More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS05195 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003296  RS05195  putative phenol-degradative gene regulator transcription regulator protein  100 
 
 
623 aa  1261    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000454847  normal  0.120965 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2735  helix-turn-helix, Fis-type  55.83 
 
 
587 aa  644    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.366185 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0505  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  54.81 
 
 
587 aa  663    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0127  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  61.46 
 
 
604 aa  762    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.857442 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0962  putative phenol-degradative gene regulator transcription regulator protein  55.11 
 
 
623 aa  634  1e-180  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2951  sigma-54 dependent transcriptional regulator  55.25 
 
 
561 aa  625  1e-178  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.201799  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1305  sigma-54 factor, interaction region  49.67 
 
 
614 aa  569  1e-161  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.506042  normal  0.0778502 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4638  putative sigma54 specific transcriptional regulator  50.43 
 
 
592 aa  563  1.0000000000000001e-159  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.335351  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3562  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  50.43 
 
 
592 aa  563  1.0000000000000001e-159  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.705523 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5673  helix-turn-helix, Fis-type  49.91 
 
 
592 aa  558  1e-157  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.450699  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3310  Fis family transcriptional regulator  51.19 
 
 
587 aa  551  1e-155  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6646  xylR-like aromatic hydrocarbon degradgation transcriptional regulatory protein  50 
 
 
587 aa  538  1e-151  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.165566 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3476  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.2 
 
 
540 aa  518  1e-146  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2114  Fis family transcriptional regulator  45.77 
 
 
573 aa  505  1e-141  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2116  Fis family transcriptional regulator  46.55 
 
 
579 aa  500  1e-140  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3117  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  47.11 
 
 
555 aa  499  1e-140  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.124819  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2099  Fis family transcriptional regulator  47.42 
 
 
574 aa  498  1e-139  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4640  putative sigma54 specific transcriptional regulator  48.54 
 
 
564 aa  493  9.999999999999999e-139  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.277441  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3564  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  48.54 
 
 
564 aa  493  9.999999999999999e-139  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.592238  normal  0.192769 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3262  Fis family transcriptional regulator  45.12 
 
 
581 aa  493  9.999999999999999e-139  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0731246  hitchhiker  0.00134549 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3798  helix-turn-helix, Fis-type  44.35 
 
 
558 aa  486  1e-136  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.852136  hitchhiker  0.00299193 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2855  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  45.33 
 
 
582 aa  487  1e-136  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1494  Fis family transcriptional regulator  45.28 
 
 
574 aa  481  1e-134  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5671  helix-turn-helix, Fis-type  46.42 
 
 
564 aa  470  1.0000000000000001e-131  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2286  phenol-degradation regulator  46.75 
 
 
550 aa  466  9.999999999999999e-131  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2797  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.32 
 
 
560 aa  467  9.999999999999999e-131  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.284817  normal  0.341611 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1002  phenol-degradation regulator  46.86 
 
 
570 aa  463  1e-129  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3312  putative sigma54 specific transcriptional regulator  43.65 
 
 
562 aa  464  1e-129  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3898  Fis family transcriptional regulator  42.98 
 
 
590 aa  463  1e-129  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3204  Fis family transcriptional regulator  42.44 
 
 
570 aa  455  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.832965  normal  0.0333314 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2972  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  43.81 
 
 
562 aa  450  1e-125  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3364  putative sigma54 specific transcriptional regulator  45.66 
 
 
585 aa  446  1.0000000000000001e-124  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1698  helix-turn-helix, Fis-type  43.52 
 
 
540 aa  446  1.0000000000000001e-124  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.584342  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0205  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.08 
 
 
566 aa  444  1e-123  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08880  sigma54-dependent activator protein, XylR/DmpR family  43.22 
 
 
564 aa  433  1e-120  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.493647  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1788  sigma-54 factor, interaction region  42.16 
 
 
542 aa  429  1e-119  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.337598  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1542  Fis family transcriptional regulator  43.99 
 
 
586 aa  424  1e-117  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.332914  normal  0.115616 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30810  sigma54-dependent activator protein  43.47 
 
 
564 aa  412  1e-113  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3839  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  41.44 
 
 
546 aa  411  1e-113  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.719613  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3191  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.27 
 
 
553 aa  356  5.999999999999999e-97  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0365  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  37.61 
 
 
554 aa  353  5e-96  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0352  putative sigma54 specific transcriptional regulator  37.27 
 
 
554 aa  350  3e-95  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0917  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  41.04 
 
 
568 aa  340  5e-92  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0299  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.08 
 
 
547 aa  339  9.999999999999999e-92  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00444177  hitchhiker  0.000000221219 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3095  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  38.32 
 
 
575 aa  338  1.9999999999999998e-91  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.458911 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0890  putative sigma54 specific transcriptional regulator  42.07 
 
