More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_1494 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_3262  Fis family transcriptional regulator  56.84 
 
 
581 aa  656    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0731246  hitchhiker  0.00134549 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1494  Fis family transcriptional regulator  100 
 
 
574 aa  1172    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3476  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  50.46 
 
 
540 aa  546  1e-154  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4638  putative sigma54 specific transcriptional regulator  47.09 
 
 
592 aa  526  1e-148  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.335351  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3310  Fis family transcriptional regulator  49.29 
 
 
587 aa  527  1e-148  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3562  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  47.09 
 
 
592 aa  526  1e-148  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.705523 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1305  sigma-54 factor, interaction region  46.46 
 
 
614 aa  526  1e-148  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.506042  normal  0.0778502 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5673  helix-turn-helix, Fis-type  46.18 
 
 
592 aa  513  1e-144  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.450699  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0505  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.22 
 
 
587 aa  500  1e-140  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3798  helix-turn-helix, Fis-type  44.6 
 
 
558 aa  485  1e-135  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.852136  hitchhiker  0.00299193 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2114  Fis family transcriptional regulator  45.68 
 
 
573 aa  483  1e-135  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0127  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.5 
 
 
604 aa  484  1e-135  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.857442 
 
 
-
 
NC_003296  RS05195  putative phenol-degradative gene regulator transcription regulator protein  45.1 
 
 
623 aa  478  1e-133  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000454847  normal  0.120965 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2735  helix-turn-helix, Fis-type  44.76 
 
 
587 aa  474  1e-132  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.366185 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2116  Fis family transcriptional regulator  44.98 
 
 
579 aa  473  1e-132  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2951  sigma-54 dependent transcriptional regulator  44.23 
 
 
561 aa  471  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.201799  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3312  putative sigma54 specific transcriptional regulator  47.22 
 
 
562 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3117  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  44.21 
 
 
555 aa  464  1e-129  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.124819  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3564  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  45.13 
 
 
564 aa  461  9.999999999999999e-129  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.592238  normal  0.192769 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3898  Fis family transcriptional regulator  43.58 
 
 
590 aa  458  9.999999999999999e-129  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0962  putative phenol-degradative gene regulator transcription regulator protein  43.01 
 
 
623 aa  459  9.999999999999999e-129  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4640  putative sigma54 specific transcriptional regulator  45.13 
 
 
564 aa  461  9.999999999999999e-129  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.277441  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2099  Fis family transcriptional regulator  43.17 
 
 
574 aa  458  1e-127  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3204  Fis family transcriptional regulator  43.63 
 
 
570 aa  457  1e-127  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.832965  normal  0.0333314 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2972  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.47 
 
 
562 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2797  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.37 
 
 
560 aa  452  1.0000000000000001e-126  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.284817  normal  0.341611 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6646  xylR-like aromatic hydrocarbon degradgation transcriptional regulatory protein  45.1 
 
 
587 aa  454  1.0000000000000001e-126  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.165566 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5671  helix-turn-helix, Fis-type  44.92 
 
 
564 aa  449  1e-125  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2855  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  42.75 
 
 
582 aa  450  1e-125  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08880  sigma54-dependent activator protein, XylR/DmpR family  45.72 
 
 
564 aa  447  1.0000000000000001e-124  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.493647  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1002  phenol-degradation regulator  45.08 
 
 
570 aa  429  1e-119  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2286  phenol-degradation regulator  43.88 
 
 
550 aa  429  1e-119  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0205  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  43.75 
 
 
566 aa  429  1e-119  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3364  putative sigma54 specific transcriptional regulator  43.09 
 
 
585 aa  427  1e-118  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1542  Fis family transcriptional regulator  41.36 
 
 
586 aa  423  1e-117  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.332914  normal  0.115616 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1698  helix-turn-helix, Fis-type  42.07 
 
 
540 aa  420  1e-116  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.584342  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1788  sigma-54 factor, interaction region  41.26 
 
 
542 aa  415  1e-114  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.337598  normal 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3839  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  41.94 
 
 
546 aa  410  1e-113  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.719613  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30810  sigma54-dependent activator protein  43.17 
 
 
564 aa  410  1e-113  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0917  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  39.75 
 
 
568 aa  312  1e-83  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2730  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.43 
 
 
535 aa  305  2.0000000000000002e-81  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.928628  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0352  putative sigma54 specific transcriptional regulator  35.42 
 
 
554 aa  305  2.0000000000000002e-81  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0890  putative sigma54 specific transcriptional regulator  39.7 
 
 
543 aa  305  2.0000000000000002e-81  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0888  putative sigma54 specific transcriptional regulator  35.87 
 
 
543 aa  301  2e-80  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0365  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  34.88 
 
