More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_02894 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011138  MADE_02894  polar flagellar protein FlaK  100 
 
 
487 aa  999    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.995707  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3051  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  63.84 
 
 
477 aa  631  1e-180  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1362  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  59.01 
 
 
477 aa  545  1e-154  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2301  response regulator receiver protein  58.26 
 
 
476 aa  538  1e-151  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.467931  normal  0.644401 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1357  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  58.39 
 
 
477 aa  535  1e-151  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.569936  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1320  sigma-54 factor, interaction region  57.68 
 
 
477 aa  530  1e-149  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1178  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family protein  57.05 
 
 
476 aa  531  1e-149  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.128376  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1338  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  57.56 
 
 
477 aa  528  1e-149  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0526886  normal  0.316977 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3232  flagellar regulatory protein A  57.56 
 
 
477 aa  526  1e-148  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1278  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  57.35 
 
 
477 aa  527  1e-148  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.71706 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1345  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  57.35 
 
 
477 aa  526  1e-148  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3070  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  57.05 
 
 
477 aa  523  1e-147  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1614  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  57.05 
 
 
477 aa  524  1e-147  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1498  flagellar regulatory protein A  54.27 
 
 
509 aa  521  1e-147  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.522741  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2580  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  57.76 
 
 
477 aa  519  1e-146  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3072  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  57.05 
 
 
477 aa  520  1e-146  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.584098  normal  0.164477 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1433  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  57.05 
 
 
477 aa  519  1e-146  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2940  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  57.05 
 
 
477 aa  519  1e-146  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.568996  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2930  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  57.05 
 
 
477 aa  519  1e-146  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.549756  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2312  sigma 54 dependent transcription regulator  53.91 
 
 
493 aa  516  1.0000000000000001e-145  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1721  flagellar regulatory protein A  54.88 
 
 
488 aa  512  1e-144  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000009386  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03166  hypothetical protein  53.56 
 
 
488 aa  506  9.999999999999999e-143  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002811  flagellar regulatory protein FleQ  52.85 
 
 
488 aa  504  1e-141  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0884  transcriptional regulator FleQ  51.93 
 
 
471 aa  464  1e-129  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0915  transcriptional regulator FleQ  51.95 
 
 
471 aa  461  9.999999999999999e-129  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1973  response regulator receiver protein  49.9 
 
 
491 aa  441  9.999999999999999e-123  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1954  transcriptional regulator FleQ  49.3 
 
 
491 aa  436  1e-121  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.145885  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3461  helix-turn-helix, Fis-type  50 
 
 
491 aa  437  1e-121  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.476212  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4373  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  48.69 
 
 
491 aa  429  1e-119  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.943128 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1532  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  49.6 
 
 
491 aa  429  1e-119  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.497768  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1494  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.69 
 
 
491 aa  429  1e-119  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.959617 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2194  response regulator receiver domain-containing protein  48.3 
 
 
479 aa  430  1e-119  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3934  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.49 
 
 
491 aa  427  1e-118  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.532257  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2829  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  49.3 
 
 
491 aa  425  1e-118  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.280234  hitchhiker  0.00432701 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2362  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  50 
 
 
479 aa  422  1e-117  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3698  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.99 
 
 
491 aa  424  1e-117  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.288124  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50220  transcriptional regulator FleQ  49.7 
 
 
490 aa  421  1e-116  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000359147 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4274  transcriptional regulator FleQ  49.7 
 
 
490 aa  422  1e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2001  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.6 
 
 
482 aa  418  9.999999999999999e-116  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0501  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.88 
 
 
466 aa  398  9.999999999999999e-111  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1446  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  56.94 
 
 
366 aa  388  1e-106  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.396101  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06173  transcriptional regulator  49.88 
 
 
494 aa  387  1e-106  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.97776  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00993  transcriptional regulator  49.88 
 
 
494 aa  387  1e-106  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.656224  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1883  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  54.57 
 
 
501 aa  384  1e-105  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.725462 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1155  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  45.05 
 
 
473 aa  372  1e-102  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000091424 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34380  sigma54-dependent activator protein, FleQ  50.12 
 
 
501 aa  369  1e-101  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0431  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  54.69 
 
 
489 aa  371  1e-101  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.462878  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0706  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  54.8 
 
 
560 aa  339  5.9999999999999996e-92  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.043111  normal  0.439486 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3599  two component Fis family transcriptional regulator  36.86 
 
