More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17029_1707 on replicon NC_009049
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007493  RSP_0071  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  99.73 
 
 
409 aa  724    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1707  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  100 
 
 
366 aa  728    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.839894  hitchhiker  0.00283703 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1660  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  86.74 
 
 
366 aa  625  1e-178  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.798759  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1721  flagellar regulatory protein A  44.39 
 
 
488 aa  294  2e-78  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000009386  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1973  response regulator receiver protein  48.56 
 
 
491 aa  294  2e-78  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2312  sigma 54 dependent transcription regulator  46.94 
 
 
493 aa  292  7e-78  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3051  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.45 
 
 
477 aa  290  4e-77  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1446  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.35 
 
 
366 aa  289  6e-77  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.396101  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002811  flagellar regulatory protein FleQ  44.66 
 
 
488 aa  288  8e-77  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3232  flagellar regulatory protein A  44.8 
 
 
477 aa  288  1e-76  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1278  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.53 
 
 
477 aa  288  1e-76  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.71706 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2580  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.8 
 
 
477 aa  286  2.9999999999999996e-76  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1345  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.53 
 
 
477 aa  287  2.9999999999999996e-76  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1338  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.53 
 
 
477 aa  286  2.9999999999999996e-76  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0526886  normal  0.316977 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03166  hypothetical protein  44.38 
 
 
488 aa  286  4e-76  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2362  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.55 
 
 
479 aa  284  2.0000000000000002e-75  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2001  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.41 
 
 
482 aa  284  2.0000000000000002e-75  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02894  polar flagellar protein FlaK  43.78 
 
 
487 aa  282  5.000000000000001e-75  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.995707  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1362  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.63 
 
 
477 aa  282  7.000000000000001e-75  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1155  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  48.97 
 
 
473 aa  282  8.000000000000001e-75  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000091424 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3070  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.13 
 
 
477 aa  282  8.000000000000001e-75  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3698  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.48 
 
 
491 aa  281  1e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.288124  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2301  response regulator receiver protein  44.99 
 
 
476 aa  281  1e-74  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.467931  normal  0.644401 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0915  transcriptional regulator FleQ  44.51 
 
 
471 aa  280  2e-74  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1357  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.63 
 
 
477 aa  280  2e-74  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.569936  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1178  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family protein  45.3 
 
 
476 aa  280  2e-74  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.128376  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0884  transcriptional regulator FleQ  44.51 
 
 
471 aa  280  3e-74  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06173  transcriptional regulator  47.74 
 
 
494 aa  280  3e-74  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.97776  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00993  transcriptional regulator  47.74 
 
 
494 aa  280  3e-74  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.656224  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1954  transcriptional regulator FleQ  45.43 
 
 
491 aa  280  4e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.145885  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1532  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.76 
 
 
491 aa  280  4e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.497768  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1320  sigma-54 factor, interaction region  44.73 
 
 
477 aa  280  4e-74  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3934  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.19 
 
 
491 aa  280  4e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.532257  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1494  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.19 
 
 
491 aa  279  5e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.959617 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1614  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.85 
 
 
477 aa  279  5e-74  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4373  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  44.19 
 
 
491 aa  279  6e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.943128 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3461  helix-turn-helix, Fis-type  45.06 
 
 
491 aa  278  8e-74  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.476212  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3072  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.17 
 
 
477 aa  278  1e-73  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.584098  normal  0.164477 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2940  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.17 
 
 
477 aa  278  1e-73  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.568996  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1433  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  44.17 
 
 
477 aa  278  1e-73  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2930  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.17 
 
 
477 aa  278  1e-73  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.549756  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2194  response regulator receiver domain-containing protein  44.54 
 
 
479 aa  277  2e-73  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0501  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.76 
 
 
466 aa  275  1.0000000000000001e-72  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1883  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  44.53 
 
 
501 aa  273  4.0000000000000004e-72  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.725462 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1498  flagellar regulatory protein A  41.33 
 
 
509 aa  272  8.000000000000001e-72  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.522741  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4274  transcriptional regulator FleQ  45.51 
 
 
490 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50220  transcriptional regulator FleQ  45.51 
 
 
490 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000359147 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1456  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  48.48 
 
 
623 aa  268  1e-70  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.80149  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2829  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.44 
 
 
491 aa  266  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.280234  hitchhiker  0.00432701 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0431  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  44.74 
 
 
489 aa  265  1e-69  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.462878  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1933  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  48.39 
 