 
554 aa  301  2e-80  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0338  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  34.88 
 
 
552 aa  300  5e-80  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3191  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.12 
 
 
553 aa  297  4e-79  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1625  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  46.79 
 
 
544 aa  286  5e-76  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0165781  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1748  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  46.48 
 
 
542 aa  285  1.0000000000000001e-75  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1228  Fis family transcriptional regulator  45.87 
 
 
549 aa  284  3.0000000000000004e-75  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0299  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.12 
 
 
547 aa  283  8.000000000000001e-75  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00444177  hitchhiker  0.000000221219 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3095  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  36.55 
 
 
575 aa  283  8.000000000000001e-75  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.458911 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2001  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.11 
 
 
454 aa  280  7e-74  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0884  NifA subfamily transcriptional regulator  44.72 
 
 
539 aa  279  1e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.871675 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0109  two component Fis family transcriptional regulator  46.43 
 
 
466 aa  277  3e-73  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2510  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.35 
 
 
472 aa  278  3e-73  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0791346  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49020  sigma54-dependent transcriptional activator for the iron only nitrogenase, AnfA  45.48 
 
 
537 aa  277  4e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1624  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  46.65 
 
 
561 aa  276  8e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.714408  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1061  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  54.66 
 
 
602 aa  276  1.0000000000000001e-72  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1388  NifA subfamily transcriptional regulator  44.09 
 
 
533 aa  274  3e-72  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1951  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.14 
 
 
470 aa  274  4.0000000000000004e-72  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.516267  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2629  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.15 
 
 
483 aa  272  1e-71  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.14604  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2533  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.15 
 
 
483 aa  272  1e-71  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1326  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.15 
 
 
485 aa  272  1e-71  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0689  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  45.24 
 
 
544 aa  272  2e-71  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.430174  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0508  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family protein  35.15 
 
 
547 aa  271  2e-71  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0976  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  56.17 
 
 
1079 aa  271  2.9999999999999997e-71  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1920  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  43.88 
 
 
543 aa  271  2.9999999999999997e-71  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0127788  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1919  Fis family transcriptional regulator  43.88 
 
 
545 aa  271  2.9999999999999997e-71  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0978  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  56.17 
 
 
466 aa  271  4e-71  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0932912  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0922  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  50.94 
 
 
462 aa  270  5e-71  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.554455  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2606  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  55.46 
 
 
501 aa  270  5e-71  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.955687 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1908  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.43 
 
 
473 aa  269  8.999999999999999e-71  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47100  sigma54-dependent activator protein  44.44 
 
 
517 aa  269  8.999999999999999e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.536607  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0115  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  53.1 
 
 
481 aa  269  1e-70  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2617  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  46.57 
 
 
535 aa  269  1e-70  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1431  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  55.6 
 
 
806 aa  269  1e-70  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.333003  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2507  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  55.6 
 
 
488 aa  269  1e-70  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.182398 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3335  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  56.47 
 
 
458 aa  269  1e-70  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4854  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  52.16 
 
 
541 aa  268  1e-70  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.246176  normal  0.0147757 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0853  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  52.78 
 
 
502 aa  269  1e-70  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2442  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  54.08 
 
 
480 aa  268  2e-70  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2812  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.77 
 
 
466 aa  268  2e-70  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1527  Fis family transcriptional regulator  45.12 
 
 
537 aa  268  2e-70  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0173  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  54.98 
 
 
463 aa  268  2e-70  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.127235  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1739  Sigma 54 interacting domain protein  53.75 
 
 
479 aa  268  2e-70  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2056  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.12 
 
 
473 aa  267  2.9999999999999995e-70  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.732718  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1971  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.12 
 
 
473 aa  267  2.9999999999999995e-70  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0887215  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1713  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.95 
 
 
748 aa  268  2.9999999999999995e-70  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000552259  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0903  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  55.98 
 
 
693 aa  267  4e-70  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.10284 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2678  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.69 
 
 
457 aa  267  4e-70  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4307  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  54.24 
 
 
635 aa  266  5e-70  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.056389 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33440  sigma54-dependent activator protein  44.41 
 
 
493 aa  266  5.999999999999999e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5444  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  40.16 
 
 
515 aa  266  5.999999999999999e-70  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.408228 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0349  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  39.01 
 
 
541 aa  266  5.999999999999999e-70  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.497351  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0337  putative sigma54 specific transcriptional regulator  39.01 
 
 
541 aa  266  7e-70  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1802  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.29 
 
 
459 aa  266  7e-70  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0135454  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4327  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  52.77 
 
 
875 aa  265  2e-69  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.184763 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2109  Fis family transcriptional regulator  53.02 
 
 
473 aa  265  2e-69  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0427  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.69 
 
 
458 aa  265  2e-69  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>