More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_I2312 on replicon NC_011312
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009783  VIBHAR_03166  hypothetical protein  66.12 
 
 
488 aa  684    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002811  flagellar regulatory protein FleQ  67.35 
 
 
488 aa  692    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1721  flagellar regulatory protein A  67.75 
 
 
488 aa  696    Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000009386  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2312  sigma 54 dependent transcription regulator  100 
 
 
493 aa  1023    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1357  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  57.14 
 
 
477 aa  539  9.999999999999999e-153  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.569936  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1278  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  55.92 
 
 
477 aa  536  1e-151  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.71706 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1345  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  55.92 
 
 
477 aa  536  1e-151  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1362  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  55.51 
 
 
477 aa  535  1e-150  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1338  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  55.31 
 
 
477 aa  532  1e-150  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0526886  normal  0.316977 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2301  response regulator receiver protein  57.32 
 
 
476 aa  534  1e-150  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.467931  normal  0.644401 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3070  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  55.4 
 
 
477 aa  528  1e-149  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3232  flagellar regulatory protein A  54.9 
 
 
477 aa  528  1e-149  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3072  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  55.51 
 
 
477 aa  528  1e-149  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.584098  normal  0.164477 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1433  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  55.51 
 
 
477 aa  528  1e-148  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2580  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  54.69 
 
 
477 aa  526  1e-148  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1320  sigma-54 factor, interaction region  54.14 
 
 
477 aa  526  1e-148  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2940  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  55.51 
 
 
477 aa  528  1e-148  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.568996  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2930  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  55.51 
 
 
477 aa  528  1e-148  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.549756  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1178  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family protein  55.6 
 
 
476 aa  524  1e-147  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.128376  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1614  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  54.79 
 
 
477 aa  519  1e-146  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02894  polar flagellar protein FlaK  53.91 
 
 
487 aa  510  1e-143  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.995707  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1498  flagellar regulatory protein A  51.84 
 
 
509 aa  488  1e-136  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.522741  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3051  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  52.26 
 
 
477 aa  485  1e-136  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1954  transcriptional regulator FleQ  51.38 
 
 
491 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.145885  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3461  helix-turn-helix, Fis-type  51.38 
 
 
491 aa  452  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.476212  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4373  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  50.49 
 
 
491 aa  450  1e-125  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.943128 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3934  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  50.49 
 
 
491 aa  450  1e-125  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.532257  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1494  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  50.49 
 
 
491 aa  450  1e-125  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.959617 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2001  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  49 
 
 
482 aa  449  1e-125  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1973  response regulator receiver protein  49.9 
 
 
491 aa  446  1.0000000000000001e-124  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3698  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  49.61 
 
 
491 aa  443  1e-123  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.288124  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2362  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  50.89 
 
 
479 aa  441  9.999999999999999e-123  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1532  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  49.2 
 
 
491 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.497768  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2829  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  49.9 
 
 
491 aa  435  1e-121  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.280234  hitchhiker  0.00432701 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2194  response regulator receiver domain-containing protein  49.6 
 
 
479 aa  432  1e-120  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4274  transcriptional regulator FleQ  50.81 
 
 
490 aa  434  1e-120  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50220  transcriptional regulator FleQ  50.81 
 
 
490 aa  433  1e-120  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000359147 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0915  transcriptional regulator FleQ  47.87 
 
 
471 aa  424  1e-117  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0884  transcriptional regulator FleQ  47.19 
 
 
471 aa  421  1e-116  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0501  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.97 
 
 
466 aa  407  1.0000000000000001e-112  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1883  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  43.76 
 
 
501 aa  395  1e-109  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.725462 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06173  transcriptional regulator  46.34 
 
 
494 aa  390  1e-107  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.97776  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00993  transcriptional regulator  46.34 
 
 
494 aa  390  1e-107  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.656224  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1446  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  53.01 
 
 
366 aa  376  1e-103  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.396101  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34380  sigma54-dependent activator protein, FleQ  44.76 
 
 
501 aa  370  1e-101  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1155  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  53.67 
 
 
473 aa  362  7.0000000000000005e-99  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000091424 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0431  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  52.8 
 
 
489 aa  357  2.9999999999999997e-97  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.462878  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0706  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  49.49 
 
 
560 aa  355  7.999999999999999e-97  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.043111  normal  0.439486 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2001  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.82 
 