 
459 aa  298  1e-79  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3765  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.77 
 
 
463 aa  298  1e-79  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.000821276  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0077  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.47 
 
 
457 aa  297  3e-79  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1324  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  46.18 
 
 
350 aa  295  2e-78  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.02567 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3335  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.78 
 
 
458 aa  295  2e-78  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0853  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  35.85 
 
 
459 aa  293  6e-78  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0538681  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3263  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.87 
 
 
464 aa  292  8e-78  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000257125 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1305  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  45.95 
 
 
379 aa  291  1e-77  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.314792  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3076  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.07 
 
 
454 aa  291  2e-77  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3226  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  44.63 
 
 
335 aa  290  6e-77  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1208  two component signal transduction response regulator  45.18 
 
 
470 aa  289  8e-77  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0354694  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0471  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.51 
 
 
349 aa  289  9e-77  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.0982753 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3750  Fis family transcriptional regulator  43.2 
 
 
379 aa  288  2e-76  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.634996  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2200  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  36.86 
 
 
459 aa  287  2.9999999999999996e-76  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3003  two component Fis family transcriptional regulator  41.15 
 
 
465 aa  287  2.9999999999999996e-76  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0697126  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4024  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.96 
 
 
467 aa  287  2.9999999999999996e-76  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.42797e-16 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1707  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.3 
 
 
366 aa  286  5e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.839894  hitchhiker  0.00283703 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0071  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.3 
 
 
409 aa  286  5.999999999999999e-76  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3475  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.63 
 
 
453 aa  285  1.0000000000000001e-75  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0804749 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5460  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  52.14 
 
 
650 aa  285  1.0000000000000001e-75  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.665291  normal  0.225769 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3940  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.69 
 
 
467 aa  285  1.0000000000000001e-75  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000637809  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1660  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.03 
 
 
366 aa  285  1.0000000000000001e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.798759  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0168  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.07 
 
 
459 aa  285  1.0000000000000001e-75  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.564625  normal  0.730975 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1510  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.79 
 
 
448 aa  285  1.0000000000000001e-75  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2507  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  55 
 
 
488 aa  284  2.0000000000000002e-75  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.182398 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1994  two component signal transduction response regulator  46.56 
 
 
477 aa  285  2.0000000000000002e-75  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0433  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.51 
 
 
472 aa  284  2.0000000000000002e-75  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1282  putative GAF sensor protein  57.09 
 
 
509 aa  285  2.0000000000000002e-75  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3413  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.2 
 
 
453 aa  283  4.0000000000000003e-75  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0962  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  55.87 
 
 
458 aa  283  4.0000000000000003e-75  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.277353 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2942  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.77 
 
 
451 aa  283  5.000000000000001e-75  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2984  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  36.18 
 
 
458 aa  283  5.000000000000001e-75  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.826768  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3338  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.62 
 
 
453 aa  283  5.000000000000001e-75  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.693368  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2812  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.41 
 
 
466 aa  283  7.000000000000001e-75  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0789  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.51 
 
 
448 aa  282  1e-74  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1320  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  43.48 
 
 
460 aa  281  2e-74  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0776  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.66 
 
 
454 aa  281  2e-74  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1713  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.22 
 
 
748 aa  281  2e-74  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000552259  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3404  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.63 
 
 
455 aa  280  3e-74  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.235439  normal  0.675632 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2345  two component signal transduction response regulator  43.79 
 
 
455 aa  281  3e-74  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00459366  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3740  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.38 
 
 
454 aa  280  4e-74  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0840186  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3419  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.62 
 
 
455 aa  280  4e-74  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.683267  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3483  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.82 
 
 
455 aa  280  4e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0480061  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1618  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  35.96 
 
 
486 aa  280  5e-74  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6539  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis Family  37.42 
 
 
485 aa  279  7e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2001  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.39 
 
 
454 aa  279  7e-74  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0115  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  57.26 
 
 
481 aa  279  9e-74  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3286  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  54.66 
 
 
458 aa  279  1e-73  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0109  two component Fis family transcriptional regulator  37.37 
 
 
466 aa  278  1e-73  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2959  Fis family transcriptional regulator  44.38 
 
 
341 aa  278  1e-73  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1524  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  36.43 
 
 
505 aa  278  1e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.437869  normal  0.0359262 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2510  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.13 
 
 
472 aa  279  1e-73  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0791346  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>