More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3204 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3312  putative sigma54 specific transcriptional regulator  64.35 
 
 
562 aa  741    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3204  Fis family transcriptional regulator  100 
 
 
570 aa  1172    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.832965  normal  0.0333314 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08880  sigma54-dependent activator protein, XylR/DmpR family  61.47 
 
 
564 aa  689    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.493647  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3798  helix-turn-helix, Fis-type  46.82 
 
 
558 aa  531  1e-149  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.852136  hitchhiker  0.00299193 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2116  Fis family transcriptional regulator  48.17 
 
 
579 aa  526  1e-148  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3117  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  48.28 
 
 
555 aa  522  1e-147  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.124819  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2114  Fis family transcriptional regulator  47.22 
 
 
573 aa  515  1.0000000000000001e-145  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4640  putative sigma54 specific transcriptional regulator  47.26 
 
 
564 aa  513  1e-144  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.277441  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3564  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  47.26 
 
 
564 aa  513  1e-144  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.592238  normal  0.192769 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2099  Fis family transcriptional regulator  48.08 
 
 
574 aa  514  1e-144  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2797  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.78 
 
 
560 aa  512  1e-144  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.284817  normal  0.341611 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1788  sigma-54 factor, interaction region  46.85 
 
 
542 aa  509  1e-143  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.337598  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2286  phenol-degradation regulator  48.9 
 
 
550 aa  508  9.999999999999999e-143  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2855  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  48.06 
 
 
582 aa  508  9.999999999999999e-143  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1698  helix-turn-helix, Fis-type  46.94 
 
 
540 aa  507  9.999999999999999e-143  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.584342  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5673  helix-turn-helix, Fis-type  44.92 
 
 
592 aa  500  1e-140  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.450699  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4638  putative sigma54 specific transcriptional regulator  44.7 
 
 
592 aa  497  1e-139  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.335351  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5671  helix-turn-helix, Fis-type  46.63 
 
 
564 aa  498  1e-139  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1542  Fis family transcriptional regulator  45.96 
 
 
586 aa  496  1e-139  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.332914  normal  0.115616 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3562  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  44.7 
 
 
592 aa  497  1e-139  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.705523 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2972  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.36 
 
 
562 aa  491  1e-137  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3364  putative sigma54 specific transcriptional regulator  45.83 
 
 
585 aa  485  1e-136  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3262  Fis family transcriptional regulator  45.26 
 
 
581 aa  480  1e-134  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0731246  hitchhiker  0.00134549 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1305  sigma-54 factor, interaction region  43.65 
 
 
614 aa  481  1e-134  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.506042  normal  0.0778502 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0205  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.55 
 
 
566 aa  473  1e-132  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3476  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.54 
 
 
540 aa  472  1e-132  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3310  Fis family transcriptional regulator  44.21 
 
 
587 aa  474  1e-132  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30810  sigma54-dependent activator protein  46.2 
 
 
564 aa  469  1.0000000000000001e-131  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1494  Fis family transcriptional regulator  43.63 
 
 
574 aa  457  1e-127  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0127  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.98 
 
 
604 aa  456  1e-127  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.857442 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3898  Fis family transcriptional regulator  42.73 
 
 
590 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05195  putative phenol-degradative gene regulator transcription regulator protein  42.44 
 
 
623 aa  448  1.0000000000000001e-124  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000454847  normal  0.120965 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0505  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  41.65 
 
 
587 aa  441  9.999999999999999e-123  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2735  helix-turn-helix, Fis-type  39.96 
 
 
587 aa  436  1e-121  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.366185 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2951  sigma-54 dependent transcriptional regulator  41.8 
 
 
561 aa  429  1e-119  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.201799  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6646  xylR-like aromatic hydrocarbon degradgation transcriptional regulatory protein  40.71 
 
 
587 aa  427  1e-118  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.165566 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1002  phenol-degradation regulator  43.24 
 
 
570 aa  423  1e-117  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3839  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.25 
 
 
546 aa  410  1e-113  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.719613  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0962  putative phenol-degradative gene regulator transcription regulator protein  36.7 
 
 
623 aa  392  1e-108  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3191  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  41.31 
 
 
553 aa  333  5e-90  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0917  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  39.05 
 
 
568 aa  326  8.000000000000001e-88  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0890  putative sigma54 specific transcriptional regulator  41.38 
 
 
543 aa  322  9.999999999999999e-87  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2730  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  34.59 
 
 
535 aa  319  1e-85  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.928628  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0299  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.74 
 
 
547 aa  315  9.999999999999999e-85  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00444177  hitchhiker  0.000000221219 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3095  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  36.25 
 
 
575 aa  314  2.9999999999999996e-84  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.458911 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0349  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  40.21 
 
