More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3898 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_3898  Fis family transcriptional regulator  100 
 
 
590 aa  1217    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1305  sigma-54 factor, interaction region  46.3 
 
 
614 aa  531  1e-149  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.506042  normal  0.0778502 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5673  helix-turn-helix, Fis-type  45.55 
 
 
592 aa  515  1e-144  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.450699  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4638  putative sigma54 specific transcriptional regulator  45.05 
 
 
592 aa  510  1e-143  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.335351  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3562  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  45.05 
 
 
592 aa  510  1e-143  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.705523 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3798  helix-turn-helix, Fis-type  46.32 
 
 
558 aa  502  1e-141  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.852136  hitchhiker  0.00299193 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2116  Fis family transcriptional regulator  45.59 
 
 
579 aa  496  1e-139  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3310  Fis family transcriptional regulator  43.33 
 
 
587 aa  494  9.999999999999999e-139  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2099  Fis family transcriptional regulator  45.32 
 
 
574 aa  491  1e-137  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4640  putative sigma54 specific transcriptional regulator  45.88 
 
 
564 aa  488  1e-136  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.277441  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3564  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  45.88 
 
 
564 aa  488  1e-136  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.592238  normal  0.192769 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3117  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  45.05 
 
 
555 aa  482  1e-134  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.124819  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2797  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.99 
 
 
560 aa  480  1e-134  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.284817  normal  0.341611 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5671  helix-turn-helix, Fis-type  45.16 
 
 
564 aa  475  1e-133  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2114  Fis family transcriptional regulator  44.4 
 
 
573 aa  475  1e-132  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2735  helix-turn-helix, Fis-type  43.32 
 
 
587 aa  471  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.366185 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3364  putative sigma54 specific transcriptional regulator  46.56 
 
 
585 aa  470  1.0000000000000001e-131  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0505  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  43.93 
 
 
587 aa  471  1.0000000000000001e-131  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3262  Fis family transcriptional regulator  43.16 
 
 
581 aa  466  9.999999999999999e-131  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0731246  hitchhiker  0.00134549 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08880  sigma54-dependent activator protein, XylR/DmpR family  43.39 
 
 
564 aa  468  9.999999999999999e-131  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.493647  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3476  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  43.39 
 
 
540 aa  466  9.999999999999999e-131  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1002  phenol-degradation regulator  42.93 
 
 
570 aa  463  1e-129  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2855  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  44.67 
 
 
582 aa  464  1e-129  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05195  putative phenol-degradative gene regulator transcription regulator protein  42.98 
 
 
623 aa  460  9.999999999999999e-129  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000454847  normal  0.120965 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3312  putative sigma54 specific transcriptional regulator  43.53 
 
 
562 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2951  sigma-54 dependent transcriptional regulator  43.86 
 
 
561 aa  457  1e-127  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.201799  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1494  Fis family transcriptional regulator  43.58 
 
 
574 aa  458  1e-127  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3204  Fis family transcriptional regulator  42.73 
 
 
570 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.832965  normal  0.0333314 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2286  phenol-degradation regulator  43.45 
 
 
550 aa  450  1e-125  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6646  xylR-like aromatic hydrocarbon degradgation transcriptional regulatory protein  41.92 
 
 
587 aa  449  1e-125  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.165566 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0127  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  41.03 
 
 
604 aa  450  1e-125  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.857442 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1788  sigma-54 factor, interaction region  42.22 
 
 
542 aa  446  1.0000000000000001e-124  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.337598  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1698  helix-turn-helix, Fis-type  42.11 
 
 
540 aa  445  1e-123  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.584342  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30810  sigma54-dependent activator protein  42.24 
 
 
564 aa  441  9.999999999999999e-123  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0205  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.8 
 
 
566 aa  436  1e-121  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0962  putative phenol-degradative gene regulator transcription regulator protein  41.11 
 
 
623 aa  434  1e-120  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2972  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  42.42 
 
 
562 aa  434  1e-120  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3839  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.18 
 
 
546 aa  431  1e-119  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.719613  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1542  Fis family transcriptional regulator  42.36 
 
 
586 aa  423  1e-117  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.332914  normal  0.115616 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3095  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  37.73 
 
 
575 aa  348  2e-94  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.458911 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0888  putative sigma54 specific transcriptional regulator  34.92 
 
 
543 aa  322  9.999999999999999e-87  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0299  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  37.7 
 
 
547 aa  320  3.9999999999999996e-86  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00444177  hitchhiker  0.000000221219 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0890  putative sigma54 specific transcriptional regulator  38.64 
 
 
543 aa  320  3.9999999999999996e-86  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3191  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  36.64 
 
 
553 aa  317  3e-85  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0337  putative sigma54 specific transcriptional regulator  37.5 
 
 
541 aa  317  4e-85  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0349  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  37.5 
 
 
541 aa  317  4e-85  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.497351  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0917  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  37.04 
 
 
568 aa  308  2.0000000000000002e-82  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2730  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  32.33 
 
