More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_1320 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011663  Sbal223_1433  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  82.6 
 
 
477 aa  815    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1614  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  81.34 
 
 
477 aa  808    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3232  flagellar regulatory protein A  84.07 
 
 
477 aa  830    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1362  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  80.29 
 
 
477 aa  799    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1357  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  80.5 
 
 
477 aa  801    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.569936  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3072  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  82.39 
 
 
477 aa  813    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.584098  normal  0.164477 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2940  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  82.6 
 
 
477 aa  815    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.568996  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1320  sigma-54 factor, interaction region  100 
 
 
477 aa  974    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1278  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  83.86 
 
 
477 aa  834    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.71706 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1345  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  83.86 
 
 
477 aa  833    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1178  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family protein  84.28 
 
 
476 aa  838    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.128376  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2580  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  83.02 
 
 
477 aa  815    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1338  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  84.07 
 
 
477 aa  828    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0526886  normal  0.316977 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2301  response regulator receiver protein  81.34 
 
 
476 aa  793    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.467931  normal  0.644401 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3070  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  82.39 
 
 
477 aa  817    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2930  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  82.6 
 
 
477 aa  815    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.549756  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3051  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  58.82 
 
 
477 aa  545  1e-154  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1721  flagellar regulatory protein A  57.67 
 
 
488 aa  542  1e-153  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000009386  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002811  flagellar regulatory protein FleQ  56.94 
 
 
488 aa  533  1e-150  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02894  polar flagellar protein FlaK  57.05 
 
 
487 aa  528  1e-148  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.995707  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2312  sigma 54 dependent transcription regulator  54.14 
 
 
493 aa  526  1e-148  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03166  hypothetical protein  55.89 
 
 
488 aa  526  1e-148  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1498  flagellar regulatory protein A  52.32 
 
 
509 aa  488  1e-136  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.522741  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3934  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  51.72 
 
 
491 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.532257  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4373  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  51.52 
 
 
491 aa  465  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.943128 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1494  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  51.52 
 
 
491 aa  465  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.959617 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3698  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  51.32 
 
 
491 aa  463  1e-129  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.288124  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1954  transcriptional regulator FleQ  52.45 
 
 
491 aa  464  1e-129  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.145885  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3461  helix-turn-helix, Fis-type  52.04 
 
 
491 aa  460  9.999999999999999e-129  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.476212  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1532  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  51.93 
 
 
491 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.497768  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0915  transcriptional regulator FleQ  50.83 
 
 
471 aa  457  1e-127  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0884  transcriptional regulator FleQ  50.83 
 
 
471 aa  456  1e-127  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2829  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  51.53 
 
 
491 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.280234  hitchhiker  0.00432701 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4274  transcriptional regulator FleQ  51.61 
 
 
490 aa  442  1e-123  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50220  transcriptional regulator FleQ  51.61 
 
 
490 aa  442  1e-123  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000359147 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2001  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  49.08 
 
 
482 aa  445  1e-123  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1973  response regulator receiver protein  49.69 
 
 
491 aa  432  1e-120  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2194  response regulator receiver domain-containing protein  48.77 
 
 
479 aa  425  1e-117  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2362  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  50.42 
 
 
479 aa  421  1e-116  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00993  transcriptional regulator  46.02 
 
 
494 aa  413  1e-114  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.656224  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06173  transcriptional regulator  46.02 
 
 
494 aa  413  1e-114  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.97776  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1883  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  44.33 
 
 
501 aa  397  1e-109  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.725462 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0501  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.2 
 
 
466 aa  398  1e-109  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34380  sigma54-dependent activator protein, FleQ  46.93 
 
 
501 aa  390  1e-107  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1446  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  53.06 
 
 
366 aa  365  1e-100  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.396101  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0431  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  45.02 
 
 
489 aa  355  7.999999999999999e-97  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.462878  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1155  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  47.8 
 
 
473 aa  355  1e-96  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000091424 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0706  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  51.42 
 
 
560 aa  342  1e-92  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.043111  normal  0.439486 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3765  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.76 
 
 
463 aa  314  1.9999999999999998e-84  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.000821276  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0077  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.62 
 
 
457 aa  304  3.0000000000000004e-81  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2812  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.12 
 