 
454 aa  317  4e-85  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0050  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.49 
 
 
515 aa  314  1.9999999999999998e-84  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0532507 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1510  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.39 
 
 
448 aa  312  7.999999999999999e-84  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3765  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.44 
 
 
463 aa  311  2e-83  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.000821276  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3003  two component Fis family transcriptional regulator  36.61 
 
 
465 aa  306  5.0000000000000004e-82  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0697126  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1960  response regulator transcription factor  36.49 
 
 
471 aa  303  6.000000000000001e-81  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1324  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  48.15 
 
 
350 aa  303  6.000000000000001e-81  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.02567 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1208  two component signal transduction response regulator  44.66 
 
 
470 aa  302  9e-81  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0354694  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2678  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  36.98 
 
 
457 aa  301  2e-80  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0789  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.63 
 
 
448 aa  301  2e-80  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3226  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  45.89 
 
 
335 aa  301  2e-80  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1305  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  46.26 
 
 
379 aa  300  3e-80  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.314792  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0962  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.78 
 
 
458 aa  300  4e-80  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.277353 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0077  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.21 
 
 
457 aa  299  8e-80  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02780  vanadium nitrogenase sigma54-dependent transcriptional activator, VnfA  45.96 
 
 
522 aa  299  1e-79  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.274487  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1635  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.9 
 
 
457 aa  297  3e-79  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1388  NifA subfamily transcriptional regulator  44.57 
 
 
533 aa  296  4e-79  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3335  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.77 
 
 
458 aa  296  4e-79  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0471  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.02 
 
 
349 aa  296  5e-79  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.0982753 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1660  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.01 
 
 
366 aa  296  5e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.798759  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3286  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.17 
 
 
458 aa  296  6e-79  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0976  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.37 
 
 
442 aa  295  1e-78  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00434157  normal  0.514512 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0776  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  35.84 
 
 
454 aa  295  1e-78  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3599  two component Fis family transcriptional regulator  36.82 
 
 
459 aa  295  1e-78  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1117  nitrogen regulation protein NtrC  46.46 
 
 
491 aa  294  3e-78  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.837071  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0548  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  36.88 
 
 
452 aa  294  3e-78  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.902927  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3263  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.03 
 
 
464 aa  294  3e-78  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000257125 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0884  NifA subfamily transcriptional regulator  45.13 
 
 
539 aa  293  3e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.871675 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1075  nitrogen regulation protein NR(I)  46.46 
 
 
491 aa  294  3e-78  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00433068  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1785  NifA subfamily transcriptional regulator  44.32 
 
 
507 aa  294  3e-78  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0085  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  36.53 
 
 
452 aa  292  8e-78  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1812  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis Family  44.38 
 
 
483 aa  292  9e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.558233  hitchhiker  0.00750422 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3076  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.63 
 
 
454 aa  292  9e-78  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1707  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.94 
 
 
366 aa  292  1e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.839894  hitchhiker  0.00283703 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0071  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.94 
 
 
409 aa  292  1e-77  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0853  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  35.6 
 
 
459 aa  291  1e-77  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0538681  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2820  nitrogen regulation protein NR(I)  44.33 
 
 
490 aa  290  3e-77  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.122991  normal  0.465253 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1397  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.42 
 
 
458 aa  290  3e-77  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2018  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.82 
 
 
447 aa  290  3e-77  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.110893  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1090  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  44.94 
 
 
484 aa  291  3e-77  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.440204  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2942  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.21 
 
 
451 aa  291  3e-77  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3047  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis Family  44.33 
 
 
490 aa  290  3e-77  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.106277  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4396  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.23 
 
 
469 aa  290  4e-77  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4373  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.23 
 
 
469 aa  290  4e-77  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2591  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.3 
 
 
457 aa  289  6e-77  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.313706  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1619  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis Family  43.82 
 
 
483 aa  289  7e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.463478  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47100  sigma54-dependent activator protein  44.01 
 
 
517 aa  289  8e-77  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.536607  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2200  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.06 
 
 
459 aa  289  9e-77  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0168  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.06 
 
 
459 aa  289  1e-76  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.564625  normal  0.730975 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4240  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.73 
 
 
469 aa  288  2e-76  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3672  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  36.45 
 
 
504 aa  288  2e-76  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0002131  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2938  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis Family  43.4 
 
 
488 aa  288  2e-76  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.337195  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>