 
541 aa  313  4.999999999999999e-84  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.497351  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0888  putative sigma54 specific transcriptional regulator  37.36 
 
 
543 aa  311  2e-83  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0337  putative sigma54 specific transcriptional regulator  39.79 
 
 
541 aa  311  2.9999999999999997e-83  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0944  putative sigma54 specific transcriptional regulator  36.08 
 
 
545 aa  296  6e-79  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2001  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.09 
 
 
454 aa  295  1e-78  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1157  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  46.34 
 
 
502 aa  293  5e-78  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1748  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  44.54 
 
 
542 aa  290  3e-77  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1920  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  43.05 
 
 
543 aa  288  2.9999999999999996e-76  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0127788  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0976  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.74 
 
 
442 aa  287  2.9999999999999996e-76  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00434157  normal  0.514512 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1228  Fis family transcriptional regulator  45.73 
 
 
549 aa  286  8e-76  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1625  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  44.82 
 
 
544 aa  285  1.0000000000000001e-75  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0165781  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1010  NifA subfamily transcriptional regulator  44.91 
 
 
510 aa  285  2.0000000000000002e-75  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.502201  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0916  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.5 
 
 
480 aa  283  4.0000000000000003e-75  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0168  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.04 
 
 
459 aa  283  8.000000000000001e-75  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.564625  normal  0.730975 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0050  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.16 
 
 
515 aa  282  1e-74  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0532507 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1510  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.74 
 
 
448 aa  282  1e-74  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0970  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.46 
 
 
459 aa  279  1e-73  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000694494  normal  0.524712 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0508  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family protein  36.76 
 
 
547 aa  278  1e-73  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1003  nitrogen regulation protein NR(I)  44.02 
 
 
481 aa  278  2e-73  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.158383  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1527  Fis family transcriptional regulator  44.62 
 
 
537 aa  278  2e-73  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2510  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.27 
 
 
472 aa  278  2e-73  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0791346  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1649  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.53 
 
 
479 aa  278  3e-73  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1405  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.41 
 
 
478 aa  277  4e-73  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000117702 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0879  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.48 
 
 
489 aa  277  4e-73  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.318917 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2041  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  41.98 
 
 
455 aa  277  5e-73  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0594  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  56.13 
 
 
529 aa  277  5e-73  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00846378  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1919  Fis family transcriptional regulator  44.82 
 
 
545 aa  276  5e-73  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0689  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  43.9 
 
 
544 aa  276  6e-73  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.430174  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49020  sigma54-dependent transcriptional activator for the iron only nitrogenase, AnfA  44.48 
 
 
537 aa  276  6e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2805  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.41 
 
 
478 aa  276  1.0000000000000001e-72  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.228775  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3338  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.83 
 
 
453 aa  276  1.0000000000000001e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.693368  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0789  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.32 
 
 
448 aa  275  1.0000000000000001e-72  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2207  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  57.58 
 
 
653 aa  275  2.0000000000000002e-72  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000576072 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2876  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.31 
 
 
496 aa  275  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.0022159  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2980  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.64 
 
 
496 aa  274  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.53687  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2753  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  43.64 
 
 
496 aa  274  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0508  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  42.17 
 
 
495 aa  274  3e-72  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0018  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  49.69 
 
 
461 aa  274  3e-72  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.709029  normal  0.924426 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4383  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.73 
 
 
483 aa  274  3e-72  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.246116  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1951  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.06 
 
 
470 aa  274  4.0000000000000004e-72  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.516267  normal 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2966  transcriptional regulator NifA  47.63 
 
 
515 aa  274  4.0000000000000004e-72  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3419  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.03 
 
 
455 aa  273  5.000000000000001e-72  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.683267  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0437  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.72 
 
 
490 aa  273  5.000000000000001e-72  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4406  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.73 
 
 
483 aa  273  6e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.378923  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2606  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  54.37 
 
 
501 aa  273  7e-72  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.955687 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2915  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  41.5 
 
 
457 aa  273  7e-72  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1908  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.11 
 
 
473 aa  273  7e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0853  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  55.42 
 
 
502 aa  273  7e-72  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2563  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.47 
 
 
480 aa  273  8.000000000000001e-72  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00247378 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4250  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.06 
 
 
483 aa  272  9e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.126719  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0853  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.14 
 
 
459 aa  272  1e-71  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0538681  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0555  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.53 
 
 
457 aa  272  1e-71  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2804  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.2 
 
 
494 aa  272  1e-71  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.202391  normal  0.972852 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2056  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.11 
 
 
473 aa  272  1e-71  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.732718  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3483  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.75 
 
 
455 aa  272  1e-71  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0480061  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>