 
466 aa  303  3.0000000000000004e-81  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3940  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.64 
 
 
467 aa  303  5.000000000000001e-81  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000637809  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4024  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.64 
 
 
467 aa  302  9e-81  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.42797e-16 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3599  two component Fis family transcriptional regulator  46.96 
 
 
459 aa  301  2e-80  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1510  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.18 
 
 
448 aa  299  8e-80  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3335  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.71 
 
 
458 aa  298  2e-79  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0853  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.9 
 
 
459 aa  298  2e-79  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0538681  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3263  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.49 
 
 
464 aa  297  3e-79  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000257125 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1090  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  39.16 
 
 
484 aa  293  3e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.440204  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0789  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.98 
 
 
448 aa  294  3e-78  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1619  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis Family  38.93 
 
 
483 aa  292  7e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.463478  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1812  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis Family  39.16 
 
 
483 aa  292  7e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.558233  hitchhiker  0.00750422 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3076  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.04 
 
 
454 aa  292  1e-77  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4418  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.68 
 
 
466 aa  291  2e-77  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5673  helix-turn-helix, Fis-type  45.22 
 
 
592 aa  291  2e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.450699  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3226  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  45.69 
 
 
335 aa  291  2e-77  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3740  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.05 
 
 
454 aa  290  3e-77  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0840186  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0962  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.72 
 
 
458 aa  290  6e-77  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.277353 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3413  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.77 
 
 
453 aa  289  7e-77  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0976  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.14 
 
 
442 aa  289  9e-77  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00434157  normal  0.514512 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2001  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.35 
 
 
454 aa  287  2e-76  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3286  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.06 
 
 
458 aa  288  2e-76  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3475  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.83 
 
 
453 aa  288  2e-76  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0804749 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0168  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.24 
 
 
459 aa  288  2e-76  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.564625  normal  0.730975 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0173  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.29 
 
 
463 aa  287  2.9999999999999996e-76  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.127235  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1305  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  44.05 
 
 
379 aa  286  4e-76  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.314792  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4396  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.09 
 
 
469 aa  286  5e-76  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4373  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.09 
 
 
469 aa  286  5e-76  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1129  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  40.05 
 
 
453 aa  286  5.999999999999999e-76  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1660  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.43 
 
 
366 aa  286  7e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.798759  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2207  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  44.14 
 
 
653 aa  286  7e-76  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000576072 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1208  two component signal transduction response regulator  44.76 
 
 
470 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0354694  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1324  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  45.93 
 
 
350 aa  285  1.0000000000000001e-75  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.02567 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3338  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.11 
 
 
453 aa  284  2.0000000000000002e-75  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.693368  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3562  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  45.4 
 
 
592 aa  284  2.0000000000000002e-75  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.705523 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4638  putative sigma54 specific transcriptional regulator  45.4 
 
 
592 aa  284  2.0000000000000002e-75  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.335351  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0471  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.93 
 
 
349 aa  285  2.0000000000000002e-75  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.0982753 
 
 
-
 
NC_004310  BR1117  nitrogen regulation protein NtrC  37.98 
 
 
491 aa  284  3.0000000000000004e-75  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.837071  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2345  two component signal transduction response regulator  39.19 
 
 
455 aa  284  3.0000000000000004e-75  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00459366  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4240  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.8 
 
 
469 aa  284  3.0000000000000004e-75  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1618  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  38.86 
 
 
486 aa  284  3.0000000000000004e-75  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1075  nitrogen regulation protein NR(I)  37.98 
 
 
491 aa  284  3.0000000000000004e-75  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00433068  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1833  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.38 
 
 
460 aa  283  4.0000000000000003e-75  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.248577  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1157  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  42.52 
 
 
502 aa  283  4.0000000000000003e-75  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1908  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.97 
 
 
473 aa  283  5.000000000000001e-75  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0776  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.06 
 
 
454 aa  283  7.000000000000001e-75  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3672  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  38.58 
 
 
504 aa  282  7.000000000000001e-75  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0002131  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2056  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.88 
 
 
473 aa  282  8.000000000000001e-75  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.732718  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1971  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.88 
 
 
473 aa  282  8.000000000000001e-75  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0887215  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2984  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.46 
 
 
458 aa  281  1e-74  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.826768  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>