More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3364 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007511  Bcep18194_B2972  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  61.8 
 
 
562 aa  665    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3364  putative sigma54 specific transcriptional regulator  100 
 
 
585 aa  1177    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4640  putative sigma54 specific transcriptional regulator  60.11 
 
 
564 aa  650    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.277441  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3564  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  60.11 
 
 
564 aa  650    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.592238  normal  0.192769 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0205  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  72.69 
 
 
566 aa  762    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2797  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  59.21 
 
 
560 aa  655    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.284817  normal  0.341611 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5671  helix-turn-helix, Fis-type  58.27 
 
 
564 aa  633  1e-180  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3798  helix-turn-helix, Fis-type  55.47 
 
 
558 aa  624  1e-177  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.852136  hitchhiker  0.00299193 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3117  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  55.76 
 
 
555 aa  610  1e-173  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.124819  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2116  Fis family transcriptional regulator  49.91 
 
 
579 aa  565  1e-160  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2099  Fis family transcriptional regulator  51.18 
 
 
574 aa  552  1e-156  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2114  Fis family transcriptional regulator  50.09 
 
 
573 aa  554  1e-156  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2855  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  48.81 
 
 
582 aa  548  1e-155  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1788  sigma-54 factor, interaction region  50.18 
 
 
542 aa  522  1e-147  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.337598  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2286  phenol-degradation regulator  51.95 
 
 
550 aa  519  1e-146  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3312  putative sigma54 specific transcriptional regulator  48.01 
 
 
562 aa  521  1e-146  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1698  helix-turn-helix, Fis-type  48.82 
 
 
540 aa  506  9.999999999999999e-143  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.584342  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3204  Fis family transcriptional regulator  45.83 
 
 
570 aa  502  1e-141  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.832965  normal  0.0333314 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30810  sigma54-dependent activator protein  49.55 
 
 
564 aa  496  1e-139  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1542  Fis family transcriptional regulator  45.45 
 
 
586 aa  492  9.999999999999999e-139  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.332914  normal  0.115616 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08880  sigma54-dependent activator protein, XylR/DmpR family  47.24 
 
 
564 aa  491  1e-137  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.493647  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3898  Fis family transcriptional regulator  46.56 
 
 
590 aa  491  1e-137  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0505  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.66 
 
 
587 aa  485  1e-136  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1305  sigma-54 factor, interaction region  45.36 
 
 
614 aa  485  1e-136  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.506042  normal  0.0778502 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3562  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  45.91 
 
 
592 aa  484  1e-135  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.705523 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5673  helix-turn-helix, Fis-type  46.43 
 
 
592 aa  485  1e-135  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.450699  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4638  putative sigma54 specific transcriptional regulator  45.91 
 
 
592 aa  484  1e-135  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.335351  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3310  Fis family transcriptional regulator  46.32 
 
 
587 aa  469  1.0000000000000001e-131  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2735  helix-turn-helix, Fis-type  46.51 
 
 
587 aa  471  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.366185 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3476  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.99 
 
 
540 aa  469  1.0000000000000001e-131  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05195  putative phenol-degradative gene regulator transcription regulator protein  45.58 
 
 
623 aa  465  9.999999999999999e-131  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000454847  normal  0.120965 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2951  sigma-54 dependent transcriptional regulator  46.86 
 
 
561 aa  468  9.999999999999999e-131  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.201799  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0127  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.25 
 
 
604 aa  449  1e-125  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.857442 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3262  Fis family transcriptional regulator  44.74 
 
 
581 aa  444  1e-123  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0731246  hitchhiker  0.00134549 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1494  Fis family transcriptional regulator  43.09 
 
 
574 aa  441  9.999999999999999e-123  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1002  phenol-degradation regulator  45.19 
 
 
570 aa  437  1e-121  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6646  xylR-like aromatic hydrocarbon degradgation transcriptional regulatory protein  43.96 
 
 
587 aa  424  1e-117  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.165566 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0962  putative phenol-degradative gene regulator transcription regulator protein  41.74 
 
 
623 aa  419  1e-116  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3839  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  42.42 
 
 
546 aa  406  1.0000000000000001e-112  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.719613  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3191  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  41.65 
 
 
553 aa  347  4e-94  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0299  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.87 
 
 
547 aa  345  1e-93  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00444177  hitchhiker  0.000000221219 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0890  putative sigma54 specific transcriptional regulator  42.05 
 
 
543 aa  344  2e-93  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2730  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  37.25 
 
 
535 aa  339  9e-92  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.928628  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3095  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  40 
 
 
575 aa  337  2.9999999999999997e-91  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.458911 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0888  putative sigma54 specific transcriptional regulator  38 
 
