More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hneap_0431 on replicon NC_013422
Organism: Halothiobacillus neapolitanus c2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013422  Hneap_0431  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  100 
 
 
489 aa  990    Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.462878  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1498  flagellar regulatory protein A  47.1 
 
 
509 aa  380  1e-104  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.522741  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1446  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  51.44 
 
 
366 aa  376  1e-103  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.396101  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02894  polar flagellar protein FlaK  54.69 
 
 
487 aa  370  1e-101  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.995707  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1954  transcriptional regulator FleQ  53.64 
 
 
491 aa  371  1e-101  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.145885  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3461  helix-turn-helix, Fis-type  53.64 
 
 
491 aa  372  1e-101  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.476212  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2362  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  51.46 
 
 
479 aa  369  1e-101  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3051  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.79 
 
 
477 aa  369  1e-101  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4373  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  52.02 
 
 
491 aa  365  1e-100  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.943128 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1532  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  53.1 
 
 
491 aa  367  1e-100  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.497768  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1494  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  52.02 
 
 
491 aa  365  1e-100  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.959617 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3934  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  52.02 
 
 
491 aa  365  1e-99  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.532257  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1973  response regulator receiver protein  52.29 
 
 
491 aa  364  2e-99  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0915  transcriptional regulator FleQ  46.5 
 
 
471 aa  363  5.0000000000000005e-99  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1178  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family protein  44.96 
 
 
476 aa  362  6e-99  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.128376  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0884  transcriptional regulator FleQ  46.5 
 
 
471 aa  362  7.0000000000000005e-99  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3698  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  52.02 
 
 
491 aa  360  2e-98  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.288124  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2301  response regulator receiver protein  50.47 
 
 
476 aa  357  1.9999999999999998e-97  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.467931  normal  0.644401 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2312  sigma 54 dependent transcription regulator  52.8 
 
 
493 aa  357  2.9999999999999997e-97  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1614  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  54.42 
 
 
477 aa  356  5e-97  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3070  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  54.42 
 
 
477 aa  356  5e-97  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3232  flagellar regulatory protein A  53.62 
 
 
477 aa  355  6.999999999999999e-97  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2194  response regulator receiver domain-containing protein  52.94 
 
 
479 aa  355  7.999999999999999e-97  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2001  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  52.99 
 
 
482 aa  355  7.999999999999999e-97  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1320  sigma-54 factor, interaction region  44.82 
 
 
477 aa  355  8.999999999999999e-97  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2829  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  53.37 
 
 
491 aa  355  1e-96  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.280234  hitchhiker  0.00432701 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1278  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  53.62 
 
 
477 aa  355  1e-96  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.71706 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03166  hypothetical protein  43.2 
 
 
488 aa  354  2e-96  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1345  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  53.62 
 
 
477 aa  353  2.9999999999999997e-96  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1338  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  53.62 
 
 
477 aa  353  2.9999999999999997e-96  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0526886  normal  0.316977 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1721  flagellar regulatory protein A  43.4 
 
 
488 aa  353  4e-96  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000009386  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4274  transcriptional regulator FleQ  52.97 
 
 
490 aa  352  8e-96  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50220  transcriptional regulator FleQ  52.97 
 
 
490 aa  352  8.999999999999999e-96  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000359147 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002811  flagellar regulatory protein FleQ  43.31 
 
 
488 aa  351  2e-95  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1357  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.39 
 
 
477 aa  351  2e-95  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.569936  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1155  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  52.16 
 
 
473 aa  350  4e-95  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000091424 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0501  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  49.65 
 
 
466 aa  349  5e-95  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1362  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.53 
 
 
477 aa  349  6e-95  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2580  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  53.08 
 
 
477 aa  348  1e-94  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2930  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45 
 
 
477 aa  347  2e-94  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.549756  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1433  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  45 
 
 
477 aa  347  2e-94  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2940  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45 
 
 
477 aa  347  2e-94  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.568996  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3072  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.99 
 
 
477 aa  347  2e-94  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.584098  normal  0.164477 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1883  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  52.15 
 
 
501 aa  344  2e-93  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.725462 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00993  transcriptional regulator  49.59 
 
 
494 aa  337  3.9999999999999995e-91  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.656224  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06173  transcriptional regulator  49.59 
 
 
494 aa  337  3.9999999999999995e-91  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.97776  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0706  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  55.08 
 
 
560 aa  328  1.0000000000000001e-88  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.043111  normal  0.439486 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3226  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  46.76 
 
