More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PXO_00993 on replicon NC_010717
Organism: Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010717  PXO_06173  transcriptional regulator  100 
 
 
494 aa  997    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.97776  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00993  transcriptional regulator  100 
 
 
494 aa  997    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.656224  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1883  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  74.75 
 
 
501 aa  745    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.725462 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3232  flagellar regulatory protein A  47.28 
 
 
477 aa  419  1e-116  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1973  response regulator receiver protein  48.68 
 
 
491 aa  420  1e-116  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1362  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.26 
 
 
477 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1278  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.57 
 
 
477 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.71706 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1345  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.57 
 
 
477 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1338  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.87 
 
 
477 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0526886  normal  0.316977 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1320  sigma-54 factor, interaction region  46.02 
 
 
477 aa  413  1e-114  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1614  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.2 
 
 
477 aa  410  1e-113  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2580  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.6 
 
 
477 aa  411  1e-113  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3070  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.2 
 
 
477 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2301  response regulator receiver protein  45.38 
 
 
476 aa  408  1.0000000000000001e-112  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.467931  normal  0.644401 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1433  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  45.44 
 
 
477 aa  402  1e-111  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1721  flagellar regulatory protein A  49.12 
 
 
488 aa  402  1e-111  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000009386  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2930  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.44 
 
 
477 aa  402  1e-111  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.549756  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3072  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.44 
 
 
477 aa  403  1e-111  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.584098  normal  0.164477 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2940  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.44 
 
 
477 aa  402  1e-111  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.568996  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1357  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.53 
 
 
477 aa  403  1e-111  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.569936  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1178  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family protein  45.36 
 
 
476 aa  405  1e-111  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.128376  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0501  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.25 
 
 
466 aa  401  9.999999999999999e-111  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0884  transcriptional regulator FleQ  45.64 
 
 
471 aa  399  9.999999999999999e-111  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0915  transcriptional regulator FleQ  45.64 
 
 
471 aa  396  1e-109  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03166  hypothetical protein  46.08 
 
 
488 aa  395  1e-109  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002811  flagellar regulatory protein FleQ  45.88 
 
 
488 aa  393  1e-108  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50220  transcriptional regulator FleQ  46.28 
 
 
490 aa  393  1e-108  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000359147 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4274  transcriptional regulator FleQ  46.11 
 
 
490 aa  390  1e-107  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3698  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.87 
 
 
491 aa  389  1e-107  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.288124  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4373  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  44.64 
 
 
491 aa  389  1e-107  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.943128 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3461  helix-turn-helix, Fis-type  45.25 
 
 
491 aa  391  1e-107  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.476212  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2312  sigma 54 dependent transcription regulator  46.34 
 
 
493 aa  390  1e-107  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1494  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.64 
 
 
491 aa  390  1e-107  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.959617 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2001  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.62 
 
 
482 aa  389  1e-107  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1954  transcriptional regulator FleQ  44.44 
 
 
491 aa  386  1e-106  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.145885  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2362  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.81 
 
 
479 aa  386  1e-106  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1532  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.62 
 
 
491 aa  386  1e-106  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.497768  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3934  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.44 
 
 
491 aa  388  1e-106  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.532257  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02894  polar flagellar protein FlaK  49.53 
 
 
487 aa  385  1e-106  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.995707  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2194  response regulator receiver domain-containing protein  45.18 
 
 
479 aa  384  1e-105  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2829  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.6 
 
 
491 aa  380  1e-104  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.280234  hitchhiker  0.00432701 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1446  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  54.42 
 
 
366 aa  379  1e-103  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.396101  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3051  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  53.65 
 
 
477 aa  376  1e-103  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1498  flagellar regulatory protein A  51.25 
 
 
509 aa  361  1e-98  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.522741  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34380  sigma54-dependent activator protein, FleQ  40.76 
 
 
501 aa  340  5e-92  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0431  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  49.59 
 
 
489 aa  337  3.9999999999999995e-91  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.462878  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1155  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  47.79 
 
 
473 aa  332  9e-90  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000091424 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0706  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.84 
 
 
560 aa  327  2.0000000000000001e-88  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.043111  normal  0.439486 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3765  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.06 
 
 
463 aa  311  1e-83  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.000821276  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3940  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.71 
 
