More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0508 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008345  Sfri_0508  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family protein  100 
 
 
547 aa  1133    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0944  putative sigma54 specific transcriptional regulator  54.98 
 
 
545 aa  621  1e-176  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0890  putative sigma54 specific transcriptional regulator  47.32 
 
 
543 aa  532  1e-150  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0349  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  47.33 
 
 
541 aa  521  1e-147  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.497351  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0337  putative sigma54 specific transcriptional regulator  47.51 
 
 
541 aa  523  1e-147  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0917  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  46.08 
 
 
568 aa  503  1e-141  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3191  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  43.25 
 
 
553 aa  482  1e-135  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0888  putative sigma54 specific transcriptional regulator  44.75 
 
 
543 aa  457  1e-127  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0299  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  43.22 
 
 
547 aa  448  1.0000000000000001e-124  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00444177  hitchhiker  0.000000221219 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2730  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  42.62 
 
 
535 aa  434  1e-120  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.928628  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3095  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  36.13 
 
 
575 aa  376  1e-103  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.458911 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3310  Fis family transcriptional regulator  34.02 
 
 
587 aa  310  5e-83  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3117  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  35.19 
 
 
555 aa  308  1.0000000000000001e-82  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.124819  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3898  Fis family transcriptional regulator  33.57 
 
 
590 aa  303  5.000000000000001e-81  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2116  Fis family transcriptional regulator  33.16 
 
 
579 aa  301  2e-80  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2972  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.46 
 
 
562 aa  300  4e-80  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3364  putative sigma54 specific transcriptional regulator  36.79 
 
 
585 aa  300  7e-80  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3798  helix-turn-helix, Fis-type  35.84 
 
 
558 aa  297  4e-79  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.852136  hitchhiker  0.00299193 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3564  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  33.39 
 
 
564 aa  295  2e-78  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.592238  normal  0.192769 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4640  putative sigma54 specific transcriptional regulator  33.39 
 
 
564 aa  295  2e-78  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.277441  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3389  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  48.34 
 
 
462 aa  294  2e-78  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6646  xylR-like aromatic hydrocarbon degradgation transcriptional regulatory protein  38.92 
 
 
587 aa  293  4e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.165566 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2114  Fis family transcriptional regulator  34.22 
 
 
573 aa  294  4e-78  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4638  putative sigma54 specific transcriptional regulator  36.77 
 
 
592 aa  293  6e-78  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.335351  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3562  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  36.77 
 
 
592 aa  293  6e-78  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.705523 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2855  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  32.5 
 
 
582 aa  291  2e-77  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0532  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.3 
 
 
470 aa  291  3e-77  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00706375  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2797  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  32.37 
 
 
560 aa  291  3e-77  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.284817  normal  0.341611 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1002  phenol-degradation regulator  36.34 
 
 
570 aa  290  4e-77  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05195  putative phenol-degradative gene regulator transcription regulator protein  36.53 
 
 
623 aa  290  4e-77  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000454847  normal  0.120965 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0427  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.21 
 
 
458 aa  290  5.0000000000000004e-77  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2951  sigma-54 dependent transcriptional regulator  33.39 
 
 
561 aa  290  7e-77  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.201799  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3989  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.16 
 
 
441 aa  289  1e-76  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.716922  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2735  helix-turn-helix, Fis-type  32.17 
 
 
587 aa  289  1e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.366185 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2099  Fis family transcriptional regulator  33.57 
 
 
574 aa  288  1e-76  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0127  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  35.15 
 
 
604 aa  288  1e-76  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.857442 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5673  helix-turn-helix, Fis-type  32.8 
 
 
592 aa  288  2e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.450699  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0823  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  49.02 
 
 
456 aa  288  2.9999999999999996e-76  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.449732 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03881  fused DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with ZraS: response regulator/sigma54 interaction protein  44.87 
 
 
441 aa  287  4e-76  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0124745  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03834  hypothetical protein  44.87 
 
 
441 aa  287  4e-76  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0118236  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4021  transcriptional regulatory protein ZraR  44.87 
 
 
441 aa  287  4e-76  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0128092  normal  0.0227655 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4497  transcriptional regulatory protein ZraR  44.87 
 
 
441 aa  287  4e-76  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000279415  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3476  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  33.22 
 
 
540 aa  286  5e-76  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4238  transcriptional regulatory protein ZraR  44.71 
 
 
441 aa  286  7e-76  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.020936  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4549  transcriptional regulatory protein ZraR  44.57 
 
 
441 aa  285  1.0000000000000001e-75  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000369022  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2942  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  48.22 
 
 
451 aa  286  1.0000000000000001e-75  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4454  transcriptional regulatory protein ZraR  44.57 
 
 
441 aa  284  2.0000000000000002e-75  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.209341  hitchhiker  0.000519331 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2239  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.81 
 