 
543 aa  333  5e-90  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0338  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  35.44 
 
 
552 aa  329  8e-89  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2730  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  36.74 
 
 
535 aa  323  9.000000000000001e-87  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.928628  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0888  putative sigma54 specific transcriptional regulator  39.54 
 
 
543 aa  322  9.999999999999999e-87  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0109  two component Fis family transcriptional regulator  47.73 
 
 
466 aa  308  2.0000000000000002e-82  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2001  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.67 
 
 
454 aa  304  3.0000000000000004e-81  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1228  Fis family transcriptional regulator  41.16 
 
 
549 aa  302  1e-80  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0944  putative sigma54 specific transcriptional regulator  39.13 
 
 
545 aa  300  7e-80  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1908  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.72 
 
 
473 aa  297  5e-79  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1951  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.76 
 
 
470 aa  296  6e-79  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.516267  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1971  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.07 
 
 
473 aa  296  1e-78  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0887215  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2056  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.07 
 
 
473 aa  296  1e-78  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.732718  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0976  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.38 
 
 
442 aa  296  1e-78  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00434157  normal  0.514512 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1312  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  49.64 
 
 
455 aa  292  1e-77  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.502008  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0337  putative sigma54 specific transcriptional regulator  40.21 
 
 
541 aa  291  3e-77  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0437  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.73 
 
 
490 aa  291  3e-77  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0508  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family protein  36.53 
 
 
547 aa  290  4e-77  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0349  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  40 
 
 
541 aa  289  1e-76  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.497351  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0689  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  41.3 
 
 
544 aa  288  2e-76  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.430174  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1748  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  43.68 
 
 
542 aa  288  2e-76  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0823  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.54 
 
 
456 aa  287  4e-76  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.449732 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0789  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.39 
 
 
448 aa  287  4e-76  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1625  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  42.47 
 
 
544 aa  286  5e-76  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0165781  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1919  Fis family transcriptional regulator  39.32 
 
 
545 aa  287  5e-76  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0187  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.82 
 
 
457 aa  285  2.0000000000000002e-75  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0050  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.02 
 
 
515 aa  283  8.000000000000001e-75  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0532507 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1920  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  41.09 
 
 
543 aa  282  1e-74  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0127788  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2942  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.96 
 
 
451 aa  281  3e-74  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0471  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.35 
 
 
349 aa  281  3e-74  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.0982753 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0359  sensory box protein/sigma-54 dependent transcriptional regulator  44.76 
 
 
458 aa  280  5e-74  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0379318  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0173  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.4 
 
 
463 aa  280  5e-74  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.127235  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3765  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.5 
 
 
463 aa  280  5e-74  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.000821276  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2606  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  57.5 
 
 
501 aa  280  6e-74  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.955687 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0470  sigma-54 dependent response regulator  46.33 
 
 
453 aa  280  8e-74  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.253212  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1510  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.51 
 
 
448 aa  280  8e-74  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1305  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  44.47 
 
 
379 aa  279  9e-74  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.314792  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0427  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.82 
 
 
458 aa  279  1e-73  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2258  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.98 
 
 
468 aa  279  1e-73  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.428008  normal  0.0222917 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4418  transcriptional regulatory protein ZraR  44.19 
 
 
441 aa  279  1e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.298897  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4505  transcriptional regulatory protein ZraR  43.9 
 
 
441 aa  278  2e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.11324 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3226  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  44.57 
 
 
335 aa  278  2e-73  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1324  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  44.69 
 
 
350 aa  278  2e-73  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.02567 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0769  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.31 
 
 
453 aa  277  3e-73  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.165448  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4581  transcriptional regulatory protein ZraR  43.9 
 
 
441 aa  278  3e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1713  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.84 
 
 
748 aa  278  3e-73  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000552259  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2149  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.58 
 
 
477 aa  277  3e-73  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1969  sigma-54 dependent transcriptional regulator/response regulator  40 
 
 
473 aa  277  4e-73  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.440374  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4385  transcriptional regulatory protein ZraR  43.9 
 
 
441 aa  277  4e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.712665 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2345  two component signal transduction response regulator  42.82 
 
 
455 aa  277  5e-73  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00459366  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1157  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  41.57 
 
 
502 aa  277  5e-73  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0958  Fis family transcriptional regulator  54.96 
 
 
486 aa  276  6e-73  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1027  Fis family transcriptional regulator  54.96 
 
 
486 aa  276  8e-73  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3332  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  54.96 
 
 
486 aa  276  9e-73  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2442  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  55.56 
 
 
480 aa  275  1.0000000000000001e-72  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2510  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.86 
 
 
472 aa  275  1.0000000000000001e-72  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0791346  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>