More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_1446 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007520  Tcr_1446  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  100 
 
 
366 aa  748    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.396101  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0915  transcriptional regulator FleQ  56.55 
 
 
471 aa  393  1e-108  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0884  transcriptional regulator FleQ  56.27 
 
 
471 aa  392  1e-108  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1973  response regulator receiver protein  53.99 
 
 
491 aa  387  1e-106  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2362  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  55.92 
 
 
479 aa  385  1e-106  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02894  polar flagellar protein FlaK  54.89 
 
 
487 aa  382  1e-105  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.995707  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3051  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  55.28 
 
 
477 aa  383  1e-105  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3070  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  54.44 
 
 
477 aa  380  1e-104  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00993  transcriptional regulator  54.42 
 
 
494 aa  379  1e-104  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.656224  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06173  transcriptional regulator  54.42 
 
 
494 aa  379  1e-104  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.97776  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4373  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  53.76 
 
 
491 aa  376  1e-103  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.943128 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1357  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  55.28 
 
 
477 aa  376  1e-103  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.569936  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1532  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  54.32 
 
 
491 aa  375  1e-103  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.497768  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0431  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  51.44 
 
 
489 aa  376  1e-103  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.462878  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3934  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  53.76 
 
 
491 aa  376  1e-103  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.532257  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2312  sigma 54 dependent transcription regulator  53.01 
 
 
493 aa  376  1e-103  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1494  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  53.76 
 
 
491 aa  376  1e-103  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.959617 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0501  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  55.68 
 
 
466 aa  377  1e-103  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1362  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  55.15 
 
 
477 aa  374  1e-102  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1954  transcriptional regulator FleQ  53.76 
 
 
491 aa  374  1e-102  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.145885  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3461  helix-turn-helix, Fis-type  54.57 
 
 
491 aa  373  1e-102  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.476212  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1614  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  54.44 
 
 
477 aa  374  1e-102  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3698  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  53.76 
 
 
491 aa  372  1e-102  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.288124  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2301  response regulator receiver protein  54.32 
 
 
476 aa  372  1e-102  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.467931  normal  0.644401 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1498  flagellar regulatory protein A  52.15 
 
 
509 aa  369  1e-101  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.522741  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3232  flagellar regulatory protein A  52.22 
 
 
477 aa  369  1e-101  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1883  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  52.53 
 
 
501 aa  369  1e-101  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.725462 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2580  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  53.33 
 
 
477 aa  365  1e-100  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002811  flagellar regulatory protein FleQ  53.3 
 
 
488 aa  367  1e-100  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2194  response regulator receiver domain-containing protein  52.76 
 
 
479 aa  365  1e-100  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1320  sigma-54 factor, interaction region  53.06 
 
 
477 aa  365  1e-100  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1278  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  51.94 
 
 
477 aa  367  1e-100  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.71706 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1345  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  51.94 
 
 
477 aa  367  1e-100  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1178  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family protein  53.2 
 
 
476 aa  367  1e-100  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.128376  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1338  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  52.78 
 
 
477 aa  367  1e-100  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0526886  normal  0.316977 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2001  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  52.73 
 
 
482 aa  365  1e-100  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1721  flagellar regulatory protein A  51.73 
 
 
488 aa  365  1e-99  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000009386  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1155  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  50.97 
 
 
473 aa  363  2e-99  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000091424 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03166  hypothetical protein  52.2 
 
 
488 aa  361  1e-98  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3072  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  52.78 
 
 
477 aa  359  3e-98  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.584098  normal  0.164477 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2930  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  52.78 
 
 
477 aa  359  4e-98  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.549756  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1433  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  52.78 
 
 
477 aa  359  4e-98  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2940  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  52.78 
 
 
477 aa  359  4e-98  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.568996  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4274  transcriptional regulator FleQ  53.7 
 
 
490 aa  353  2e-96  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50220  transcriptional regulator FleQ  53.7 
 
 
490 aa  353  2.9999999999999997e-96  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000359147 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2829  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  53.01 
 
 
491 aa  350  2e-95  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.280234  hitchhiker  0.00432701 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0706  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  65.2 
 
 
560 aa  342  5.999999999999999e-93  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.043111  normal  0.439486 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3765  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.2 
 
 
463 aa  305  6e-82  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.000821276  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1305  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  46.42 
 
