More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avin_08880 on replicon NC_012560
Organism: Azotobacter vinelandii DJ



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3312  putative sigma54 specific transcriptional regulator  72.56 
 
 
562 aa  830    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3204  Fis family transcriptional regulator  61.47 
 
 
570 aa  704    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.832965  normal  0.0333314 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08880  sigma54-dependent activator protein, XylR/DmpR family  100 
 
 
564 aa  1140    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.493647  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3798  helix-turn-helix, Fis-type  49 
 
 
558 aa  531  1e-149  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.852136  hitchhiker  0.00299193 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2116  Fis family transcriptional regulator  49.26 
 
 
579 aa  530  1e-149  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2797  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  49.73 
 
 
560 aa  528  1e-149  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.284817  normal  0.341611 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2099  Fis family transcriptional regulator  49.19 
 
 
574 aa  524  1e-147  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3564  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  49.01 
 
 
564 aa  516  1.0000000000000001e-145  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.592238  normal  0.192769 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4640  putative sigma54 specific transcriptional regulator  49.01 
 
 
564 aa  516  1.0000000000000001e-145  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.277441  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5671  helix-turn-helix, Fis-type  49.37 
 
 
564 aa  514  1e-144  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2972  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  49.56 
 
 
562 aa  515  1e-144  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2114  Fis family transcriptional regulator  48.82 
 
 
573 aa  514  1e-144  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2855  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  48.73 
 
 
582 aa  511  1e-143  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3117  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  49.18 
 
 
555 aa  511  1e-143  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.124819  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4638  putative sigma54 specific transcriptional regulator  44.87 
 
 
592 aa  499  1e-140  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.335351  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5673  helix-turn-helix, Fis-type  46.4 
 
 
592 aa  499  1e-140  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.450699  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3562  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  44.87 
 
 
592 aa  499  1e-140  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.705523 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1788  sigma-54 factor, interaction region  46.5 
 
 
542 aa  500  1e-140  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.337598  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1698  helix-turn-helix, Fis-type  46.26 
 
 
540 aa  491  1e-137  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.584342  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3310  Fis family transcriptional regulator  47.64 
 
 
587 aa  484  1e-135  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3364  putative sigma54 specific transcriptional regulator  47.24 
 
 
585 aa  483  1e-135  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2286  phenol-degradation regulator  49.18 
 
 
550 aa  479  1e-134  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2735  helix-turn-helix, Fis-type  47.39 
 
 
587 aa  478  1e-133  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.366185 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3898  Fis family transcriptional regulator  43.39 
 
 
590 aa  476  1e-133  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2951  sigma-54 dependent transcriptional regulator  46.67 
 
 
561 aa  474  1e-132  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.201799  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30810  sigma54-dependent activator protein  48.25 
 
 
564 aa  471  1.0000000000000001e-131  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3476  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.89 
 
 
540 aa  471  1.0000000000000001e-131  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1305  sigma-54 factor, interaction region  43.22 
 
 
614 aa  465  1e-129  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.506042  normal  0.0778502 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0205  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.83 
 
 
566 aa  463  1e-129  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1542  Fis family transcriptional regulator  44.32 
 
 
586 aa  457  1e-127  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.332914  normal  0.115616 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1494  Fis family transcriptional regulator  45.72 
 
 
574 aa  453  1.0000000000000001e-126  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05195  putative phenol-degradative gene regulator transcription regulator protein  43.22 
 
 
623 aa  441  9.999999999999999e-123  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000454847  normal  0.120965 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0505  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  42.65 
 
 
587 aa  438  1e-121  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3262  Fis family transcriptional regulator  44.68 
 
 
581 aa  436  1e-121  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0731246  hitchhiker  0.00134549 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0127  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  43.17 
 
 
604 aa  431  1e-119  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.857442 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3839  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  41.11 
 
 
546 aa  402  1e-111  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.719613  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0962  putative phenol-degradative gene regulator transcription regulator protein  39.56 
 
 
623 aa  405  1e-111  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6646  xylR-like aromatic hydrocarbon degradgation transcriptional regulatory protein  42.11 
 
 
587 aa  403  1e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.165566 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1002  phenol-degradation regulator  41.93 
 
 
570 aa  404  1e-111  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2730  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  37.57 
 
 
535 aa  334  2e-90  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.928628  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0299  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.87 
 
 
547 aa  327  3e-88  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00444177  hitchhiker  0.000000221219 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3095  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  38.39 
 
 
575 aa  327  4.0000000000000003e-88  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.458911 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0890  putative sigma54 specific transcriptional regulator  39.66 
 
 
543 aa  317  4e-85  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3191  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  37.95 
 
 
553 aa  314  1.9999999999999998e-84  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0917  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  35.33 
 
 
568 aa  312  1e-83  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0888  putative sigma54 specific transcriptional regulator  36.48 
 
 
543 aa  310  4e-83  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0337  putative sigma54 specific transcriptional regulator  39.15 
 
 
541 aa  300  4e-80  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0349  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  39.15 
 
