More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1788 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007347  Reut_A1698  helix-turn-helix, Fis-type  90.04 
 
 
540 aa  1004    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.584342  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1788  sigma-54 factor, interaction region  100 
 
 
542 aa  1116    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.337598  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2286  phenol-degradation regulator  55.54 
 
 
550 aa  584  1.0000000000000001e-165  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2114  Fis family transcriptional regulator  51.82 
 
 
573 aa  577  1.0000000000000001e-163  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3798  helix-turn-helix, Fis-type  52.06 
 
 
558 aa  558  1e-158  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.852136  hitchhiker  0.00299193 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2116  Fis family transcriptional regulator  50.73 
 
 
579 aa  559  1e-158  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3117  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  51.74 
 
 
555 aa  558  1e-158  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.124819  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2099  Fis family transcriptional regulator  50.84 
 
 
574 aa  554  1e-156  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3564  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  52.01 
 
 
564 aa  549  1e-155  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.592238  normal  0.192769 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4640  putative sigma54 specific transcriptional regulator  52.01 
 
 
564 aa  549  1e-155  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.277441  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2797  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  51.28 
 
 
560 aa  551  1e-155  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.284817  normal  0.341611 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5671  helix-turn-helix, Fis-type  51.91 
 
 
564 aa  539  9.999999999999999e-153  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2855  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  49.08 
 
 
582 aa  534  1e-150  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30810  sigma54-dependent activator protein  51.18 
 
 
564 aa  529  1e-149  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3204  Fis family transcriptional regulator  46.85 
 
 
570 aa  509  1e-143  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.832965  normal  0.0333314 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1542  Fis family transcriptional regulator  46.61 
 
 
586 aa  503  1e-141  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.332914  normal  0.115616 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3364  putative sigma54 specific transcriptional regulator  50.18 
 
 
585 aa  502  1e-141  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3312  putative sigma54 specific transcriptional regulator  48.28 
 
 
562 aa  498  1e-140  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2972  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.01 
 
 
562 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08880  sigma54-dependent activator protein, XylR/DmpR family  46.5 
 
 
564 aa  490  1e-137  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.493647  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3310  Fis family transcriptional regulator  45.93 
 
 
587 aa  490  1e-137  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1305  sigma-54 factor, interaction region  44.97 
 
 
614 aa  482  1e-135  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.506042  normal  0.0778502 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0205  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  49.19 
 
 
566 aa  482  1e-135  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4638  putative sigma54 specific transcriptional regulator  44.6 
 
 
592 aa  463  1e-129  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.335351  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3562  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  44.6 
 
 
592 aa  463  1e-129  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.705523 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0505  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.93 
 
 
587 aa  460  9.999999999999999e-129  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5673  helix-turn-helix, Fis-type  43.77 
 
 
592 aa  453  1.0000000000000001e-126  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.450699  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0127  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.04 
 
 
604 aa  451  1e-125  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.857442 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3898  Fis family transcriptional regulator  42.22 
 
 
590 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2735  helix-turn-helix, Fis-type  42.65 
 
 
587 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.366185 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3476  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  42.75 
 
 
540 aa  433  1e-120  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2951  sigma-54 dependent transcriptional regulator  42.07 
 
 
561 aa  430  1e-119  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.201799  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05195  putative phenol-degradative gene regulator transcription regulator protein  41.55 
 
 
623 aa  426  1e-118  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000454847  normal  0.120965 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1002  phenol-degradation regulator  43.45 
 
 
570 aa  421  1e-116  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3262  Fis family transcriptional regulator  43.66 
 
 
581 aa  418  9.999999999999999e-116  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0731246  hitchhiker  0.00134549 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1494  Fis family transcriptional regulator  41.26 
 
 
574 aa  415  1e-114  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0962  putative phenol-degradative gene regulator transcription regulator protein  39.12 
 
 
623 aa  411  1e-113  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6646  xylR-like aromatic hydrocarbon degradgation transcriptional regulatory protein  40.69 
 
 
587 aa  393  1e-108  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.165566 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3839  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.54 
 
 
546 aa  367  1e-100  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.719613  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3095  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  35.92 
 
 
575 aa  330  6e-89  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.458911 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3191  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  36.89 
 
 
553 aa  325  1e-87  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0299  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.71 
 
 
547 aa  322  9.999999999999999e-87  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00444177  hitchhiker  0.000000221219 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0917  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  36.06 
 
 
568 aa  313  3.9999999999999997e-84  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2730  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  33.15 
 
 
535 aa  312  7.999999999999999e-84  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.928628  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0890  putative sigma54 specific transcriptional regulator  37.66 
 
 
543 aa  308  1.0000000000000001e-82  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0888  putative sigma54 specific transcriptional regulator  34.12 
 