 
535 aa  306  7e-82  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.928628  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0508  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family protein  33.57 
 
 
547 aa  303  6.000000000000001e-81  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0352  putative sigma54 specific transcriptional regulator  35.24 
 
 
554 aa  298  2e-79  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0944  putative sigma54 specific transcriptional regulator  35.89 
 
 
545 aa  296  6e-79  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0365  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  35.46 
 
 
554 aa  296  8e-79  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4418  transcriptional regulatory protein ZraR  47.13 
 
 
441 aa  294  3e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.298897  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4505  transcriptional regulatory protein ZraR  47.13 
 
 
441 aa  293  4e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.11324 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1625  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  44.08 
 
 
544 aa  293  6e-78  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0165781  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2942  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.26 
 
 
451 aa  293  6e-78  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4507  transcriptional regulatory protein ZraR  47.43 
 
 
441 aa  293  7e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0570238 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4385  transcriptional regulatory protein ZraR  47.13 
 
 
441 aa  292  9e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.712665 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1748  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  43.9 
 
 
542 aa  292  1e-77  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4581  transcriptional regulatory protein ZraR  46.83 
 
 
441 aa  292  1e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0338  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  35.61 
 
 
552 aa  291  2e-77  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3989  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.2 
 
 
441 aa  288  2e-76  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.716922  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4549  transcriptional regulatory protein ZraR  44.2 
 
 
441 aa  288  2.9999999999999996e-76  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000369022  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4454  transcriptional regulatory protein ZraR  44.2 
 
 
441 aa  287  4e-76  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.209341  hitchhiker  0.000519331 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4497  transcriptional regulatory protein ZraR  44.2 
 
 
441 aa  286  5e-76  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000279415  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03881  fused DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with ZraS: response regulator/sigma54 interaction protein  44.2 
 
 
441 aa  286  5.999999999999999e-76  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0124745  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4021  transcriptional regulatory protein ZraR  44.2 
 
 
441 aa  286  5.999999999999999e-76  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0128092  normal  0.0227655 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03834  hypothetical protein  44.2 
 
 
441 aa  286  5.999999999999999e-76  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0118236  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5475  transcriptional regulatory protein ZraR  43.78 
 
 
441 aa  286  1.0000000000000001e-75  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1312  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.29 
 
 
455 aa  285  2.0000000000000002e-75  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.502008  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0823  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.9 
 
 
456 aa  284  3.0000000000000004e-75  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.449732 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4238  transcriptional regulatory protein ZraR  43.67 
 
 
441 aa  280  4e-74  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.020936  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1228  Fis family transcriptional regulator  42.56 
 
 
549 aa  280  4e-74  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1971  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.48 
 
 
473 aa  280  6e-74  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0887215  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2056  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.48 
 
 
473 aa  280  6e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.732718  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2207  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  53.88 
 
 
653 aa  280  7e-74  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000576072 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1157  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  43.41 
 
 
502 aa  278  2e-73  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0689  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  41.28 
 
 
544 aa  278  2e-73  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.430174  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0173  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.44 
 
 
463 aa  278  2e-73  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.127235  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1919  Fis family transcriptional regulator  42.56 
 
 
545 aa  278  2e-73  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1908  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.18 
 
 
473 aa  278  3e-73  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5989  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.78 
 
 
459 aa  277  4e-73  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.999422  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1920  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  40.22 
 
 
543 aa  276  7e-73  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0127788  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1430  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  43.71 
 
 
461 aa  276  9e-73  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.324678  hitchhiker  0.00137179 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0769  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.97 
 
 
453 aa  276  9e-73  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.165448  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1527  Fis family transcriptional regulator  41.67 
 
 
537 aa  276  1.0000000000000001e-72  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0976  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.6 
 
 
442 aa  275  1.0000000000000001e-72  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00434157  normal  0.514512 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0532  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.96 
 
 
470 aa  274  3e-72  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00706375  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1951  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.64 
 
 
470 aa  274  3e-72  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.516267  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2001  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.79 
 
 
454 aa  273  4.0000000000000004e-72  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0879  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.93 
 
 
489 aa  273  6e-72  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.318917 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02147  fused response regulator of ato operon, in two-component system with AtoS: response regulator/sigma54 interaction protein  43.41 
 
 
461 aa  273  7e-72  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1438  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.41 
 
 
461 aa  273  7e-72  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.445705  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02106  hypothetical protein  43.41 
 
 
461 aa  273  7e-72  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2361  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  43.41 
 
 
461 aa  273  7e-72  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.18992  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1319  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.41 
 
 
452 aa  273  9e-72  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2369  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  43.41 
 
 
461 aa  272  1e-71  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0790211  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47100  sigma54-dependent activator protein  44.18 
 
 
517 aa  272  1e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.536607  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0508  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  45.87 
 
 
495 aa  272  1e-71  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0570  NifA subfamily transcriptional regulator  45.76 
 
 
508 aa  272  1e-71  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.106051  normal  0.50757 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>