More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpe_A2286 on replicon NC_008825
Organism: Methylibium petroleiphilum PM1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008825  Mpe_A2286  phenol-degradation regulator  100 
 
 
550 aa  1114    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2114  Fis family transcriptional regulator  55.96 
 
 
573 aa  604  1.0000000000000001e-171  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1788  sigma-54 factor, interaction region  55.54 
 
 
542 aa  601  1e-170  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.337598  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30810  sigma54-dependent activator protein  57.41 
 
 
564 aa  594  1e-168  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3117  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  56.23 
 
 
555 aa  588  1e-167  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.124819  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2099  Fis family transcriptional regulator  54.4 
 
 
574 aa  590  1e-167  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1698  helix-turn-helix, Fis-type  54.41 
 
 
540 aa  588  1e-166  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.584342  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2116  Fis family transcriptional regulator  53.21 
 
 
579 aa  586  1e-166  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3798  helix-turn-helix, Fis-type  53.38 
 
 
558 aa  579  1e-164  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.852136  hitchhiker  0.00299193 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4640  putative sigma54 specific transcriptional regulator  54.56 
 
 
564 aa  569  1e-161  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.277441  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3564  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  54.56 
 
 
564 aa  569  1e-161  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.592238  normal  0.192769 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5671  helix-turn-helix, Fis-type  54.55 
 
 
564 aa  567  1e-160  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2797  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  53.93 
 
 
560 aa  567  1e-160  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.284817  normal  0.341611 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2855  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  52.3 
 
 
582 aa  559  1e-158  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1305  sigma-54 factor, interaction region  48.59 
 
 
614 aa  528  1e-149  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.506042  normal  0.0778502 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1542  Fis family transcriptional regulator  49.82 
 
 
586 aa  526  1e-148  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.332914  normal  0.115616 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3204  Fis family transcriptional regulator  48.9 
 
 
570 aa  522  1e-147  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.832965  normal  0.0333314 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3364  putative sigma54 specific transcriptional regulator  51.95 
 
 
585 aa  519  1e-146  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3476  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  50.45 
 
 
540 aa  509  1e-143  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2972  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  50.46 
 
 
562 aa  509  1e-143  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3310  Fis family transcriptional regulator  48.52 
 
 
587 aa  505  1e-141  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5673  helix-turn-helix, Fis-type  48.08 
 
 
592 aa  504  1e-141  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.450699  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3562  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  47.54 
 
 
592 aa  502  1e-141  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.705523 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4638  putative sigma54 specific transcriptional regulator  47.54 
 
 
592 aa  502  1e-141  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.335351  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3312  putative sigma54 specific transcriptional regulator  49.82 
 
 
562 aa  498  1e-139  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0505  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.72 
 
 
587 aa  494  9.999999999999999e-139  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05195  putative phenol-degradative gene regulator transcription regulator protein  47.01 
 
 
623 aa  484  1e-135  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000454847  normal  0.120965 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08880  sigma54-dependent activator protein, XylR/DmpR family  49.18 
 
 
564 aa  481  1e-134  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.493647  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2735  helix-turn-helix, Fis-type  45.47 
 
 
587 aa  475  1e-133  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.366185 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0127  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.03 
 
 
604 aa  474  1e-132  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.857442 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0205  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  50.46 
 
 
566 aa  473  1e-132  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2951  sigma-54 dependent transcriptional regulator  44.48 
 
 
561 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.201799  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3898  Fis family transcriptional regulator  43.45 
 
 
590 aa  458  1e-127  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0962  putative phenol-degradative gene regulator transcription regulator protein  42.88 
 
 
623 aa  450  1e-125  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1002  phenol-degradation regulator  45.87 
 
 
570 aa  442  1e-123  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3262  Fis family transcriptional regulator  44.39 
 
 
581 aa  435  1e-121  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0731246  hitchhiker  0.00134549 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1494  Fis family transcriptional regulator  43.88 
 
 
574 aa  437  1e-121  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6646  xylR-like aromatic hydrocarbon degradgation transcriptional regulatory protein  43.07 
 
 
587 aa  422  1e-117  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.165566 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3839  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.94 
 
 
546 aa  380  1e-104  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.719613  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0299  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  42.03 
 
 
547 aa  338  9.999999999999999e-92  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00444177  hitchhiker  0.000000221219 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3191  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  39.71 
 
 
553 aa  337  5e-91  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3095  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  37.43 
 
 
575 aa  329  1.0000000000000001e-88  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.458911 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0365  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  35.04 
 
 
554 aa  327  2.0000000000000001e-88  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0352  putative sigma54 specific transcriptional regulator  34.68 
 
 
554 aa  327  4.0000000000000003e-88  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0917  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  39.74 
 
