More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_1954 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010501  PputW619_3698  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  90.43 
 
 
491 aa  921    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.288124  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4373  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  91.24 
 
 
491 aa  925    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.943128 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1954  transcriptional regulator FleQ  100 
 
 
491 aa  1003    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.145885  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3461  helix-turn-helix, Fis-type  98.57 
 
 
491 aa  990    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.476212  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1532  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  92.26 
 
 
491 aa  942    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.497768  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34380  sigma54-dependent activator protein, FleQ  70.45 
 
 
501 aa  667    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1494  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  91.45 
 
 
491 aa  926    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.959617 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4274  transcriptional regulator FleQ  83.12 
 
 
490 aa  808    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3934  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  91.45 
 
 
491 aa  925    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.532257  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50220  transcriptional regulator FleQ  82.92 
 
 
490 aa  805    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000359147 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2829  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  83.3 
 
 
491 aa  816    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.280234  hitchhiker  0.00432701 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2001  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  64.43 
 
 
482 aa  604  9.999999999999999e-173  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2194  response regulator receiver domain-containing protein  61.36 
 
 
479 aa  572  1.0000000000000001e-162  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2362  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  55.85 
 
 
479 aa  504  1e-141  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0915  transcriptional regulator FleQ  52.19 
 
 
471 aa  471  1.0000000000000001e-131  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0884  transcriptional regulator FleQ  52.4 
 
 
471 aa  470  1.0000000000000001e-131  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2580  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  53.35 
 
 
477 aa  470  1.0000000000000001e-131  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2930  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  51.84 
 
 
477 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.549756  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2940  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  51.84 
 
 
477 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.568996  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3072  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  51.84 
 
 
477 aa  467  9.999999999999999e-131  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.584098  normal  0.164477 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3232  flagellar regulatory protein A  52.33 
 
 
477 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1357  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  52.24 
 
 
477 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.569936  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1433  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  51.84 
 
 
477 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1320  sigma-54 factor, interaction region  52.45 
 
 
477 aa  464  1e-129  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1721  flagellar regulatory protein A  52.42 
 
 
488 aa  462  1e-129  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000009386  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1278  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  52.13 
 
 
477 aa  464  1e-129  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.71706 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1345  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  52.13 
 
 
477 aa  464  1e-129  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1338  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  52.1 
 
 
477 aa  464  1e-129  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0526886  normal  0.316977 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2301  response regulator receiver protein  51.9 
 
 
476 aa  462  1e-129  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.467931  normal  0.644401 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1362  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  52.04 
 
 
477 aa  462  1e-129  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1178  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family protein  52.92 
 
 
476 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.128376  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1614  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  50.5 
 
 
477 aa  457  1e-127  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002811  flagellar regulatory protein FleQ  50.5 
 
 
488 aa  458  1e-127  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3070  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  50.9 
 
 
477 aa  458  1e-127  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03166  hypothetical protein  50 
 
 
488 aa  452  1.0000000000000001e-126  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2312  sigma 54 dependent transcription regulator  51.38 
 
 
493 aa  454  1.0000000000000001e-126  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1973  response regulator receiver protein  52.59 
 
 
491 aa  449  1e-125  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1498  flagellar regulatory protein A  49.32 
 
 
509 aa  447  1.0000000000000001e-124  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.522741  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3051  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  51.02 
 
 
477 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02894  polar flagellar protein FlaK  49.3 
 
 
487 aa  435  1e-120  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.995707  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0501  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  50.52 
 
 
466 aa  429  1e-119  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06173  transcriptional regulator  44.44 
 
 
494 aa  386  1e-106  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.97776  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00993  transcriptional regulator  44.44 
 
 
494 aa  386  1e-106  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.656224  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1883  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  44.09 
 
 
501 aa  383  1e-105  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.725462 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0706  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  51.93 
 
 
560 aa  381  1e-104  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.043111  normal  0.439486 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1446  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  53.76 
 
 
366 aa  374  1e-102  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.396101  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0431  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  53.64 
 
 
489 aa  371  1e-101  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.462878  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1155  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  54.93 
 
 
473 aa  368  1e-100  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000091424 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3765  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.63 
 
