicon NC_008825
Organism: Methylibium petroleiphilum PM1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008825  Mpe_A3310  Fis family transcriptional regulator  100 
 
 
587 aa  1184    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3562  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  53.36 
 
 
592 aa  625  1e-178  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.705523 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4638  putative sigma54 specific transcriptional regulator  53.36 
 
 
592 aa  625  1e-178  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.335351  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5673  helix-turn-helix, Fis-type  52.83 
 
 
592 aa  619  1e-176  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.450699  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1305  sigma-54 factor, interaction region  49.31 
 
 
614 aa  557  1e-157  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.506042  normal  0.0778502 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0127  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  50.79 
 
 
604 aa  555  1e-156  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.857442 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3476  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  51.16 
 
 
540 aa  551  1e-155  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05195  putative phenol-degradative gene regulator transcription regulator protein  50.93 
 
 
623 aa  548  1e-154  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000454847  normal  0.120965 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0962  putative phenol-degradative gene regulator transcription regulator protein  47.89 
 
 
623 aa  538  1e-151  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2116  Fis family transcriptional regulator  47.95 
 
 
579 aa  534  1e-150  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1494  Fis family transcriptional regulator  49.29 
 
 
574 aa  532  1e-150  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2114  Fis family transcriptional regulator  48.14 
 
 
573 aa  525  1e-147  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2099  Fis family transcriptional regulator  47.06 
 
 
574 aa  521  1e-146  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0505  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.01 
 
 
587 aa  518  1e-146  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2735  helix-turn-helix, Fis-type  47.37 
 
 
587 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.366185 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3564  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  48.6 
 
 
564 aa  509  1e-143  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.592238  normal  0.192769 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4640  putative sigma54 specific transcriptional regulator  48.6 
 
 
564 aa  509  1e-143  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.277441  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2951  sigma-54 dependent transcriptional regulator  47.21 
 
 
561 aa  506  9.999999999999999e-143  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.201799  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3117  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  47.48 
 
 
555 aa  506  9.999999999999999e-143  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.124819  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3262  Fis family transcriptional regulator  47.49 
 
 
581 aa  506  9.999999999999999e-143  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0731246  hitchhiker  0.00134549 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3798  helix-turn-helix, Fis-type  45.34 
 
 
558 aa  500  1e-140  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.852136  hitchhiker  0.00299193 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6646  xylR-like aromatic hydrocarbon degradgation transcriptional regulatory protein  48.08 
 
 
587 aa  500  1e-140  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.165566 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2797  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.93 
 
 
560 aa  500  1e-140  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.284817  normal  0.341611 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2855  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  45.19 
 
 
582 aa  496  1e-139  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3898  Fis family transcriptional regulator  42.98 
 
 
590 aa  496  1e-139  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5671  helix-turn-helix, Fis-type  47.64 
 
 
564 aa  492  9.999999999999999e-139  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1788  sigma-54 factor, interaction region  45.93 
 
 
542 aa  493  9.999999999999999e-139  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.337598  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1698  helix-turn-helix, Fis-type  45.06 
 
 
540 aa  488  1e-137  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.584342  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1542  Fis family transcriptional regulator  45.53 
 
 
586 aa  489  1e-137  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.332914  normal  0.115616 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2286  phenol-degradation regulator  48.69 
 
 
550 aa  491  1e-137  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1002  phenol-degradation regulator  49.23 
 
 
570 aa  488  1e-137  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3312  putative sigma54 specific transcriptional regulator  45.92 
 
 
562 aa  488  1e-136  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08880  sigma54-dependent activator protein, XylR/DmpR family  47.64 
 
 
564 aa  476  1e-133  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.493647  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0205  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.02 
 
 
566 aa  476  1e-133  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3204  Fis family transcriptional regulator  44.21 
 
 
570 aa  475  1e-132  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.832965  normal  0.0333314 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2972  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.04 
 
 
562 aa  460  9.999999999999999e-129  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30810  sigma54-dependent activator protein  47.01 
 
 
564 aa  461  9.999999999999999e-129  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3364  putative sigma54 specific transcriptional regulator  46.32 
 
 
585 aa  454  1.0000000000000001e-126  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3839  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.18 
 
 
546 aa  446  1.0000000000000001e-124  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.719613  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3191  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  39.65 
 
 
553 aa  336  5e-91  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0299  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  42.98 
 
 
547 aa  333  5e-90  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00444177  hitchhiker  0.000000221219 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3095  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  39.58 
 
 
575 aa  332  1e-89  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.458911 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0917  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  41.88 
 
 
568 aa  332  2e-89  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0890  putative sigma54 specific transcriptional regulator  42.49 
 
 
543 aa  329  7e-89  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0365  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  35.11 
 
 
554 aa  322  8e-87  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0352  putative sigma54 specific transcriptional regulator  34.94 
 
