More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_3232 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_3070  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  84.7 
 
 
477 aa  842    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2930  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  91.4 
 
 
477 aa  892    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.549756  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3232  flagellar regulatory protein A  100 
 
 
477 aa  973    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1614  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  84.49 
 
 
477 aa  837    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2580  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  92.24 
 
 
477 aa  907    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1357  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  83.65 
 
 
477 aa  835    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.569936  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1362  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  81.76 
 
 
477 aa  816    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1320  sigma-54 factor, interaction region  84.07 
 
 
477 aa  830    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1278  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  95.39 
 
 
477 aa  938    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.71706 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1345  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  95.18 
 
 
477 aa  937    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1178  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family protein  82.18 
 
 
476 aa  811    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.128376  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1338  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  96.02 
 
 
477 aa  940    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0526886  normal  0.316977 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1433  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  91.4 
 
 
477 aa  892    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2940  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  91.4 
 
 
477 aa  892    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.568996  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3072  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  91.19 
 
 
477 aa  890    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.584098  normal  0.164477 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2301  response regulator receiver protein  82.39 
 
 
476 aa  811    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.467931  normal  0.644401 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1721  flagellar regulatory protein A  57.76 
 
 
488 aa  535  1e-151  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000009386  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3051  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  59.18 
 
 
477 aa  532  1e-150  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2312  sigma 54 dependent transcription regulator  54.9 
 
 
493 aa  528  1e-149  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03166  hypothetical protein  56.33 
 
 
488 aa  528  1e-149  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02894  polar flagellar protein FlaK  57.47 
 
 
487 aa  524  1e-147  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.995707  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002811  flagellar regulatory protein FleQ  56.01 
 
 
488 aa  521  1e-146  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1498  flagellar regulatory protein A  54.02 
 
 
509 aa  493  9.999999999999999e-139  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.522741  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3934  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  51.41 
 
 
491 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.532257  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4373  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  51.72 
 
 
491 aa  468  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.943128 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1954  transcriptional regulator FleQ  52.33 
 
 
491 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.145885  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1494  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  51.72 
 
 
491 aa  468  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.959617 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3698  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  52.23 
 
 
491 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.288124  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3461  helix-turn-helix, Fis-type  51.7 
 
 
491 aa  462  1e-129  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.476212  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1532  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  52.44 
 
 
491 aa  461  9.999999999999999e-129  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.497768  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2829  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  51.84 
 
 
491 aa  458  1e-127  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.280234  hitchhiker  0.00432701 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4274  transcriptional regulator FleQ  53.27 
 
 
490 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50220  transcriptional regulator FleQ  53.27 
 
 
490 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000359147 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2001  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  50.61 
 
 
482 aa  452  1.0000000000000001e-126  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0915  transcriptional regulator FleQ  49.27 
 
 
471 aa  442  1e-123  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0884  transcriptional regulator FleQ  49.9 
 
 
471 aa  442  1e-123  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1973  response regulator receiver protein  49.48 
 
 
491 aa  432  1e-120  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2194  response regulator receiver domain-containing protein  48.88 
 
 
479 aa  434  1e-120  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06173  transcriptional regulator  47.28 
 
 
494 aa  419  1e-116  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.97776  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00993  transcriptional regulator  47.28 
 
 
494 aa  419  1e-116  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.656224  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2362  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  56.12 
 
 
479 aa  413  1e-114  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1883  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  46.41 
 
 
501 aa  405  1e-111  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.725462 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0501  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.22 
 
 
466 aa  400  9.999999999999999e-111  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34380  sigma54-dependent activator protein, FleQ  46.82 
 
 
501 aa  392  1e-108  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1446  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  52.22 
 
 
366 aa  369  1e-100  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.396101  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0431  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  53.62 
 
 
489 aa  355  6.999999999999999e-97  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.462878  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0706  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  56.7 
 
 
560 aa  353  5e-96  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.043111  normal  0.439486 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1155  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  48.83 
 
 
473 aa  349  6e-95  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000091424 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3765  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.38 
 