 
335 aa  305  2.0000000000000002e-81  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1305  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  49.07 
 
 
379 aa  302  1e-80  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.314792  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34380  sigma54-dependent activator protein, FleQ  46.09 
 
 
501 aa  296  6e-79  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2345  two component signal transduction response regulator  42.38 
 
 
455 aa  290  5.0000000000000004e-77  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00459366  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1324  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  47.15 
 
 
350 aa  288  2e-76  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.02567 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2959  Fis family transcriptional regulator  59.11 
 
 
341 aa  284  3.0000000000000004e-75  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1208  two component signal transduction response regulator  44.74 
 
 
470 aa  282  9e-75  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0354694  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4240  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.74 
 
 
469 aa  282  9e-75  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0471  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.65 
 
 
349 aa  281  2e-74  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.0982753 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3286  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  54.15 
 
 
458 aa  280  3e-74  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0962  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  54.4 
 
 
458 aa  276  5e-73  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.277353 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4373  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.92 
 
 
469 aa  276  6e-73  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4396  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.92 
 
 
469 aa  276  6e-73  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1397  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.99 
 
 
458 aa  276  8e-73  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3335  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  53.25 
 
 
458 aa  275  9e-73  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0050  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.24 
 
 
515 aa  274  2.0000000000000002e-72  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0532507 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1495  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  43.63 
 
 
458 aa  274  3e-72  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.301103  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2942  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  58.57 
 
 
451 aa  273  6e-72  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2678  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.72 
 
 
457 aa  273  6e-72  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5989  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.24 
 
 
459 aa  273  7e-72  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.999422  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2920  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  43.72 
 
 
355 aa  272  8.000000000000001e-72  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0568  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.47 
 
 
489 aa  272  9e-72  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1833  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.82 
 
 
460 aa  272  9e-72  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.248577  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2018  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  55.29 
 
 
447 aa  271  2e-71  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.110893  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3404  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  58.87 
 
 
455 aa  271  2e-71  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.235439  normal  0.675632 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3483  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  57.32 
 
 
455 aa  271  2.9999999999999997e-71  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0480061  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0776  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  53.82 
 
 
454 aa  270  2.9999999999999997e-71  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3599  two component Fis family transcriptional regulator  41.29 
 
 
459 aa  271  2.9999999999999997e-71  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0548  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.09 
 
 
452 aa  270  5e-71  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.902927  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2507  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  53.75 
 
 
488 aa  270  5e-71  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.182398 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1461  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  58.68 
 
 
491 aa  270  5.9999999999999995e-71  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.750458 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1660  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.32 
 
 
366 aa  270  5.9999999999999995e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.798759  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0671  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.57 
 
 
457 aa  269  7e-71  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.288415  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0916  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.99 
 
 
480 aa  269  7e-71  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1960  response regulator transcription factor  39.32 
 
 
471 aa  268  1e-70  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1061  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.95 
 
 
602 aa  268  1e-70  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0433  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.82 
 
 
472 aa  269  1e-70  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4819  putative PAS/PAC sensor protein  50 
 
 
639 aa  268  2e-70  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00931956 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0470  sigma-54 dependent response regulator  54.41 
 
 
453 aa  268  2e-70  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.253212  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0789  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  51.34 
 
 
448 aa  268  2e-70  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1117  nitrogen regulation protein NtrC  40.89 
 
 
491 aa  267  2e-70  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.837071  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3419  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  56.9 
 
 
455 aa  268  2e-70  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.683267  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3338  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  57.58 
 
 
453 aa  268  2e-70  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.693368  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1075  nitrogen regulation protein NR(I)  40.89 
 
 
491 aa  267  2e-70  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00433068  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1479  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  39.35 
 
 
504 aa  268  2e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.492509  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2773  formate hydrogenlyase transcriptional activator  41.4 
 
 
670 aa  268  2e-70  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.309926  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1178  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  41.15 
 
 
670 aa  267  2.9999999999999995e-70  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1090  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  41.08 
 
 
484 aa  267  2.9999999999999995e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.440204  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0437  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.58 
 
 
490 aa  267  2.9999999999999995e-70  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02383  DNA-binding transcriptional activator, formate sensing  41.15 
 
 
668 aa  266  4e-70  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1287  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.16 
 
 
452 aa  266  4e-70  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.541874  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02345  hypothetical protein  41.15 
 
 
670 aa  266  4e-70  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4389  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.84 
 
 
495 aa  266  5e-70  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.205713  normal  0.107293 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>