More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Reut_A1698 on replicon NC_007347
Organism: Ralstonia eutropha JMP134



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007347  Reut_A1698  helix-turn-helix, Fis-type  100 
 
 
540 aa  1106    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.584342  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1788  sigma-54 factor, interaction region  90.04 
 
 
542 aa  1004    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.337598  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2114  Fis family transcriptional regulator  51.19 
 
 
573 aa  573  1.0000000000000001e-162  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2286  phenol-degradation regulator  54.41 
 
 
550 aa  571  1e-161  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3564  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  51.82 
 
 
564 aa  552  1e-156  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.592238  normal  0.192769 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3798  helix-turn-helix, Fis-type  51.37 
 
 
558 aa  551  1e-156  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.852136  hitchhiker  0.00299193 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3117  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  51.01 
 
 
555 aa  551  1e-156  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.124819  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2116  Fis family transcriptional regulator  50.09 
 
 
579 aa  553  1e-156  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4640  putative sigma54 specific transcriptional regulator  51.82 
 
 
564 aa  552  1e-156  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.277441  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2797  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  51.19 
 
 
560 aa  548  1e-154  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.284817  normal  0.341611 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5671  helix-turn-helix, Fis-type  51.52 
 
 
564 aa  543  1e-153  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2099  Fis family transcriptional regulator  49.18 
 
 
574 aa  539  9.999999999999999e-153  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2855  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  49.72 
 
 
582 aa  538  1e-151  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30810  sigma54-dependent activator protein  51.09 
 
 
564 aa  523  1e-147  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3204  Fis family transcriptional regulator  46.94 
 
 
570 aa  507  9.999999999999999e-143  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.832965  normal  0.0333314 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1542  Fis family transcriptional regulator  46.35 
 
 
586 aa  501  1e-140  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.332914  normal  0.115616 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2972  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.19 
 
 
562 aa  496  1e-139  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3312  putative sigma54 specific transcriptional regulator  47.11 
 
 
562 aa  492  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1305  sigma-54 factor, interaction region  45.31 
 
 
614 aa  491  1e-137  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.506042  normal  0.0778502 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3310  Fis family transcriptional regulator  45.06 
 
 
587 aa  486  1e-136  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3364  putative sigma54 specific transcriptional regulator  48.82 
 
 
585 aa  486  1e-136  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08880  sigma54-dependent activator protein, XylR/DmpR family  46.26 
 
 
564 aa  481  1e-134  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.493647  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0205  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.65 
 
 
566 aa  475  1e-133  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3562  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  44.78 
 
 
592 aa  469  1.0000000000000001e-131  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.705523 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4638  putative sigma54 specific transcriptional regulator  44.78 
 
 
592 aa  469  1.0000000000000001e-131  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.335351  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0127  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.95 
 
 
604 aa  459  9.999999999999999e-129  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.857442 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5673  helix-turn-helix, Fis-type  43.06 
 
 
592 aa  458  1e-127  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.450699  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0505  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  43.66 
 
 
587 aa  452  1.0000000000000001e-126  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2735  helix-turn-helix, Fis-type  43.22 
 
 
587 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.366185 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3476  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  43.88 
 
 
540 aa  444  1e-123  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05195  putative phenol-degradative gene regulator transcription regulator protein  43.34 
 
 
623 aa  442  1e-123  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000454847  normal  0.120965 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3898  Fis family transcriptional regulator  42.11 
 
 
590 aa  445  1e-123  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2951  sigma-54 dependent transcriptional regulator  42.47 
 
 
561 aa  434  1e-120  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.201799  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3262  Fis family transcriptional regulator  43.5 
 
 
581 aa  427  1e-118  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0731246  hitchhiker  0.00134549 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1494  Fis family transcriptional regulator  42.07 
 
 
574 aa  420  1e-116  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0962  putative phenol-degradative gene regulator transcription regulator protein  39.72 
 
 
623 aa  419  1e-116  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1002  phenol-degradation regulator  42.55 
 
 
570 aa  417  9.999999999999999e-116  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6646  xylR-like aromatic hydrocarbon degradgation transcriptional regulatory protein  41.12 
 
 
587 aa  394  1e-108  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.165566 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3839  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  42.36 
 
 
546 aa  384  1e-105  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.719613  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3191  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  37.5 
 
 
553 aa  333  4e-90  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3095  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  36.12 
 
 
575 aa  324  2e-87  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.458911 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0299  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  36.1 
 
 
547 aa  317  3e-85  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00444177  hitchhiker  0.000000221219 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2730  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  33.21 
 
 
535 aa  315  9.999999999999999e-85  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.928628  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0890  putative sigma54 specific transcriptional regulator  37.87 
 
 
543 aa  308  1.0000000000000001e-82  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0917  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  34.31 
 
