More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sputcn32_2580 on replicon NC_009438
Organism: Shewanella putrefaciens CN-32



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009665  Shew185_2940  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  90.99 
 
 
477 aa  893    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.568996  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3070  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  83.44 
 
 
477 aa  827    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3232  flagellar regulatory protein A  92.24 
 
 
477 aa  907    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2930  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  90.99 
 
 
477 aa  893    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.549756  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1614  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  83.65 
 
 
477 aa  827    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1433  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  90.99 
 
 
477 aa  893    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1362  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  81.34 
 
 
477 aa  805    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2580  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  100 
 
 
477 aa  974    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1320  sigma-54 factor, interaction region  83.02 
 
 
477 aa  815    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1357  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  82.6 
 
 
477 aa  822    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.569936  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1278  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  92.66 
 
 
477 aa  909    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.71706 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1345  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  92.87 
 
 
477 aa  911    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3072  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  90.78 
 
 
477 aa  890    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.584098  normal  0.164477 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1178  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family protein  81.34 
 
 
476 aa  802    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.128376  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1338  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  93.08 
 
 
477 aa  913    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0526886  normal  0.316977 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2301  response regulator receiver protein  81.34 
 
 
476 aa  801    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.467931  normal  0.644401 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1721  flagellar regulatory protein A  57.64 
 
 
488 aa  533  1e-150  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000009386  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03166  hypothetical protein  56.12 
 
 
488 aa  526  1e-148  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3051  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  59.74 
 
 
477 aa  525  1e-148  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2312  sigma 54 dependent transcription regulator  54.69 
 
 
493 aa  526  1e-148  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002811  flagellar regulatory protein FleQ  55.92 
 
 
488 aa  518  1e-146  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02894  polar flagellar protein FlaK  57.56 
 
 
487 aa  517  1.0000000000000001e-145  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.995707  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1498  flagellar regulatory protein A  52.12 
 
 
509 aa  483  1e-135  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.522741  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3698  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  53.36 
 
 
491 aa  478  1e-134  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.288124  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3934  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  53.16 
 
 
491 aa  480  1e-134  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.532257  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4373  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  52.75 
 
 
491 aa  478  1e-133  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.943128 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1494  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  52.75 
 
 
491 aa  478  1e-133  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.959617 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1954  transcriptional regulator FleQ  53.35 
 
 
491 aa  470  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.145885  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3461  helix-turn-helix, Fis-type  52.54 
 
 
491 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.476212  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1532  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  53.66 
 
 
491 aa  467  9.999999999999999e-131  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.497768  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50220  transcriptional regulator FleQ  53.58 
 
 
490 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000359147 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4274  transcriptional regulator FleQ  53.58 
 
 
490 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2829  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  52.03 
 
 
491 aa  452  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.280234  hitchhiker  0.00432701 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2001  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  50 
 
 
482 aa  447  1.0000000000000001e-124  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0915  transcriptional regulator FleQ  49.39 
 
 
471 aa  441  9.999999999999999e-123  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0884  transcriptional regulator FleQ  49.19 
 
 
471 aa  439  9.999999999999999e-123  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2194  response regulator receiver domain-containing protein  49.19 
 
 
479 aa  432  1e-120  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1973  response regulator receiver protein  48.25 
 
 
491 aa  423  1e-117  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2362  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.98 
 
 
479 aa  414  1e-114  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00993  transcriptional regulator  44.6 
 
 
494 aa  411  1e-113  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.656224  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06173  transcriptional regulator  44.6 
 
 
494 aa  411  1e-113  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.97776  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1883  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  46.4 
 
 
501 aa  396  1e-109  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.725462 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34380  sigma54-dependent activator protein, FleQ  48.05 
 
 
501 aa  393  1e-108  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0501  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.39 
 
 
466 aa  386  1e-106  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1446  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  53.33 
 
 
366 aa  365  1e-100  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.396101  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0706  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  53.54 
 
 
560 aa  349  6e-95  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.043111  normal  0.439486 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0431  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  53.08 
 
 
489 aa  348  1e-94  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.462878  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1155  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  48.34 
 
 
473 aa  347  2e-94  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000091424 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3765  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.61 
 