 
541 aa  300  4e-80  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.497351  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0976  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.27 
 
 
442 aa  297  3e-79  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00434157  normal  0.514512 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2001  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.94 
 
 
454 aa  296  6e-79  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0944  putative sigma54 specific transcriptional regulator  38.03 
 
 
545 aa  294  3e-78  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1157  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  45.3 
 
 
502 aa  290  6e-77  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0168  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.23 
 
 
459 aa  287  5e-76  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.564625  normal  0.730975 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1010  NifA subfamily transcriptional regulator  46.79 
 
 
510 aa  281  2e-74  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.502201  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1625  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  44.41 
 
 
544 aa  280  6e-74  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0165781  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3263  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.28 
 
 
464 aa  278  1e-73  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000257125 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0282  transcriptional regulator NifA  48.06 
 
 
525 aa  278  1e-73  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.262632  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0594  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  45.53 
 
 
529 aa  278  2e-73  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00846378  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0077  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.66 
 
 
457 aa  278  2e-73  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2207  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  45.51 
 
 
653 aa  278  2e-73  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000576072 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1510  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.83 
 
 
448 aa  278  2e-73  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2200  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.84 
 
 
459 aa  276  6e-73  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4418  transcriptional regulatory protein ZraR  45.61 
 
 
441 aa  276  7e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.298897  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1228  Fis family transcriptional regulator  44.72 
 
 
549 aa  276  9e-73  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3599  two component Fis family transcriptional regulator  44.9 
 
 
459 aa  276  9e-73  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0508  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family protein  32.62 
 
 
547 aa  275  1.0000000000000001e-72  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0570  NifA subfamily transcriptional regulator  46.91 
 
 
508 aa  275  1.0000000000000001e-72  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.106051  normal  0.50757 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5989  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.06 
 
 
459 aa  275  2.0000000000000002e-72  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.999422  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1748  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  44.44 
 
 
542 aa  275  2.0000000000000002e-72  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1954  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.46 
 
 
464 aa  274  3e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.611403  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1869  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.46 
 
 
464 aa  273  4.0000000000000004e-72  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4581  transcriptional regulatory protein ZraR  45.33 
 
 
441 aa  273  5.000000000000001e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0853  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.36 
 
 
459 aa  273  5.000000000000001e-72  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0538681  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1919  Fis family transcriptional regulator  44.1 
 
 
545 aa  273  8.000000000000001e-72  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3076  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  48.45 
 
 
454 aa  272  9e-72  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2312  sigma 54 dependent transcription regulator  43.94 
 
 
493 aa  272  1e-71  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4454  transcriptional regulatory protein ZraR  45.73 
 
 
441 aa  272  1e-71  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.209341  hitchhiker  0.000519331 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4549  transcriptional regulatory protein ZraR  46.04 
 
 
441 aa  272  1e-71  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000369022  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2966  transcriptional regulator NifA  44.06 
 
 
515 aa  272  1e-71  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0789  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.58 
 
 
448 aa  271  2e-71  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4385  transcriptional regulatory protein ZraR  45.04 
 
 
441 aa  271  2e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.712665 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03881  fused DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with ZraS: response regulator/sigma54 interaction protein  46.04 
 
 
441 aa  271  2.9999999999999997e-71  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0124745  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4021  transcriptional regulatory protein ZraR  46.04 
 
 
441 aa  271  2.9999999999999997e-71  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0128092  normal  0.0227655 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03834  hypothetical protein  46.04 
 
 
441 aa  271  2.9999999999999997e-71  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0118236  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0437  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.32 
 
 
490 aa  271  2.9999999999999997e-71  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4505  transcriptional regulatory protein ZraR  44.19 
 
 
441 aa  271  2.9999999999999997e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.11324 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4497  transcriptional regulatory protein ZraR  46.04 
 
 
441 aa  271  2.9999999999999997e-71  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000279415  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3765  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.94 
 
 
463 aa  271  2.9999999999999997e-71  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.000821276  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0097  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.67 
 
 
448 aa  270  4e-71  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2009  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.19 
 
 
463 aa  270  4e-71  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1405  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.1 
 
 
478 aa  270  5.9999999999999995e-71  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000117702 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0050  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.22 
 
 
515 aa  270  7e-71  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0532507 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1973  response regulator receiver protein  47.49 
 
 
491 aa  270  7e-71  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1920  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  45.16 
 
 
543 aa  269  8e-71  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0127788  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2606  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.48 
 
 
501 aa  269  8.999999999999999e-71  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.955687 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1320  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  40.84 
 
 
460 aa  269  1e-70  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4507  transcriptional regulatory protein ZraR  44.19 
 
 
441 aa  269  1e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0570238 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4307  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  44.11 
 
 
635 aa  268  1e-70  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.056389 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4238  transcriptional regulatory protein ZraR  45.73 
 
 
441 aa  269  1e-70  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.020936  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2041  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  42.33 
 
 
455 aa  268  2e-70  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>