More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_3476 on replicon NC_009427
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009427  Saro_3476  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  100 
 
 
540 aa  1078    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4638  putative sigma54 specific transcriptional regulator  51.89 
 
 
592 aa  556  1e-157  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.335351  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5673  helix-turn-helix, Fis-type  52.17 
 
 
592 aa  555  1e-157  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.450699  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3562  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  51.89 
 
 
592 aa  556  1e-157  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.705523 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3310  Fis family transcriptional regulator  50.44 
 
 
587 aa  547  1e-154  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1494  Fis family transcriptional regulator  50.46 
 
 
574 aa  546  1e-154  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3262  Fis family transcriptional regulator  50.18 
 
 
581 aa  543  1e-153  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0731246  hitchhiker  0.00134549 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1305  sigma-54 factor, interaction region  48.25 
 
 
614 aa  521  1e-147  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.506042  normal  0.0778502 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3798  helix-turn-helix, Fis-type  48.63 
 
 
558 aa  515  1.0000000000000001e-145  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.852136  hitchhiker  0.00299193 
 
 
-
 
NC_003296  RS05195  putative phenol-degradative gene regulator transcription regulator protein  47.86 
 
 
623 aa  514  1e-144  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000454847  normal  0.120965 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2099  Fis family transcriptional regulator  48.71 
 
 
574 aa  512  1e-144  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2114  Fis family transcriptional regulator  49.45 
 
 
573 aa  512  1e-144  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2735  helix-turn-helix, Fis-type  49.64 
 
 
587 aa  510  1e-143  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.366185 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0127  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.82 
 
 
604 aa  510  1e-143  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.857442 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3117  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  47.9 
 
 
555 aa  503  1e-141  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.124819  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2116  Fis family transcriptional regulator  47.71 
 
 
579 aa  502  1e-141  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0505  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.45 
 
 
587 aa  501  1e-140  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4640  putative sigma54 specific transcriptional regulator  47.91 
 
 
564 aa  491  1e-137  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.277441  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2286  phenol-degradation regulator  50.45 
 
 
550 aa  491  1e-137  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3564  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  47.91 
 
 
564 aa  491  1e-137  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.592238  normal  0.192769 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2855  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  46.59 
 
 
582 aa  487  1e-136  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2797  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.91 
 
 
560 aa  486  1e-136  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.284817  normal  0.341611 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2951  sigma-54 dependent transcriptional regulator  47.57 
 
 
561 aa  481  1e-134  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.201799  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5671  helix-turn-helix, Fis-type  48.63 
 
 
564 aa  481  1e-134  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2972  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.04 
 
 
562 aa  472  1e-132  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1542  Fis family transcriptional regulator  46.14 
 
 
586 aa  475  1e-132  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.332914  normal  0.115616 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3204  Fis family transcriptional regulator  45.54 
 
 
570 aa  472  1e-132  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.832965  normal  0.0333314 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1002  phenol-degradation regulator  49 
 
 
570 aa  468  9.999999999999999e-131  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3898  Fis family transcriptional regulator  43.39 
 
 
590 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08880  sigma54-dependent activator protein, XylR/DmpR family  46.89 
 
 
564 aa  464  1e-129  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.493647  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30810  sigma54-dependent activator protein  47.97 
 
 
564 aa  462  1e-129  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6646  xylR-like aromatic hydrocarbon degradgation transcriptional regulatory protein  47.35 
 
 
587 aa  461  9.999999999999999e-129  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.165566 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0205  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.18 
 
 
566 aa  459  9.999999999999999e-129  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0962  putative phenol-degradative gene regulator transcription regulator protein  44.19 
 
 
623 aa  457  1e-127  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3312  putative sigma54 specific transcriptional regulator  44.34 
 
 
562 aa  452  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3364  putative sigma54 specific transcriptional regulator  46.99 
 
 
585 aa  453  1.0000000000000001e-126  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1698  helix-turn-helix, Fis-type  43.88 
 
 
540 aa  444  1e-123  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.584342  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1788  sigma-54 factor, interaction region  42.75 
 
 
542 aa  433  1e-120  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.337598  normal 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3839  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.46 
 
 
546 aa  419  1e-116  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.719613  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3191  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40 
 
 
553 aa  325  1e-87  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0917  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  38.67 
 
 
568 aa  317  3e-85  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0365  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  36.19 
 
 
554 aa  312  9e-84  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0352  putative sigma54 specific transcriptional regulator  36.01 
 
 
554 aa  311  2e-83  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3095  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  37.7 
 
 
575 aa  307  2.0000000000000002e-82  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.458911 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0890  putative sigma54 specific transcriptional regulator  38.1 
 
 
543 aa  308  2.0000000000000002e-82  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1312  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.88 
 