 
554 aa  321  1.9999999999999998e-86  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0338  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  37.71 
 
 
552 aa  314  1.9999999999999998e-84  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0888  putative sigma54 specific transcriptional regulator  40.78 
 
 
543 aa  314  2.9999999999999996e-84  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2730  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  34.89 
 
 
535 aa  313  3.9999999999999997e-84  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.928628  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0508  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family protein  34.3 
 
 
547 aa  310  6.999999999999999e-83  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0337  putative sigma54 specific transcriptional regulator  41.35 
 
 
541 aa  300  4e-80  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0349  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  41.14 
 
 
541 aa  298  2e-79  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.497351  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0944  putative sigma54 specific transcriptional regulator  38.33 
 
 
545 aa  295  2e-78  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0823  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.1 
 
 
456 aa  290  5.0000000000000004e-77  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.449732 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1951  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.99 
 
 
470 aa  287  4e-76  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.516267  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2001  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.2 
 
 
454 aa  285  1.0000000000000001e-75  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2510  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.11 
 
 
472 aa  284  3.0000000000000004e-75  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0791346  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1625  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  42.65 
 
 
544 aa  283  6.000000000000001e-75  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0165781  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3599  two component Fis family transcriptional regulator  44.75 
 
 
459 aa  282  1e-74  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3263  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.62 
 
 
464 aa  281  2e-74  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000257125 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1908  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.79 
 
 
473 aa  281  2e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0050  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.77 
 
 
515 aa  281  3e-74  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0532507 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2812  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.39 
 
 
466 aa  280  4e-74  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4454  transcriptional regulatory protein ZraR  43.24 
 
 
441 aa  280  7e-74  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.209341  hitchhiker  0.000519331 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0168  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.09 
 
 
459 aa  280  7e-74  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.564625  normal  0.730975 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3335  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  54.39 
 
 
458 aa  279  1e-73  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4385  transcriptional regulatory protein ZraR  42.44 
 
 
441 aa  278  1e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.712665 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0427  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.87 
 
 
458 aa  278  2e-73  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4581  transcriptional regulatory protein ZraR  42.44 
 
 
441 aa  278  2e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4418  transcriptional regulatory protein ZraR  42.44 
 
 
441 aa  278  2e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.298897  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4505  transcriptional regulatory protein ZraR  42.18 
 
 
441 aa  278  2e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.11324 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1971  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.5 
 
 
473 aa  278  2e-73  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0887215  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4549  transcriptional regulatory protein ZraR  43.5 
 
 
441 aa  278  2e-73  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000369022  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2056  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.5 
 
 
473 aa  278  2e-73  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.732718  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4238  transcriptional regulatory protein ZraR  44.03 
 
 
441 aa  277  3e-73  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.020936  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03881  fused DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with ZraS: response regulator/sigma54 interaction protein  43.5 
 
 
441 aa  277  4e-73  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0124745  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4497  transcriptional regulatory protein ZraR  43.5 
 
 
441 aa  277  4e-73  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000279415  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1748  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  42.07 
 
 
542 aa  277  4e-73  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4021  transcriptional regulatory protein ZraR  43.5 
 
 
441 aa  277  4e-73  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0128092  normal  0.0227655 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03834  hypothetical protein  43.5 
 
 
441 aa  277  4e-73  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0118236  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4024  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.09 
 
 
467 aa  277  5e-73  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.42797e-16 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0776  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  54.66 
 
 
454 aa  276  5e-73  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0594  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  41.76 
 
 
529 aa  276  5e-73  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00846378  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3989  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.5 
 
 
441 aa  276  6e-73  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.716922  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2984  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.63 
 
 
458 aa  276  6e-73  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.826768  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1312  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  52.7 
 
 
455 aa  276  6e-73  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.502008  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0732  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  48.09 
 
 
471 aa  276  6e-73  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.121473  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1228  Fis family transcriptional regulator  41.62 
 
 
549 aa  276  8e-73  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2442  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.53 
 
 
480 aa  276  8e-73  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3940  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.9 
 
 
467 aa  275  1.0000000000000001e-72  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000637809  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0976  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.82 
 
 
442 aa  276  1.0000000000000001e-72  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00434157  normal  0.514512 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0077  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.33 
 
 
457 aa  275  2.0000000000000002e-72  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1326  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.22 
 
 
485 aa  275  2.0000000000000002e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2629  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.22 
 
 
483 aa  275  2.0000000000000002e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.14604  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1320  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  43.29 
 
 
460 aa  274  3e-72  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2200  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.82 
 
 
459 aa  274  3e-72  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2942  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.03 
 
 
451 aa  274  3e-72  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0723  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.67 
 
 
474 aa  274  4.0000000000000004e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.431216  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2533  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.93 
 
 
483 aa  274  4.0000000000000004e-72  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0173  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.09 
 
 
463 aa  273  5.000000000000001e-72  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.127235  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>