More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_3562 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007348  Reut_B5673  helix-turn-helix, Fis-type  88.59 
 
 
592 aa  1074    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.450699  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3562  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  100 
 
 
592 aa  1218    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.705523 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4638  putative sigma54 specific transcriptional regulator  100 
 
 
592 aa  1218    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.335351  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1305  sigma-54 factor, interaction region  52.76 
 
 
614 aa  622  1e-177  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.506042  normal  0.0778502 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3310  Fis family transcriptional regulator  52.4 
 
 
587 aa  617  1e-175  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0127  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  52.11 
 
 
604 aa  558  1e-158  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.857442 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3476  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  51.89 
 
 
540 aa  556  1e-157  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05195  putative phenol-degradative gene regulator transcription regulator protein  49.83 
 
 
623 aa  555  1e-156  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000454847  normal  0.120965 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3798  helix-turn-helix, Fis-type  49.11 
 
 
558 aa  545  1e-154  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.852136  hitchhiker  0.00299193 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0505  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  49.38 
 
 
587 aa  541  9.999999999999999e-153  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2735  helix-turn-helix, Fis-type  48.32 
 
 
587 aa  539  9.999999999999999e-153  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.366185 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2951  sigma-54 dependent transcriptional regulator  48.57 
 
 
561 aa  528  1e-149  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.201799  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2114  Fis family transcriptional regulator  46.95 
 
 
573 aa  526  1e-148  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2116  Fis family transcriptional regulator  46.66 
 
 
579 aa  528  1e-148  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1494  Fis family transcriptional regulator  47.09 
 
 
574 aa  526  1e-148  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1002  phenol-degradation regulator  49.38 
 
 
570 aa  520  1e-146  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0962  putative phenol-degradative gene regulator transcription regulator protein  46.76 
 
 
623 aa  518  1.0000000000000001e-145  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3117  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  48.02 
 
 
555 aa  517  1.0000000000000001e-145  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.124819  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3312  putative sigma54 specific transcriptional regulator  47.1 
 
 
562 aa  509  1e-143  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3898  Fis family transcriptional regulator  45.05 
 
 
590 aa  510  1e-143  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6646  xylR-like aromatic hydrocarbon degradgation transcriptional regulatory protein  48.1 
 
 
587 aa  511  1e-143  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.165566 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3262  Fis family transcriptional regulator  45.7 
 
 
581 aa  502  1e-141  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0731246  hitchhiker  0.00134549 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2099  Fis family transcriptional regulator  45.59 
 
 
574 aa  502  1e-141  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2797  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.07 
 
 
560 aa  500  1e-140  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.284817  normal  0.341611 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3204  Fis family transcriptional regulator  44.7 
 
 
570 aa  497  1e-139  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.832965  normal  0.0333314 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3564  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  47.32 
 
 
564 aa  497  1e-139  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.592238  normal  0.192769 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4640  putative sigma54 specific transcriptional regulator  47.32 
 
 
564 aa  497  1e-139  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.277441  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5671  helix-turn-helix, Fis-type  47.06 
 
 
564 aa  485  1e-136  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2286  phenol-degradation regulator  47.54 
 
 
550 aa  486  1e-136  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2855  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  44.73 
 
 
582 aa  487  1e-136  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08880  sigma54-dependent activator protein, XylR/DmpR family  44.87 
 
 
564 aa  484  1e-135  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.493647  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2972  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.88 
 
 
562 aa  479  1e-134  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1698  helix-turn-helix, Fis-type  44.78 
 
 
540 aa  469  1.0000000000000001e-131  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.584342  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1542  Fis family transcriptional regulator  44.99 
 
 
586 aa  468  9.999999999999999e-131  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.332914  normal  0.115616 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30810  sigma54-dependent activator protein  46.62 
 
 
564 aa  466  9.999999999999999e-131  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3364  putative sigma54 specific transcriptional regulator  45.91 
 
 
585 aa  463  1e-129  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1788  sigma-54 factor, interaction region  44.6 
 
 
542 aa  463  1e-129  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.337598  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0205  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.45 
 
 
566 aa  456  1e-127  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3839  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  43.59 
 
 
546 aa  452  1.0000000000000001e-126  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.719613  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3191  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  41.16 
 
 
553 aa  347  5e-94  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3095  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  39.02 
 
 
575 aa  338  9.999999999999999e-92  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.458911 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0299  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  36.92 
 
 
547 aa  335  1e-90  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00444177  hitchhiker  0.000000221219 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0888  putative sigma54 specific transcriptional regulator  37.1 
 
 
543 aa  329  9e-89  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0890  putative sigma54 specific transcriptional regulator  38.1 
 
 
543 aa  322  9.999999999999999e-87  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2730  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  35.71 
 
 
535 aa  321  3e-86  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.928628  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0917  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  36.61 
 
 
568 aa  314  2.9999999999999996e-84  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0365  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  34.82 
 
 
554 aa  313  7.999999999999999e-84  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0352  putative sigma54 specific transcriptional regulator  34.42 
 