 
467 aa  311  2e-83  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000637809  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4024  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.71 
 
 
467 aa  310  4e-83  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.42797e-16 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1397  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.21 
 
 
458 aa  306  7e-82  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1208  two component signal transduction response regulator  43.46 
 
 
470 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0354694  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3263  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.19 
 
 
464 aa  305  1.0000000000000001e-81  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000257125 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0976  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.09 
 
 
442 aa  303  4.0000000000000003e-81  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00434157  normal  0.514512 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1305  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  44.95 
 
 
379 aa  301  2e-80  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.314792  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3226  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  47.58 
 
 
335 aa  301  3e-80  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2521  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.15 
 
 
457 aa  300  4e-80  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2812  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.32 
 
 
466 aa  299  6e-80  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4418  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.6 
 
 
466 aa  299  7e-80  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3599  two component Fis family transcriptional regulator  45.96 
 
 
459 aa  298  2e-79  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1324  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  46.31 
 
 
350 aa  298  2e-79  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.02567 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1698  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.75 
 
 
457 aa  297  3e-79  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000740904 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0962  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.68 
 
 
458 aa  296  4e-79  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.277353 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4389  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  48.06 
 
 
495 aa  295  9e-79  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.205713  normal  0.107293 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3286  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.32 
 
 
458 aa  294  2e-78  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1635  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.61 
 
 
457 aa  294  2e-78  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0433  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.21 
 
 
472 aa  294  3e-78  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2678  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.83 
 
 
457 aa  294  3e-78  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0471  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.4 
 
 
349 aa  293  4e-78  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.0982753 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3003  two component Fis family transcriptional regulator  41.23 
 
 
465 aa  293  7e-78  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0697126  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2591  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.86 
 
 
457 aa  291  1e-77  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.313706  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4240  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  48.87 
 
 
469 aa  291  1e-77  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4396  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  48.59 
 
 
469 aa  291  2e-77  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1812  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis Family  41.3 
 
 
483 aa  291  2e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.558233  hitchhiker  0.00750422 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4373  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  48.59 
 
 
469 aa  291  2e-77  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2200  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.83 
 
 
459 aa  290  3e-77  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2345  two component signal transduction response regulator  44.83 
 
 
455 aa  290  3e-77  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00459366  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0168  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.03 
 
 
459 aa  290  3e-77  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.564625  normal  0.730975 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1833  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.33 
 
 
460 aa  290  3e-77  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.248577  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1625  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  42.11 
 
 
544 aa  290  5.0000000000000004e-77  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0165781  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1619  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis Family  41.06 
 
 
483 aa  289  7e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.463478  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0568  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.03 
 
 
489 aa  289  8e-77  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0302  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.28 
 
 
353 aa  289  9e-77  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1129  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  39.77 
 
 
453 aa  289  1e-76  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1228  Fis family transcriptional regulator  44.54 
 
 
549 aa  288  2e-76  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2959  Fis family transcriptional regulator  46.76 
 
 
341 aa  288  2e-76  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1960  response regulator transcription factor  40.14 
 
 
471 aa  287  2.9999999999999996e-76  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3335  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.95 
 
 
458 aa  287  2.9999999999999996e-76  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1527  Fis family transcriptional regulator  44.83 
 
 
537 aa  286  5e-76  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02780  vanadium nitrogenase sigma54-dependent transcriptional activator, VnfA  47.13 
 
 
522 aa  286  5e-76  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.274487  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0776  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  36.95 
 
 
454 aa  286  7e-76  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1090  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  38.37 
 
 
484 aa  286  8e-76  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.440204  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0884  NifA subfamily transcriptional regulator  45.45 
 
 
539 aa  285  9e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.871675 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1495  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  42.52 
 
 
458 aa  285  1.0000000000000001e-75  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.301103  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2245  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.57 
 
 
460 aa  285  1.0000000000000001e-75  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0050  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.43 
 
 
515 aa  285  1.0000000000000001e-75  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0532507 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3758  helix-turn-helix, Fis-type:nitrogen regulation protein NR(I)  43.86 
 
 
476 aa  284  2.0000000000000002e-75  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.349567 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2001  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.67 
 
 
454 aa  284  2.0000000000000002e-75  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0789  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.11 
 
 
448 aa  284  3.0000000000000004e-75  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>