 
474 aa  263  4e-69  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2345  two component signal transduction response regulator  42.81 
 
 
455 aa  262  4.999999999999999e-69  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00459366  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2519  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  42.77 
 
 
468 aa  262  8e-69  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3940  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.31 
 
 
467 aa  261  1e-68  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000637809  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4024  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.31 
 
 
467 aa  260  3e-68  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.42797e-16 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02581  DNA-binding transcriptional activator  45.72 
 
 
692 aa  259  5.0000000000000005e-68  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0958  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  45.72 
 
 
692 aa  259  5.0000000000000005e-68  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0981  NifA subfamily transcriptional regulator  45.72 
 
 
692 aa  259  5.0000000000000005e-68  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.427916 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2868  formate hydrogenlyase transcriptional activator  45.72 
 
 
692 aa  259  5.0000000000000005e-68  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02546  hypothetical protein  45.72 
 
 
692 aa  259  5.0000000000000005e-68  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0433  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.45 
 
 
472 aa  258  8e-68  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3983  formate hydrogenlyase transcriptional activator  45.72 
 
 
692 aa  258  9e-68  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.933844  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3019  formate hydrogenlyase transcriptional activator  45.93 
 
 
692 aa  258  1e-67  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2856  formate hydrogenlyase transcriptional activator  45.72 
 
 
692 aa  258  1e-67  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.573281 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1833  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.7 
 
 
460 aa  258  2e-67  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.248577  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3012  formate hydrogenlyase transcriptional activator  45.43 
 
 
692 aa  258  2e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0157191 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0109  two component Fis family transcriptional regulator  45.86 
 
 
466 aa  257  2e-67  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0590  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.54 
 
 
440 aa  256  3e-67  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34380  sigma54-dependent activator protein, FleQ  44.77 
 
 
501 aa  257  3e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2920  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.19 
 
 
355 aa  257  3e-67  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0916  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.7 
 
 
480 aa  256  3e-67  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3169  formate hydrogenlyase transcriptional activator  45.13 
 
 
687 aa  256  5e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.781229 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4418  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.52 
 
 
466 aa  256  6e-67  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1305  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  42.97 
 
 
379 aa  256  6e-67  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.314792  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3064  formate hydrogenlyase transcriptional activator  45.13 
 
 
692 aa  255  7e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0761446 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3048  formate hydrogenlyase transcriptional activator  45.13 
 
 
687 aa  255  8e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00396389 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2981  formate hydrogenlyase transcriptional activator  45.13 
 
 
692 aa  255  9e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2062  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.36 
 
 
449 aa  255  9e-67  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000496565 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0976  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.86 
 
 
442 aa  254  1.0000000000000001e-66  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00434157  normal  0.514512 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3226  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  44.12 
 
 
335 aa  254  1.0000000000000001e-66  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1994  two component signal transduction response regulator  44.71 
 
 
477 aa  253  3e-66  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0471  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.16 
 
 
349 aa  253  3e-66  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.0982753 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3217  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  44.28 
 
 
501 aa  253  4.0000000000000004e-66  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0776  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.92 
 
 
454 aa  253  4.0000000000000004e-66  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0258  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.77 
 
 
451 aa  253  4.0000000000000004e-66  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.667822  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2600  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  40.06 
 
 
585 aa  253  5.000000000000001e-66  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0790  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  53.25 
 
 
466 aa  253  5.000000000000001e-66  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3335  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.77 
 
 
458 aa  253  5.000000000000001e-66  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1797  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.97 
 
 
461 aa  251  1e-65  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.774224  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1312  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.57 
 
 
455 aa  251  1e-65  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.502008  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1405  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.13 
 
 
478 aa  250  2e-65  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000117702 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2258  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.47 
 
 
468 aa  251  2e-65  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.428008  normal  0.0222917 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3765  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.92 
 
 
463 aa  250  2e-65  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.000821276  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1461  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.16 
 
 
491 aa  250  3e-65  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.750458 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3104  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  54.23 
 
 
448 aa  250  3e-65  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1090  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  43.24 
 
 
484 aa  250  3e-65  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.440204  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2805  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.46 
 
 
478 aa  249  5e-65  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.228775  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3098  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.35 
 
 
491 aa  249  7e-65  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0050  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.53 
 
 
515 aa  249  7e-65  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0532507 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3599  two component Fis family transcriptional regulator  43.2 
 
 
459 aa  249  8e-65  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>