More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_1498 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003910  CPS_1498  flagellar regulatory protein A  100 
 
 
509 aa  1048    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.522741  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3051  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  56.28 
 
 
477 aa  539  9.999999999999999e-153  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02894  polar flagellar protein FlaK  54.27 
 
 
487 aa  521  1e-147  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.995707  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002811  flagellar regulatory protein FleQ  53.91 
 
 
488 aa  509  1e-143  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03166  hypothetical protein  53.12 
 
 
488 aa  499  1e-140  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1362  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  54.23 
 
 
477 aa  496  1e-139  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1278  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  54.25 
 
 
477 aa  498  1e-139  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.71706 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1345  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  54.25 
 
 
477 aa  497  1e-139  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1357  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  54.34 
 
 
477 aa  494  9.999999999999999e-139  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.569936  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3232  flagellar regulatory protein A  54.42 
 
 
477 aa  494  9.999999999999999e-139  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1338  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  54.42 
 
 
477 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0526886  normal  0.316977 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2312  sigma 54 dependent transcription regulator  52.04 
 
 
493 aa  493  9.999999999999999e-139  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1614  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  53.74 
 
 
477 aa  491  1e-137  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3070  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  53.64 
 
 
477 aa  488  1e-137  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1320  sigma-54 factor, interaction region  52.32 
 
 
477 aa  489  1e-137  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2301  response regulator receiver protein  54.31 
 
 
476 aa  491  1e-137  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.467931  normal  0.644401 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3072  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  53.04 
 
 
477 aa  485  1e-136  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.584098  normal  0.164477 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1721  flagellar regulatory protein A  53.45 
 
 
488 aa  486  1e-136  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000009386  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1178  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family protein  52.82 
 
 
476 aa  487  1e-136  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.128376  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2940  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  53.04 
 
 
477 aa  484  1e-135  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.568996  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2930  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  53.04 
 
 
477 aa  484  1e-135  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.549756  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2580  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  52.53 
 
 
477 aa  483  1e-135  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1433  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  53.04 
 
 
477 aa  484  1e-135  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3934  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  49.01 
 
 
491 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.532257  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4373  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  49.01 
 
 
491 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.943128 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1494  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  49.01 
 
 
491 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.959617 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3698  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.21 
 
 
491 aa  451  1e-125  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.288124  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1954  transcriptional regulator FleQ  49.11 
 
 
491 aa  449  1e-125  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.145885  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3461  helix-turn-helix, Fis-type  48.61 
 
 
491 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.476212  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1532  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.61 
 
 
491 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.497768  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0884  transcriptional regulator FleQ  47.79 
 
 
471 aa  444  1e-123  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0915  transcriptional regulator FleQ  47.59 
 
 
471 aa  441  9.999999999999999e-123  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2829  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  49.02 
 
 
491 aa  436  1e-121  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.280234  hitchhiker  0.00432701 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2001  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.36 
 
 
482 aa  434  1e-120  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4274  transcriptional regulator FleQ  49.3 
 
 
490 aa  430  1e-119  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50220  transcriptional regulator FleQ  49.2 
 
 
490 aa  429  1e-119  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000359147 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2362  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.8 
 
 
479 aa  427  1e-118  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2194  response regulator receiver domain-containing protein  48.18 
 
 
479 aa  421  1e-116  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1973  response regulator receiver protein  45.75 
 
 
491 aa  409  1e-113  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34380  sigma54-dependent activator protein, FleQ  45.13 
 
 
501 aa  389  1e-107  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0501  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.2 
 
 
466 aa  389  1e-107  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0431  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  47.35 
 
 
489 aa  382  1e-105  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.462878  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1446  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  53.28 
 
 
366 aa  370  1e-101  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.396101  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1883  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  42.12 
 
 
501 aa  363  5.0000000000000005e-99  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.725462 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00993  transcriptional regulator  51.8 
 
 
494 aa  362  9e-99  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.656224  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06173  transcriptional regulator  51.8 
 
 
494 aa  362  9e-99  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.97776  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0706  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.3 
 
 
560 aa  358  1.9999999999999998e-97  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.043111  normal  0.439486 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1155  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  49.26 
 
 
473 aa  353  5.9999999999999994e-96  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000091424 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3263  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  36.93 
 