 
455 aa  305  1.0000000000000001e-81  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.502008  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2730  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  35.52 
 
 
535 aa  305  1.0000000000000001e-81  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.928628  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0888  putative sigma54 specific transcriptional regulator  36.55 
 
 
543 aa  304  2.0000000000000002e-81  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2001  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  49.06 
 
 
454 aa  305  2.0000000000000002e-81  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1951  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  49.39 
 
 
470 aa  301  2e-80  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.516267  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0299  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  35.52 
 
 
547 aa  301  2e-80  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00444177  hitchhiker  0.000000221219 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0338  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  34.95 
 
 
552 aa  299  8e-80  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1157  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  47.81 
 
 
502 aa  297  3e-79  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0976  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.5 
 
 
442 aa  297  4e-79  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00434157  normal  0.514512 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2056  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.48 
 
 
473 aa  294  3e-78  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.732718  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1971  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.48 
 
 
473 aa  294  3e-78  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0887215  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1908  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  48.04 
 
 
473 aa  293  5e-78  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1748  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  49.84 
 
 
542 aa  291  2e-77  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2510  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.59 
 
 
472 aa  291  2e-77  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0791346  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47100  sigma54-dependent activator protein  48.91 
 
 
517 aa  290  3e-77  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.536607  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1228  Fis family transcriptional regulator  47.94 
 
 
549 aa  289  7e-77  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1919  Fis family transcriptional regulator  47.08 
 
 
545 aa  288  2e-76  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0109  two component Fis family transcriptional regulator  47.62 
 
 
466 aa  287  2.9999999999999996e-76  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1527  Fis family transcriptional regulator  48.9 
 
 
537 aa  287  4e-76  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0508  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family protein  33.22 
 
 
547 aa  286  5e-76  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0508  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  46.39 
 
 
495 aa  285  2.0000000000000002e-75  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0337  putative sigma54 specific transcriptional regulator  37.3 
 
 
541 aa  285  2.0000000000000002e-75  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1388  NifA subfamily transcriptional regulator  50.16 
 
 
533 aa  285  2.0000000000000002e-75  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33440  sigma54-dependent activator protein  48.3 
 
 
493 aa  284  3.0000000000000004e-75  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0349  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  37.3 
 
 
541 aa  284  3.0000000000000004e-75  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.497351  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2533  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.83 
 
 
483 aa  284  4.0000000000000003e-75  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2629  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.83 
 
 
483 aa  283  7.000000000000001e-75  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.14604  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2442  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.89 
 
 
480 aa  283  7.000000000000001e-75  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1326  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.83 
 
 
485 aa  283  8.000000000000001e-75  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1510  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.2 
 
 
448 aa  283  8.000000000000001e-75  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0173  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.41 
 
 
463 aa  283  8.000000000000001e-75  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.127235  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0689  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  46.35 
 
 
544 aa  282  1e-74  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.430174  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0944  putative sigma54 specific transcriptional regulator  35.88 
 
 
545 aa  281  1e-74  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0085  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.26 
 
 
452 aa  281  2e-74  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1625  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  47.3 
 
 
544 aa  281  2e-74  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0165781  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1430  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  46.01 
 
 
461 aa  280  3e-74  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.324678  hitchhiker  0.00137179 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0823  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  48.15 
 
 
456 aa  281  3e-74  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.449732 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1320  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  47.68 
 
 
460 aa  281  3e-74  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3765  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.82 
 
 
463 aa  281  3e-74  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.000821276  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2606  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.49 
 
 
501 aa  280  6e-74  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.955687 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3647  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.43 
 
 
451 aa  280  6e-74  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1920  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  46.35 
 
 
543 aa  280  7e-74  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0127788  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0050  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.77 
 
 
515 aa  279  9e-74  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0532507 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2942  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.68 
 
 
451 aa  279  9e-74  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2369  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  45.71 
 
 
461 aa  279  1e-73  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0790211  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2245  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.48 
 
 
460 aa  279  1e-73  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02147  fused response regulator of ato operon, in two-component system with AtoS: response regulator/sigma54 interaction protein  45.71 
 
 
461 aa  278  2e-73  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1438  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.71 
 
 
461 aa  278  2e-73  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.445705  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2361  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  45.71 
 
 
461 aa  278  2e-73  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.18992  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02106  hypothetical protein  45.71 
 
 
461 aa  278  2e-73  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0769  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.29 
 
 
453 aa  278  2e-73  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.165448  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2109  Fis family transcriptional regulator  47.4 
 
 
473 aa  278  2e-73  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1319  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.38 
 
 
452 aa  278  2e-73  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1713  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.57 
 
 
748 aa  277  3e-73  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000552259  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1698  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.82 
 
 
457 aa  277  4e-73  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000740904 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>