 
463 aa  332  7.000000000000001e-90  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.000821276  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2812  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.84 
 
 
466 aa  322  6e-87  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1960  response regulator transcription factor  39.38 
 
 
471 aa  322  9.999999999999999e-87  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3475  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.94 
 
 
453 aa  319  6e-86  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0804749 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1129  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  39.3 
 
 
453 aa  319  9e-86  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3263  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.38 
 
 
464 aa  316  5e-85  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000257125 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3413  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.91 
 
 
453 aa  316  6e-85  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3076  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.58 
 
 
454 aa  312  9e-84  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3599  two component Fis family transcriptional regulator  39.71 
 
 
459 aa  310  4e-83  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1698  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.59 
 
 
457 aa  308  1.0000000000000001e-82  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000740904 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2521  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.85 
 
 
457 aa  308  1.0000000000000001e-82  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0085  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.92 
 
 
452 aa  308  1.0000000000000001e-82  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2245  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.87 
 
 
460 aa  306  5.0000000000000004e-82  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0853  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.35 
 
 
459 aa  305  9.000000000000001e-82  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0538681  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1951  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.03 
 
 
470 aa  305  9.000000000000001e-82  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.516267  normal 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3647  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.57 
 
 
451 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3940  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.71 
 
 
467 aa  305  1.0000000000000001e-81  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000637809  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4024  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.45 
 
 
467 aa  304  2.0000000000000002e-81  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.42797e-16 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3226  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  47.23 
 
 
335 aa  304  3.0000000000000004e-81  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3286  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.43 
 
 
458 aa  303  4.0000000000000003e-81  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1397  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.63 
 
 
458 aa  301  1e-80  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1324  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  47.66 
 
 
350 aa  301  1e-80  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.02567 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1908  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.65 
 
 
473 aa  302  1e-80  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0471  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.8 
 
 
349 aa  302  1e-80  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.0982753 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2345  two component signal transduction response regulator  40.12 
 
 
455 aa  301  2e-80  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00459366  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2510  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.13 
 
 
472 aa  301  2e-80  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0791346  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4418  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.69 
 
 
466 aa  300  3e-80  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1971  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.65 
 
 
473 aa  300  3e-80  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0887215  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1032  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.62 
 
 
461 aa  300  3e-80  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.454426 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2056  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.65 
 
 
473 aa  300  3e-80  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.732718  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3003  two component Fis family transcriptional regulator  39.18 
 
 
465 aa  300  4e-80  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0697126  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1320  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  39.75 
 
 
460 aa  299  9e-80  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0077  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40 
 
 
457 aa  299  9e-80  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1305  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  45.68 
 
 
379 aa  297  2e-79  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.314792  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0962  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.01 
 
 
458 aa  298  2e-79  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.277353 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2001  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.32 
 
 
454 aa  298  2e-79  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0548  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.63 
 
 
452 aa  298  2e-79  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.902927  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1208  two component signal transduction response regulator  37.11 
 
 
470 aa  297  3e-79  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0354694  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0976  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.78 
 
 
442 aa  296  6e-79  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00434157  normal  0.514512 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0812  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.14 
 
 
453 aa  296  6e-79  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0257022  hitchhiker  0.00000328811 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1510  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.49 
 
 
448 aa  296  8e-79  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2145  two component signal transduction response regulator  36.53 
 
 
492 aa  294  2e-78  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2914  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.35 
 
 
459 aa  294  3e-78  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1495  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  38.26 
 
 
458 aa  293  4e-78  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.301103  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1833  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.67 
 
 
460 aa  293  6e-78  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.248577  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4240  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.95 
 
 
469 aa  292  8e-78  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0588  Fis family transcriptional regulator  38.65 
 
 
458 aa  291  1e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.651672  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1461  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.8 
 
 
491 aa  292  1e-77  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.750458 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3335  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.42 
 
 
458 aa  291  1e-77  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1713  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.55 
 
 
748 aa  291  2e-77  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000552259  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2678  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.55 
 
 
457 aa  291  2e-77  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4373  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.72 
 
 
469 aa  290  3e-77  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>