 
554 aa  311  2e-83  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0349  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  37.02 
 
 
541 aa  307  3e-82  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.497351  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0337  putative sigma54 specific transcriptional regulator  36.84 
 
 
541 aa  307  5.0000000000000004e-82  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0338  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  33.92 
 
 
552 aa  305  2.0000000000000002e-81  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0944  putative sigma54 specific transcriptional regulator  39.15 
 
 
545 aa  303  4.0000000000000003e-81  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1228  Fis family transcriptional regulator  46.27 
 
 
549 aa  298  2e-79  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1625  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  46.81 
 
 
544 aa  293  6e-78  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0165781  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0508  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family protein  36.77 
 
 
547 aa  293  6e-78  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1748  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  46.25 
 
 
542 aa  292  1e-77  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2149  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  48.83 
 
 
477 aa  292  1e-77  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0427  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.87 
 
 
458 aa  290  5.0000000000000004e-77  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2606  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  48.37 
 
 
501 aa  289  9e-77  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.955687 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0109  two component Fis family transcriptional regulator  48.93 
 
 
466 aa  289  9e-77  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0050  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  48.78 
 
 
515 aa  288  1e-76  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0532507 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0976  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.77 
 
 
442 aa  289  1e-76  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00434157  normal  0.514512 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1721  flagellar regulatory protein A  43.88 
 
 
488 aa  288  2.9999999999999996e-76  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000009386  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0689  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  46.2 
 
 
544 aa  287  2.9999999999999996e-76  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.430174  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0173  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.73 
 
 
463 aa  287  5e-76  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.127235  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2381  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.04 
 
 
505 aa  287  5e-76  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0823  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.72 
 
 
456 aa  286  7e-76  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.449732 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1527  Fis family transcriptional regulator  45.95 
 
 
537 aa  286  8e-76  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3051  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.66 
 
 
477 aa  286  8e-76  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2580  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.48 
 
 
477 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2301  response regulator receiver protein  45.53 
 
 
476 aa  286  1.0000000000000001e-75  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.467931  normal  0.644401 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1951  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.53 
 
 
470 aa  285  2.0000000000000002e-75  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.516267  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4238  transcriptional regulatory protein ZraR  44.85 
 
 
441 aa  285  2.0000000000000002e-75  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.020936  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4418  transcriptional regulatory protein ZraR  43.82 
 
 
441 aa  284  3.0000000000000004e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.298897  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1320  sigma-54 factor, interaction region  45.4 
 
 
477 aa  284  3.0000000000000004e-75  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1010  NifA subfamily transcriptional regulator  41.99 
 
 
510 aa  284  3.0000000000000004e-75  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.502201  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1157  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  43.81 
 
 
502 aa  284  4.0000000000000003e-75  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2001  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.64 
 
 
454 aa  284  4.0000000000000003e-75  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1919  Fis family transcriptional regulator  44.88 
 
 
545 aa  284  4.0000000000000003e-75  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3232  flagellar regulatory protein A  44.61 
 
 
477 aa  283  5.000000000000001e-75  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4454  transcriptional regulatory protein ZraR  44.66 
 
 
441 aa  283  5.000000000000001e-75  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.209341  hitchhiker  0.000519331 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4505  transcriptional regulatory protein ZraR  43.82 
 
 
441 aa  283  7.000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.11324 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1278  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.31 
 
 
477 aa  283  8.000000000000001e-75  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.71706 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1338  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.61 
 
 
477 aa  283  8.000000000000001e-75  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0526886  normal  0.316977 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4549  transcriptional regulatory protein ZraR  45.22 
 
 
441 aa  283  9e-75  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000369022  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1388  NifA subfamily transcriptional regulator  45.75 
 
 
533 aa  282  1e-74  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4385  transcriptional regulatory protein ZraR  43.82 
 
 
441 aa  282  1e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.712665 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1345  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.31 
 
 
477 aa  282  1e-74  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2056  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.85 
 
 
473 aa  282  1e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.732718  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0789  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.2 
 
 
448 aa  282  1e-74  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1971  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.85 
 
 
473 aa  282  1e-74  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0887215  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03881  fused DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with ZraS: response regulator/sigma54 interaction protein  45.22 
 
 
441 aa  281  2e-74  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0124745  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1433  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  44.54 
 
 
477 aa  281  2e-74  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0915  transcriptional regulator FleQ  47.34 
 
 
471 aa  281  2e-74  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0884  transcriptional regulator FleQ  47.04 
 
 
471 aa  281  2e-74  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03834  hypothetical protein  45.22 
 
 
441 aa  281  2e-74  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0118236  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3072  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.54 
 
 
477 aa  281  2e-74  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.584098  normal  0.164477 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4581  transcriptional regulatory protein ZraR  43.54 
 
 
441 aa  281  2e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4021  transcriptional regulatory protein ZraR  45.22 
 
 
441 aa  281  2e-74  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0128092  normal  0.0227655 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2930  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.54 
 
 
477 aa  281  2e-74  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.549756  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>