 
568 aa  307  3e-82  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2510  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.32 
 
 
472 aa  300  4e-80  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0791346  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0888  putative sigma54 specific transcriptional regulator  34.73 
 
 
543 aa  300  4e-80  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2001  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  48.18 
 
 
454 aa  298  2e-79  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0944  putative sigma54 specific transcriptional regulator  38.99 
 
 
545 aa  298  2e-79  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1908  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.26 
 
 
473 aa  293  5e-78  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2056  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.39 
 
 
473 aa  292  1e-77  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.732718  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1971  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.39 
 
 
473 aa  292  1e-77  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0887215  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0338  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  33.04 
 
 
552 aa  287  2.9999999999999996e-76  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1228  Fis family transcriptional regulator  46.79 
 
 
549 aa  286  8e-76  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1951  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.85 
 
 
470 aa  284  3.0000000000000004e-75  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.516267  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2667  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  42.86 
 
 
668 aa  284  3.0000000000000004e-75  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0976  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.41 
 
 
442 aa  283  8.000000000000001e-75  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00434157  normal  0.514512 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1625  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  46.15 
 
 
544 aa  283  8.000000000000001e-75  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0165781  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0769  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.27 
 
 
453 aa  282  1e-74  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.165448  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0689  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  46.47 
 
 
544 aa  282  1e-74  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.430174  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2353  phosphocarrier HPr/sensory box protein/sigma-54 dependent transcriptional regulator  42.55 
 
 
668 aa  282  1e-74  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0337  putative sigma54 specific transcriptional regulator  34.36 
 
 
541 aa  282  1e-74  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0789  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.98 
 
 
448 aa  281  2e-74  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1748  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  46.95 
 
 
542 aa  281  2e-74  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0508  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family protein  31.89 
 
 
547 aa  281  2e-74  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0349  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  34.36 
 
 
541 aa  281  2e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.497351  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0365  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  31.78 
 
 
554 aa  281  3e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2942  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.07 
 
 
451 aa  280  4e-74  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3226  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  46.39 
 
 
335 aa  280  5e-74  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3263  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.65 
 
 
464 aa  280  6e-74  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000257125 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2606  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.85 
 
 
501 aa  279  7e-74  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.955687 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0097  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.66 
 
 
448 aa  278  1e-73  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1920  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  44.87 
 
 
543 aa  278  2e-73  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0127788  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0352  putative sigma54 specific transcriptional regulator  31.42 
 
 
554 aa  277  3e-73  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1510  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.18 
 
 
448 aa  277  3e-73  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1919  Fis family transcriptional regulator  45.51 
 
 
545 aa  277  3e-73  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1287  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.95 
 
 
452 aa  276  5e-73  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.541874  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1869  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.66 
 
 
464 aa  276  7e-73  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0050  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.71 
 
 
515 aa  276  9e-73  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0532507 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1954  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.94 
 
 
464 aa  275  1.0000000000000001e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.611403  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1785  NifA subfamily transcriptional regulator  45.34 
 
 
507 aa  276  1.0000000000000001e-72  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3196  Fis family transcriptional regulator  54.51 
 
 
494 aa  275  1.0000000000000001e-72  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2009  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.54 
 
 
463 aa  275  1.0000000000000001e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0427  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.03 
 
 
458 aa  275  1.0000000000000001e-72  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5460  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  48.26 
 
 
650 aa  275  1.0000000000000001e-72  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.665291  normal  0.225769 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1003  nitrogen regulation protein NR(I)  42.94 
 
 
481 aa  273  4.0000000000000004e-72  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.158383  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1911  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  44.97 
 
 
577 aa  274  4.0000000000000004e-72  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0339  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.13 
 
 
459 aa  274  4.0000000000000004e-72  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000360791  unclonable  4.1095600000000004e-23 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0532  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.45 
 
 
470 aa  274  4.0000000000000004e-72  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00706375  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1527  Fis family transcriptional regulator  45.98 
 
 
537 aa  273  5.000000000000001e-72  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4418  transcriptional regulatory protein ZraR  44.48 
 
 
441 aa  273  6e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.298897  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1992  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.73 
 
 
460 aa  273  7e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2563  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.41 
 
 
480 aa  273  8.000000000000001e-72  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00247378 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1405  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.61 
 
 
478 aa  272  1e-71  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000117702 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1742  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  44.3 
 
 
346 aa  272  1e-71  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.167315  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1992  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.41 
 
 
455 aa  272  1e-71  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.139659  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1312  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.59 
 
 
455 aa  272  1e-71  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.502008  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2533  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.71 
 
 
483 aa  271  2e-71  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1994  two component signal transduction response regulator  44.65 
 
 
477 aa  271  2e-71  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0109  two component Fis family transcriptional regulator  44.19 
 
 
466 aa  271  2e-71  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>