 
464 aa  306  6e-82  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000257125 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4418  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.63 
 
 
466 aa  303  5.000000000000001e-81  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3940  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.85 
 
 
467 aa  301  2e-80  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000637809  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4024  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.65 
 
 
467 aa  299  8e-80  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.42797e-16 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1208  two component signal transduction response regulator  41.23 
 
 
470 aa  296  6e-79  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0354694  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1510  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.25 
 
 
448 aa  296  7e-79  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2812  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.52 
 
 
466 aa  296  7e-79  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3765  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.86 
 
 
463 aa  295  9e-79  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.000821276  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0077  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.85 
 
 
457 aa  295  2e-78  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0789  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.11 
 
 
448 aa  294  2e-78  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3740  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.05 
 
 
454 aa  294  2e-78  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0840186  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2678  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.03 
 
 
457 aa  293  4e-78  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3475  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.75 
 
 
453 aa  293  5e-78  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0804749 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3226  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  44.9 
 
 
335 aa  293  5e-78  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2001  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42 
 
 
454 aa  293  6e-78  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2920  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  42.42 
 
 
355 aa  290  4e-77  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1305  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  46.51 
 
 
379 aa  290  5.0000000000000004e-77  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.314792  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1319  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.3 
 
 
452 aa  288  1e-76  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3335  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.17 
 
 
458 aa  288  2e-76  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3076  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  35.45 
 
 
454 aa  287  2.9999999999999996e-76  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3413  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  36.67 
 
 
453 aa  286  4e-76  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0471  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.23 
 
 
349 aa  286  5e-76  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.0982753 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1397  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.25 
 
 
458 aa  286  5e-76  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1061  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  52.78 
 
 
602 aa  286  8e-76  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2984  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.82 
 
 
458 aa  285  1.0000000000000001e-75  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.826768  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0433  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.57 
 
 
472 aa  285  1.0000000000000001e-75  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0976  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  36.33 
 
 
442 aa  285  1.0000000000000001e-75  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00434157  normal  0.514512 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1228  Fis family transcriptional regulator  53.63 
 
 
549 aa  284  2.0000000000000002e-75  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1833  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.13 
 
 
460 aa  285  2.0000000000000002e-75  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.248577  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1908  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  34.54 
 
 
473 aa  284  2.0000000000000002e-75  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2667  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  46.67 
 
 
668 aa  284  2.0000000000000002e-75  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2056  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  34.54 
 
 
473 aa  284  3.0000000000000004e-75  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.732718  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1971  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  34.54 
 
 
473 aa  284  3.0000000000000004e-75  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0887215  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0173  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.72 
 
 
463 aa  283  4.0000000000000003e-75  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.127235  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1324  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  45.28 
 
 
350 aa  283  4.0000000000000003e-75  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.02567 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2353  phosphocarrier HPr/sensory box protein/sigma-54 dependent transcriptional regulator  46.33 
 
 
668 aa  283  5.000000000000001e-75  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1951  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  35.39 
 
 
470 aa  283  5.000000000000001e-75  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.516267  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2591  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  36.36 
 
 
457 aa  282  1e-74  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.313706  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0764  transcriptional regulator NifA  54.35 
 
 
511 aa  281  2e-74  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0776  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.16 
 
 
454 aa  281  2e-74  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1388  NifA subfamily transcriptional regulator  46.65 
 
 
533 aa  281  2e-74  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1635  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  36.17 
 
 
457 aa  281  2e-74  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2942  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.78 
 
 
451 aa  281  2e-74  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4505  transcriptional regulatory protein ZraR  40.19 
 
 
441 aa  280  3e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.11324 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4240  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.75 
 
 
469 aa  280  4e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1527  Fis family transcriptional regulator  52.78 
 
 
537 aa  280  6e-74  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0085  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  48.44 
 
 
452 aa  280  6e-74  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1445  transcriptional regulator NifA  47.62 
 
 
572 aa  280  6e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0161309 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1287  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.07 
 
 
452 aa  279  7e-74  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.541874  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0548  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  36.33 
 
 
452 aa  279  7e-74  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.902927  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4418  transcriptional regulatory protein ZraR  40.34 
 
 
441 aa  279  7e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.298897  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1713  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  42.74 
 
 
748 aa  279  7e-74  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000552259  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>