 
568 aa  318  2e-85  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0890  putative sigma54 specific transcriptional regulator  39.41 
 
 
543 aa  316  6e-85  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0338  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  34.51 
 
 
552 aa  308  2.0000000000000002e-82  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2730  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  33.33 
 
 
535 aa  304  2.0000000000000002e-81  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.928628  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0337  putative sigma54 specific transcriptional regulator  37.12 
 
 
541 aa  303  7.000000000000001e-81  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0349  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  37.12 
 
 
541 aa  302  1e-80  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.497351  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0888  putative sigma54 specific transcriptional regulator  34.84 
 
 
543 aa  300  4e-80  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2510  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.5 
 
 
472 aa  295  1e-78  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0791346  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0944  putative sigma54 specific transcriptional regulator  35.29 
 
 
545 aa  289  1e-76  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2009  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.11 
 
 
463 aa  288  1e-76  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0109  two component Fis family transcriptional regulator  45.51 
 
 
466 aa  287  2.9999999999999996e-76  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1869  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.01 
 
 
464 aa  285  1.0000000000000001e-75  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1954  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.39 
 
 
464 aa  284  2.0000000000000002e-75  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.611403  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1994  two component signal transduction response regulator  44.54 
 
 
477 aa  284  3.0000000000000004e-75  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2533  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.41 
 
 
483 aa  284  3.0000000000000004e-75  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1326  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.41 
 
 
485 aa  284  4.0000000000000003e-75  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2629  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.41 
 
 
483 aa  284  4.0000000000000003e-75  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.14604  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2442  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.35 
 
 
480 aa  283  8.000000000000001e-75  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1798  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.17 
 
 
466 aa  281  2e-74  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.634231  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1951  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.67 
 
 
470 aa  280  3e-74  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.516267  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1971  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.07 
 
 
473 aa  280  4e-74  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0887215  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2056  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.07 
 
 
473 aa  280  4e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.732718  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2041  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  45.29 
 
 
455 aa  280  6e-74  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3268  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.33 
 
 
483 aa  280  6e-74  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.474695  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1908  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.07 
 
 
473 aa  280  7e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2606  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.92 
 
 
501 aa  279  1e-73  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.955687 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1405  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.69 
 
 
478 aa  278  2e-73  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000117702 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0050  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.45 
 
 
515 aa  277  4e-73  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0532507 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0976  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.43 
 
 
442 aa  276  5e-73  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00434157  normal  0.514512 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1785  NifA subfamily transcriptional regulator  41.3 
 
 
507 aa  276  5e-73  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5338  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.99 
 
 
462 aa  276  5e-73  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0508  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family protein  35.11 
 
 
547 aa  276  9e-73  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2942  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.46 
 
 
451 aa  276  9e-73  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2805  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.44 
 
 
478 aa  274  3e-72  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.228775  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0916  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.43 
 
 
480 aa  274  3e-72  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1527  Fis family transcriptional regulator  44.31 
 
 
537 aa  274  4.0000000000000004e-72  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1228  Fis family transcriptional regulator  44.14 
 
 
549 aa  273  5.000000000000001e-72  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1003  nitrogen regulation protein NR(I)  41.33 
 
 
481 aa  273  6e-72  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.158383  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1625  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  39.65 
 
 
544 aa  273  7e-72  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0165781  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0570  NifA subfamily transcriptional regulator  45.18 
 
 
508 aa  273  7e-72  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.106051  normal  0.50757 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4853  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.57 
 
 
457 aa  272  1e-71  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.231814  hitchhiker  0.00735887 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1748  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  43.75 
 
 
542 aa  272  1e-71  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2563  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.49 
 
 
480 aa  271  2e-71  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00247378 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0879  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.66 
 
 
489 aa  271  2e-71  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.318917 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1742  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  44.38 
 
 
346 aa  271  2e-71  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.167315  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1919  Fis family transcriptional regulator  44.44 
 
 
545 aa  271  2.9999999999999997e-71  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4192  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.29 
 
 
454 aa  270  4e-71  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00227342  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0689  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  43.65 
 
 
544 aa  270  4e-71  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.430174  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0769  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.8 
 
 
453 aa  270  5.9999999999999995e-71  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.165448  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5460  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  43.87 
 
 
650 aa  268  1e-70  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.665291  normal  0.225769 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1017  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.32 
 
 
445 aa  268  1e-70  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.246569  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0187  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.06 
 
 
457 aa  268  2e-70  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0925  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.61 
 
 
500 aa  268  2e-70  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2149  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45 
 
 
477 aa  268  2e-70  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2786  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.77 
 
 
480 aa  267  2.9999999999999995e-70  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.543097  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47100  sigma54-dependent activator protein  44.41 
 
 
517 aa  267  2.9999999999999995e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.536607  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>