 
463 aa  311  1e-83  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.000821276  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2812  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.28 
 
 
466 aa  309  6.999999999999999e-83  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0077  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.94 
 
 
457 aa  308  1.0000000000000001e-82  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3940  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.03 
 
 
467 aa  305  1.0000000000000001e-81  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000637809  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4024  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.03 
 
 
467 aa  304  2.0000000000000002e-81  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.42797e-16 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0853  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.33 
 
 
459 aa  304  2.0000000000000002e-81  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0538681  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3335  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.27 
 
 
458 aa  302  1e-80  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3263  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.77 
 
 
464 aa  301  2e-80  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000257125 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3076  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.23 
 
 
454 aa  301  2e-80  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3599  two component Fis family transcriptional regulator  46.67 
 
 
459 aa  300  3e-80  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0976  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.58 
 
 
442 aa  300  3e-80  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00434157  normal  0.514512 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1510  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.79 
 
 
448 aa  300  4e-80  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0050  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.7 
 
 
515 aa  298  1e-79  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0532507 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3740  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.38 
 
 
454 aa  296  4e-79  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0840186  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2510  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.78 
 
 
472 aa  296  5e-79  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0791346  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3226  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  46.55 
 
 
335 aa  296  5e-79  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0168  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.43 
 
 
459 aa  296  6e-79  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.564625  normal  0.730975 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1324  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  47.23 
 
 
350 aa  295  8e-79  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.02567 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0789  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.07 
 
 
448 aa  295  2e-78  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0962  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40 
 
 
458 aa  293  6e-78  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.277353 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4373  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.4 
 
 
469 aa  293  6e-78  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4396  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.4 
 
 
469 aa  293  6e-78  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4418  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.75 
 
 
466 aa  293  7e-78  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4240  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.11 
 
 
469 aa  292  1e-77  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5673  helix-turn-helix, Fis-type  44.67 
 
 
592 aa  291  2e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.450699  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0471  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.47 
 
 
349 aa  291  2e-77  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.0982753 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2001  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.03 
 
 
454 aa  290  3e-77  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3475  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.82 
 
 
453 aa  290  3e-77  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0804749 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1305  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  45.55 
 
 
379 aa  290  4e-77  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.314792  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1951  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.09 
 
 
470 aa  290  5.0000000000000004e-77  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.516267  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3286  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.93 
 
 
458 aa  290  5.0000000000000004e-77  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1619  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis Family  44.15 
 
 
483 aa  289  6e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.463478  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1812  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis Family  44.44 
 
 
483 aa  289  7e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.558233  hitchhiker  0.00750422 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3413  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.4 
 
 
453 aa  289  7e-77  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0548  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.57 
 
 
452 aa  289  7e-77  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.902927  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2984  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.09 
 
 
458 aa  289  7e-77  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.826768  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1090  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  43.91 
 
 
484 aa  289  7e-77  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.440204  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2200  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.01 
 
 
459 aa  289  9e-77  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1833  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.82 
 
 
460 aa  289  9e-77  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.248577  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0071  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.99 
 
 
409 aa  288  1e-76  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1908  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.39 
 
 
473 aa  288  1e-76  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2056  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.39 
 
 
473 aa  288  2e-76  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.732718  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2345  two component signal transduction response regulator  37.58 
 
 
455 aa  287  2e-76  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00459366  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1971  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.39 
 
 
473 aa  288  2e-76  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0887215  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1707  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.8 
 
 
366 aa  288  2e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.839894  hitchhiker  0.00283703 
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3581  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  46.94 
 
 
467 aa  287  2.9999999999999996e-76  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0776  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.67 
 
 
454 aa  286  5.999999999999999e-76  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3672  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  44.99 
 
 
504 aa  286  5.999999999999999e-76  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0002131  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1208  two component signal transduction response regulator  45.64 
 
 
470 aa  286  7e-76  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0354694  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1157  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  41.64 
 
 
502 aa  286  7e-76  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0173  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.25 
 
 
463 aa  286  7e-76  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.127235  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1129  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  40.75 
 
 
453 aa  285  9e-76  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>