 
543 aa  332  9e-90  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0917  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  38.11 
 
 
568 aa  318  2e-85  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0349  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  40.67 
 
 
541 aa  311  2e-83  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.497351  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0337  putative sigma54 specific transcriptional regulator  40.46 
 
 
541 aa  310  5e-83  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0944  putative sigma54 specific transcriptional regulator  35.87 
 
 
545 aa  309  1.0000000000000001e-82  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0508  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family protein  34.21 
 
 
547 aa  300  5e-80  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0109  two component Fis family transcriptional regulator  47.85 
 
 
466 aa  293  7e-78  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1510  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.94 
 
 
448 aa  291  2e-77  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0097  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.66 
 
 
448 aa  291  2e-77  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0365  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  34.92 
 
 
554 aa  290  5.0000000000000004e-77  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0352  putative sigma54 specific transcriptional regulator  34.74 
 
 
554 aa  288  1e-76  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0338  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  35.1 
 
 
552 aa  288  1e-76  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3740  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.04 
 
 
454 aa  287  2.9999999999999996e-76  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0840186  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2001  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.85 
 
 
454 aa  287  4e-76  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2942  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.88 
 
 
451 aa  285  2.0000000000000002e-75  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0823  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.36 
 
 
456 aa  284  4.0000000000000003e-75  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.449732 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0050  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  48.62 
 
 
515 aa  284  4.0000000000000003e-75  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0532507 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1625  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  45.34 
 
 
544 aa  283  5.000000000000001e-75  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0165781  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1320  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  44.47 
 
 
460 aa  282  1e-74  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2510  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.76 
 
 
472 aa  281  2e-74  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0791346  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3263  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.51 
 
 
464 aa  280  4e-74  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000257125 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3940  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.54 
 
 
467 aa  280  5e-74  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000637809  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1698  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.13 
 
 
457 aa  280  7e-74  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000740904 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0789  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.7 
 
 
448 aa  280  7e-74  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3076  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.78 
 
 
454 aa  279  8e-74  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4024  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.54 
 
 
467 aa  279  1e-73  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.42797e-16 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1157  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  45.03 
 
 
502 aa  278  1e-73  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0187  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.66 
 
 
457 aa  278  2e-73  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1748  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  42.74 
 
 
542 aa  278  2e-73  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2163  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  51.75 
 
 
575 aa  278  3e-73  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5460  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  42.44 
 
 
650 aa  278  3e-73  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.665291  normal  0.225769 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0374  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.4 
 
 
471 aa  277  4e-73  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.774685 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0879  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.15 
 
 
489 aa  277  5e-73  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.318917 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2521  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.87 
 
 
457 aa  276  6e-73  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1951  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.59 
 
 
470 aa  276  8e-73  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.516267  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2345  two component signal transduction response regulator  39.69 
 
 
455 aa  276  1.0000000000000001e-72  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00459366  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0339  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.67 
 
 
459 aa  275  1.0000000000000001e-72  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000360791  unclonable  4.1095600000000004e-23 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5108  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  47.2 
 
 
684 aa  276  1.0000000000000001e-72  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0976  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.66 
 
 
442 aa  274  3e-72  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00434157  normal  0.514512 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2507  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  52.35 
 
 
488 aa  274  3e-72  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.182398 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0085  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.01 
 
 
452 aa  274  3e-72  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1017  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  48.37 
 
 
445 aa  274  3e-72  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.246569  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0884  NifA subfamily transcriptional regulator  46.06 
 
 
539 aa  274  4.0000000000000004e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.871675 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0970  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.1 
 
 
459 aa  273  5.000000000000001e-72  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000694494  normal  0.524712 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1319  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.57 
 
 
452 aa  273  5.000000000000001e-72  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1228  Fis family transcriptional regulator  44.04 
 
 
549 aa  273  7e-72  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2812  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.46 
 
 
466 aa  273  9e-72  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3647  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.36 
 
 
451 aa  273  9e-72  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2056  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.92 
 
 
473 aa  272  1e-71  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.732718  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1908  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.23 
 
 
473 aa  272  1e-71  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1971  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.92 
 
 
473 aa  272  1e-71  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0887215  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1624  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  46.2 
 
 
561 aa  272  1e-71  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.714408  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2341  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.48 
 
 
450 aa  272  1e-71  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47100  sigma54-dependent activator protein  45.56 
 
 
517 aa  271  2e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.536607  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4854  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  52.85 
 
 
541 aa  272  2e-71  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.246176  normal  0.0147757 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0433  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.24 
 
 
472 aa  271  2.9999999999999997e-71  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>