 
463 aa  310  4e-83  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.000821276  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0077  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.23 
 
 
457 aa  306  5.0000000000000004e-82  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3599  two component Fis family transcriptional regulator  39.67 
 
 
459 aa  303  4.0000000000000003e-81  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3940  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  48.08 
 
 
467 aa  302  7.000000000000001e-81  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000637809  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3335  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.51 
 
 
458 aa  301  1e-80  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4024  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  48.08 
 
 
467 aa  302  1e-80  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.42797e-16 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2812  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.05 
 
 
466 aa  299  6e-80  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0853  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.42 
 
 
459 aa  299  7e-80  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0538681  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1510  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.21 
 
 
448 aa  298  1e-79  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3263  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.25 
 
 
464 aa  298  2e-79  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000257125 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0050  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.7 
 
 
515 aa  296  8e-79  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0532507 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3740  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.38 
 
 
454 aa  295  9e-79  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0840186  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0168  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.64 
 
 
459 aa  293  5e-78  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.564625  normal  0.730975 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1324  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  47.23 
 
 
350 aa  293  6e-78  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.02567 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0776  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.6 
 
 
454 aa  292  9e-78  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3076  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.38 
 
 
454 aa  292  1e-77  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0962  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  51.55 
 
 
458 aa  292  1e-77  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.277353 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0789  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.38 
 
 
448 aa  292  1e-77  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3226  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  46.84 
 
 
335 aa  291  2e-77  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5673  helix-turn-helix, Fis-type  45.24 
 
 
592 aa  290  3e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.450699  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4240  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.4 
 
 
469 aa  290  3e-77  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0471  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.93 
 
 
349 aa  290  3e-77  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.0982753 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4373  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.4 
 
 
469 aa  290  4e-77  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4396  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.4 
 
 
469 aa  290  4e-77  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3286  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  50.17 
 
 
458 aa  289  7e-77  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1812  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis Family  44.44 
 
 
483 aa  289  7e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.558233  hitchhiker  0.00750422 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1305  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  44.74 
 
 
379 aa  289  9e-77  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.314792  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0976  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.13 
 
 
442 aa  289  9e-77  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00434157  normal  0.514512 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1619  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis Family  44.15 
 
 
483 aa  288  1e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.463478  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1129  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  45.22 
 
 
453 aa  288  2e-76  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1090  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  44.74 
 
 
484 aa  287  2e-76  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.440204  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0071  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.8 
 
 
409 aa  287  2e-76  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1208  two component signal transduction response regulator  46.11 
 
 
470 aa  288  2e-76  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0354694  n/a   
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3581  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  47.52 
 
 
467 aa  287  2e-76  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2001  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.09 
 
 
454 aa  288  2e-76  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3413  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.4 
 
 
453 aa  288  2e-76  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4418  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.69 
 
 
466 aa  288  2e-76  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3475  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.82 
 
 
453 aa  287  2e-76  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0804749 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2984  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.93 
 
 
458 aa  287  2.9999999999999996e-76  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.826768  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0548  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.6 
 
 
452 aa  287  4e-76  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.902927  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1707  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.8 
 
 
366 aa  286  5e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.839894  hitchhiker  0.00283703 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2510  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.68 
 
 
472 aa  286  5e-76  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0791346  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1833  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.26 
 
 
460 aa  286  5.999999999999999e-76  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.248577  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4638  putative sigma54 specific transcriptional regulator  45.48 
 
 
592 aa  285  1.0000000000000001e-75  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.335351  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3562  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  45.48 
 
 
592 aa  285  1.0000000000000001e-75  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.705523 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2200  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40 
 
 
459 aa  284  2.0000000000000002e-75  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2920  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  43.1 
 
 
355 aa  284  2.0000000000000002e-75  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1660  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.71 
 
 
366 aa  283  4.0000000000000003e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.798759  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0812  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.35 
 
 
453 aa  283  4.0000000000000003e-75  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0257022  hitchhiker  0.00000328811 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1157  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  41.94 
 
 
502 aa  283  4.0000000000000003e-75  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2245  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.64 
 
 
460 aa  283  5.000000000000001e-75  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1320  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  46.09 
 
 
460 aa  283  6.000000000000001e-75  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>