 
543 aa  305  1.0000000000000001e-81  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0944  putative sigma54 specific transcriptional regulator  38.03 
 
 
545 aa  301  3e-80  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2510  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.82 
 
 
472 aa  291  2e-77  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0791346  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0337  putative sigma54 specific transcriptional regulator  35.48 
 
 
541 aa  291  2e-77  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0349  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  35.48 
 
 
541 aa  291  3e-77  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.497351  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0338  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  33.04 
 
 
552 aa  290  6e-77  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0365  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  32.5 
 
 
554 aa  289  1e-76  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0352  putative sigma54 specific transcriptional regulator  32.15 
 
 
554 aa  286  5e-76  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3263  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  49.21 
 
 
464 aa  286  7e-76  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000257125 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2001  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.92 
 
 
454 aa  285  1.0000000000000001e-75  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1869  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.7 
 
 
464 aa  284  3.0000000000000004e-75  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1908  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.74 
 
 
473 aa  283  5.000000000000001e-75  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1954  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.7 
 
 
464 aa  283  5.000000000000001e-75  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.611403  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2056  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.41 
 
 
473 aa  281  2e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.732718  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1971  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.41 
 
 
473 aa  281  2e-74  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0887215  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0976  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.19 
 
 
442 aa  279  9e-74  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00434157  normal  0.514512 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0508  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family protein  31.15 
 
 
547 aa  278  1e-73  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1847  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.69 
 
 
459 aa  278  2e-73  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.122843  normal  0.436579 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2667  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  42.28 
 
 
668 aa  277  3e-73  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1951  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.14 
 
 
470 aa  276  5e-73  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.516267  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2353  phosphocarrier HPr/sensory box protein/sigma-54 dependent transcriptional regulator  41.98 
 
 
668 aa  276  7e-73  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2009  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.42 
 
 
463 aa  276  8e-73  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0732  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.62 
 
 
471 aa  275  1.0000000000000001e-72  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.121473  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1405  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.9 
 
 
478 aa  274  3e-72  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000117702 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1625  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  45.08 
 
 
544 aa  274  3e-72  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0165781  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0532  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.1 
 
 
470 aa  274  3e-72  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00706375  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1798  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.42 
 
 
466 aa  274  3e-72  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.634231  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1228  Fis family transcriptional regulator  45.22 
 
 
549 aa  273  4.0000000000000004e-72  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0097  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.22 
 
 
448 aa  273  5.000000000000001e-72  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2041  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  43.92 
 
 
455 aa  273  8.000000000000001e-72  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0339  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  43.63 
 
 
459 aa  273  8.000000000000001e-72  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000360791  unclonable  4.1095600000000004e-23 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2533  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.11 
 
 
483 aa  273  8.000000000000001e-72  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2629  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.11 
 
 
483 aa  273  8.000000000000001e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.14604  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0689  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  44.9 
 
 
544 aa  272  9e-72  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.430174  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1326  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.11 
 
 
485 aa  272  9e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2506  sensory box protein/sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  43.67 
 
 
564 aa  272  1e-71  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.92979  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2688  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  45.54 
 
 
597 aa  272  1e-71  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0769  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.01 
 
 
453 aa  272  1e-71  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.165448  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2442  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.41 
 
 
480 aa  272  1e-71  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5460  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  47.62 
 
 
650 aa  272  1e-71  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.665291  normal  0.225769 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2606  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.61 
 
 
501 aa  271  2e-71  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.955687 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3226  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  44.44 
 
 
335 aa  271  2e-71  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2786  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.79 
 
 
480 aa  271  2e-71  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.543097  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1748  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  45.86 
 
 
542 aa  271  2e-71  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3098  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.53 
 
 
491 aa  271  2e-71  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2942  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.45 
 
 
451 aa  271  2e-71  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2805  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.19 
 
 
478 aa  270  2.9999999999999997e-71  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.228775  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1920  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  44.27 
 
 
543 aa  271  2.9999999999999997e-71  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0127788  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1635  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.15 
 
 
457 aa  271  2.9999999999999997e-71  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4507  transcriptional regulatory protein ZraR  43.79 
 
 
441 aa  270  4e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0570238 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0570  NifA subfamily transcriptional regulator  43.73 
 
 
508 aa  270  4e-71  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.106051  normal  0.50757 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1989  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  44.57 
 
 
444 aa  270  5e-71  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.519588  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1152  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.05 
 
 
488 aa  270  5e-71  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0888361  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2825  Fis family transcriptional regulator  45.34 
 
 
589 aa  270  5e-71  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.208492  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1919  Fis family transcriptional regulator  44.9 
 
 
545 aa  270  5e-71  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>