 
379 aa  304  1.0000000000000001e-81  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.314792  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34380  sigma54-dependent activator protein, FleQ  47.5 
 
 
501 aa  302  6.000000000000001e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0976  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.38 
 
 
442 aa  300  3e-80  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00434157  normal  0.514512 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3226  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  45.43 
 
 
335 aa  299  6e-80  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2245  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.63 
 
 
460 aa  298  1e-79  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0302  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.71 
 
 
353 aa  296  4e-79  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1208  two component signal transduction response regulator  44.29 
 
 
470 aa  296  6e-79  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0354694  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1324  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  46.93 
 
 
350 aa  294  1e-78  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.02567 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2018  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.69 
 
 
447 aa  291  1e-77  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.110893  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3338  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  54.96 
 
 
453 aa  291  1e-77  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.693368  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0568  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.18 
 
 
489 aa  289  4e-77  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1707  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.35 
 
 
366 aa  289  6e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.839894  hitchhiker  0.00283703 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2001  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.58 
 
 
454 aa  289  7e-77  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1660  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.85 
 
 
366 aa  288  8e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.798759  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0071  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.35 
 
 
409 aa  288  8e-77  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1461  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.54 
 
 
491 aa  288  1e-76  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.750458 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1510  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.03 
 
 
448 aa  287  2e-76  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3335  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.92 
 
 
458 aa  287  2e-76  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3483  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  54.13 
 
 
455 aa  287  2e-76  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0480061  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3263  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.69 
 
 
464 aa  287  2e-76  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000257125 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0970  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.66 
 
 
459 aa  287  2e-76  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000694494  normal  0.524712 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0433  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.58 
 
 
472 aa  286  4e-76  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3419  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  53.72 
 
 
455 aa  286  5e-76  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.683267  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2938  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis Family  45.68 
 
 
488 aa  285  7e-76  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.337195  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0471  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.82 
 
 
349 aa  285  8e-76  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.0982753 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3047  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis Family  45.4 
 
 
490 aa  284  1.0000000000000001e-75  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.106277  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2820  nitrogen regulation protein NR(I)  45.4 
 
 
490 aa  284  1.0000000000000001e-75  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.122991  normal  0.465253 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0962  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  56.38 
 
 
458 aa  284  2.0000000000000002e-75  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.277353 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2678  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.21 
 
 
457 aa  283  4.0000000000000003e-75  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1971  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.37 
 
 
473 aa  283  5.000000000000001e-75  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0887215  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2168  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  45.38 
 
 
488 aa  282  5.000000000000001e-75  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2056  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.37 
 
 
473 aa  283  5.000000000000001e-75  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.732718  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0789  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.92 
 
 
448 aa  282  6.000000000000001e-75  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1117  nitrogen regulation protein NtrC  43.3 
 
 
491 aa  282  7.000000000000001e-75  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.837071  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2345  two component signal transduction response regulator  43.02 
 
 
455 aa  282  7.000000000000001e-75  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00459366  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2510  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.85 
 
 
472 aa  282  7.000000000000001e-75  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0791346  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1075  nitrogen regulation protein NR(I)  43.3 
 
 
491 aa  282  7.000000000000001e-75  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00433068  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3286  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  55.97 
 
 
458 aa  282  8.000000000000001e-75  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2959  Fis family transcriptional regulator  43.75 
 
 
341 aa  282  8.000000000000001e-75  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1698  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.32 
 
 
457 aa  281  9e-75  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000740904 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3940  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.92 
 
 
467 aa  281  1e-74  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000637809  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4418  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.5 
 
 
466 aa  281  1e-74  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4024  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.92 
 
 
467 aa  281  2e-74  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.42797e-16 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1960  response regulator transcription factor  42.27 
 
 
471 aa  281  2e-74  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5930  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  45.1 
 
 
486 aa  280  3e-74  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.461096 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2062  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  55.98 
 
 
449 aa  280  3e-74  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000496565 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0689  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  43.29 
 
 
544 aa  280  3e-74  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.430174  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1090  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  43.58 
 
 
484 aa  280  3e-74  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.440204  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2914  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.94 
 
 
459 aa  279  4e-74  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6539  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis Family  44.82 
 
 
485 aa  280  4e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4399  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  44.97 
 
 
482 aa  279  5e-74  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.222867  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1908  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.37 
 
 
473 aa  279  5e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>