 
457 aa  285  2.0000000000000002e-75  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1986  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.1 
 
 
457 aa  285  2.0000000000000002e-75  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.546437 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4505  transcriptional regulatory protein ZraR  47.84 
 
 
441 aa  284  4.0000000000000003e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.11324 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4581  transcriptional regulatory protein ZraR  47.84 
 
 
441 aa  283  5.000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0352  putative sigma54 specific transcriptional regulator  31.26 
 
 
554 aa  283  5.000000000000001e-75  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4385  transcriptional regulatory protein ZraR  47.84 
 
 
441 aa  283  6.000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.712665 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4418  transcriptional regulatory protein ZraR  48.17 
 
 
441 aa  283  6.000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.298897  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0205  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  34.86 
 
 
566 aa  283  7.000000000000001e-75  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2149  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.38 
 
 
477 aa  282  1e-74  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5475  transcriptional regulatory protein ZraR  46.82 
 
 
441 aa  281  2e-74  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1698  helix-turn-helix, Fis-type  31.89 
 
 
540 aa  281  2e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.584342  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0365  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  31.08 
 
 
554 aa  281  2e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1017  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.05 
 
 
445 aa  280  3e-74  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.246569  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1969  sigma-54 dependent transcriptional regulator/response regulator  48.06 
 
 
473 aa  279  8e-74  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.440374  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0372  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  41.29 
 
 
461 aa  278  1e-73  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3204  Fis family transcriptional regulator  36.76 
 
 
570 aa  278  1e-73  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.832965  normal  0.0333314 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2807  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.75 
 
 
466 aa  279  1e-73  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.75933  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1788  sigma-54 factor, interaction region  31.15 
 
 
542 aa  278  1e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.337598  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1542  Fis family transcriptional regulator  35.84 
 
 
586 aa  278  2e-73  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.332914  normal  0.115616 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1305  sigma-54 factor, interaction region  35.55 
 
 
614 aa  278  2e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.506042  normal  0.0778502 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2365  two component signal transduction response regulator  43.32 
 
 
575 aa  277  5e-73  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2100  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.54 
 
 
466 aa  276  5e-73  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1915  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  45.45 
 
 
467 aa  276  6e-73  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0712701  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0508  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  47.9 
 
 
495 aa  276  8e-73  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4507  transcriptional regulatory protein ZraR  46.51 
 
 
441 aa  275  1.0000000000000001e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0570238 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5671  helix-turn-helix, Fis-type  31.48 
 
 
564 aa  275  2.0000000000000002e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2825  Fis family transcriptional regulator  44.19 
 
 
589 aa  274  3e-72  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.208492  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1430  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  41.62 
 
 
461 aa  274  3e-72  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.324678  hitchhiker  0.00137179 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4389  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.25 
 
 
495 aa  274  3e-72  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.205713  normal  0.107293 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3623  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.22 
 
 
489 aa  273  6e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.568637  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3555  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.22 
 
 
489 aa  273  6e-72  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.369206  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3158  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.34 
 
 
462 aa  273  8.000000000000001e-72  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0505  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  35.91 
 
 
587 aa  272  9e-72  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30810  sigma54-dependent activator protein  35.15 
 
 
564 aa  272  9e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0769  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.57 
 
 
453 aa  272  9e-72  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.165448  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02147  fused response regulator of ato operon, in two-component system with AtoS: response regulator/sigma54 interaction protein  41.62 
 
 
461 aa  272  1e-71  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1438  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.62 
 
 
461 aa  272  1e-71  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.445705  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08880  sigma54-dependent activator protein, XylR/DmpR family  32.62 
 
 
564 aa  272  1e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.493647  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0038  response regulator receiver protein  43.81 
 
 
455 aa  272  1e-71  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02106  hypothetical protein  41.62 
 
 
461 aa  272  1e-71  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2361  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  41.62 
 
 
461 aa  272  1e-71  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.18992  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5051  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  42.26 
 
 
460 aa  272  1e-71  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.610108  normal  0.479337 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3375  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.08 
 
 
461 aa  272  1e-71  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3903  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.95 
 
 
455 aa  271  2e-71  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000574971 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2280  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.55 
 
 
453 aa  271  2e-71  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.620123 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3581  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.94 
 
 
490 aa  271  2e-71  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0374719 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0789  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.63 
 
 
448 aa  271  2e-71  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0109  two component Fis family transcriptional regulator  43.21 
 
 
466 aa  271  2e-71  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2369  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  41.62 
 
 
461 aa  271  2e-71  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0790211  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1494  Fis family transcriptional regulator  35.15 
 
 
574 aa  271  2e-71  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0338  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  30.37 
 
 
552 aa  271  2.9999999999999997e-71  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3471  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.9 
 
 
489 aa  271  2.9999999999999997e-71  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3351  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.7 
 
 
465 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>